# TARGET T0195 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0195.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 117 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 2 K 0.484 0.031 0.003 0.042 0.003 0.008 0.429 3 V 0.645 0.022 0.007 0.033 0.052 0.015 0.226 4 V 0.684 0.007 0.015 0.034 0.033 0.027 0.200 5 K 0.585 0.007 0.032 0.051 0.080 0.041 0.203 6 E 0.609 0.009 0.032 0.046 0.101 0.051 0.151 7 F 0.510 0.012 0.025 0.034 0.120 0.044 0.254 8 S 0.463 0.015 0.021 0.025 0.145 0.075 0.255 9 V 0.361 0.032 0.023 0.027 0.123 0.140 0.294 10 C 0.292 0.035 0.029 0.023 0.165 0.160 0.297 11 G 0.202 0.008 0.032 0.019 0.250 0.271 0.218 12 G 0.376 0.014 0.027 0.014 0.199 0.163 0.207 13 R 0.661 0.013 0.017 0.012 0.072 0.034 0.191 14 L 0.869 0.007 0.005 0.006 0.022 0.008 0.082 15 I 0.915 0.005 0.004 0.008 0.016 0.004 0.047 16 K 0.946 0.004 0.002 0.006 0.008 0.003 0.032 17 L 0.918 0.004 0.003 0.009 0.009 0.005 0.053 18 S 0.892 0.006 0.003 0.008 0.016 0.008 0.067 19 H 0.714 0.009 0.005 0.013 0.047 0.023 0.188 20 N 0.475 0.018 0.008 0.018 0.109 0.045 0.327 21 S 0.200 0.018 0.075 0.092 0.152 0.112 0.350 22 N 0.075 0.016 0.146 0.147 0.154 0.331 0.132 23 S 0.055 0.014 0.206 0.157 0.129 0.328 0.111 24 T 0.041 0.016 0.100 0.091 0.200 0.425 0.127 25 K 0.030 0.007 0.030 0.031 0.184 0.532 0.187 26 T 0.109 0.033 0.015 0.017 0.361 0.086 0.379 27 S 0.167 0.015 0.007 0.004 0.167 0.071 0.569 28 M 0.472 0.010 0.002 0.002 0.170 0.009 0.335 29 N 0.729 0.004 0.001 0.001 0.068 0.002 0.195 30 V 0.943 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.051 31 N 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 32 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 33 Y 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.041 34 L 0.801 0.008 0.001 0.001 0.018 0.001 0.171 35 P 0.334 0.010 0.006 0.002 0.064 0.010 0.573 36 K 0.103 0.009 0.079 0.013 0.184 0.161 0.450 37 H 0.066 0.020 0.110 0.024 0.243 0.216 0.320 38 Y 0.041 0.028 0.078 0.026 0.185 0.080 0.563 39 Y 0.037 0.028 0.063 0.032 0.171 0.118 0.551 40 A 0.028 0.021 0.078 0.046 0.230 0.294 0.303 41 Q 0.031 0.017 0.087 0.054 0.262 0.307 0.242 42 D 0.043 0.020 0.087 0.065 0.261 0.230 0.294 43 F 0.039 0.038 0.117 0.090 0.213 0.195 0.307 44 P 0.032 0.016 0.154 0.093 0.167 0.178 0.361 45 R 0.019 0.019 0.187 0.099 0.105 0.415 0.155 46 N 0.018 0.024 0.161 0.060 0.122 0.353 0.262 47 K 0.033 0.054 0.050 0.032 0.237 0.108 0.485 48 R 0.042 0.060 0.017 0.011 0.218 0.103 0.549 49 I 0.060 0.006 0.001 0.001 0.338 0.006 0.588 50 P 0.188 0.001 0.001 0.001 0.214 0.002 0.594 51 T 0.970 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.021 52 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 53 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 54 Y 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 55 L 0.878 0.002 0.001 0.001 0.013 0.002 0.103 56 S 0.354 0.005 0.007 0.003 0.175 0.023 0.433 57 G 0.080 0.013 0.016 0.002 0.365 0.068 0.455 58 L 0.083 0.041 0.036 