# TARGET T0195 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0195.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 117 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.435 0.243 0.166 0.111 0.036 0.008 0.001 2 K 0.619 0.257 0.083 0.031 0.009 0.002 0.001 3 V 0.421 0.249 0.142 0.110 0.061 0.016 0.001 4 V 0.230 0.187 0.199 0.206 0.129 0.043 0.006 5 K 0.521 0.252 0.125 0.066 0.025 0.009 0.002 6 E 0.339 0.251 0.157 0.134 0.079 0.033 0.008 7 F 0.250 0.200 0.187 0.178 0.124 0.053 0.007 8 S 0.276 0.262 0.184 0.140 0.090 0.041 0.007 9 V 0.281 0.182 0.162 0.165 0.119 0.076 0.016 10 C 0.277 0.194 0.138 0.166 0.130 0.080 0.015 11 G 0.363 0.250 0.162 0.124 0.068 0.028 0.005 12 G 0.332 0.243 0.159 0.134 0.083 0.040 0.009 13 R 0.321 0.250 0.186 0.146 0.069 0.024 0.004 14 L 0.182 0.191 0.203 0.220 0.140 0.056 0.008 15 I 0.196 0.301 0.221 0.157 0.085 0.035 0.005 16 K 0.113 0.223 0.250 0.225 0.127 0.054 0.008 17 L 0.022 0.041 0.088 0.231 0.361 0.231 0.026 18 S 0.097 0.263 0.283 0.214 0.107 0.034 0.004 19 H 0.071 0.136 0.171 0.250 0.232 0.122 0.019 20 N 0.108 0.194 0.208 0.241 0.161 0.077 0.011 21 S 0.134 0.191 0.195 0.206 0.169 0.091 0.014 22 N 0.303 0.309 0.192 0.122 0.051 0.020 0.003 23 S 0.242 0.239 0.187 0.172 0.108 0.047 0.005 24 T 0.232 0.239 0.212 0.192 0.098 0.026 0.002 25 K 0.403 0.357 0.147 0.065 0.021 0.006 0.001 26 T 0.159 0.245 0.233 0.226 0.108 0.026 0.003 27 S 0.200 0.374 0.242 0.130 0.042 0.011 0.001 28 M 0.015 0.052 0.118 0.269 0.353 0.172 0.022 29 N 0.017 0.096 0.221 0.307 0.233 0.108 0.019 30 V 0.003 0.008 0.018 0.060 0.203 0.482 0.226 31 N 0.005 0.021 0.065 0.158 0.244 0.374 0.132 32 I 0.002 0.005 0.017 0.060 0.161 0.519 0.236 33 Y 0.005 0.022 0.071 0.172 0.292 0.335 0.104 34 L 0.005 0.021 0.075 0.212 0.366 0.286 0.035 35 P 0.024 0.077 0.142 0.267 0.333 0.142 0.015 36 K 0.237 0.336 0.255 0.125 0.037 0.009 0.001 37 H 0.339 0.333 0.177 0.102 0.040 0.009 0.001 38 Y 0.272 0.230 0.204 0.185 0.088 0.019 0.001 39 Y 0.511 0.241 0.135 0.076 0.030 0.007 0.001 40 A 0.674 0.209 0.077 0.029 0.008 0.002 0.001 41 Q 0.780 0.144 0.047 0.021 0.006 0.001 0.001 42 D 0.636 0.230 0.085 0.036 0.011 0.002 0.001 43 F 0.524 0.275 0.123 0.060 0.016 0.003 0.001 44 P 0.492 0.283 0.128 0.071 0.022 0.004 0.001 45 R 0.526 0.265 0.127 0.063 0.016 0.002 0.001 46 N 0.498 0.295 0.122 0.062 0.020 0.002 0.001 47 K 0.236 0.366 0.216 0.136 0.041 0.006 0.001 48 R 0.094 0.387 0.294 0.171 0.047 0.007 0.001 49 I 0.002 0.009 0.039 