# TARGET T0195 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0195.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 117 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.068 0.003 0.004 0.018 0.093 0.813 2 K 0.318 0.011 0.011 0.057 0.084 0.519 3 V 0.509 0.025 0.012 0.058 0.074 0.322 4 V 0.589 0.012 0.019 0.074 0.089 0.218 5 K 0.578 0.005 0.018 0.057 0.114 0.228 6 E 0.611 0.009 0.016 0.043 0.149 0.172 7 F 0.580 0.010 0.025 0.033 0.189 0.164 8 S 0.606 0.014 0.023 0.014 0.184 0.158 9 V 0.599 0.027 0.028 0.012 0.221 0.113 10 C 0.401 0.013 0.028 0.011 0.412 0.134 11 G 0.279 0.008 0.023 0.010 0.513 0.167 12 G 0.288 0.005 0.021 0.010 0.531 0.146 13 R 0.591 0.007 0.012 0.009 0.245 0.136 14 L 0.845 0.007 0.003 0.005 0.054 0.087 15 I 0.926 0.004 0.002 0.004 0.027 0.037 16 K 0.935 0.002 0.001 0.004 0.018 0.040 17 L 0.930 0.003 0.001 0.004 0.022 0.039 18 S 0.927 0.004 0.001 0.003 0.023 0.042 19 H 0.768 0.009 0.002 0.011 0.080 0.130 20 N 0.598 0.029 0.009 0.023 0.162 0.179 21 S 0.248 0.019 0.074 0.079 0.436 0.144 22 N 0.095 0.007 0.269 0.171 0.382 0.076 23 S 0.101 0.009 0.294 0.206 0.340 0.050 24 T 0.051 0.007 0.239 0.194 0.427 0.083 25 K 0.069 0.007 0.022 0.028 0.504 0.371 26 T 0.142 0.046 0.014 0.012 0.365 0.421 27 S 0.135 0.003 0.003 0.002 0.224 0.632 28 M 0.606 0.016 0.003 0.002 0.128 0.245 29 N 0.794 0.009 0.001 0.001 0.041 0.153 30 V 0.950 0.002 0.001 0.001 0.007 0.040 31 N 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 32 I 0.974 0.002 0.001 0.001 0.003 0.020 33 Y 0.936 0.005 0.001 0.001 0.010 0.048 34 L 0.569 0.014 0.001 0.002 0.065 0.349 35 P 0.179 0.012 0.019 0.011 0.257 0.522 36 K 0.022 0.008 0.568 0.033 0.230 0.139 37 H 0.011 0.004 0.772 0.032 0.140 0.042 38 Y 0.010 0.009 0.681 0.048 0.206 0.046 39 Y 0.019 0.028 0.267 0.115 0.352 0.220 40 A 0.009 0.010 0.104 0.129 0.515 0.233 41 Q 0.005 0.003 0.134 0.124 0.563 0.171 42 D 0.007 0.005 0.108 0.085 0.649 0.147 43 F 0.005 0.010 0.186 0.084 0.601 0.114 44 P 0.013 0.012 0.218 0.083 0.518 0.157 45 R 0.018 0.013 0.209 0.080 0.523 0.156 46 N 0.025 0.012 0.157 0.041 0.580 0.186 47 K 0.038 0.012 0.031 0.021 0.559 0.339 48 R 0.064 0.013 0.017 0.012 0.329 0.565 49 I 0.228 0.011 0.003 0.005 0.241 0.512 50 P 0.450 0.005 0.003 0.004 0.097 0.441 51 T 0.945 0.004 0.001 0.002 0.009 0.038 52 V 0.987 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 53 F 0.985 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 54 Y 0.968 0.001 0.002 0.006 0.007 0.017 55 L 0.891 0.005 0.003 0.012 0.025 0.063 56 S 0.453 0.009 0.007 0.026 0.162 0.342 57 G 0.092 0.016 0.006 0.005 0.421 0.460 58 L 0.089 0.033 0.009 