PFRMAT RR TARGET T0283 AUTHOR XXXX-XXXX-XXXX REMARK From group SAM-TO6 under the direction of REMARK Kevin Karplus. REMARK Residue-residue contact predictions REMARK by George Shackelford and Kevin Karplus REMARK The value given is an approximation of the probability REMARK as provided by the neural network. REMARK The predictions are limited to a score >= .18 which REMARK is an approximation of the probability. REMARK METHOD The predictor is an artificial neural network. METHOD NN: logseploglen.5xt04_ent.5xnearNS_str2.miRpz_entR_pplR.n45.net METHOD Inputs may include separation and sequence length, METHOD e-value statistic based on mutual information values, METHOD a statistic based on propensity of residues in contact. METHOD Other inputs are distributions from alignments and METHOD secondary predictions from SAM-t04 and/or SAM-t06 of METHOD the University of California, Santa Cruz MODEL 1 MSFIEKMIGSLNDKREWKAMEARAKALPKEYHHAYKAIQKYMWTSGGPTD WQDTKRIFGGILDLFEEGAAEGKKVTDLTGEDVAAFCDELMKDTKTWMDK YRTKLNDSIGRD 3 17 0 8 0.179785277795 3 20 0 8 0.193089666869 3 34 0 8 0.179945685323 3 41 0 8 0.178494859427 3 42 0 8 0.18127547349 3 57 0 8 0.182891262097 4 17 0 8 0.25114775621 4 20 0 8 0.251468571266 4 21 0 8 0.182067750022 4 24 0 8 0.238056159273 4 27 0 8 0.178606461419 4 31 0 8 0.201125986403 4 34 0 8 0.204685211448 4 35 0 8 0.198051563014 4 38 0 8 0.248178427409 4 41 0 8 0.213313379446 4 42 0 8 0.22190803431 4 45 0 8 0.336835085745 4 54 0 8 0.243318697519 4 57 0 8 0.18696554823 4 61 0 8 0.203438718062 4 65 0 8 0.230208879848 4 87 0 8 0.21477494256 4 90 0 8 0.177731215476 6 20 0 8 0.203919615275 6 23 0 8 0.182474137451 6 42 0 8 0.195440792216 7 17 0 8 0.246540188255 7 20 0 8 0.263117801934 7 23 0 8 0.191326160174 7 24 0 8 0.392741226563 7 27 0 8 0.200979569795 7 31 0 8 0.197302560724 7 32 0 8 0.192782517363 7 34 0 8 0.220142575393 7 35 0 8 0.235750585759 7 38 0 8 0.26512663779 7 41 0 8 0.212921633678 7 42 0 8 0.256291534319 7 56 0 8 0.177868196347 7 57 0 8 0.246349521295 7 58 0 8 0.215528500033 7 61 0 8 0.234296831531 7 62 0 8 0.246620554704 7 64 0 8 0.253917307685 7 65 0 8 0.210924185781 7 75 0 8 0.209097882629 7 78 0 8 0.211243699356 7 83 0 8 0.206928964616 7 86 0 8 0.180810194048 7 87 0 8 0.214100450054 7 90 0 8 0.249628277194 7 105 0 8 0.211518637208 8 17 0 8 0.18343983632 8 20 0 8 0.218299352989 8 24 0 8 0.213384635528 8 34 0 8 0.187125955758 8 41 0 8 0.184197298237 8 42 0 8 0.181662664075 11 20 0 8 0.194085625171 11 24 0 8 0.194976488885 11 58 0 8 0.222638165126 14 23 0 8 0.214976997478 14 24 0 8 0.212637260089 14 34 0 8 0.190278142634 14 41 0 8 0.239579542732 14 68 0 8 0.217639502144 17 27 0 8 0.222024516855 17 28 0 8 0.182471209119 17 31 0 8 0.216036402976 17 34 0 8 0.233068884249 17 35 0 8 0.240872889432 17 38 0 8 0.30042091 17 39 0 8 0.199422998572 17 41 0 8 0.21896733809 17 42 0 8 0.253037831929 17 45 0 8 0.242249856284 17 54 0 8 0.246875970342 17 57 0 8 0.20869051909 17 58 0 8 0.199263892525 17 60 0 8 0.189036204431 17 61 0 8 0.236887754744 