# TARGET T0283 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0283.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.748 0.176 0.056 0.016 0.003 0.001 0.001 2 S 0.696 0.192 0.070 0.031 0.010 0.002 0.001 3 F 0.639 0.204 0.077 0.049 0.024 0.007 0.001 4 I 0.595 0.184 0.104 0.078 0.032 0.007 0.001 5 E 0.764 0.169 0.047 0.016 0.004 0.001 0.001 6 K 0.645 0.219 0.083 0.038 0.013 0.002 0.001 7 M 0.636 0.185 0.094 0.056 0.023 0.004 0.001 8 I 0.661 0.215 0.083 0.032 0.008 0.001 0.001 9 G 0.710 0.216 0.055 0.015 0.003 0.001 0.001 10 S 0.558 0.243 0.114 0.063 0.020 0.003 0.001 11 L 0.643 0.202 0.094 0.047 0.011 0.001 0.001 12 N 0.744 0.182 0.054 0.016 0.003 0.001 0.001 13 D 0.684 0.190 0.072 0.040 0.012 0.001 0.001 14 K 0.539 0.268 0.123 0.054 0.014 0.002 0.001 15 R 0.638 0.251 0.077 0.026 0.007 0.001 0.001 16 E 0.340 0.321 0.186 0.107 0.038 0.008 0.001 17 W 0.186 0.198 0.226 0.241 0.124 0.024 0.001 18 K 0.492 0.345 0.123 0.033 0.006 0.001 0.001 19 A 0.438 0.364 0.137 0.049 0.011 0.001 0.001 20 M 0.142 0.144 0.184 0.251 0.218 0.059 0.003 21 E 0.312 0.344 0.213 0.103 0.025 0.004 0.001 22 A 0.403 0.438 0.131 0.025 0.003 0.001 0.001 23 R 0.142 0.178 0.223 0.270 0.158 0.028 0.001 24 A 0.127 0.159 0.234 0.313 0.143 0.024 0.001 25 K 0.583 0.354 0.054 0.008 0.001 0.001 0.001 26 A 0.476 0.358 0.123 0.035 0.007 0.001 0.001 27 L 0.082 0.145 0.257 0.352 0.145 0.018 0.001 28 P 0.206 0.329 0.271 0.142 0.046 0.006 0.001 29 K 0.654 0.272 0.057 0.014 0.002 0.001 0.001 30 E 0.281 0.407 0.212 0.082 0.016 0.002 0.001 31 Y 0.033 0.082 0.163 0.314 0.317 0.088 0.003 32 H 0.094 0.274 0.308 0.215 0.093 0.016 0.001 33 H 0.139 0.418 0.291 0.125 0.024 0.003 0.001 34 A 0.017 0.049 0.124 0.331 0.363 0.113 0.003 35 Y 0.009 0.039 0.083 0.216 0.386 0.248 0.018 36 K 0.071 0.363 0.329 0.175 0.051 0.010 0.001 37 A 0.019 0.154 0.365 0.327 0.114 0.019 0.001 38 I 0.002 0.006 0.017 0.093 0.379 0.463 0.041 39 Q 0.009 0.063 0.160 0.305 0.309 0.137 0.017 40 K 0.068 0.291 0.310 0.210 0.087 0.031 0.003 41 Y 0.006 0.022 0.083 0.251 0.363 0.242 0.034 42 M 0.006 0.012 0.025 0.085 0.267 0.497 0.109 43 W 0.053 0.098 0.137 0.200 0.245 0.213 0.055 44 T 0.087 0.121 0.145 0.202 0.190 0.190 0.064 45 S 0.057 0.088 0.134 0.212 0.244 0.221 0.044 46 G 0.138 0.176 0.176 0.200 0.180 0.107 0.022 47 G 0.265 0.237 0.173 0.170 0.106 0.042 0.007 48 P 0.275 0.258 0.211 0.153 0.076 0.024 0.004 49 T 0.593 0.274 0.083 0.035 0.011 0.003 0.001 50 D 0.277 0.299 0.211 0.132 0.061 0.018 0.002 51 W 0.064 0.127 0.217 0.299 0.226 0.063 0.004 52 Q 0.305 0.365 0.201 0.097 0.026 0.005 0.001 53 D 0.221 0.276 0.227 0.168 0.081 0.025 0.002 54 T 0.041 0.074 0.095 0.190 0.298 0.275 0.027 55 K 0.061 0.151 0.244 0.292 0.190 0.056 