0.005 0.361 0.103 0.371 59 T 0.068 0.047 0.020 0.007 0.289 0.065 0.504 60 C 0.022 0.025 0.027 0.022 0.372 0.074 0.458 61 T 0.010 0.013 0.016 0.037 0.263 0.062 0.599 62 P 0.003 0.004 0.109 0.473 0.088 0.256 0.068 63 D 0.003 0.003 0.106 0.527 0.058 0.240 0.065 64 N 0.005 0.007 0.111 0.601 0.069 0.124 0.084 65 A 0.012 0.011 0.047 0.714 0.048 0.066 0.103 66 S 0.019 0.011 0.058 0.686 0.047 0.080 0.099 67 E 0.021 0.007 0.050 0.714 0.037 0.090 0.081 68 K 0.021 0.006 0.025 0.688 0.040 0.096 0.124 69 A 0.017 0.006 0.019 0.624 0.058 0.160 0.116 70 F 0.022 0.011 0.017 0.496 0.072 0.205 0.178 71 W 0.008 0.004 0.018 0.843 0.028 0.022 0.078 72 Q 0.008 0.001 0.013 0.933 0.008 0.009 0.027 73 F 0.009 0.001 0.008 0.955 0.006 0.010 0.012 74 Q 0.005 0.001 0.004 0.971 0.004 0.009 0.008 75 A 0.002 0.001 0.007 0.971 0.004 0.011 0.004 76 D 0.002 0.001 0.018 0.940 0.003 0.034 0.003 77 K 0.002 0.001 0.029 0.796 0.009 0.156 0.007 78 Y 0.003 0.002 0.013 0.226 0.054 0.678 0.025 79 G 0.013 0.001 0.002 0.005 0.128 0.701 0.151 80 F 0.225 0.004 0.001 0.001 0.044 0.005 0.721 81 A 0.924 0.004 0.001 0.001 0.014 0.001 0.056 82 I 0.972 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 83 V 0.965 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 84 F 0.758 0.005 0.001 0.001 0.013 0.002 0.221 85 P 0.168 0.007 0.007 0.002 0.196 0.089 0.532 86 D 0.028 0.013 0.014 0.003 0.422 0.172 0.348 87 T 0.010 0.034 0.032 0.008 0.531 0.113 0.273 88 S 0.007 0.032 0.018 0.010 0.300 0.044 0.590 89 P 0.006 0.024 0.108 0.031 0.183 0.373 0.275 90 R 0.004 0.014 0.091 0.036 0.185 0.419 0.252 91 G 0.005 0.027 0.117 0.044 0.254 0.204 0.348 92 D 0.006 0.009 0.120 0.059 0.216 0.405 0.184 93 E 0.010 0.033 0.154 0.069 0.107 0.380 0.247 94 V 0.016 0.064 0.142 0.051 0.153 0.109 0.464 95 A 0.034 0.021 0.133 0.057 0.099 0.477 0.179 96 N 0.026 0.024 0.114 0.052 0.153 0.426 0.205 97 D 0.028 0.052 0.050 0.032 0.307 0.056 0.475 98 P 0.056 0.037 0.069 0.051 0.109 0.181 0.498 99 E 0.033 0.015 0.139 0.079 0.168 0.316 0.249 100 G 0.027 0.014 0.227 0.091 0.194 0.213 0.235 101 S 0.063 0.014 0.228 0.109 0.132 0.213 0.241 102 W 0.082 0.051 0.221 0.126 0.158 0.173 0.189 103 D 0.080 0.057 0.143 0.099 0.147 0.137 0.337 104 F 0.084 0.033 0.090 0.092 0.128 0.336 0.237 105 G 0.095 0.027 0.069 0.049 0.196 0.305 0.259 106 Q 0.078 0.025 0.063 0.026 0.209 0.335 0.264 107 G 0.100 0.034 0.068 0.020 0.195 0.361 0.222 108 A 0.242 0.046 0.051 0.023 0.150 0.126 0.363 109 G 0.367 0.027 0.045 0.024 0.118 0.134 0.286 110 F 0.590 0.041 0.028 0.028 0.085 0.082 0.146 111 Y 0.665 0.040 0.016 0.021 0.057 0.050 0.152 112 L 0.564 0.045 0.016 0.025 0.071 0.050 0.228 113 N 0.359 0.028 0.022 0.026 0.120 0.076 0.369 114 A 0.170 0.017 0.069 0.063 0.147 0.293 0.241 115 T 0.129 0.015 0.062 0.055 0.165 0.391 0.183 116 Q 0.150 0.036 0.044 0.058 0.332 0.114 0.267 117 E 0.107 0.029 0.025 0.052 0.209 0.041 0.535 118 P 0.083 0.024 0.083 0.126 0.122 0.175 0.388 119 Y 0.074 0.022 0.162 0.122 0.110 0.216 0.295 