# TARGET T0283 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0283.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.04591 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.451 0.288 0.146 0.074 0.030 0.009 0.001 2 S 0.393 0.377 0.160 0.052 0.014 0.004 0.001 3 F 0.068 0.091 0.160 0.294 0.266 0.114 0.007 4 I 0.083 0.103 0.167 0.287 0.259 0.095 0.006 5 E 0.370 0.394 0.170 0.055 0.010 0.001 0.001 6 K 0.166 0.224 0.262 0.238 0.092 0.017 0.001 7 M 0.076 0.060 0.099 0.217 0.327 0.210 0.010 8 I 0.169 0.220 0.257 0.226 0.103 0.023 0.001 9 G 0.448 0.347 0.139 0.050 0.013 0.002 0.001 10 S 0.222 0.301 0.240 0.152 0.066 0.017 0.001 11 L 0.273 0.183 0.186 0.204 0.120 0.032 0.002 12 N 0.592 0.274 0.091 0.031 0.009 0.002 0.001 13 D 0.462 0.280 0.157 0.075 0.022 0.003 0.001 14 K 0.379 0.264 0.177 0.118 0.049 0.012 0.001 15 R 0.434 0.283 0.156 0.084 0.034 0.009 0.001 16 E 0.338 0.332 0.195 0.099 0.029 0.007 0.001 17 W 0.155 0.172 0.215 0.263 0.155 0.037 0.001 18 K 0.602 0.243 0.097 0.040 0.015 0.004 0.001 19 A 0.515 0.299 0.119 0.050 0.013 0.003 0.001 20 M 0.186 0.114 0.170 0.253 0.211 0.062 0.003 21 E 0.307 0.280 0.240 0.130 0.036 0.006 0.001 22 A 0.523 0.349 0.094 0.027 0.006 0.001 0.001 23 R 0.180 0.190 0.251 0.232 0.122 0.024 0.001 24 A 0.134 0.083 0.110 0.285 0.311 0.075 0.001 25 K 0.306 0.463 0.189 0.038 0.003 0.001 0.001 26 A 0.524 0.311 0.121 0.037 0.006 0.001 0.001 27 L 0.135 0.116 0.159 0.269 0.248 0.071 0.001 28 P 0.239 0.259 0.238 0.184 0.068 0.011 0.001 29 K 0.571 0.267 0.100 0.044 0.016 0.002 0.001 30 E 0.199 0.319 0.275 0.158 0.039 0.009 0.001 31 Y 0.100 0.096 0.116 0.269 0.315 0.101 0.003 32 H 0.351 0.346 0.213 0.074 0.015 0.002 0.001 33 H 0.532 0.337 0.093 0.029 0.007 0.001 0.001 34 A 0.192 0.121 0.176 0.246 0.196 0.064 0.005 35 Y 0.082 0.073 0.108 0.283 0.306 0.141 0.007 36 K 0.191 0.410 0.253 0.110 0.030 0.006 0.001 37 A 0.056 0.154 0.311 0.322 0.132 0.024 0.001 38 I 0.006 0.008 0.014 0.053 0.268 0.554 0.097 39 Q 0.010 0.071 0.181 0.333 0.256 0.135 0.015 40 K 0.044 0.345 0.307 0.196 0.084 0.021 0.002 41 Y 0.004 0.012 0.061 0.292 0.428 0.183 0.018 42 M 0.008 0.025 0.037 0.103 0.221 0.432 0.173 43 W 0.020 0.078 0.126 0.217 0.288 0.223 0.047 44 T 0.071 0.196 0.266 0.244 0.153 0.055 0.015 45 S 0.085 0.131 0.159 0.221 0.194 0.152 0.058 46 G 0.128 0.143 0.160 0.210 0.192 0.140 0.026 47 G 0.277 0.215 0.175 0.153 0.110 0.056 0.015 48 P 0.299 0.209 0.151 0.146 0.104 0.070 0.022 49 T 0.242 0.180 0.159 0.172 0.133 0.088 0.027 50 D 0.383 0.281 0.156 0.095 0.049 0.027 0.009 51 W 0.148 0.187 0.196 0.206 0.159 0.088 0.016 52 Q 0.319 0.284 0.180 0.117 0.068 0.026 0.006 53 D 0.169 0.261 0.246 0.177 0.091 0.043 0.013 54 T 0.061 0.078 0.114 0.223 0.271 0.211 0.043 55 K 0.064 