17 62 0 8 0.206482882018 17 64 0 8 0.209622379455 17 65 0 8 0.226764835868 17 69 0 8 0.18424219933 17 70 0 8 0.191178767455 17 75 0 8 0.182689207179 17 86 0 8 0.193448875613 17 87 0 8 0.279713490196 17 90 0 8 0.24936407656 17 101 0 8 0.180775054062 17 105 0 8 0.182006905787 18 34 0 8 0.189888674458 18 41 0 8 0.185221889119 20 31 0 8 0.222568210525 20 34 0 8 0.236226927789 20 35 0 8 0.241184919491 20 38 0 8 0.265126312419 20 39 0 8 0.227845390432 20 41 0 8 0.226288168468 20 42 0 8 0.265131518343 20 43 0 8 0.193506791516 20 45 0 8 0.194352754137 20 54 0 8 0.200447589454 20 56 0 8 0.197012330471 20 57 0 8 0.254281722353 20 58 0 8 0.225072585255 20 61 0 8 0.232767266037 20 62 0 8 0.233061726104 20 64 0 8 0.226081232996 20 65 0 8 0.256850195019 20 68 0 8 0.180650111891 20 75 0 8 0.194019249642 20 86 0 8 0.187799797523 20 87 0 8 0.222934577414 20 90 0 8 0.226014857467 20 101 0 8 0.194178030319 20 105 0 8 0.25026242379 21 31 0 8 0.232151990915 21 45 0 8 0.238032407245 21 54 0 8 0.181829253637 21 56 0 8 0.19367565867 21 58 0 8 0.178574575136 21 67 0 8 0.198804795118 21 69 0 8 0.207695862269 21 74 0 8 0.215709405886 21 104 0 8 0.186272509621 23 34 0 8 0.222576344781 23 35 0 8 0.202012620304 23 37 0 8 0.194918572983 23 38 0 8 0.221093957972 23 39 0 8 0.184813549469 23 41 0 8 0.222666797707 23 42 0 8 0.231161563908 23 57 0 8 0.195900214994 23 58 0 8 0.178696263605 23 61 0 8 0.187470848211 23 62 0 8 0.189566557921 23 64 0 8 0.201138025102 23 65 0 8 0.184098060314 23 86 0 8 0.192055314879 23 90 0 8 0.181021684704 24 34 0 8 0.264805822734 24 35 0 8 0.265829762876 24 38 0 8 0.278429694595 24 39 0 8 0.229001756261 24 41 0 8 0.230500736952 24 42 0 8 0.313768190972 24 45 0 8 0.230862548658 24 51 0 8 0.223992030691 24 54 0 8 0.210436130422 24 55 0 8 0.240222148954 24 57 0 8 0.258580513951 24 58 0 8 0.277907278378 24 61 0 8 0.249412556726 24 62 0 8 0.246296160576 24 64 0 8 0.260086327417 24 65 0 8 0.218894455156 24 68 0 8 0.191408804214 24 69 0 8 0.196145544154 24 70 0 8 0.202560869157 24 75 0 8 0.246775430938 24 83 0 8 0.203606609105 24 86 0 8 0.182151370174 24 87 0 8 0.224908273284 24 90 0 8 0.243093866684 24 97 0 8 0.186939193241 24 105 0 8 0.217283872473 25 35 0 8 0.235820865731 25 41 0 8 0.19394831893 25 45 0 8 0.205895588737 25 47 0 8 0.211737286008 27 37 0 8 0.178480543137 27 38 0 8 0.266162942001 27 41 0 8 0.220965762098 27 42 0 8 0.239789406536 27 45 0 8 0.181699105541 27 54 0 8 0.177258127149 27 57 0 8 0.227683681423 27 58 0 8 0.191295575371 27 61 0 8 0.226187629064 27 62 0 8 0.233806823951 27 64 0 8 0.215958314119 27 65 0 8 0.19766437243 27 75 0 8 0.194618906993 27 78 0 8 0.19623567171 27 83 0 8 0.199442195416 27 86 0 8 0.204514066702 27 87 0 8 0.190331503353 27 90 0 8 0.20276975685 27 105 0 8 0.191032025478 28 38 0 8 0.23607888433 28 41 0 8 0.200256271754 28 42 0 8 0.211142834582 28 87 0 8 0.202146672843 30 41 0 8 0.188787946939 31 41 0 8 0.243307960301 31 42 0 8 0.28363292233 31 43 0 8 0.242832919752 31 45 0 8 0.212661012117 31 51 0 8 0.183783427293 