# TARGET T0283 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0283.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.087 0.042 0.019 0.095 0.017 0.018 0.334 0.173 0.114 0.040 2 S 0.028 0.090 0.036 0.008 0.059 0.006 0.020 0.578 0.126 0.032 0.016 3 F 0.014 0.028 0.015 0.004 0.020 0.003 0.007 0.696 0.148 0.060 0.007 4 I 0.006 0.006 0.002 0.001 0.010 0.002 0.006 0.786 0.165 0.013 0.003 5 E 0.004 0.007 0.003 0.003 0.008 0.003 0.013 0.842 0.110 0.005 0.002 6 K 0.006 0.005 0.003 0.002 0.009 0.003 0.021 0.816 0.095 0.036 0.003 7 M 0.014 0.012 0.004 0.002 0.019 0.004 0.013 0.744 0.138 0.042 0.006 8 I 0.007 0.020 0.008 0.007 0.014 0.012 0.031 0.738 0.130 0.028 0.005 9 G 0.011 0.025 0.016 0.013 0.019 0.019 0.070 0.655 0.091 0.071 0.012 10 S 0.026 0.035 0.026 0.021 0.027 0.024 0.059 0.610 0.088 0.069 0.016 11 L 0.016 0.058 0.026 0.013 0.031 0.021 0.027 0.628 0.126 0.041 0.012 12 N 0.011 0.027 0.016 0.016 0.015 0.012 0.020 0.694 0.101 0.070 0.018 13 D 0.012 0.039 0.021 0.010 0.019 0.007 0.012 0.728 0.085 0.058 0.010 14 K 0.002 0.012 0.005 0.003 0.006 0.005 0.009 0.856 0.091 0.010 0.001 15 R 0.005 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.005 0.917 0.050 0.005 0.003 16 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.929 0.050 0.008 0.001 17 W 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.947 0.040 0.002 0.001 18 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.947 0.039 0.002 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.938 0.043 0.011 0.001 20 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.940 0.049 0.004 0.001 21 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.935 0.043 0.002 0.001 22 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.910 0.049 0.018 0.002 23 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.879 0.096 0.014 0.001 24 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.840 0.133 0.005 0.001 25 K 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.009 0.087 0.799 0.091 0.005 0.001 26 A 0.004 0.003 0.004 0.003 0.003 0.009 0.058 0.421 0.136 0.344 0.015 27 L 0.010 0.194 0.148 0.026 0.033 0.007 0.016 0.318 0.131 0.104 0.014 28 P 0.007 0.134 0.041 0.005 0.031 0.004 0.012 0.522 0.211 0.029 0.003 29 K 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.013 0.084 0.749 0.137 0.007 0.001 30 E 0.006 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.021 0.748 0.144 0.066 0.006 31 Y 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.738 0.212 0.034 0.002 32 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.883 0.108 0.003 0.001 33 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.932 0.057 0.002 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.909 0.074 0.010 0.001 35 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.911 0.085 0.002 0.001 36 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.948 0.047 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.931 0.053 0.012 0.001 38 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.883 0.111 0.004 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.892 0.097 0.001 0.001 40 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.035 0.876 0.073 0.010 0.001 41 Y 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.022 0.830 0.107 0.026 0.003 42 M 0.004 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.744 0.200 0.027 0.003 43 W 0.002 0.005 0.002 0.002 0.006 0.006 0.051 0.696 0.204 0.026 0.001 44 T 0.012 0.011 0.005 0.004 0.018 0.012 0.182 0.631 0.090 0.030 0.004 45 S 0.019 0.124 0.052 0.019 0.071 0.017 0.080 0.283 0.171 0.153 0.012 46 G 0.066 0.104 0.125 0.129 0.079 0.029 0.036 0.136 0.098 0.139 0.058 47 G 0.045 0.138 0.088 0.024 0.101 0.023 0.050 0.244 0.155 0.102 0.030 48 P 0.055 0.118 0.065 0.024 0.081 0.027 0.060 0.257 0.138 0.134 0.041 49 T 0.021 0.171 0.101 0.032 0.065 0.072 0.144 0.205 0.113 0.062 0.015 50 D 0.057 0.050 0.069 0.053 0.050 0.014 0.011 0.096 0.065 0.399 0.135 51 W 0.123 0.074 0.018 0.006 0.186 0.009 0.016 0.304 0.161 0.070 0.033 52 Q 0.006 0.028 0.021 0.026 0.014 0.061 0.065 0.605 0.135 0.029 0.009 53 D 0.020 0.027 0.012 0.004 0.027 0.002 0.016 0.583 0.140 0.145 0.025 54 T 0.003 0.008 0.005 0.003 0.003 0.002 0.005 0.672 0.203 0.090 0.005 55 K 0.002 0.022 0.006 0.002 0.010 0.002 0.011 0.818 0.122 0.005 0.001 