# TARGET T0195 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0195.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2175 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.046 0.005 0.007 0.025 0.107 0.812 2 K 0.147 0.016 0.011 0.056 0.118 0.652 3 V 0.176 0.025 0.022 0.070 0.131 0.575 4 V 0.188 0.022 0.052 0.107 0.179 0.453 5 K 0.251 0.011 0.087 0.111 0.203 0.338 6 E 0.263 0.012 0.126 0.146 0.189 0.264 7 F 0.256 0.029 0.092 0.179 0.178 0.266 8 S 0.231 0.019 0.076 0.139 0.224 0.310 9 V 0.193 0.020 0.101 0.105 0.333 0.248 10 C 0.146 0.014 0.081 0.068 0.411 0.280 11 G 0.146 0.013 0.043 0.033 0.406 0.360 12 G 0.201 0.005 0.012 0.007 0.264 0.512 13 R 0.506 0.007 0.006 0.005 0.115 0.362 14 L 0.849 0.005 0.003 0.003 0.033 0.107 15 I 0.941 0.003 0.001 0.003 0.013 0.039 16 K 0.966 0.001 0.001 0.002 0.008 0.023 17 L 0.958 0.001 0.001 0.002 0.007 0.031 18 S 0.905 0.002 0.001 0.002 0.025 0.066 19 H 0.748 0.011 0.002 0.003 0.064 0.173 20 N 0.449 0.011 0.006 0.003 0.219 0.312 21 S 0.294 0.017 0.021 0.005 0.380 0.282 22 N 0.208 0.019 0.051 0.007 0.508 0.207 23 S 0.181 0.021 0.078 0.010 0.554 0.156 24 T 0.116 0.016 0.053 0.010 0.609 0.197 25 K 0.123 0.010 0.037 0.004 0.556 0.269 26 T 0.279 0.009 0.021 0.002 0.343 0.346 27 S 0.626 0.012 0.008 0.001 0.122 0.230 28 M 0.861 0.009 0.002 0.001 0.034 0.094 29 N 0.921 0.002 0.001 0.001 0.015 0.062 30 V 0.971 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 31 N 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 32 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 33 Y 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 34 L 0.841 0.004 0.001 0.001 0.023 0.131 35 P 0.424 0.009 0.003 0.004 0.287 0.272 36 K 0.068 0.007 0.088 0.029 0.616 0.192 37 H 0.031 0.009 0.135 0.049 0.667 0.109 38 Y 0.046 0.028 0.203 0.062 0.592 0.068 39 Y 0.060 0.034 0.086 0.087 0.457 0.276 40 A 0.040 0.037 0.119 0.108 0.552 0.145 41 Q 0.029 0.021 0.075 0.064 0.636 0.175 42 D 0.033 0.022 0.076 0.057 0.625 0.187 43 F 0.020 0.018 0.040 0.023 0.645 0.254 44 P 0.012 0.015 0.076 0.023 0.635 0.238 45 R 0.016 0.019 0.137 0.032 0.602 0.194 46 N 0.014 0.010 0.141 0.021 0.607 0.207 47 K 0.020 0.010 0.100 0.018 0.535 0.317 48 R 0.060 0.015 0.022 0.004 0.264 0.636 49 I 0.195 0.014 0.004 0.001 0.214 0.572 50 P 0.419 0.003 0.001 0.001 0.104 0.473 51 T 0.971 0.002 0.001 0.001 0.005 0.023 52 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Y 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 55 L 0.938 0.001 0.001 0.001 0.010 0.051 56 S 0.487 0.005 0.001 0.001 0.121 0.385 57 G 0.111 0.009 0.012 0.001 0.370 0.497 58 L 0.092 0.033 