31 54 0 8 0.196682730419 31 57 0 8 0.250558510707 31 58 0 8 0.228707946935 31 61 0 8 0.240389714627 31 62 0 8 0.261348438574 31 64 0 8 0.241009544932 31 65 0 8 0.235223485972 31 67 0 8 0.179457955335 31 68 0 8 0.205291701573 31 69 0 8 0.199459114668 31 70 0 8 0.205496684824 31 75 0 8 0.240750550222 31 83 0 8 0.186074684516 31 86 0 8 0.211740865081 31 87 0 8 0.225863560306 31 90 0 8 0.228412836129 31 105 0 8 0.227707758821 31 109 0 8 0.190345168903 32 45 0 8 0.217479419987 32 60 0 8 0.193278056238 33 42 0 8 0.210714647347 34 45 0 8 0.195287868204 34 49 0 8 0.178441824078 34 54 0 8 0.183190928087 34 57 0 8 0.232906199129 34 58 0 8 0.20585914727 34 61 0 8 0.232929625787 34 62 0 8 0.220844398999 34 64 0 8 0.203738709422 34 65 0 8 0.220637463527 34 68 0 8 0.197159723189 34 86 0 8 0.181916452861 34 87 0 8 0.202611626914 34 90 0 8 0.238250730676 34 91 0 8 0.185847901459 34 105 0 8 0.178078385521 35 44 0 8 0.183008395383 35 45 0 8 0.236425729005 35 47 0 8 0.205551997764 35 48 0 8 0.189103556071 35 51 0 8 0.231748531819 35 53 0 8 0.186594951528 35 54 0 8 0.234021568309 35 55 0 8 0.186594951528 35 56 0 8 0.181341523649 35 57 0 8 0.261557651638 35 58 0 8 0.239724657859 35 61 0 8 0.29587496144 35 62 0 8 0.24006662198 35 64 0 8 0.264305403306 35 65 0 8 0.245650951392 35 68 0 8 0.227862960425 35 69 0 8 0.207338605747 35 70 0 8 0.213909457724 35 75 0 8 0.239272393226 35 78 0 8 0.213409363667 35 83 0 8 0.26947923348 35 85 0 8 0.20200676364 35 86 0 8 0.195133968081 35 87 0 8 0.232478988006 35 90 0 8 0.238278387146 35 91 0 8 0.223990078469 35 101 0 8 0.188410842832 35 105 0 8 0.224767713341 36 45 0 8 0.179145274535 38 51 0 8 0.207281991325 38 54 0 8 0.23999894497 38 57 0 8 0.418188355447 38 58 0 8 0.256255743593 38 60 0 8 0.194478347049 38 61 0 8 0.3963804375 38 62 0 8 0.355421707182 38 64 0 8 0.339588183432 38 65 0 8 0.406187070296 38 68 0 8 0.235634103213 38 69 0 8 0.207876117382 38 70 0 8 0.210096769263 38 75 0 8 0.261236511212 38 78 0 8 0.260950836142 38 83 0 8 0.262299821153 38 86 0 8 0.237302601799 38 87 0 8 0.497853692557 38 90 0 8 0.393653789063 38 91 0 8 0.228016860548 38 101 0 8 0.190851770365 38 105 0 8 0.265874013229 38 109 0 8 0.24228629775 39 48 0 8 0.214537096915 39 53 0 8 0.207949000315 39 54 0 8 0.235488337346 39 55 0 8 0.205416643745 39 56 0 8 0.227025457429 39 61 0 8 0.231146922247 39 62 0 8 0.205863051713 39 65 0 8 0.211619176611 39 75 0 8 0.213242448734 39 87 0 8 0.197473054729 39 89 0 8 0.208097694514 39 90 0 8 0.219523395828 39 101 0 8 0.228395916876 41 51 0 8 0.187465642288 41 53 0 8 0.193384777676 41 54 0 8 0.208884439752 41 55 0 8 0.191549689528 41 57 0 8 0.24023028321 41 58 0 8 0.219428713089 41 61 0 8 0.252472663824 41 62 0 8 0.231626192609 41 64 0 8 0.233585246818 41 65 0 8 0.241912772716 41 68 0 8 0.270865296765 41 82 0 8 0.185271020025 41 83 0 8 0.231742349784 41 84 0 8 0.212401692036 41 86 0 8 0.202363044052 41 87 0 8 0.22175901474 41 90 0 8 0.215749426426 41 91 0 8 0.210535042975 41 101 0 8 0.236047648787 41 105 0 8 