# TARGET T0283 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0283.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.04591 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.044 0.208 0.065 0.007 0.105 0.007 0.009 0.384 0.085 0.058 0.028 2 S 0.010 0.084 0.031 0.003 0.039 0.004 0.013 0.725 0.074 0.013 0.005 3 F 0.003 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.903 0.064 0.016 0.002 4 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.928 0.063 0.004 0.001 5 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.033 0.001 0.001 6 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.942 0.038 0.006 0.001 7 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.895 0.064 0.024 0.001 8 I 0.004 0.074 0.012 0.005 0.012 0.010 0.035 0.719 0.101 0.025 0.002 9 G 0.004 0.016 0.013 0.024 0.006 0.016 0.044 0.624 0.134 0.105 0.014 10 S 0.005 0.017 0.017 0.013 0.009 0.021 0.058 0.733 0.087 0.037 0.005 11 L 0.009 0.018 0.005 0.005 0.013 0.009 0.024 0.703 0.160 0.045 0.009 12 N 0.016 0.047 0.015 0.014 0.024 0.023 0.039 0.566 0.132 0.109 0.017 13 D 0.030 0.056 0.020 0.003 0.049 0.002 0.011 0.483 0.116 0.211 0.019 14 K 0.004 0.020 0.009 0.001 0.010 0.002 0.006 0.813 0.111 0.020 0.003 15 R 0.002 0.010 0.003 0.001 0.005 0.001 0.005 0.888 0.066 0.015 0.002 16 E 0.002 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.936 0.032 0.012 0.001 17 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.021 0.003 0.001 18 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.021 0.001 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.009 0.002 0.001 20 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.027 0.009 0.001 21 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.028 0.001 0.001 22 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.013 0.001 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.036 0.005 0.001 24 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.856 0.135 0.006 0.001 25 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.827 0.135 0.005 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.115 0.447 0.159 0.271 0.001 27 L 0.017 0.129 0.059 0.004 0.034 0.003 0.031 0.480 0.124 0.095 0.021 28 P 0.005 0.302 0.043 0.004 0.028 0.002 0.005 0.491 0.106 0.009 0.002 29 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.812 0.154 0.004 0.001 30 E 0.001 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.009 0.885 0.058 0.032 0.002 31 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.840 0.098 0.057 0.001 32 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.043 0.001 0.001 33 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.020 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.021 0.002 0.001 35 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.038 0.002 0.001 36 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.019 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.978 0.017 0.002 0.001 38 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.922 0.066 0.007 0.001 39 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.855 0.129 0.003 0.001 40 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.070 0.849 0.066 0.004 0.001 41 Y 0.007 0.013 0.009 0.010 0.014 0.011 0.093 0.603 0.105 0.126 0.007 42 M 0.052 0.048 0.007 0.004 0.054 0.009 0.039 0.464 0.174 0.112 0.038 43 W 0.055 0.117 0.031 0.012 0.137 0.018 0.037 0.339 0.162 0.060 0.033 44 T 0.026 0.050 0.037 0.014 0.044 0.025 0.203 0.414 0.133 0.038 0.016 45 S 0.090 0.085 0.053 0.017 0.112 0.020 0.141 0.206 0.095 0.134 0.047 46 G 0.050 0.361 0.142 0.045 0.152 0.024 0.041 0.027 0.032 0.087 0.039 47 G 0.040 0.065 0.194 0.260 0.043 0.059 0.017 0.027 0.031 0.164 0.102 48 P 0.099 0.143 0.060 0.027 0.171 0.025 0.048 0.125 0.113 0.119 0.070 49 T 0.036 0.189 0.099 0.039 0.105 0.042 0.060 0.123 0.135 0.137 0.034 50 D 0.148 0.151 0.082 0.014 0.165 0.011 0.022 0.150 0.075 0.097 0.085 51 W 0.045 0.041 0.016 0.010 0.048 0.013 0.017 0.403 0.252 0.118 0.036 52 Q 0.007 0.038 0.015 0.018 0.023 0.052 0.086 0.566 0.149 0.036 0.009 53 D 0.057 0.046 0.025 0.005 0.044 0.005 0.015 0.378 0.127 0.239 0.059 54 T 0.016 0.014 0.006 0.003 0.023 0.003 0.007 0.602 0.209 0.105 0.012 55 K 0.003 0.057 0.017 0.004 0.014 0.007 0.013 0.742 0.118 0.021 0.003 56 R 