0.054 0.002 0.476 0.342 59 T 0.080 0.060 0.070 0.004 0.514 0.273 60 C 0.069 0.079 0.042 0.006 0.493 0.312 61 T 0.017 0.023 0.008 0.005 0.771 0.176 62 P 0.005 0.006 0.068 0.045 0.786 0.091 63 D 0.006 0.008 0.040 0.061 0.760 0.125 64 N 0.007 0.014 0.039 0.138 0.638 0.165 65 A 0.004 0.005 0.055 0.670 0.176 0.090 66 S 0.008 0.010 0.038 0.769 0.112 0.063 67 E 0.010 0.005 0.034 0.827 0.079 0.045 68 K 0.021 0.004 0.022 0.853 0.045 0.055 69 A 0.015 0.002 0.018 0.890 0.037 0.038 70 F 0.015 0.002 0.016 0.895 0.030 0.042 71 W 0.022 0.003 0.013 0.905 0.021 0.036 72 Q 0.032 0.003 0.016 0.873 0.027 0.049 73 F 0.023 0.001 0.024 0.878 0.034 0.041 74 Q 0.018 0.004 0.027 0.903 0.027 0.021 75 A 0.005 0.002 0.024 0.929 0.026 0.014 76 D 0.002 0.001 0.055 0.897 0.030 0.016 77 K 0.004 0.002 0.071 0.842 0.043 0.039 78 Y 0.010 0.004 0.081 0.527 0.160 0.218 79 G 0.008 0.001 0.002 0.002 0.108 0.878 80 F 0.164 0.003 0.001 0.001 0.052 0.780 81 A 0.944 0.003 0.001 0.001 0.008 0.045 82 I 0.986 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 83 V 0.968 0.002 0.001 0.001 0.004 0.025 84 F 0.841 0.002 0.001 0.001 0.042 0.114 85 P 0.432 0.006 0.002 0.001 0.151 0.409 86 D 0.145 0.021 0.004 0.001 0.299 0.529 87 T 0.094 0.054 0.006 0.002 0.355 0.489 88 S 0.040 0.020 0.008 0.003 0.478 0.452 89 P 0.035 0.022 0.020 0.011 0.592 0.320 90 R 0.043 0.043 0.024 0.016 0.581 0.293 91 G 0.033 0.047 0.024 0.019 0.644 0.233 92 D 0.021 0.028 0.082 0.032 0.585 0.252 93 E 0.023 0.031 0.105 0.041 0.546 0.254 94 V 0.030 0.033 0.097 0.036 0.614 0.191 95 A 0.026 0.038 0.040 0.023 0.572 0.301 96 N 0.040 0.071 0.027 0.016 0.547 0.299 97 D 0.044 0.047 0.023 0.009 0.581 0.295 98 P 0.043 0.041 0.036 0.010 0.596 0.275 99 E 0.050 0.053 0.054 0.009 0.573 0.260 100 G 0.070 0.045 0.058 0.011 0.574 0.241 101 S 0.074 0.083 0.052 0.013 0.568 0.210 102 W 0.088 0.085 0.050 0.013 0.549 0.216 103 D 0.071 0.079 0.042 0.014 0.628 0.166 104 F 0.050 0.036 0.032 0.011 0.698 0.173 105 G 0.043 0.026 0.034 0.010 0.680 0.208 106 Q 0.064 0.042 0.038 0.020 0.618 0.218 107 G 0.066 0.060 0.043 0.018 0.571 0.242 108 A 0.094 0.064 0.071 0.031 0.485 0.255 109 G 0.129 0.050 0.101 0.036 0.463 0.221 110 F 0.135 0.049 0.111 0.049 0.447 0.210 111 Y 0.175 0.066 0.074 0.053 0.359 0.271 112 L 0.143 0.073 0.059 0.070 0.332 0.322 113 N 0.071 0.031 0.055 0.076 0.423 0.345 114 A 0.030 0.017 0.063 0.054 0.469 0.367 115 T 0.033 0.025 0.062 0.057 0.488 0.334 116 Q 0.035 0.027 0.064 0.067 0.471 0.336 117 E 0.032 0.015 0.051 0.057 0.461 0.384 118 P 0.031 0.014 0.101 0.098 0.389 0.368 119 Y 0.042 0.026 0.107 0.124 0.360 0.341 120 A 0.044 0.028 0.096 