0.173 0.405 0.348 0.023 50 P 0.001 0.004 0.026 0.148 0.376 0.386 0.061 51 T 0.001 0.001 0.002 0.014 0.086 0.484 0.414 52 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.239 0.741 53 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.143 0.842 54 Y 0.001 0.001 0.002 0.006 0.023 0.167 0.801 55 L 0.001 0.002 0.006 0.020 0.061 0.278 0.633 56 S 0.002 0.006 0.015 0.051 0.163 0.455 0.309 57 G 0.006 0.026 0.055 0.127 0.274 0.351 0.161 58 L 0.021 0.043 0.084 0.161 0.247 0.315 0.128 59 T 0.095 0.189 0.191 0.205 0.179 0.118 0.023 60 C 0.124 0.165 0.189 0.253 0.183 0.074 0.012 61 T 0.313 0.306 0.181 0.116 0.060 0.021 0.004 62 P 0.383 0.261 0.182 0.112 0.045 0.014 0.003 63 D 0.576 0.246 0.102 0.050 0.018 0.006 0.002 64 N 0.348 0.268 0.172 0.116 0.064 0.026 0.006 65 A 0.096 0.106 0.152 0.219 0.236 0.161 0.030 66 S 0.072 0.100 0.128 0.186 0.219 0.221 0.074 67 E 0.102 0.148 0.171 0.201 0.182 0.148 0.047 68 K 0.078 0.114 0.159 0.206 0.213 0.176 0.053 69 A 0.136 0.157 0.162 0.184 0.176 0.141 0.045 70 F 0.063 0.134 0.154 0.219 0.216 0.150 0.064 71 W 0.044 0.066 0.094 0.180 0.267 0.257 0.092 72 Q 0.057 0.143 0.188 0.251 0.198 0.127 0.036 73 F 0.060 0.156 0.178 0.207 0.204 0.152 0.043 74 Q 0.010 0.028 0.068 0.193 0.332 0.313 0.057 75 A 0.012 0.034 0.070 0.194 0.348 0.304 0.038 76 D 0.068 0.250 0.280 0.251 0.109 0.037 0.004 77 K 0.090 0.275 0.240 0.198 0.140 0.054 0.004 78 Y 0.007 0.070 0.202 0.342 0.281 0.093 0.004 79 G 0.003 0.045 0.166 0.325 0.325 0.130 0.005 80 F 0.001 0.001 0.006 0.041 0.186 0.589 0.177 81 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.045 0.367 0.582 82 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.083 0.912 83 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.105 0.884 84 F 0.001 0.001 0.002 0.010 0.041 0.195 0.752 85 P 0.001 0.003 0.010 0.028 0.076 0.247 0.634 86 D 0.003 0.010 0.026 0.071 0.170 0.330 0.390 87 T 0.009 0.019 0.035 0.080 0.166 0.346 0.346 88 S 0.027 0.054 0.091 0.179 0.265 0.275 0.109 89 P 0.051 0.116 0.168 0.192 0.192 0.186 0.096 90 R 0.059 0.127 0.177 0.226 0.227 0.142 0.041 91 G 0.129 0.217 0.215 0.206 0.138 0.075 0.019 92 D 0.282 0.275 0.200 0.128 0.068 0.036 0.010 93 E 0.393 0.266 0.161 0.096 0.052 0.025 0.007 94 V 0.197 0.170 0.207 0.206 0.139 0.070 0.011 95 A 0.394 0.258 0.162 0.104 0.056 0.022 0.004 96 N 0.510 0.260 0.123 0.068 0.027 0.011 0.002 97 D 0.360 0.254 0.168 0.134 0.061 0.019 0.004 98 P 0.391 0.204 0.158 0.131 0.080 0.030 0.005 99 E 0.429 0.283 0.148 