0.004 0.527 0.338 59 T 0.043 0.037 0.011 0.005 0.502 0.403 60 C 0.026 0.062 0.008 0.019 0.418 0.466 61 T 0.015 0.015 0.004 0.027 0.344 0.595 62 P 0.004 0.002 0.029 0.755 0.155 0.055 63 D 0.004 0.001 0.032 0.787 0.156 0.020 64 N 0.011 0.004 0.041 0.760 0.164 0.021 65 A 0.017 0.005 0.020 0.841 0.083 0.033 66 S 0.023 0.006 0.021 0.840 0.065 0.046 67 E 0.028 0.005 0.018 0.787 0.097 0.065 68 K 0.011 0.002 0.009 0.796 0.088 0.094 69 A 0.005 0.003 0.005 0.684 0.103 0.200 70 F 0.002 0.002 0.004 0.862 0.041 0.089 71 W 0.003 0.001 0.004 0.951 0.021 0.021 72 Q 0.003 0.001 0.007 0.945 0.032 0.012 73 F 0.003 0.001 0.005 0.965 0.020 0.007 74 Q 0.003 0.001 0.005 0.974 0.013 0.004 75 A 0.003 0.001 0.012 0.965 0.017 0.003 76 D 0.002 0.001 0.014 0.954 0.021 0.008 77 K 0.006 0.001 0.018 0.921 0.033 0.021 78 Y 0.016 0.002 0.010 0.640 0.093 0.239 79 G 0.008 0.001 0.001 0.004 0.063 0.924 80 F 0.574 0.003 0.001 0.001 0.037 0.385 81 A 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 82 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 83 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 84 F 0.925 0.003 0.001 0.001 0.009 0.063 85 P 0.621 0.011 0.002 0.001 0.060 0.305 86 D 0.194 0.017 0.003 0.002 0.368 0.416 87 T 0.093 0.047 0.008 0.004 0.437 0.412 88 S 0.025 0.019 0.006 0.003 0.752 0.195 89 P 0.035 0.020 0.021 0.009 0.763 0.152 90 R 0.029 0.030 0.026 0.014 0.592 0.309 91 G 0.036 0.035 0.064 0.026 0.676 0.162 92 D 0.067 0.055 0.060 0.038 0.433 0.347 93 E 0.061 0.070 0.056 0.034 0.434 0.345 94 V 0.056 0.067 0.060 0.023 0.604 0.190 95 A 0.044 0.025 0.054 0.034 0.561 0.282 96 N 0.036 0.036 0.084 0.038 0.569 0.237 97 D 0.040 0.044 0.056 0.038 0.600 0.223 98 P 0.047 0.024 0.068 0.066 0.468 0.329 99 E 0.040 0.022 0.085 0.095 0.475 0.282 100 G 0.043 0.026 0.116 0.148 0.462 0.204 101 S 0.044 0.023 0.160 0.237 0.372 0.163 102 W 0.067 0.021 0.183 0.239 0.357 0.132 103 D 0.086 0.019 0.113 0.224 0.381 0.177 104 F 0.074 0.037 0.121 0.197 0.360 0.211 105 G 0.069 0.014 0.047 0.044 0.522 0.302 106 Q 0.061 0.015 0.071 0.023 0.508 0.322 107 G 0.085 0.018 0.050 0.014 0.467 0.366 108 A 0.171 0.018 0.056 0.029 0.388 0.339 109 G 0.315 0.023 0.031 0.029 0.228 0.373 110 F 0.507 0.031 0.024 0.040 0.153 0.245 111 Y 0.589 0.028 0.015 0.051 0.127 0.191 112 L 0.473 0.021 0.017 0.077 0.135 0.277 113 N 0.318 0.020 0.041 0.124 0.293 0.204 114 A 0.181 0.010 0.108 0.191 0.328 0.181 115 T 0.168 0.019 0.094 0.205 0.325 0.188 116 Q 0.116 0.020 0.090 0.282 0.314 0.179 117 E 0.110 0.012 0.040 0.205 0.334 0.299 118 P 0.100 0.023 0.066 0.237 0.317 0.256 119 Y 0.091 0.015 0.070 0.271 0.321 0.232 120 