0.196 0.371 0.266 121 Q 0.040 0.011 0.077 0.244 0.306 0.322 122 H 0.082 0.013 0.061 0.294 0.238 0.313 123 Y 0.093 0.015 0.037 0.369 0.194 0.292 124 Q 0.099 0.019 0.019 0.402 0.096 0.365 125 M 0.012 0.003 0.014 0.925 0.017 0.028 126 Y 0.022 0.002 0.021 0.895 0.026 0.034 127 D 0.007 0.001 0.022 0.937 0.023 0.012 128 Y 0.002 0.001 0.017 0.967 0.009 0.005 129 I 0.001 0.001 0.013 0.976 0.005 0.004 130 H 0.001 0.001 0.018 0.966 0.008 0.007 131 K 0.001 0.001 0.014 0.966 0.010 0.009 132 E 0.001 0.001 0.018 0.956 0.011 0.013 133 L 0.001 0.001 0.013 0.964 0.011 0.011 134 P 0.001 0.001 0.013 0.968 0.010 0.008 135 Q 0.001 0.001 0.008 0.985 0.005 0.002 136 T 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 137 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 138 D 0.001 0.001 0.009 0.973 0.012 0.006 139 S 0.001 0.001 0.011 0.943 0.026 0.020 140 H 0.001 0.002 0.032 0.583 0.157 0.224 141 F 0.002 0.003 0.050 0.158 0.408 0.378 142 N 0.006 0.006 0.039 0.058 0.453 0.437 143 K 0.012 0.020 0.018 0.073 0.336 0.541 144 N 0.008 0.006 0.001 0.023 0.171 0.791 145 G 0.002 0.001 0.018 0.778 0.079 0.121 146 D 0.007 0.002 0.027 0.887 0.057 0.020 147 V 0.024 0.005 0.055 0.795 0.099 0.021 148 K 0.047 0.008 0.035 0.780 0.088 0.042 149 L 0.062 0.012 0.048 0.699 0.125 0.054 150 D 0.043 0.007 0.056 0.644 0.167 0.083 151 F 0.053 0.009 0.072 0.404 0.247 0.214 152 L 0.061 0.016 0.116 0.275 0.400 0.132 153 D 0.123 0.015 0.098 0.173 0.416 0.174 154 N 0.234 0.008 0.029 0.103 0.442 0.184 155 V 0.711 0.013 0.005 0.030 0.138 0.103 156 A 0.914 0.011 0.001 0.017 0.022 0.036 157 I 0.914 0.011 0.001 0.015 0.043 0.015 158 T 0.719 0.008 0.002 0.041 0.154 0.076 159 G 0.340 0.006 0.012 0.063 0.334 0.245 160 H 0.249 0.024 0.026 0.096 0.335 0.270 161 S 0.102 0.043 0.039 0.212 0.197 0.407 162 M 0.035 0.032 0.055 0.569 0.139 0.171 163 G 0.009 0.005 0.038 0.784 0.060 0.104 164 G 0.001 0.001 0.013 0.970 0.007 0.008 165 Y 0.001 0.001 0.006 0.987 0.004 0.003 166 G 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.001 167 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 168 I 0.001 0.001 0.005 0.992 0.003 0.001 169 C 0.001 0.001 0.011 0.985 0.004 0.001 170 G 0.001 0.001 0.012 0.981 0.004 0.001 171 Y 0.001 0.001 0.011 0.969 0.007 0.012 172 L 0.003 0.005 0.015 0.892 0.024 0.061 173 K 0.005 0.006 0.020 0.551 0.114 0.304 174 G 0.003 0.004 0.071 0.362 0.247 0.313 175 Y 0.004 0.009 0.115 0.288 0.373 0.211 176 S 0.008 0.009 0.089 0.148 0.558 0.188 177 G 0.005 0.003 0.134 0.155 0.512 0.191 178 K 0.013 0.005 0.174 0.144 0.473 0.190 179 R 0.068 0.014 0.222 0.121 0.383 0.191 180 Y 0.281 0.022 0.089 