# TARGET T0283 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0283.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.00874 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.041 0.024 0.014 0.012 0.003 0.007 0.025 0.002 0.001 0.002 0.871 2 S 0.021 0.016 0.002 0.005 0.003 0.004 0.214 0.001 0.001 0.002 0.730 3 F 0.134 0.065 0.004 0.007 0.004 0.006 0.192 0.002 0.001 0.010 0.576 4 I 0.048 0.505 0.002 0.009 0.005 0.009 0.090 0.002 0.001 0.003 0.328 5 E 0.035 0.564 0.001 0.006 0.006 0.013 0.138 0.003 0.001 0.006 0.228 6 K 0.065 0.793 0.001 0.002 0.002 0.005 0.018 0.004 0.001 0.002 0.107 7 M 0.044 0.910 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.031 8 I 0.015 0.928 0.002 0.002 0.004 0.005 0.002 0.008 0.001 0.001 0.033 9 G 0.058 0.670 0.003 0.003 0.006 0.006 0.006 0.054 0.001 0.001 0.193 10 S 0.293 0.564 0.048 0.001 0.002 0.003 0.010 0.013 0.001 0.001 0.065 11 L 0.114 0.585 0.032 0.016 0.010 0.016 0.028 0.044 0.001 0.003 0.154 12 N 0.101 0.365 0.047 0.028 0.013 0.022 0.079 0.022 0.001 0.005 0.317 13 D 0.142 0.213 0.013 0.008 0.004 0.006 0.053 0.015 0.001 0.003 0.544 14 K 0.188 0.285 0.012 0.012 0.003 0.005 0.078 0.013 0.001 0.008 0.397 15 R 0.074 0.138 0.013 0.005 0.003 0.004 0.299 0.005 0.001 0.010 0.449 16 E 0.077 0.338 0.011 0.007 0.005 0.009 0.202 0.004 0.001 0.004 0.343 17 W 0.078 0.665 0.003 0.007 0.004 0.008 0.026 0.005 0.001 0.002 0.203 18 K 0.052 0.717 0.002 0.001 0.001 0.003 0.031 0.002 0.001 0.002 0.188 19 A 0.044 0.720 0.002 0.001 0.002 0.003 0.018 0.005 0.001 0.001 0.205 20 M 0.030 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.060 21 E 0.015 0.935 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.033 22 A 0.012 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.060 23 R 0.013 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.036 24 A 0.024 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 25 K 0.033 0.936 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.017 26 A 0.177 0.703 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.001 0.001 0.045 27 L 0.513 0.388 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.061 28 P 0.007 0.010 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.963 29 K 0.007 0.010 0.020 0.008 0.001 0.003 0.061 0.001 0.001 0.001 0.889 30 E 0.109 0.019 0.001 0.016 0.003 0.004 0.226 0.004 0.001 0.002 0.616 31 Y 0.313 0.380 0.001 0.032 0.003 0.005 0.062 0.002 0.001 0.003 0.200 32 H 0.032 0.718 0.002 0.021 0.002 0.005 0.043 0.001 0.001 0.001 0.176 33 H 0.026 0.647 0.001 0.009 0.003 0.004 0.060 0.002 0.001 0.001 0.247 34 A 0.065 0.831 0.002 0.003 0.002 0.003 0.015 0.003 0.001 0.001 0.074 35 Y 0.012 0.957 0.001 0.002 0.001 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.016 36 K 0.005 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.039 37 A 0.017 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.061 38 I 0.015 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.015 39 Q 0.010 0.970 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 40 K 0.009 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.027 41 Y 0.057 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.034 42 M 0.059 0.897 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.027 43 W 0.024 0.846 0.014 0.011 0.009 0.016 0.005 0.023 0.001 0.001 0.053 44 T 0.104 0.576 0.014 0.015 0.012 0.026 0.022 0.025 0.001 0.001 0.205 45 S 0.107 0.244 0.020 0.025 0.012 0.020 0.025 0.017 0.001 0.001 0.529 46 G 0.104 0.091 0.032 0.044 0.016 0.038 0.116 0.019 0.001 0.008 0.532 47 G 0.174 0.024 0.054 0.022 0.011 0.013 0.109 0.007 0.001 0.007 0.580 48 P 0.024 0.008 0.010 0.008 0.002 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.923 49 T 0.031 0.012 0.003 0.037 0.039 0.060 0.127 0.001 0.001 0.003 0.687 50 D 0.100 0.029 0.001 0.018 0.016 0.021 0.090 0.001 0.001 0.004 0.719 51 W 0.148 0.180 0.002 0.031 0.024 0.039 0.128 0.005 0.001 0.008 0.434 52 Q 0.119 0.170 0.008 0.015 0.010 0.024 0.235 0.003 0.001 0.017 0.400 53 D 0.092 0.149 0.003 0.008 0.009 0.013 0.423 0.009 0.001 0.017 0.277 54 T 0.152 0.427 0.016 0.010 0.005 0.008 0.085 0.008 0.001 0.014 0.275 55 K 0.028 0.575 0.006 0.005 0.005 0.005 0.107 0.006 