A 0.088 0.013 0.107 0.239 0.368 0.186 121 Q 0.063 0.011 0.094 0.240 0.355 0.237 122 H 0.056 0.011 0.039 0.216 0.347 0.332 123 Y 0.085 0.018 0.029 0.284 0.275 0.308 124 Q 0.097 0.018 0.014 0.258 0.193 0.420 125 M 0.065 0.011 0.023 0.666 0.116 0.119 126 Y 0.043 0.003 0.015 0.828 0.056 0.055 127 D 0.079 0.003 0.014 0.817 0.042 0.045 128 Y 0.073 0.006 0.015 0.829 0.034 0.043 129 I 0.075 0.005 0.017 0.801 0.028 0.074 130 H 0.058 0.003 0.030 0.797 0.038 0.073 131 K 0.014 0.001 0.036 0.879 0.028 0.043 132 E 0.007 0.003 0.035 0.904 0.018 0.033 133 L 0.003 0.001 0.011 0.960 0.008 0.017 134 P 0.001 0.001 0.006 0.980 0.007 0.007 135 Q 0.001 0.001 0.005 0.980 0.009 0.006 136 T 0.001 0.001 0.007 0.985 0.006 0.002 137 L 0.001 0.001 0.007 0.980 0.010 0.003 138 D 0.001 0.001 0.017 0.951 0.024 0.007 139 S 0.001 0.001 0.014 0.913 0.044 0.028 140 H 0.002 0.001 0.020 0.730 0.103 0.143 141 F 0.011 0.016 0.024 0.333 0.223 0.394 142 N 0.028 0.020 0.066 0.170 0.318 0.397 143 K 0.042 0.013 0.119 0.163 0.343 0.319 144 N 0.029 0.009 0.190 0.093 0.450 0.229 145 G 0.028 0.012 0.138 0.088 0.508 0.227 146 D 0.017 0.010 0.103 0.074 0.505 0.291 147 V 0.020 0.015 0.090 0.073 0.560 0.241 148 K 0.014 0.008 0.073 0.073 0.572 0.259 149 L 0.025 0.017 0.104 0.087 0.594 0.173 150 D 0.077 0.031 0.072 0.050 0.582 0.188 151 F 0.103 0.035 0.054 0.022 0.543 0.244 152 L 0.072 0.007 0.407 0.023 0.411 0.080 153 D 0.172 0.007 0.280 0.015 0.395 0.131 154 N 0.365 0.006 0.261 0.022 0.215 0.131 155 V 0.792 0.006 0.017 0.010 0.061 0.114 156 A 0.876 0.004 0.005 0.012 0.030 0.073 157 I 0.937 0.004 0.001 0.007 0.015 0.035 158 T 0.883 0.003 0.002 0.018 0.027 0.067 159 G 0.615 0.006 0.010 0.052 0.082 0.235 160 H 0.530 0.016 0.021 0.080 0.135 0.217 161 S 0.283 0.065 0.018 0.078 0.134 0.423 162 M 0.032 0.007 0.020 0.722 0.090 0.129 163 G 0.002 0.001 0.017 0.874 0.057 0.050 164 G 0.001 0.001 0.006 0.987 0.005 0.002 165 Y 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 166 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 167 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 168 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 169 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 170 G 0.001 0.001 0.002 0.994 0.004 0.001 171 Y 0.001 0.001 0.003 0.983 0.009 0.005 172 L 0.001 0.001 0.006 0.964 0.018 0.011 173 K 0.001 0.002 0.009 0.909 0.043 0.036 174 G 0.004 0.005 0.015 0.517 0.189 0.270 175 Y 0.003 0.003 0.009 0.035 0.196 0.754 176 S 0.010 0.020 0.008 0.051 0.288 0.623 177 G 0.011 0.003 0.011 0.040 0.223 0.712 178 K 0.057 0.010 0.063 0.098 0.336 0.435 179 R 0.374 0.014 0.101 0.073 0.222 0.216 