0.063 0.277 0.267 181 K 0.497 0.006 0.030 0.023 0.196 0.248 182 S 0.903 0.003 0.005 0.005 0.030 0.053 183 C 0.987 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 184 S 0.990 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 185 A 0.964 0.003 0.001 0.002 0.009 0.021 186 F 0.805 0.007 0.003 0.003 0.058 0.124 187 A 0.337 0.009 0.013 0.003 0.299 0.338 188 P 0.176 0.017 0.035 0.002 0.404 0.366 189 I 0.168 0.066 0.045 0.004 0.408 0.310 190 V 0.129 0.141 0.029 0.006 0.346 0.348 191 N 0.038 0.041 0.011 0.005 0.669 0.235 192 P 0.007 0.008 0.137 0.021 0.769 0.059 193 S 0.008 0.009 0.112 0.030 0.782 0.059 194 N 0.008 0.021 0.098 0.041 0.772 0.061 195 V 0.012 0.027 0.036 0.051 0.556 0.318 196 P 0.019 0.043 0.047 0.154 0.394 0.344 197 W 0.018 0.027 0.055 0.300 0.389 0.211 198 G 0.036 0.020 0.056 0.316 0.307 0.265 199 Q 0.035 0.010 0.113 0.639 0.121 0.082 200 K 0.045 0.006 0.155 0.621 0.116 0.058 201 A 0.040 0.008 0.136 0.663 0.106 0.048 202 F 0.062 0.015 0.104 0.610 0.133 0.077 203 K 0.047 0.007 0.143 0.550 0.167 0.086 204 G 0.037 0.004 0.171 0.500 0.195 0.092 205 Y 0.049 0.015 0.160 0.375 0.250 0.151 206 L 0.040 0.025 0.080 0.317 0.267 0.270 207 G 0.017 0.009 0.028 0.138 0.347 0.462 208 E 0.007 0.006 0.041 0.251 0.346 0.349 209 E 0.011 0.014 0.034 0.270 0.275 0.396 210 K 0.003 0.002 0.121 0.700 0.119 0.054 211 A 0.004 0.003 0.086 0.794 0.073 0.041 212 Q 0.006 0.004 0.085 0.815 0.060 0.031 213 W 0.009 0.005 0.079 0.812 0.054 0.042 214 E 0.014 0.004 0.080 0.773 0.080 0.049 215 A 0.013 0.005 0.051 0.714 0.116 0.101 216 Y 0.010 0.010 0.020 0.525 0.149 0.287 217 D 0.008 0.008 0.008 0.108 0.225 0.643 218 P 0.003 0.001 0.140 0.622 0.129 0.105 219 C 0.010 0.004 0.283 0.515 0.135 0.053 220 L 0.013 0.005 0.316 0.488 0.139 0.039 221 L 0.017 0.007 0.177 0.636 0.090 0.073 222 I 0.021 0.007 0.127 0.705 0.080 0.061 223 K 0.019 0.003 0.130 0.684 0.096 0.068 224 N 0.017 0.005 0.137 0.626 0.124 0.091 225 I 0.016 0.012 0.144 0.555 0.181 0.092 226 R 0.016 0.009 0.120 0.460 0.253 0.142 227 H 0.016 0.006 0.108 0.272 0.383 0.214 228 V 0.026 0.017 0.064 0.121 0.517 0.255 229 G 0.030 0.012 0.032 0.039 0.509 0.377 230 D 0.032 0.009 0.021 0.013 0.474 0.451 231 D 0.086 0.010 0.006 0.004 0.374 0.520 232 R 0.299 0.006 0.004 0.003 0.186 0.501 233 I 0.866 0.006 0.002 0.002 0.035 0.089 234 L 0.975 0.002 0.001 0.002 0.007 0.014 235 I 0.982 0.002 0.001 0.002 0.003 0.011 236 H 0.951 0.002 0.001 0.003 0.011 0.032 237 V 0.636 0.007 0.002 0.006 0.086 0.263 238 G 0.177 0.011 0.011 0.005 0.426 0.370 239 D 0.063 0.025 0.054 0.011 0.591 0.256 240 S 0.050 0.029 0.084 0.021 0.562 0.255 241 