0.090 0.036 0.012 0.003 100 G 0.464 0.231 0.142 0.097 0.047 0.017 0.003 101 S 0.224 0.203 0.158 0.172 0.136 0.084 0.023 102 W 0.115 0.122 0.138 0.193 0.212 0.160 0.058 103 D 0.131 0.186 0.212 0.190 0.146 0.098 0.038 104 F 0.090 0.109 0.147 0.218 0.223 0.162 0.053 105 G 0.130 0.126 0.122 0.167 0.198 0.168 0.089 106 Q 0.087 0.115 0.142 0.173 0.190 0.181 0.112 107 G 0.046 0.067 0.085 0.161 0.213 0.246 0.182 108 A 0.036 0.057 0.074 0.119 0.169 0.269 0.276 109 G 0.025 0.024 0.038 0.073 0.134 0.314 0.393 110 F 0.019 0.020 0.030 0.068 0.138 0.344 0.381 111 Y 0.016 0.032 0.061 0.116 0.191 0.319 0.266 112 L 0.018 0.032 0.061 0.128 0.236 0.344 0.182 113 N 0.035 0.124 0.188 0.254 0.217 0.142 0.039 114 A 0.075 0.130 0.166 0.229 0.221 0.142 0.037 115 T 0.184 0.231 0.194 0.181 0.127 0.067 0.015 116 Q 0.274 0.217 0.187 0.161 0.097 0.054 0.010 117 E 0.514 0.244 0.114 0.067 0.037 0.020 0.005 118 P 0.411 0.226 0.155 0.106 0.062 0.032 0.007 119 Y 0.224 0.172 0.170 0.192 0.155 0.073 0.014 120 A 0.265 0.228 0.200 0.151 0.093 0.049 0.013 121 Q 0.262 0.219 0.178 0.161 0.104 0.062 0.014 122 H 0.165 0.137 0.140 0.190 0.190 0.142 0.036 123 Y 0.082 0.089 0.125 0.198 0.248 0.195 0.064 124 Q 0.097 0.131 0.174 0.224 0.203 0.129 0.042 125 M 0.047 0.050 0.057 0.115 0.204 0.344 0.183 126 Y 0.034 0.056 0.074 0.152 0.234 0.303 0.148 127 D 0.029 0.084 0.155 0.224 0.237 0.201 0.070 128 Y 0.022 0.050 0.087 0.190 0.277 0.282 0.093 129 I 0.011 0.019 0.027 0.069 0.190 0.472 0.213 130 H 0.008 0.029 0.063 0.175 0.308 0.342 0.075 131 K 0.046 0.212 0.284 0.248 0.138 0.062 0.010 132 E 0.019 0.073 0.173 0.296 0.271 0.144 0.024 133 L 0.004 0.013 0.018 0.058 0.237 0.557 0.113 134 P 0.012 0.082 0.228 0.351 0.245 0.076 0.005 135 Q 0.069 0.391 0.333 0.152 0.043 0.011 0.001 136 T 0.004 0.023 0.095 0.283 0.400 0.181 0.014 137 L 0.002 0.006 0.019 0.096 0.362 0.460 0.055 138 D 0.042 0.210 0.330 0.281 0.104 0.030 0.004 139 S 0.102 0.319 0.293 0.191 0.072 0.020 0.002 140 H 0.016 0.056 0.106 0.206 0.315 0.262 0.039 141 F 0.018 0.044 0.123 0.276 0.363 0.167 0.010 142 N 0.251 0.374 0.233 0.104 0.030 0.007 0.001 143 K 0.251 0.278 0.231 0.168 0.060 0.011 0.001 144 N 0.243 0.234 0.201 0.197 0.103 0.021 0.001 145 G 0.573 0.260 0.106 0.045 0.014 0.002 0.001 146 D 0.719 0.186 0.059 0.027 0.007 0.001 0.001 147 V 0.578 0.250 0.101 0.048 0.017 0.004 0.001 148 K 0.417 0.263 0.159 0.100 0.045 0.014 0.002 149 L 0.216 0.230 0.204 0.192 0.110 0.041 0.007 150 D 0.115 0.142 0.177 