180 Y 0.662 0.008 0.065 0.039 0.121 0.106 181 K 0.657 0.005 0.035 0.040 0.101 0.162 182 S 0.905 0.012 0.006 0.018 0.020 0.038 183 C 0.916 0.010 0.007 0.014 0.017 0.036 184 S 0.874 0.004 0.013 0.016 0.034 0.059 185 A 0.726 0.006 0.051 0.029 0.091 0.097 186 F 0.359 0.017 0.082 0.054 0.218 0.270 187 A 0.184 0.010 0.036 0.027 0.423 0.320 188 P 0.086 0.007 0.035 0.012 0.500 0.359 189 I 0.123 0.033 0.040 0.021 0.551 0.232 190 V 0.136 0.073 0.039 0.029 0.494 0.230 191 N 0.112 0.028 0.044 0.029 0.531 0.256 192 P 0.017 0.003 0.550 0.060 0.301 0.068 193 S 0.020 0.007 0.511 0.050 0.323 0.090 194 N 0.027 0.006 0.401 0.057 0.367 0.142 195 V 0.028 0.010 0.039 0.059 0.290 0.573 196 P 0.014 0.010 0.076 0.292 0.344 0.264 197 W 0.003 0.002 0.092 0.639 0.198 0.065 198 G 0.005 0.002 0.081 0.738 0.124 0.050 199 Q 0.005 0.002 0.086 0.804 0.073 0.031 200 K 0.009 0.001 0.060 0.837 0.050 0.043 201 A 0.015 0.007 0.056 0.857 0.044 0.021 202 F 0.016 0.005 0.068 0.822 0.059 0.029 203 K 0.012 0.001 0.086 0.792 0.074 0.033 204 G 0.006 0.002 0.079 0.769 0.087 0.057 205 Y 0.011 0.008 0.059 0.682 0.143 0.097 206 L 0.015 0.012 0.039 0.495 0.210 0.229 207 G 0.007 0.006 0.031 0.176 0.355 0.424 208 E 0.005 0.005 0.108 0.213 0.392 0.277 209 E 0.007 0.007 0.111 0.218 0.423 0.235 210 K 0.006 0.007 0.118 0.240 0.457 0.172 211 A 0.007 0.006 0.089 0.343 0.352 0.203 212 Q 0.010 0.006 0.100 0.346 0.311 0.226 213 W 0.010 0.010 0.221 0.415 0.242 0.101 214 E 0.017 0.009 0.239 0.343 0.260 0.132 215 A 0.024 0.005 0.188 0.434 0.216 0.133 216 Y 0.027 0.008 0.055 0.478 0.189 0.243 217 D 0.018 0.010 0.021 0.425 0.172 0.354 218 P 0.003 0.001 0.017 0.922 0.031 0.027 219 C 0.005 0.001 0.014 0.927 0.035 0.019 220 L 0.004 0.001 0.021 0.932 0.030 0.012 221 L 0.006 0.001 0.013 0.951 0.017 0.011 222 I 0.006 0.001 0.017 0.946 0.021 0.009 223 K 0.005 0.001 0.025 0.915 0.037 0.018 224 N 0.005 0.001 0.022 0.807 0.084 0.081 225 I 0.007 0.007 0.025 0.492 0.217 0.252 226 R 0.008 0.011 0.048 0.207 0.349 0.376 227 H 0.012 0.006 0.045 0.066 0.521 0.350 228 V 0.029 0.008 0.108 0.076 0.500 0.278 229 G 0.056 0.016 0.067 0.053 0.377 0.431 230 D 0.084 0.027 0.037 0.039 0.254 0.558 231 D 0.099 0.023 0.016 0.024 0.139 0.699 232 R 0.233 0.010 0.026 0.041 0.133 0.556 233 I 0.692 0.014 0.017 0.038 0.060 0.178 234 L 0.834 0.013 0.013 0.033 0.026 0.081 235 I 0.855 0.012 0.011 0.030 0.034 0.059 236 H 0.786 0.005 0.012 0.033 0.050 0.114 237 V 0.420 0.005 0.014 0.039 0.157 0.365 238 G 0.176 0.020 0.014 0.027 0.306 0.456 239 D 0.065 0.022 0.024 0.052 0.475 0.362 240 S 0.021 0.012 0.056 0.116 0.453 0.342 241 D 0.010 0.012 0.086 0.182 