0.166 0.253 0.261 0.170 0.075 0.011 56 R 0.029 0.125 0.244 0.285 0.209 0.094 0.014 57 I 0.004 0.008 0.023 0.084 0.277 0.509 0.096 58 F 0.003 0.009 0.022 0.092 0.304 0.487 0.084 59 G 0.013 0.092 0.260 0.324 0.202 0.097 0.013 60 G 0.008 0.032 0.122 0.306 0.344 0.171 0.018 61 I 0.003 0.005 0.007 0.015 0.079 0.502 0.389 62 L 0.002 0.005 0.015 0.066 0.216 0.496 0.200 63 D 0.008 0.041 0.131 0.251 0.262 0.204 0.103 64 L 0.005 0.011 0.025 0.086 0.227 0.449 0.198 65 F 0.006 0.012 0.014 0.039 0.132 0.474 0.324 66 E 0.016 0.040 0.081 0.181 0.279 0.312 0.092 67 E 0.072 0.208 0.243 0.235 0.144 0.073 0.025 68 G 0.065 0.140 0.169 0.246 0.218 0.137 0.025 69 A 0.042 0.137 0.213 0.280 0.219 0.099 0.010 70 A 0.159 0.194 0.212 0.223 0.151 0.055 0.006 71 E 0.456 0.320 0.150 0.057 0.014 0.002 0.001 72 G 0.586 0.273 0.098 0.034 0.007 0.001 0.001 73 K 0.444 0.284 0.170 0.077 0.021 0.003 0.001 74 K 0.405 0.398 0.147 0.040 0.009 0.001 0.001 75 V 0.050 0.075 0.173 0.352 0.282 0.065 0.003 76 T 0.212 0.370 0.235 0.124 0.046 0.013 0.001 77 D 0.160 0.283 0.255 0.178 0.088 0.032 0.004 78 L 0.060 0.070 0.114 0.254 0.303 0.177 0.021 79 T 0.070 0.170 0.207 0.214 0.182 0.132 0.025 80 G 0.068 0.139 0.179 0.286 0.217 0.096 0.014 81 E 0.163 0.340 0.271 0.139 0.059 0.023 0.004 82 D 0.031 0.122 0.251 0.307 0.212 0.071 0.006 83 V 0.007 0.012 0.024 0.080 0.274 0.503 0.099 84 A 0.029 0.130 0.262 0.323 0.190 0.061 0.004 85 A 0.038 0.230 0.370 0.257 0.084 0.019 0.002 86 F 0.003 0.008 0.026 0.131 0.370 0.428 0.034 87 C 0.004 0.013 0.034 0.122 0.358 0.416 0.053 88 D 0.084 0.319 0.325 0.187 0.066 0.018 0.001 89 E 0.032 0.206 0.367 0.301 0.084 0.010 0.001 90 L 0.004 0.017 0.051 0.217 0.447 0.255 0.009 91 M 0.014 0.076 0.232 0.404 0.242 0.031 0.001 92 K 0.578 0.351 0.061 0.009 0.001 0.001 0.001 93 D 0.588 0.296 0.093 0.021 0.002 0.001 0.001 94 T 0.550 0.273 0.113 0.051 0.012 0.001 0.001 95 K 0.558 0.284 0.119 0.032 0.006 0.001 0.001 96 T 0.595 0.295 0.079 0.025 0.006 0.001 0.001 97 W 0.093 0.139 0.211 0.320 0.195 0.040 0.001 98 M 0.083 0.210 0.276 0.274 0.128 0.027 0.001 99 D 0.337 0.377 0.194 0.073 0.016 0.003 0.001 100 K 0.244 0.348 0.250 0.116 0.035 0.006 0.001 101 Y 0.042 0.083 0.151 0.284 0.308 0.125 0.006 102 R 0.057 0.160 0.272 0.313 0.160 0.035 0.002 103 T 0.358 0.426 0.158 0.046 0.011 0.002 0.001 104 K 0.172 0.343 0.294 0.149 0.036 0.006 0.001 105 L 0.022 0.030 0.071 0.251 0.421 0.198 0.007 106 N 0.086 0.194 0.317 0.283 0.105 0.014 0.001 107 D 0.484 0.402 0.090 0.019 0.003 0.001 0.001 108 S 0.195 0.261 0.300 0.188 0.049 0.006 0.001 109 I 0.107 0.093 0.150 0.306 0.271 0.071 0.002 110 G 0.319 0.312 0.221 0.113 0.031 0.004 0.001 111 R 0.725 0.220 0.043 0.011 0.002 0.001 0.001 112 D 0.753 0.169 0.053 0.019 0.005 0.001 0.001