# TARGET T0195 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0195.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2175 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.978 2 K 0.110 0.040 0.004 0.033 0.012 0.007 0.794 3 V 0.237 0.039 0.017 0.067 0.061 0.016 0.562 4 V 0.179 0.009 0.073 0.092 0.054 0.049 0.546 5 K 0.207 0.021 0.116 0.144 0.112 0.069 0.331 6 E 0.194 0.018 0.099 0.151 0.121 0.060 0.356 7 F 0.259 0.037 0.060 0.117 0.118 0.057 0.352 8 S 0.255 0.043 0.049 0.105 0.089 0.087 0.371 9 V 0.215 0.018 0.086 0.076 0.118 0.126 0.361 10 C 0.128 0.020 0.065 0.032 0.125 0.441 0.190 11 G 0.055 0.007 0.035 0.007 0.161 0.561 0.173 12 G 0.103 0.006 0.016 0.005 0.282 0.089 0.499 13 R 0.364 0.017 0.013 0.004 0.098 0.033 0.472 14 L 0.789 0.017 0.006 0.003 0.041 0.010 0.134 15 I 0.912 0.005 0.003 0.003 0.009 0.003 0.065 16 K 0.953 0.004 0.001 0.004 0.005 0.002 0.032 17 L 0.940 0.003 0.001 0.004 0.005 0.004 0.043 18 S 0.890 0.006 0.001 0.004 0.013 0.011 0.075 19 H 0.739 0.014 0.002 0.004 0.046 0.027 0.168 20 N 0.609 0.013 0.004 0.004 0.081 0.057 0.233 21 S 0.449 0.037 0.014 0.007 0.160 0.099 0.235 22 N 0.175 0.013 0.054 0.011 0.155 0.237 0.356 23 S 0.127 0.017 0.071 0.007 0.207 0.374 0.198 24 T 0.120 0.029 0.062 0.005 0.210 0.372 0.203 25 K 0.066 0.005 0.051 0.002 0.346 0.356 0.175 26 T 0.214 0.011 0.024 0.001 0.215 0.072 0.463 27 S 0.682 0.041 0.009 0.001 0.034 0.013 0.221 28 M 0.873 0.011 0.002 0.001 0.014 0.002 0.099 29 N 0.884 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.104 30 V 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.049 31 N 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 32 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 33 Y 0.949 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.040 34 L 0.773 0.009 0.001 0.001 0.050 0.001 0.165 35 P 0.192 0.008 0.005 0.001 0.054 0.009 0.730 36 K 0.057 0.010 0.127 0.026 0.223 0.282 0.275 37 H 0.033 0.008 0.212 0.034 0.217 0.293 0.203 38 Y 0.037 0.022 0.235 0.065 0.132 0.143 0.366 39 Y 0.072 0.042 0.128 0.103 0.098 0.183 0.375 40 A 0.066 0.025 0.194 0.106 0.131 0.177 0.301 41 Q 0.057 0.016 0.133 0.082 0.176 0.270 0.266 42 D 0.051 0.029 0.094 0.068 0.246 0.276 0.235 43 F 0.032 0.031 0.027 0.020 0.282 0.075 0.534 44 P 0.014 0.012 0.074 0.019 0.086 0.172 0.624 45 R 0.010 0.013 0.123 0.024 0.123 0.534 0.173 46 N 0.011 0.005 0.206 0.016 0.128 0.433 0.202 47 K 0.033 0.010 0.079 0.014 0.338 0.172 0.353 48 R 0.076 0.020 0.032 0.004 0.182 0.092 0.594 49 I 0.165 0.013 0.001 0.001 0.372 0.005 0.443 50 P 0.408 0.002 0.001 0.001 0.035 0.004 0.550 51 T 0.976 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.016 52 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Y 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 55 L 0.943 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.054 56 S 0.427 0.004 0.002 0.001 0.078 0.005 0.483 57 G 0.157 0.011 0.012 0.002 0.347 0.032 0.438 58 L 0.075 0.015 0.046 0.006 0.326 0.141 0.392 59 T 0.041 0.023 0.058 0.011 0.256 0.224 0.386 60 C 0.035 0.031 0.041 0.018 0.405 0.134 0.337 61 T 0.031 0.022 0.014 0.008 0.293 0.037 0.595 62 P 0.008 0.007 0.112 0.089 0.105 0.530 0.149 63 D 0.007 0.009 0.088 0.103 0.135 0.522 0.136 64 N 0.018 0.022 0.110 0.145 0.200 0.123 0.381 65 A 0.011 