0.198783646052 42 51 0 8 0.227159184598 42 54 0 8 0.227791378972 42 55 0 8 0.178126540317 42 56 0 8 0.209009707294 42 57 0 8 0.398511326753 42 58 0 8 0.445453589139 42 61 0 8 0.354743531308 42 62 0 8 0.25828019722 42 64 0 8 0.255374640985 42 65 0 8 0.293312924147 42 68 0 8 0.22652308578 42 75 0 8 0.259915833412 42 78 0 8 0.218174085447 42 83 0 8 0.235854704236 42 86 0 8 0.216494524273 42 87 0 8 0.251074873277 42 90 0 8 0.484270129198 42 91 0 8 0.204397909526 42 101 0 8 0.18889792208 42 105 0 8 0.240263145604 42 109 0 8 0.191564005818 43 53 0 8 0.207495759572 43 54 0 8 0.252880027363 43 55 0 8 0.202010993453 43 56 0 8 0.197703416859 43 57 0 8 0.288508205497 43 58 0 8 0.235336714815 43 61 0 8 0.321129190939 43 62 0 8 0.30064048 43 64 0 8 0.254565119831 43 65 0 8 0.258308829801 43 67 0 8 0.196769604273 43 68 0 8 0.202502627884 43 69 0 8 0.197428804377 43 70 0 8 0.326247555312 43 75 0 8 0.255860418752 43 78 0 8 0.203399348263 43 82 0 8 0.179019030882 43 83 0 8 0.208702883159 43 86 0 8 0.221651967932 43 87 0 8 0.224912177727 43 90 0 8 0.23945394982 43 101 0 8 0.194204059938 43 104 0 8 0.181025914517 43 105 0 8 0.259962035985 43 109 0 8 0.180432113831 45 54 0 8 0.259871908429 45 55 0 8 0.1800224727 45 56 0 8 0.180119758401 45 57 0 8 0.197481514356 45 58 0 8 0.179673350433 45 60 0 8 0.191588083216 45 61 0 8 0.190761642809 45 87 0 8 0.218768211503 47 84 0 8 0.190675094325 48 59 0 8 0.215955711157 49 61 0 8 0.188253363636 51 61 0 8 0.227921201697 51 62 0 8 0.191472902151 51 64 0 8 0.200939223886 51 65 0 8 0.184620930288 51 67 0 8 0.225965726561 51 68 0 8 0.179866294985 51 75 0 8 0.201862624624 51 78 0 8 0.186408189011 51 82 0 8 0.188035365576 51 86 0 8 0.178384558916 51 87 0 8 0.18146646582 51 100 0 8 0.176999457809 54 64 0 8 0.207022345874 54 65 0 8 0.226287192357 54 68 0 8 0.194224883633 54 69 0 8 0.178399200577 54 70 0 8 0.183806528579 54 75 0 8 0.208511565459 54 86 0 8 0.177811907296 54 87 0 8 0.255564331835 54 90 0 8 0.188812024337 55 64 0 8 0.183695577328 55 74 0 8 0.252743371862 55 104 0 8 0.198442332671 57 68 0 8 0.232941339115 57 70 0 8 0.183874205589 57 75 0 8 0.260924481153 57 78 0 8 0.227943326874 57 82 0 8 0.189503436095 57 83 0 8 0.247062407489 57 84 0 8 0.182503746142 57 86 0 8 0.22213969792 57 87 0 8 0.237832629919 57 90 0 8 0.284672007782 57 91 0 8 0.208801144971 57 105 0 8 0.30084879 57 109 0 8 0.202737870567 58 68 0 8 0.244795878404 58 69 0 8 0.204323074372 58 70 0 8 0.212582272519 58 74 0 8 0.187293521431 58 75 0 8 0.25803519343 58 78 0 8 0.236177471513 58 83 0 8 0.227158533857 58 86 0 8 0.211386536891 58 87 0 8 0.231822390863 58 90 0 8 0.248185585554 58 101 0 8 0.188930133733 58 105 0 8 0.227768277685 60 75 0 8 0.188155752565 60 87 0 8 0.204684235337 61 70 0 8 0.190046479024 61 75 0 8 0.260942376516 61 78 0 8 0.256729808031 61 83 0 8 0.567306737042 61 86 0 8 0.219750829625 61 87 0 8 0.245857561494 61 90 0 8 0.265643325729 61 91 0 8 0.230149987835 61 101 0 8 0.21504792819 61 105 0 8 0.245630127697 62 74 0 8 0.197607432638 62 75 0 8 