0.001 0.004 0.258 56 R 0.051 0.466 0.004 0.004 0.007 0.011 0.193 0.013 0.001 0.009 0.242 57 I 0.044 0.858 0.007 0.002 0.003 0.007 0.013 0.003 0.001 0.001 0.061 58 F 0.012 0.928 0.001 0.002 0.003 0.006 0.009 0.004 0.001 0.001 0.034 59 G 0.023 0.821 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.009 0.001 0.001 0.130 60 G 0.103 0.708 0.006 0.001 0.001 0.001 0.016 0.025 0.001 0.002 0.138 61 I 0.067 0.814 0.067 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.031 62 L 0.008 0.902 0.003 0.006 0.003 0.004 0.006 0.009 0.001 0.001 0.058 63 D 0.024 0.835 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.122 64 L 0.022 0.894 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.075 65 F 0.010 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.014 66 E 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.001 0.001 0.018 67 E 0.009 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.012 68 G 0.039 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.014 69 A 0.033 0.939 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.011 70 A 0.026 0.852 0.034 0.003 0.005 0.008 0.008 0.028 0.001 0.001 0.036 71 E 0.078 0.703 0.007 0.005 0.007 0.007 0.021 0.042 0.001 0.001 0.127 72 G 0.353 0.171 0.019 0.010 0.004 0.005 0.031 0.141 0.001 0.010 0.256 73 K 0.171 0.032 0.623 0.007 0.002 0.003 0.044 0.005 0.001 0.010 0.103 74 K 0.019 0.014 0.065 0.056 0.026 0.021 0.204 0.004 0.001 0.004 0.587 75 V 0.015 0.011 0.014 0.078 0.027 0.059 0.054 0.001 0.001 0.003 0.737 76 T 0.012 0.028 0.001 0.329 0.136 0.266 0.082 0.001 0.001 0.003 0.143 77 D 0.071 0.094 0.001 0.059 0.022 0.036 0.074 0.003 0.001 0.004 0.635 78 L 0.179 0.247 0.004 0.215 0.063 0.084 0.031 0.008 0.001 0.005 0.164 79 T 0.105 0.198 0.009 0.106 0.054 0.109 0.166 0.012 0.001 0.009 0.232 80 G 0.111 0.050 0.014 0.045 0.014 0.028 0.089 0.014 0.001 0.009 0.624 81 E 0.056 0.035 0.029 0.034 0.009 0.018 0.188 0.004 0.001 0.008 0.619 82 D 0.043 0.016 0.004 0.005 0.002 0.002 0.385 0.002 0.001 0.005 0.536 83 V 0.050 0.162 0.014 0.017 0.004 0.007 0.155 0.001 0.001 0.006 0.584 84 A 0.022 0.450 0.001 0.011 0.004 0.009 0.166 0.002 0.001 0.007 0.328 85 A 0.057 0.523 0.001 0.002 0.001 0.004 0.199 0.003 0.001 0.004 0.206 86 F 0.073 0.848 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.068 87 C 0.018 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 88 D 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.019 89 E 0.017 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.028 90 L 0.033 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.005 91 M 0.061 0.887 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.021 92 K 0.048 0.861 0.032 0.002 0.001 0.003 0.003 0.022 0.001 0.001 0.029 93 D 0.179 0.492 0.005 0.003 0.002 0.001 0.003 0.081 0.001 0.001 0.235 94 T 0.195 0.323 0.035 0.006 0.002 0.002 0.017 0.045 0.001 0.001 0.374 95 K 0.058 0.085 0.037 0.010 0.002 0.004 0.133 0.017 0.001 0.006 0.646 96 T 0.092 0.069 0.026 0.008 0.002 0.003 0.408 0.004 0.001 0.005 0.383 97 W 0.114 0.229 0.006 0.012 0.003 0.005 0.166 0.002 0.001 0.005 0.458 98 M 0.048 0.533 0.003 0.016 0.007 0.014 0.135 0.002 0.001 0.005 0.236 99 D 0.044 0.612 0.001 0.005 0.003 0.005 0.066 0.004 0.001 0.003 0.256 100 K 0.071 0.759 0.002 0.002 0.001 0.002 0.017 0.006 0.001 0.001 0.138 101 Y 0.072 0.814 0.003 0.001 0.002 0.003 0.016 0.012 0.001 0.001 0.075 102 R 0.043 0.851 0.009 0.002 0.002 0.006 0.010 0.010 0.001 0.002 0.065 103 T 0.022 0.837 0.004 0.001 0.002 0.002 0.005 0.012 0.001 0.001 0.113 104 K 0.108 0.780 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.001 0.001 0.085 105 L 0.098 0.806 0.015 0.002 0.002 0.003 0.009 0.013 0.001 0.001 0.052 106 N 0.042 0.755 0.012 0.008 0.006 0.010 0.024 0.027 0.001 0.002 0.117 107 D 0.049 0.646 0.009 0.004 0.003 0.005 0.026 0.014 0.001 0.002 0.243 108 S 0.091 0.606 0.006 0.003 0.004 0.003 0.038 0.015 0.001 0.002 0.234 109 I 0.119 0.621 0.011 0.008 0.008 0.013 0.081 0.033 0.001 0.006 0.100 110 G 0.103 0.660 0.019 0.012 0.011 0.020 0.028 0.023 0.001 0.003 0.120 111 R 0.104 0.587 0.012 0.005 0.005 0.011 0.016 0.013 0.001 0.002 0.246 112 D 0.172 0.382 0.006 0.005 0.007 0.007 0.015 0.028 0.001 0.001 0.376