0.482 0.228 242 P 0.004 0.003 0.184 0.405 0.305 0.099 243 F 0.010 0.006 0.103 0.367 0.345 0.169 244 L 0.007 0.008 0.141 0.448 0.278 0.118 245 E 0.007 0.003 0.208 0.417 0.265 0.101 246 E 0.005 0.002 0.228 0.390 0.299 0.076 247 H 0.006 0.007 0.149 0.458 0.296 0.085 248 L 0.006 0.010 0.052 0.461 0.262 0.209 249 K 0.003 0.004 0.014 0.165 0.275 0.540 250 P 0.001 0.001 0.027 0.890 0.059 0.024 251 E 0.001 0.001 0.016 0.903 0.062 0.018 252 L 0.001 0.001 0.011 0.944 0.029 0.014 253 L 0.001 0.001 0.003 0.977 0.006 0.013 254 L 0.001 0.001 0.002 0.989 0.005 0.003 255 E 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.002 256 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 257 V 0.001 0.001 0.006 0.989 0.004 0.001 258 K 0.001 0.001 0.015 0.979 0.005 0.001 259 A 0.001 0.001 0.011 0.933 0.032 0.023 260 T 0.001 0.001 0.014 0.714 0.073 0.197 261 S 0.002 0.003 0.002 0.011 0.091 0.892 262 W 0.011 0.024 0.007 0.003 0.333 0.622 263 Q 0.019 0.005 0.020 0.003 0.495 0.457 264 D 0.069 0.040 0.076 0.006 0.600 0.208 265 Y 0.216 0.009 0.024 0.002 0.307 0.443 266 V 0.591 0.004 0.011 0.003 0.129 0.262 267 E 0.841 0.012 0.002 0.001 0.032 0.112 268 I 0.908 0.012 0.001 0.002 0.015 0.063 269 K 0.896 0.006 0.002 0.002 0.022 0.072 270 K 0.807 0.020 0.002 0.002 0.036 0.133 271 V 0.311 0.016 0.006 0.003 0.460 0.204 272 H 0.074 0.008 0.004 0.002 0.724 0.188 273 G 0.025 0.010 0.003 0.001 0.848 0.113 274 F 0.046 0.052 0.005 0.002 0.796 0.099 275 D 0.117 0.034 0.008 0.007 0.389 0.445 276 H 0.368 0.025 0.015 0.012 0.303 0.277 277 S 0.531 0.023 0.011 0.021 0.154 0.261 278 Y 0.660 0.014 0.009 0.049 0.080 0.188 279 Y 0.852 0.005 0.006 0.035 0.034 0.068 280 F 0.889 0.007 0.003 0.031 0.019 0.051 281 V 0.880 0.003 0.006 0.028 0.033 0.050 282 S 0.751 0.008 0.017 0.055 0.070 0.100 283 T 0.460 0.014 0.028 0.061 0.178 0.258 284 F 0.237 0.025 0.033 0.102 0.240 0.363 285 V 0.041 0.005 0.046 0.643 0.150 0.115 286 P 0.003 0.001 0.030 0.896 0.057 0.015 287 E 0.001 0.001 0.012 0.934 0.038 0.013 288 H 0.001 0.002 0.004 0.971 0.009 0.012 289 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 290 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 291 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 292 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 293 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.006 0.001 294 R 0.001 0.001 0.003 0.972 0.017 0.008 295 N 0.001 0.001 0.005 0.916 0.044 0.033 296 L 0.001 0.004 0.018 0.730 0.098 0.148 297 G 0.002 0.005 0.026 0.117 0.197 0.654 298 L 0.003 0.004 0.031 0.108 0.145 0.709 299 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.978