120 A 0.070 0.019 0.206 0.112 0.148 0.165 0.280 121 Q 0.062 0.011 0.167 0.121 0.138 0.309 0.192 122 H 0.072 0.011 0.068 0.073 0.209 0.292 0.276 123 Y 0.070 0.018 0.022 0.056 0.261 0.097 0.477 124 Q 0.111 0.042 0.010 0.075 0.144 0.065 0.554 125 M 0.051 0.009 0.065 0.586 0.065 0.089 0.136 126 Y 0.057 0.006 0.058 0.692 0.040 0.066 0.083 127 D 0.051 0.004 0.047 0.756 0.038 0.042 0.062 128 Y 0.069 0.008 0.037 0.779 0.022 0.037 0.049 129 I 0.037 0.006 0.036 0.802 0.016 0.053 0.050 130 H 0.013 0.001 0.032 0.883 0.014 0.035 0.022 131 K 0.004 0.001 0.029 0.901 0.012 0.041 0.012 132 E 0.002 0.003 0.026 0.894 0.012 0.045 0.018 133 L 0.003 0.003 0.015 0.900 0.011 0.031 0.036 134 P 0.001 0.001 0.015 0.962 0.003 0.016 0.002 135 Q 0.001 0.001 0.015 0.965 0.003 0.013 0.002 136 T 0.001 0.001 0.022 0.956 0.002 0.016 0.003 137 L 0.001 0.002 0.018 0.944 0.003 0.026 0.006 138 D 0.003 0.001 0.040 0.861 0.007 0.081 0.008 139 S 0.003 0.001 0.045 0.768 0.012 0.160 0.011 140 H 0.005 0.004 0.053 0.673 0.037 0.171 0.057 141 F 0.021 0.029 0.049 0.380 0.138 0.106 0.277 142 N 0.035 0.010 0.090 0.217 0.114 0.181 0.353 143 K 0.038 0.018 0.101 0.179 0.149 0.193 0.322 144 N 0.032 0.016 0.131 0.097 0.138 0.170 0.416 145 G 0.024 0.006 0.095 0.086 0.189 0.412 0.188 146 D 0.017 0.012 0.122 0.074 0.178 0.364 0.233 147 V 0.020 0.016 0.073 0.045 0.329 0.073 0.443 148 K 0.050 0.008 0.069 0.044 0.139 0.144 0.546 149 L 0.167 0.033 0.097 0.051 0.122 0.208 0.322 150 D 0.222 0.065 0.027 0.032 0.112 0.042 0.500 151 F 0.104 0.016 0.023 0.010 0.033 0.023 0.791 152 L 0.019 0.003 0.285 0.024 0.043 0.601 0.027 153 D 0.006 0.001 0.178 0.007 0.037 0.763 0.008 154 N 0.165 0.021 0.160 0.011 0.166 0.208 0.268 155 V 0.609 0.024 0.002 0.001 0.019 0.006 0.339 156 A 0.898 0.005 0.001 0.001 0.026 0.008 0.061 157 I 0.964 0.011 0.001 0.001 0.003 0.003 0.017 158 T 0.911 0.002 0.002 0.002 0.013 0.017 0.052 159 G 0.683 0.005 0.006 0.007 0.141 0.051 0.108 160 H 0.252 0.008 0.037 0.024 0.206 0.125 0.348 161 S 0.072 0.015 0.050 0.032 0.248 0.229 0.355 162 M 0.031 0.028 0.043 0.157 0.302 0.226 0.213 163 G 0.012 0.010 0.024 0.315 0.219 0.181 0.240 164 G 0.001 0.001 0.006 0.903 0.021 0.051 0.017 165 Y 0.001 0.001 0.002 0.981 0.002 0.011 0.003 166 G 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.004 0.002 167 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 168 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 169 C 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 170 G 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.001 171 Y 0.001 0.001 0.005 0.972 0.001 0.019 0.001 172 L 0.001 0.001 0.011 0.897 0.003 0.083 0.003 173 K 0.002 0.001 0.020 0.701 0.021 0.233 0.021 174 G 0.003 0.002 0.031 0.242 0.123 0.533 0.066 175 Y 0.006 0.005 0.022 0.074 0.131 0.572 0.188 176 S 0.016 0.018 0.018 0.022 0.066 0.080 0.780 177 G 0.008 0.004 0.170 0.070 0.089 0.325 0.334 178 K 0.015 0.003 0.177 0.042 0.045 0.658 0.060 179 R 0.075 0.014 0.213 0.054 0.107 0.376 