D 0.017 0.019 0.095 0.015 0.730 0.124 242 P 0.007 0.006 0.196 0.036 0.611 0.144 243 F 0.014 0.024 0.154 0.037 0.605 0.165 244 L 0.015 0.056 0.064 0.042 0.590 0.233 245 E 0.015 0.034 0.052 0.048 0.660 0.191 246 E 0.009 0.010 0.124 0.079 0.684 0.095 247 H 0.009 0.010 0.110 0.060 0.673 0.138 248 L 0.019 0.053 0.034 0.074 0.549 0.271 249 K 0.009 0.013 0.006 0.073 0.139 0.760 250 P 0.001 0.001 0.016 0.953 0.015 0.015 251 E 0.001 0.001 0.022 0.960 0.012 0.005 252 L 0.001 0.001 0.020 0.967 0.009 0.003 253 L 0.002 0.001 0.005 0.983 0.004 0.005 254 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 255 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 256 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 257 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 258 K 0.001 0.001 0.005 0.976 0.010 0.008 259 A 0.001 0.001 0.014 0.903 0.036 0.046 260 T 0.001 0.002 0.022 0.582 0.121 0.271 261 S 0.002 0.004 0.010 0.018 0.204 0.762 262 W 0.007 0.014 0.013 0.005 0.366 0.593 263 Q 0.017 0.010 0.026 0.004 0.855 0.087 264 D 0.016 0.003 0.030 0.016 0.875 0.060 265 Y 0.025 0.004 0.014 0.016 0.820 0.121 266 V 0.446 0.013 0.003 0.007 0.340 0.191 267 E 0.852 0.005 0.001 0.006 0.026 0.110 268 I 0.959 0.004 0.001 0.007 0.009 0.021 269 K 0.978 0.001 0.001 0.005 0.004 0.012 270 K 0.964 0.002 0.001 0.004 0.006 0.024 271 V 0.769 0.012 0.002 0.008 0.150 0.059 272 H 0.228 0.013 0.007 0.009 0.559 0.183 273 G 0.028 0.007 0.007 0.004 0.774 0.180 274 F 0.065 0.036 0.008 0.004 0.762 0.125 275 D 0.123 0.043 0.018 0.010 0.376 0.429 276 H 0.180 0.071 0.050 0.021 0.422 0.256 277 S 0.160 0.020 0.074 0.038 0.357 0.351 278 Y 0.204 0.024 0.177 0.090 0.261 0.244 279 Y 0.248 0.039 0.130 0.108 0.263 0.212 280 F 0.188 0.036 0.112 0.177 0.255 0.232 281 V 0.130 0.035 0.104 0.222 0.261 0.249 282 S 0.045 0.012 0.120 0.177 0.408 0.238 283 T 0.012 0.008 0.170 0.356 0.294 0.160 284 F 0.008 0.007 0.088 0.533 0.193 0.171 285 V 0.006 0.006 0.040 0.645 0.141 0.162 286 P 0.001 0.001 0.031 0.902 0.035 0.030 287 E 0.002 0.001 0.030 0.928 0.022 0.018 288 H 0.001 0.001 0.008 0.982 0.005 0.003 289 A 0.001 0.001 0.003 0.989 0.003 0.004 290 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 291 F 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 292 H 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 293 A 0.001 0.001 0.008 0.981 0.008 0.003 294 R 0.001 0.001 0.007 0.971 0.012 0.009 295 N 0.001 0.001 0.016 0.804 0.057 0.120 296 L 0.002 0.005 0.031 0.505 0.167 0.290 297 G 0.003 0.004 0.020 0.114 0.241 0.618 298 L 0.005 0.006 0.016 0.045 0.205 0.723 299 I 0.010 0.006 0.008 0.021 0.138 0.817