0.004 56 R 0.108 0.284 0.316 0.200 0.074 0.018 0.001 57 I 0.024 0.037 0.073 0.219 0.366 0.265 0.016 58 F 0.008 0.018 0.038 0.126 0.304 0.441 0.064 59 G 0.053 0.212 0.322 0.250 0.126 0.035 0.004 60 G 0.024 0.134 0.299 0.364 0.148 0.029 0.002 61 I 0.005 0.007 0.012 0.057 0.263 0.570 0.086 62 L 0.010 0.045 0.120 0.277 0.334 0.196 0.018 63 D 0.131 0.379 0.284 0.141 0.052 0.013 0.001 64 L 0.033 0.079 0.216 0.365 0.235 0.068 0.004 65 F 0.042 0.044 0.047 0.138 0.347 0.349 0.032 66 E 0.155 0.252 0.257 0.221 0.092 0.021 0.003 67 E 0.325 0.363 0.190 0.086 0.028 0.007 0.001 68 G 0.212 0.217 0.209 0.207 0.124 0.029 0.001 69 A 0.392 0.299 0.164 0.100 0.037 0.008 0.001 70 A 0.487 0.258 0.150 0.078 0.022 0.004 0.001 71 E 0.604 0.271 0.085 0.033 0.007 0.001 0.001 72 G 0.668 0.244 0.065 0.019 0.004 0.001 0.001 73 K 0.555 0.278 0.119 0.040 0.008 0.001 0.001 74 K 0.455 0.357 0.138 0.041 0.007 0.001 0.001 75 V 0.066 0.100 0.186 0.337 0.252 0.057 0.003 76 T 0.119 0.278 0.277 0.213 0.092 0.020 0.001 77 D 0.164 0.308 0.236 0.169 0.085 0.035 0.003 78 L 0.029 0.059 0.132 0.291 0.318 0.158 0.013 79 T 0.031 0.067 0.117 0.252 0.309 0.203 0.022 80 G 0.126 0.264 0.252 0.213 0.109 0.033 0.004 81 E 0.220 0.390 0.251 0.101 0.029 0.008 0.001 82 D 0.034 0.133 0.229 0.331 0.206 0.061 0.006 83 V 0.009 0.035 0.068 0.179 0.356 0.320 0.033 84 A 0.047 0.229 0.349 0.260 0.097 0.016 0.001 85 A 0.053 0.347 0.406 0.157 0.031 0.005 0.001 86 F 0.007 0.021 0.055 0.206 0.460 0.239 0.012 87 C 0.004 0.013 0.034 0.156 0.407 0.357 0.029 88 D 0.050 0.346 0.371 0.183 0.042 0.008 0.001 89 E 0.085 0.324 0.351 0.184 0.049 0.007 0.001 90 L 0.019 0.046 0.098 0.255 0.388 0.188 0.007 91 M 0.061 0.125 0.227 0.348 0.202 0.035 0.001 92 K 0.440 0.416 0.112 0.027 0.004 0.001 0.001 93 D 0.406 0.353 0.164 0.061 0.015 0.002 0.001 94 T 0.347 0.307 0.201 0.112 0.030 0.004 0.001 95 K 0.604 0.250 0.098 0.038 0.009 0.001 0.001 96 T 0.610 0.255 0.091 0.036 0.008 0.001 0.001 97 W 0.537 0.291 0.117 0.043 0.010 0.001 0.001 98 M 0.283 0.214 0.205 0.189 0.091 0.016 0.001 99 D 0.453 0.284 0.153 0.083 0.024 0.003 0.001 100 K 0.622 0.277 0.073 0.023 0.004 0.001 0.001 101 Y 0.242 0.305 0.242 0.157 0.047 0.006 0.001 102 R 0.175 0.223 0.244 0.228 0.110 0.018 0.001 103 T 0.597 0.287 0.084 0.025 0.005 0.001 0.001 104 K 0.574 0.295 0.100 0.026 0.004 0.001 0.001 105 L 0.176 0.154 0.201 0.279 0.161 0.028 0.001 106 N 0.314 0.266 0.214 0.140 0.057 0.009 0.001 107 D 0.609 0.260 0.091 0.032 0.007 0.001 0.001 108 S 0.512 0.277 0.135 0.058 0.016 0.003 0.001 109 I 0.283 0.207 0.197 0.194 0.100 0.019 0.001 110 G 0.438 0.265 0.171 0.095 0.027 0.004 0.001 111 R 0.800 0.155 0.033 0.010 0.002 0.001 0.001 112 D 0.834 0.126 0.028 0.009 0.002 0.001 0.001