0.162 180 Y 0.476 0.023 0.019 0.014 0.050 0.108 0.310 181 K 0.723 0.007 0.008 0.009 0.058 0.023 0.172 182 S 0.905 0.011 0.006 0.008 0.019 0.009 0.042 183 C 0.880 0.004 0.009 0.015 0.013 0.011 0.067 184 S 0.853 0.004 0.010 0.016 0.022 0.019 0.077 185 A 0.708 0.006 0.018 0.026 0.045 0.050 0.147 186 F 0.542 0.027 0.022 0.031 0.081 0.058 0.239 187 A 0.324 0.017 0.028 0.029 0.149 0.036 0.417 188 P 0.228 0.030 0.052 0.022 0.182 0.089 0.398 189 I 0.229 0.038 0.056 0.021 0.177 0.111 0.368 190 V 0.103 0.056 0.027 0.016 0.269 0.056 0.473 191 N 0.036 0.028 0.022 0.024 0.180 0.048 0.662 192 P 0.012 0.008 0.215 0.107 0.109 0.260 0.289 193 S 0.010 0.007 0.221 0.104 0.120 0.373 0.166 194 N 0.008 0.019 0.193 0.142 0.209 0.235 0.195 195 V 0.008 0.016 0.027 0.109 0.307 0.040 0.494 196 P 0.006 0.010 0.046 0.260 0.101 0.245 0.332 197 W 0.007 0.011 0.047 0.276 0.073 0.472 0.114 198 G 0.008 0.010 0.058 0.473 0.067 0.262 0.122 199 Q 0.006 0.004 0.048 0.757 0.059 0.045 0.081 200 K 0.012 0.005 0.053 0.830 0.019 0.036 0.045 201 A 0.008 0.005 0.043 0.826 0.021 0.062 0.035 202 F 0.011 0.004 0.031 0.840 0.017 0.062 0.034 203 K 0.012 0.003 0.066 0.795 0.024 0.065 0.035 204 G 0.012 0.003 0.056 0.798 0.026 0.078 0.027 205 Y 0.007 0.006 0.050 0.732 0.038 0.125 0.043 206 L 0.013 0.017 0.025 0.410 0.105 0.324 0.106 207 G 0.009 0.008 0.020 0.114 0.186 0.250 0.412 208 E 0.011 0.016 0.054 0.138 0.214 0.152 0.416 209 E 0.009 0.010 0.097 0.144 0.158 0.177 0.405 210 K 0.004 0.007 0.209 0.309 0.135 0.163 0.172 211 A 0.003 0.004 0.196 0.385 0.124 0.178 0.110 212 Q 0.004 0.005 0.162 0.432 0.082 0.184 0.131 213 W 0.003 0.004 0.265 0.381 0.056 0.154 0.137 214 E 0.007 0.003 0.281 0.408 0.046 0.160 0.094 215 A 0.016 0.005 0.196 0.438 0.056 0.164 0.125 216 Y 0.014 0.016 0.047 0.405 0.209 0.080 0.228 217 D 0.017 0.021 0.010 0.342 0.112 0.048 0.450 218 P 0.002 0.001 0.011 0.938 0.009 0.023 0.017 219 C 0.002 0.001 0.008 0.963 0.005 0.014 0.008 220 L 0.002 0.001 0.014 0.959 0.004 0.014 0.007 221 L 0.002 0.001 0.010 0.958 0.006 0.014 0.009 222 I 0.003 0.002 0.017 0.923 0.007 0.036 0.012 223 K 0.005 0.001 0.024 0.758 0.016 0.177 0.018 224 N 0.004 0.003 0.031 0.555 0.041 0.307 0.059 225 I 0.008 0.014 0.046 0.240 0.182 0.166 0.344 226 R 0.008 0.011 0.107 0.128 0.147 0.317 0.282 227 H 0.006 0.006 0.121 0.063 0.202 0.380 0.223 228 V 0.012 0.010 0.102 0.046 0.257 0.240 0.334 229 G 0.035 0.019 0.045 0.038 0.263 0.158 0.442 230 D 0.055 0.024 0.021 0.024 0.335 0.055 0.487 231 D 0.103 0.019 0.020 0.016 0.148 0.032 0.661 232 R 0.328 0.005 0.011 0.012 0.100 0.025 0.519 233 I 0.881 0.008 0.006 0.009 0.028 0.005 0.063 234 L 0.956 0.006 0.002 0.004 0.002 0.001 0.029 235 I 0.965 0.003 0.002 0.004 0.003 0.002 0.022 236 H 0.925 0.005 0.002 0.005 0.009 0.002 0.051 237 V 0.508 0.006 0.005 0.008 0.044 0.018 0.411 238 G 0.143 0.014 0.037 0.045 0.272 0.134 0.356 239 D 0.065 0.015 0.118 0.096 0.262 0.213 0.231 240 S 0.025 0.014 0.185 0.154 0.195 0.183 0.244 241 D 0.017 