# TARGET T0283 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0283.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.5344 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.059 0.033 0.041 0.024 0.055 0.101 0.007 0.680 2 S 0.048 0.077 0.034 0.048 0.058 0.163 0.008 0.565 3 F 0.076 0.103 0.020 0.029 0.051 0.111 0.008 0.601 4 I 0.089 0.306 0.033 0.037 0.080 0.093 0.006 0.356 5 E 0.048 0.465 0.025 0.035 0.066 0.126 0.008 0.227 6 K 0.038 0.753 0.007 0.016 0.019 0.020 0.006 0.141 7 M 0.081 0.692 0.014 0.010 0.027 0.028 0.016 0.132 8 I 0.037 0.825 0.010 0.010 0.014 0.011 0.008 0.085 9 G 0.040 0.749 0.008 0.009 0.011 0.010 0.019 0.154 10 S 0.151 0.499 0.021 0.009 0.017 0.034 0.036 0.232 11 L 0.117 0.564 0.020 0.010 0.017 0.023 0.020 0.230 12 N 0.068 0.240 0.020 0.011 0.015 0.171 0.027 0.449 13 D 0.146 0.223 0.009 0.006 0.005 0.113 0.022 0.475 14 K 0.157 0.422 0.015 0.004 0.007 0.080 0.010 0.304 15 R 0.022 0.463 0.011 0.007 0.009 0.115 0.006 0.366 16 E 0.012 0.695 0.006 0.005 0.005 0.056 0.003 0.219 17 W 0.017 0.883 0.004 0.003 0.007 0.013 0.002 0.072 18 K 0.005 0.950 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.032 19 A 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 20 M 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 21 E 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 22 A 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 23 R 0.013 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 24 A 0.010 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 25 K 0.013 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.020 26 A 0.057 0.820 0.005 0.002 0.001 0.002 0.053 0.061 27 L 0.339 0.440 0.009 0.005 0.003 0.008 0.038 0.156 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 29 K 0.003 0.026 0.005 0.005 0.012 0.097 0.002 0.851 30 E 0.081 0.117 0.005 0.001 0.001 0.125 0.006 0.663 31 Y 0.092 0.656 0.004 0.002 0.002 0.026 0.003 0.215 32 H 0.027 0.854 0.007 0.002 0.002 0.013 0.002 0.093 33 H 0.004 0.888 0.003 0.002 0.002 0.007 0.001 0.093 34 A 0.006 0.954 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.029 35 Y 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 36 K 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 37 A 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 38 I 0.009 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 39 Q 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 40 K 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 41 Y 0.005 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 42 M 0.005 0.976 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.009 43 W 0.010 0.939 0.012 0.005 0.005 0.003 0.006 0.020 44 T 0.054 0.826 0.016 0.015 0.008 0.008 0.027 0.046 45 S 0.123 0.575 0.051 0.016 0.015 0.012 0.058 0.150 46 G 0.186 0.205 0.074 0.031 0.034 0.046 0.089 0.336 47 G 0.126 0.035 0.075 0.022 0.026 0.130 0.026 0.561 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 49 T 0.016 0.008 0.021 0.014 0.029 0.201 0.004 0.709 50 D 0.109 0.015 0.012 0.008 0.012 0.148 0.008 0.688 51 W 0.208 0.061 0.031 0.012 0.047 0.092 0.005 0.544 52 Q 0.049 0.050 0.012 0.007 0.017 0.416 0.005 0.445 53 D 0.164 0.132 0.007 0.004 0.007 0.218 0.011 0.457 54 T 0.279 0.403 0.011 0.004 0.008 0.045 0.014 