0.254 0.215 0.084 0.012 151 F 0.181 0.226 0.195 0.191 0.141 0.057 0.009 152 L 0.142 0.230 0.232 0.225 0.122 0.044 0.005 153 D 0.064 0.201 0.232 0.250 0.172 0.072 0.009 154 N 0.004 0.030 0.087 0.229 0.343 0.268 0.039 155 V 0.001 0.003 0.012 0.066 0.277 0.468 0.173 156 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.274 0.688 157 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.119 0.871 158 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.096 0.893 159 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.137 0.840 160 H 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.187 0.778 161 S 0.001 0.001 0.002 0.008 0.039 0.204 0.746 162 M 0.001 0.001 0.003 0.016 0.050 0.218 0.712 163 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.160 0.812 164 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.134 0.849 165 Y 0.001 0.001 0.001 0.005 0.034 0.221 0.739 166 G 0.001 0.001 0.002 0.009 0.027 0.142 0.819 167 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.065 0.927 168 I 0.001 0.001 0.001 0.006 0.027 0.233 0.733 169 C 0.001 0.001 0.006 0.034 0.139 0.476 0.344 170 G 0.001 0.002 0.009 0.035 0.122 0.433 0.398 171 Y 0.001 0.004 0.014 0.053 0.183 0.509 0.236 172 L 0.002 0.013 0.033 0.123 0.367 0.406 0.056 173 K 0.005 0.068 0.199 0.373 0.269 0.078 0.008 174 G 0.036 0.155 0.289 0.304 0.160 0.051 0.005 175 Y 0.248 0.433 0.189 0.088 0.034 0.007 0.001 176 S 0.169 0.243 0.266 0.238 0.074 0.009 0.001 177 G 0.377 0.347 0.175 0.073 0.023 0.004 0.001 178 K 0.260 0.354 0.200 0.123 0.053 0.010 0.001 179 R 0.038 0.222 0.347 0.287 0.091 0.014 0.001 180 Y 0.003 0.012 0.036 0.132 0.394 0.381 0.042 181 K 0.001 0.023 0.099 0.283 0.352 0.210 0.032 182 S 0.001 0.001 0.006 0.027 0.117 0.506 0.342 183 C 0.001 0.001 0.001 0.005 0.037 0.291 0.665 184 S 0.001 0.001 0.002 0.009 0.034 0.201 0.753 185 A 0.001 0.001 0.002 0.005 0.019 0.131 0.842 186 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.152 0.818 187 A 0.001 0.001 0.003 0.010 0.043 0.213 0.729 188 P 0.002 0.006 0.014 0.036 0.081 0.230 0.631 189 I 0.004 0.009 0.018 0.039 0.083 0.279 0.569 190 V 0.007 0.011 0.018 0.051 0.128 0.355 0.431 191 N 0.014 0.029 0.058 0.113 0.210 0.327 0.249 192 P 0.026 0.043 0.074 0.118 0.182 0.303 0.255 193 S 0.054 0.108 0.133 0.194 0.219 0.193 0.099 194 N 0.077 0.138 0.168 0.203 0.195 0.159 0.061 195 V 0.060 0.103 0.148 0.215 0.231 0.184 0.059 196 P 0.161 0.214 0.197 0.183 0.130 0.086 0.028 197 W 0.152 0.153 0.172 0.188 0.173 0.120 