0.288175732984 62 76 0 8 0.197414162716 62 78 0 8 0.258176404114 62 82 0 8 0.191045040287 62 83 0 8 0.264309307749 62 84 0 8 0.184563339755 62 86 0 8 0.246461448658 62 87 0 8 0.259372139742 62 90 0 8 0.280581137255 62 91 0 8 0.221094934083 62 101 0 8 0.223298666712 62 104 0 8 0.246406135717 62 105 0 8 0.349056524462 62 109 0 8 0.200952564065 64 75 0 8 0.268028614951 64 78 0 8 0.226856915646 64 79 0 8 0.177452047811 64 82 0 8 0.187833961398 64 83 0 8 0.39773602791 64 86 0 8 0.237251844042 64 87 0 8 0.246794302412 64 90 0 8 0.258082372115 64 91 0 8 0.218769512984 64 101 0 8 0.191569211742 64 105 0 8 0.252015193267 65 75 0 8 0.265351143254 65 78 0 8 0.243924211534 65 83 0 8 0.262504153663 65 84 0 8 0.183478230008 65 86 0 8 0.245663640831 65 87 0 8 0.345656518014 65 90 0 8 0.351434947418 65 91 0 8 0.228697535088 65 101 0 8 0.21504727745 65 105 0 8 0.246550925473 66 75 0 8 0.246496263273 66 77 0 8 0.178605159938 66 78 0 8 0.205035309825 66 82 0 8 0.206038426272 66 83 0 8 0.187120424464 66 84 0 8 0.192476669339 66 86 0 8 0.206057297746 66 87 0 8 0.200722201936 66 90 0 8 0.193719909022 66 101 0 8 0.180901948456 68 78 0 8 0.204530009844 68 79 0 8 0.18910192922 68 82 0 8 0.177647920695 68 83 0 8 0.243062631141 68 84 0 8 0.212478804783 68 86 0 8 0.190772705397 68 87 0 8 0.237919503772 68 89 0 8 0.182638124051 68 90 0 8 0.21945832178 68 91 0 8 0.200125147548 68 101 0 8 0.190362088155 68 105 0 8 0.193788562143 69 87 0 8 0.184995431433 70 87 0 8 0.190229011728 75 84 0 8 0.218854109246 75 86 0 8 0.23878759157 75 87 0 8 0.246312754458 75 89 0 8 0.212263084314 75 90 0 8 0.259663346106 75 91 0 8 0.181351284756 75 97 0 8 0.19815405464 75 101 0 8 0.220037155436 75 105 0 8 0.209687453502 75 109 0 8 0.18139748733 76 85 0 8 0.202678978554 76 86 0 8 0.194719771767 76 87 0 8 0.197142478566 76 89 0 8 0.216216007348 76 90 0 8 0.177317995273 76 97 0 8 0.197388783837 76 101 0 8 0.189186200112 76 104 0 8 0.199278534186 77 86 0 8 0.180151319314 78 87 0 8 0.256624713444 78 90 0 8 0.262562720306 78 91 0 8 0.234220694895 78 97 0 8 0.204781195668 78 98 0 8 0.194758490825 78 101 0 8 0.197809162186 78 105 0 8 0.234442272028 78 109 0 8 0.186166438923 79 89 0 8 0.200987704051 79 90 0 8 0.212476201821 79 98 0 8 0.183508489441 80 97 0 8 0.187440263409 83 97 0 8 0.191127358958 83 101 0 8 0.242393344559 83 105 0 8 0.254597331484 83 109 0 8 0.193046717998 84 100 0 8 0.18093513622 84 101 0 8 0.19850805746 84 105 0 8 0.187701535711 86 97 0 8 0.204996590766 86 100 0 8 0.180769848139 86 101 0 8 0.220494625992 86 102 0 8 0.181339246057 86 105 0 8 0.25580250285 86 109 0 8 0.199224522726 87 97 0 8 0.19733835145 87 98 0 8 0.189399642988 87 100 0 8 0.192008461565 87 101 0 8 0.253253227027 87 105 0 8 0.262906636649 87 109 0 8 0.208204090583 88 101 0 8 0.200851048551 90 101 0 8 0.24955409278 90 102 0 8 0.202419658473 90 105 0 8 0.267735781736 90 109 0 8 0.251222265995 91 101 0 8 0.255035605196 91 105 0 8 0.259183750374 91 108 0 8 0.196624163776 91 109 0 8 0.223465256274 97 109 0 8 0.195046768857 END