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.002 0.020 0.863 0.086 0.012 0.004 57 I 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.011 0.908 0.056 0.012 0.001 58 F 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.852 0.111 0.022 0.001 59 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.924 0.061 0.001 0.001 60 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.903 0.065 0.015 0.001 61 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.891 0.086 0.015 0.001 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.919 0.076 0.002 0.001 63 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.957 0.035 0.001 0.001 64 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.953 0.031 0.003 0.001 65 F 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.907 0.076 0.007 0.001 66 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.889 0.080 0.011 0.001 67 E 0.003 0.011 0.004 0.002 0.005 0.005 0.035 0.853 0.064 0.015 0.002 68 G 0.006 0.014 0.009 0.005 0.017 0.009 0.028 0.777 0.087 0.044 0.004 69 A 0.026 0.017 0.009 0.002 0.016 0.005 0.056 0.690 0.132 0.030 0.017 70 A 0.012 0.027 0.025 0.018 0.016 0.021 0.062 0.590 0.153 0.064 0.011 71 E 0.001 0.483 0.196 0.063 0.035 0.050 0.102 0.056 0.009 0.004 0.001 72 G 0.033 0.002 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.010 0.540 0.401 73 K 0.009 0.643 0.199 0.002 0.129 0.001 0.003 0.008 0.003 0.002 0.001 74 K 0.083 0.527 0.049 0.001 0.307 0.001 0.001 0.011 0.004 0.005 0.013 75 V 0.236 0.035 0.008 0.005 0.131 0.010 0.020 0.124 0.293 0.044 0.094 76 T 0.012 0.074 0.018 0.019 0.054 0.073 0.084 0.460 0.185 0.015 0.006 77 D 0.171 0.067 0.020 0.003 0.148 0.003 0.029 0.249 0.068 0.177 0.065 78 L 0.166 0.057 0.015 0.011 0.128 0.034 0.068 0.178 0.056 0.215 0.072 79 T 0.036 0.298 0.179 0.051 0.068 0.015 0.014 0.079 0.028 0.194 0.038 80 G 0.007 0.071 0.146 0.109 0.030 0.023 0.005 0.434 0.105 0.059 0.011 81 E 0.001 0.006 0.004 0.001 0.003 0.002 0.006 0.920 0.049 0.006 0.001 82 D 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.920 0.038 0.025 0.002 83 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.909 0.075 0.014 0.001 84 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.033 0.001 0.001 85 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.011 0.001 0.001 86 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.020 0.005 0.001 87 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.057 0.003 0.001 88 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.045 0.001 0.001 89 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.953 0.036 0.003 0.001 90 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.892 0.084 0.018 0.001 91 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.837 0.137 0.013 0.001 92 K 0.001 0.008 0.003 0.002 0.002 0.005 0.050 0.760 0.119 0.049 0.002 93 D 0.038 0.046 0.021 0.003 0.078 0.009 0.071 0.338 0.114 0.231 0.050 94 T 0.071 0.128 0.028 0.003 0.115 0.002 0.008 0.311 0.152 0.142 0.040 95 K 0.010 0.010 0.005 0.005 0.015 0.012 0.049 0.612 0.181 0.090 0.011 96 T 0.013 0.121 0.080 0.013 0.040 0.007 0.025 0.539 0.076 0.077 0.010 97 W 0.018 0.022 0.009 0.003 0.021 0.003 0.005 0.770 0.074 0.061 0.014 98 M 0.006 0.033 0.007 0.002 0.019 0.002 0.003 0.846 0.063 0.016 0.002 99 D 0.005 0.006 0.002 0.001 0.008 0.001 0.004 0.939 0.027 0.005 0.002 100 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.956 0.028 0.005 0.001 101 Y 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.954 0.026 0.008 0.001 102 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.945 0.040 0.007 0.001 103 T 0.002 0.009 0.002 0.001 0.007 0.003 0.013 0.935 0.024 0.003 0.001 104 K 0.006 0.004 0.003 0.001 0.006 0.002 0.017 0.897 0.031 0.028 0.004 105 L 0.007 0.012 0.006 0.003 0.008 0.007 0.013 0.866 0.057 0.018 0.003 106 N 0.015 0.040 0.011 0.009 0.030 0.006 0.011 0.722 0.111 0.037 0.008 107 D 0.007 0.030 0.017 0.005 0.016 0.008 0.037 0.721 0.136 0.020 0.003 108 S 0.014 0.019 0.013 0.005 0.022 0.009 0.087 0.679 0.096 0.047 0.009 109 I 0.064 0.064 0.019 0.011 0.071 0.020 0.056 0.389 0.138 0.131 0.037 110 G 0.052 0.071 0.045 0.041 0.058 0.033 0.039 0.269 0.133 0.208 0.052 111 R 0.030 0.186 0.118 0.043 0.090 0.037 0.050 0.241 0.108 0.081 0.017 112 D 0.112 0.145 0.077 0.018 0.174 0.016 0.044 0.180 0.084 0.089 0.061