0.013 0.123 0.205 0.149 0.114 0.379 242 P 0.008 0.004 0.192 0.399 0.080 0.226 0.090 243 F 0.007 0.007 0.164 0.426 0.091 0.232 0.073 244 L 0.007 0.007 0.244 0.384 0.105 0.132 0.122 245 E 0.006 0.005 0.369 0.245 0.050 0.216 0.109 246 E 0.008 0.002 0.346 0.157 0.048 0.343 0.098 247 H 0.009 0.012 0.266 0.111 0.052 0.340 0.210 248 L 0.004 0.015 0.012 0.018 0.106 0.016 0.828 249 K 0.005 0.006 0.005 0.022 0.015 0.010 0.936 250 P 0.002 0.002 0.047 0.616 0.031 0.052 0.250 251 E 0.002 0.001 0.036 0.848 0.015 0.052 0.046 252 L 0.002 0.002 0.022 0.898 0.019 0.028 0.031 253 L 0.001 0.001 0.003 0.969 0.007 0.008 0.011 254 L 0.001 0.001 0.002 0.981 0.004 0.007 0.006 255 E 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.007 0.003 256 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.005 0.004 257 V 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.004 0.003 258 K 0.001 0.001 0.002 0.978 0.001 0.015 0.003 259 A 0.001 0.001 0.005 0.897 0.004 0.089 0.004 260 T 0.001 0.001 0.004 0.201 0.013 0.777 0.004 261 S 0.001 0.001 0.003 0.017 0.031 0.911 0.036 262 W 0.009 0.011 0.005 0.004 0.042 0.019 0.911 263 Q 0.035 0.020 0.076 0.005 0.167 0.257 0.439 264 D 0.034 0.004 0.096 0.004 0.272 0.497 0.094 265 Y 0.244 0.029 0.076 0.004 0.165 0.145 0.338 266 V 0.734 0.015 0.003 0.001 0.017 0.007 0.222 267 E 0.901 0.004 0.001 0.001 0.013 0.003 0.077 268 I 0.928 0.009 0.001 0.002 0.007 0.002 0.051 269 K 0.891 0.005 0.001 0.002 0.012 0.003 0.085 270 K 0.749 0.022 0.002 0.004 0.040 0.008 0.175 271 V 0.359 0.011 0.004 0.002 0.081 0.024 0.518 272 H 0.046 0.006 0.010 0.002 0.349 0.476 0.110 273 G 0.042 0.007 0.011 0.002 0.358 0.427 0.152 274 F 0.082 0.017 0.084 0.027 0.304 0.167 0.318 275 D 0.188 0.050 0.051 0.045 0.193 0.122 0.351 276 H 0.324 0.028 0.097 0.122 0.103 0.097 0.229 277 S 0.448 0.017 0.054 0.191 0.050 0.064 0.175 278 Y 0.424 0.006 0.032 0.322 0.040 0.087 0.089 279 Y 0.435 0.008 0.026 0.366 0.029 0.089 0.048 280 F 0.372 0.012 0.033 0.470 0.021 0.047 0.045 281 V 0.366 0.008 0.055 0.427 0.033 0.041 0.070 282 S 0.319 0.006 0.084 0.436 0.038 0.046 0.070 283 T 0.182 0.026 0.111 0.410 0.056 0.130 0.085 284 F 0.072 0.025 0.061 0.479 0.084 0.125 0.154 285 V 0.007 0.001 0.054 0.835 0.020 0.037 0.047 286 P 0.001 0.001 0.022 0.951 0.004 0.021 0.002 287 E 0.001 0.001 0.021 0.952 0.001 0.025 0.001 288 H 0.001 0.001 0.005 0.982 0.001 0.010 0.001 289 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 290 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 291 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 292 H 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.005 0.001 293 A 0.001 0.001 0.008 0.982 0.001 0.008 0.001 294 R 0.001 0.001 0.012 0.946 0.003 0.038 0.001 295 N 0.001 0.001 0.032 0.830 0.004 0.129 0.004 296 L 0.001 0.005 0.073 0.546 0.029 0.311 0.036 297 G 0.003 0.002 0.098 0.257 0.047 0.500 0.093 298 L 0.007 0.009 0.125 0.143 0.008 0.222 0.485 299 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995