0.041 198 G 0.181 0.170 0.134 0.164 0.164 0.140 0.047 199 Q 0.147 0.199 0.213 0.202 0.140 0.078 0.022 200 K 0.199 0.229 0.213 0.170 0.108 0.065 0.015 201 A 0.056 0.100 0.116 0.179 0.234 0.246 0.069 202 F 0.037 0.051 0.105 0.210 0.303 0.252 0.042 203 K 0.114 0.236 0.258 0.215 0.114 0.053 0.009 204 G 0.118 0.176 0.188 0.206 0.183 0.112 0.018 205 Y 0.055 0.097 0.161 0.242 0.253 0.168 0.025 206 L 0.065 0.092 0.156 0.247 0.270 0.157 0.013 207 G 0.175 0.267 0.217 0.184 0.112 0.040 0.004 208 E 0.282 0.268 0.207 0.155 0.067 0.020 0.002 209 E 0.380 0.277 0.165 0.115 0.049 0.013 0.001 210 K 0.516 0.275 0.132 0.057 0.016 0.004 0.001 211 A 0.693 0.201 0.062 0.031 0.010 0.002 0.001 212 Q 0.461 0.287 0.148 0.070 0.026 0.007 0.001 213 W 0.120 0.149 0.206 0.285 0.188 0.048 0.003 214 E 0.234 0.339 0.221 0.135 0.054 0.015 0.002 215 A 0.176 0.334 0.254 0.153 0.062 0.019 0.002 216 Y 0.043 0.092 0.161 0.280 0.283 0.130 0.011 217 D 0.024 0.117 0.220 0.296 0.232 0.098 0.013 218 P 0.011 0.033 0.066 0.169 0.328 0.343 0.050 219 C 0.020 0.071 0.145 0.226 0.260 0.247 0.031 220 L 0.029 0.132 0.231 0.287 0.198 0.110 0.013 221 L 0.006 0.019 0.048 0.158 0.368 0.360 0.040 222 I 0.004 0.011 0.033 0.135 0.343 0.424 0.050 223 K 0.042 0.227 0.285 0.261 0.129 0.048 0.007 224 N 0.074 0.269 0.307 0.229 0.097 0.022 0.002 225 I 0.023 0.066 0.151 0.323 0.309 0.117 0.010 226 R 0.235 0.364 0.209 0.120 0.053 0.017 0.002 227 H 0.409 0.333 0.154 0.075 0.022 0.005 0.001 228 V 0.341 0.278 0.180 0.126 0.059 0.015 0.001 229 G 0.232 0.299 0.239 0.155 0.062 0.012 0.001 230 D 0.135 0.273 0.264 0.210 0.097 0.020 0.001 231 D 0.025 0.087 0.171 0.302 0.284 0.123 0.009 232 R 0.007 0.056 0.167 0.340 0.298 0.122 0.010 233 I 0.001 0.003 0.010 0.048 0.191 0.524 0.223 234 L 0.001 0.002 0.008 0.036 0.134 0.483 0.336 235 I 0.001 0.002 0.005 0.017 0.060 0.347 0.567 236 H 0.002 0.007 0.020 0.057 0.137 0.392 0.385 237 V 0.003 0.014 0.035 0.091 0.214 0.413 0.229 238 G 0.029 0.083 0.134 0.205 0.241 0.223 0.085 239 D 0.083 0.213 0.236 0.210 0.147 0.082 0.028 240 S 0.057 0.141 0.179 0.231 0.214 0.147 0.032 241 D 0.038 0.093 0.155 0.255 0.274 0.161 0.024 242 P 0.215 0.315 0.233 0.135 0.069 0.030 0.004 243 F 0.078 0.182 0.247 0.283 0.150 0.054 0.006 244 L 0.037 0.043 0.076 0.180 0.349 0.284 0.032 245 E 0.180 0.292 0.233 0.173 0.085 0.032 0.006 246 E 0.241 0.336 0.207 0.127 0.056 0.027 0.005 247 H 0.084 0.147 0.180 0.223 0.203 0.139 0.023 248 L 0.023 0.075 0.140 0.236 0.318 0.187 