56 R 0.001 0.005 0.002 0.002 0.003 0.003 0.024 0.865 0.088 0.006 0.002 57 I 0.003 0.004 0.003 0.002 0.002 0.004 0.032 0.793 0.104 0.052 0.002 58 F 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.789 0.151 0.042 0.006 59 G 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.004 0.007 0.899 0.079 0.002 0.001 60 G 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.010 0.922 0.049 0.009 0.001 61 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.891 0.094 0.010 0.001 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.913 0.080 0.002 0.001 63 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.034 0.001 0.001 64 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.929 0.055 0.011 0.001 65 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.924 0.067 0.003 0.001 66 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.918 0.069 0.004 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.900 0.067 0.014 0.001 68 G 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 0.862 0.088 0.014 0.002 69 A 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.046 0.738 0.168 0.028 0.005 70 A 0.006 0.018 0.006 0.010 0.010 0.027 0.118 0.620 0.116 0.066 0.005 71 E 0.003 0.433 0.189 0.034 0.036 0.050 0.136 0.077 0.028 0.013 0.001 72 G 0.037 0.003 0.002 0.002 0.005 0.001 0.002 0.004 0.008 0.660 0.276 73 K 0.044 0.458 0.216 0.013 0.216 0.005 0.005 0.008 0.009 0.013 0.012 74 K 0.040 0.586 0.137 0.011 0.148 0.003 0.004 0.020 0.011 0.018 0.022 75 V 0.058 0.034 0.009 0.003 0.082 0.003 0.009 0.327 0.379 0.078 0.018 76 T 0.005 0.005 0.002 0.003 0.009 0.008 0.031 0.569 0.350 0.016 0.003 77 D 0.005 0.014 0.008 0.005 0.016 0.007 0.115 0.644 0.161 0.021 0.003 78 L 0.016 0.007 0.005 0.013 0.014 0.038 0.202 0.378 0.120 0.197 0.011 79 T 0.011 0.147 0.110 0.125 0.042 0.034 0.062 0.187 0.116 0.152 0.014 80 G 0.017 0.145 0.236 0.099 0.039 0.026 0.015 0.163 0.089 0.144 0.027 81 E 0.005 0.097 0.094 0.026 0.017 0.046 0.113 0.453 0.098 0.038 0.013 82 D 0.043 0.048 0.021 0.002 0.050 0.003 0.022 0.552 0.149 0.070 0.040 83 V 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.663 0.296 0.031 0.001 84 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.902 0.085 0.002 0.001 85 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.933 0.047 0.003 0.001 86 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.919 0.059 0.012 0.001 87 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.900 0.089 0.007 0.001 88 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.920 0.072 0.002 0.001 89 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.935 0.045 0.005 0.001 90 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.877 0.096 0.013 0.001 91 M 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 0.695 0.231 0.036 0.003 92 K 0.001 0.006 0.002 0.002 0.003 0.007 0.104 0.708 0.147 0.019 0.001 93 D 0.009 0.023 0.012 0.006 0.016 0.023 0.226 0.314 0.146 0.216 0.012 94 T 0.128 0.310 0.093 0.007 0.211 0.004 0.008 0.056 0.035 0.071 0.078 95 K 0.031 0.040 0.025 0.030 0.033 0.050 0.052 0.333 0.214 0.148 0.043 96 T 0.022 0.140 0.066 0.021 0.071 0.020 0.034 0.386 0.145 0.080 0.015 97 W 0.067 0.046 0.023 0.011 0.074 0.011 0.023 0.348 0.131 0.206 0.060 98 M 0.059 0.120 0.038 0.010 0.099 0.009 0.020 0.444 0.120 0.063 0.019 99 D 0.053 0.084 0.023 0.007 0.099 0.007 0.015 0.539 0.102 0.049 0.023 100 K 0.031 0.040 0.015 0.011 0.057 0.017 0.031 0.669 0.093 0.026 0.012 101 Y 0.038 0.040 0.017 0.007 0.048 0.007 0.017 0.672 0.089 0.047 0.017 102 R 0.028 0.020 0.007 0.004 0.036 0.005 0.010 0.693 0.135 0.047 0.014 103 T 0.016 0.066 0.019 0.009 0.042 0.010 0.017 0.696 0.103 0.017 0.007 104 K 0.033 0.046 0.025 0.012 0.047 0.012 0.041 0.599 0.098 0.069 0.018 105 L 0.024 0.051 0.036 0.017 0.043 0.023 0.048 0.558 0.132 0.057 0.012 106 N 0.041 0.077 0.025 0.025 0.060 0.020 0.033 0.382 0.179 0.124 0.034 107 D 0.034 0.095 0.046 0.032 0.074 0.025 0.044 0.322 0.158 0.136 0.035 108 S 0.073 0.054 0.027 0.015 0.107 0.021 0.063 0.346 0.133 0.121 0.039 109 I 0.093 0.118 0.034 0.019 0.165 0.025 0.056 0.259 0.121 0.075 0.035 110 G 0.096 0.138 0.078 0.039 0.172 0.023 0.035 0.181 0.084 0.109 0.045 111 R 0.058 0.163 0.100 0.044 0.123 0.038 0.056 0.192 0.099 0.090 0.038 112 D 0.104 0.132 0.086 0.030 0.193 0.021 0.036 0.148 0.088 0.106 0.056