0.237 55 K 0.092 0.466 0.030 0.007 0.013 0.102 0.018 0.272 56 R 0.087 0.424 0.028 0.008 0.013 0.106 0.017 0.316 57 I 0.072 0.670 0.015 0.004 0.009 0.078 0.009 0.142 58 F 0.032 0.804 0.021 0.003 0.009 0.027 0.006 0.098 59 G 0.016 0.774 0.011 0.002 0.004 0.025 0.005 0.164 60 G 0.078 0.640 0.005 0.001 0.002 0.047 0.013 0.214 61 I 0.050 0.838 0.005 0.001 0.001 0.014 0.007 0.085 62 L 0.010 0.915 0.004 0.001 0.002 0.007 0.003 0.057 63 D 0.008 0.940 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.040 64 L 0.012 0.960 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 65 F 0.016 0.946 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.026 66 E 0.014 0.938 0.005 0.001 0.002 0.005 0.004 0.031 67 E 0.005 0.978 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 68 G 0.019 0.939 0.005 0.002 0.003 0.001 0.007 0.023 69 A 0.016 0.940 0.006 0.002 0.005 0.003 0.005 0.023 70 A 0.030 0.902 0.007 0.004 0.004 0.005 0.013 0.034 71 E 0.192 0.651 0.013 0.006 0.003 0.011 0.080 0.043 72 G 0.677 0.082 0.011 0.004 0.001 0.002 0.166 0.057 73 K 0.309 0.039 0.488 0.027 0.016 0.032 0.026 0.064 74 K 0.004 0.009 0.043 0.010 0.015 0.035 0.003 0.881 75 V 0.047 0.026 0.185 0.050 0.191 0.098 0.006 0.399 76 T 0.023 0.029 0.149 0.054 0.049 0.114 0.005 0.578 77 D 0.046 0.031 0.100 0.017 0.036 0.088 0.010 0.672 78 L 0.136 0.081 0.277 0.039 0.041 0.092 0.015 0.319 79 T 0.046 0.145 0.149 0.042 0.049 0.216 0.014 0.340 80 G 0.081 0.133 0.148 0.034 0.064 0.069 0.021 0.449 81 E 0.069 0.054 0.101 0.010 0.020 0.268 0.007 0.473 82 D 0.037 0.097 0.018 0.007 0.012 0.348 0.007 0.474 83 V 0.044 0.448 0.022 0.005 0.020 0.064 0.005 0.393 84 A 0.010 0.490 0.007 0.002 0.005 0.212 0.004 0.270 85 A 0.037 0.609 0.002 0.001 0.001 0.215 0.005 0.131 86 F 0.013 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 87 C 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 88 D 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 89 E 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 90 L 0.045 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 91 M 0.038 0.917 0.008 0.001 0.002 0.002 0.008 0.024 92 K 0.077 0.759 0.009 0.002 0.003 0.011 0.025 0.114 93 D 0.208 0.525 0.023 0.002 0.002 0.008 0.070 0.162 94 T 0.207 0.416 0.042 0.004 0.004 0.024 0.066 0.238 95 K 0.083 0.168 0.089 0.009 0.009 0.118 0.039 0.486 96 T 0.066 0.114 0.063 0.010 0.011 0.294 0.016 0.426 97 W 0.101 0.184 0.042 0.008 0.014 0.165 0.008 0.477 98 M 0.050 0.395 0.040 0.012 0.020 0.109 0.006 0.367 99 D 0.034 0.400 0.026 0.018 0.025 0.099 0.010 0.388 100 K 0.086 0.427 0.015 0.016 0.028 0.099 0.011 0.318 101 Y 0.081 0.509 0.007 0.013 0.022 0.163 0.014 0.190 102 R 0.106 0.667 0.009 0.014 0.024 0.054 0.010 0.115 103 T 0.020 0.840 0.008 0.013 0.012 0.021 0.006 0.081 104 K 0.063 0.702 0.012 0.019 0.028 0.027 0.017 0.133 105 L 0.097 0.707 0.023 0.023 0.040 0.019 0.015 0.077 106 N 0.060 0.555 0.022 0.032 0.051 0.038 0.029 0.215 107 D 0.130 0.254 0.033 0.024 0.032 0.040 0.054 0.433 108 S 0.306 0.124 0.026 0.021 0.023 0.146 0.046 0.307 109 I 0.215 0.101 0.057 0.039 0.046 0.106 0.028 0.409 110 G 0.094 0.102 0.102 0.095 0.127 0.141 0.020 0.319 111 R 0.079 0.058 0.096 0.085 0.123 0.122 0.013 0.424 112 D 0.023 0.054 0.036 0.048 0.080 0.062 0.007 0.690