0.021 249 K 0.036 0.230 0.284 0.262 0.136 0.047 0.005 250 P 0.027 0.110 0.219 0.296 0.234 0.104 0.011 251 E 0.293 0.437 0.200 0.051 0.013 0.004 0.001 252 L 0.019 0.136 0.288 0.303 0.197 0.050 0.007 253 L 0.002 0.005 0.016 0.090 0.350 0.489 0.047 254 L 0.006 0.086 0.283 0.404 0.181 0.039 0.002 255 E 0.064 0.547 0.268 0.085 0.029 0.008 0.001 256 A 0.002 0.026 0.189 0.467 0.270 0.045 0.001 257 V 0.005 0.016 0.062 0.314 0.478 0.123 0.002 258 K 0.238 0.552 0.174 0.031 0.004 0.001 0.001 259 A 0.647 0.294 0.047 0.011 0.002 0.001 0.001 260 T 0.140 0.347 0.352 0.138 0.021 0.002 0.001 261 S 0.586 0.337 0.062 0.012 0.002 0.001 0.001 262 W 0.154 0.172 0.226 0.309 0.125 0.013 0.001 263 Q 0.580 0.292 0.092 0.028 0.006 0.001 0.001 264 D 0.258 0.302 0.219 0.153 0.059 0.009 0.001 265 Y 0.150 0.298 0.268 0.190 0.078 0.015 0.001 266 V 0.035 0.092 0.159 0.306 0.302 0.101 0.005 267 E 0.029 0.148 0.288 0.314 0.162 0.054 0.005 268 I 0.006 0.009 0.021 0.090 0.304 0.485 0.084 269 K 0.030 0.130 0.214 0.291 0.225 0.099 0.011 270 K 0.064 0.120 0.171 0.242 0.235 0.147 0.020 271 V 0.094 0.185 0.209 0.250 0.179 0.072 0.011 272 H 0.302 0.298 0.186 0.128 0.060 0.023 0.003 273 G 0.396 0.294 0.152 0.093 0.045 0.018 0.003 274 F 0.191 0.254 0.216 0.190 0.101 0.042 0.007 275 D 0.113 0.158 0.176 0.207 0.202 0.122 0.023 276 H 0.038 0.061 0.099 0.197 0.284 0.256 0.064 277 S 0.021 0.029 0.043 0.096 0.185 0.418 0.209 278 Y 0.009 0.016 0.035 0.090 0.209 0.375 0.266 279 Y 0.012 0.023 0.042 0.090 0.195 0.364 0.274 280 F 0.010 0.018 0.029 0.079 0.173 0.352 0.338 281 V 0.010 0.019 0.031 0.077 0.132 0.332 0.399 282 S 0.008 0.033 0.071 0.161 0.253 0.334 0.140 283 T 0.019 0.061 0.106 0.217 0.293 0.243 0.061 284 F 0.004 0.013 0.029 0.097 0.259 0.441 0.158 285 V 0.003 0.011 0.023 0.083 0.241 0.496 0.143 286 P 0.006 0.093 0.242 0.342 0.237 0.074 0.006 287 E 0.012 0.103 0.259 0.363 0.196 0.062 0.004 288 H 0.001 0.005 0.011 0.052 0.267 0.569 0.094 289 A 0.003 0.011 0.029 0.121 0.365 0.425 0.046 290 E 0.025 0.231 0.387 0.279 0.070 0.009 0.001 291 F 0.027 0.076 0.212 0.406 0.238 0.040 0.001 292 H 0.017 0.022 0.022 0.070 0.275 0.537 0.057 293 A 0.087 0.114 0.231 0.323 0.201 0.042 0.002 294 R 0.294 0.439 0.197 0.059 0.009 0.001 0.001 295 N 0.196 0.217 0.219 0.221 0.116 0.029 0.002 296 L 0.110 0.172 0.251 0.266 0.154 0.044 0.003 297 G 0.466 0.304 0.140 0.063 0.021 0.005 0.001 298 L 0.493 0.223 0.123 0.104 0.047 0.008 0.001 299 I 0.624 0.190 0.086 0.056 0.031 0.011 0.001