0.009 0.121 0.482 0.076 0.181 0.119 66 S 0.016 0.009 0.135 0.478 0.041 0.227 0.093 67 E 0.018 0.011 0.115 0.545 0.047 0.141 0.124 68 K 0.015 0.007 0.042 0.668 0.056 0.096 0.117 69 A 0.012 0.006 0.028 0.718 0.054 0.083 0.099 70 F 0.006 0.003 0.027 0.820 0.013 0.068 0.063 71 W 0.008 0.002 0.016 0.905 0.007 0.020 0.044 72 Q 0.011 0.001 0.012 0.938 0.006 0.010 0.022 73 F 0.006 0.001 0.014 0.957 0.005 0.009 0.008 74 Q 0.008 0.001 0.009 0.961 0.004 0.009 0.008 75 A 0.012 0.002 0.016 0.946 0.005 0.012 0.007 76 D 0.002 0.001 0.025 0.927 0.002 0.043 0.001 77 K 0.007 0.001 0.041 0.772 0.008 0.164 0.008 78 Y 0.005 0.001 0.020 0.095 0.045 0.812 0.022 79 G 0.026 0.001 0.003 0.002 0.054 0.839 0.074 80 F 0.385 0.005 0.001 0.001 0.014 0.002 0.592 81 A 0.959 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.032 82 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 83 V 0.979 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 84 F 0.842 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.145 85 P 0.242 0.008 0.017 0.001 0.131 0.073 0.527 86 D 0.075 0.013 0.013 0.001 0.286 0.103 0.509 87 T 0.037 0.016 0.014 0.001 0.471 0.035 0.425 88 S 0.022 0.029 0.010 0.001 0.161 0.023 0.753 89 P 0.046 0.046 0.050 0.006 0.224 0.160 0.468 90 R 0.038 0.040 0.049 0.010 0.222 0.320 0.320 91 G 0.038 0.029 0.049 0.013 0.334 0.147 0.390 92 D 0.040 0.022 0.080 0.020 0.237 0.142 0.459 93 E 0.067 0.052 0.123 0.030 0.189 0.242 0.298 94 V 0.075 0.046 0.150 0.030 0.195 0.150 0.355 95 A 0.070 0.049 0.117 0.031 0.180 0.228 0.325 96 N 0.049 0.038 0.087 0.028 0.206 0.289 0.302 97 D 0.040 0.032 0.056 0.018 0.271 0.106 0.477 98 P 0.030 0.023 0.083 0.022 0.226 0.187 0.428 99 E 0.031 0.017 0.115 0.030 0.198 0.375 0.234 100 G 0.057 0.043 0.103 0.035 0.260 0.239 0.263 101 S 0.084 0.053 0.065 0.036 0.202 0.195 0.366 102 W 0.088 0.043 0.047 0.032 0.225 0.225 0.340 103 D 0.104 0.070 0.042 0.031 0.213 0.169 0.371 104 F 0.073 0.029 0.057 0.048 0.231 0.314 0.249 105 G 0.058 0.020 0.064 0.043 0.218 0.316 0.282 106 Q 0.073 0.046 0.068 0.054 0.254 0.260 0.244 107 G 0.058 0.029 0.060 0.066 0.224 0.263 0.300 108 A 0.051 0.028 0.086 0.100 0.186 0.223 0.326 109 G 0.067 0.024 0.141 0.115 0.133 0.209 0.311 110 F 0.117 0.037 0.135 0.191 0.104 0.190 0.226 111 Y 0.101 0.029 0.139 0.166 0.116 0.165 0.284 112 L 0.080 0.032 0.130 0.143 0.159 0.203 0.253 113 N 0.064 0.024 0.088 0.115 0.132 0.238 0.339 114 A 0.034 0.016 0.153 0.089 0.120 0.148 0.439 115 T 0.030 0.019 0.138 0.096 0.120 0.287 0.310 116 Q 0.029 0.025 0.111 0.118 0.175 0.318 0.225 117 E 0.014 0.010 0.022 0.029 0.310 0.034 0.580 118 P 0.017 0.013 0.075 0.078 0.090 0.188 0.538 119 Y 0.032 0.027 0.125 0.120 0.155 0.227 0.315 120 A 0.030 0.019 0.224 0.169 0.109 0.183 0.266 121 Q 0.028 0.014 0.212 0.209 0.121 0.201 0.215 122 H 0.032 0.012 0.105 0.258 0.164 0.161 0.269 123 Y 0.034 0.019 0.041 0.373 0.155 0.084 0.293 124 Q 0.036 0.031 0.026 0.408 0.079 0.071 0.349 125 M 0.003 0.001 0.015 0.919 0.006 0.020 0.035 126 Y 0.001 0.001 0.003 0.982 0.002 0.004 0.007 127 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.002 128 Y 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 129 I 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.005 0.001 130 H 0.001 0.001 0.003 0.983 0.001 0.013 0.001 131 K 0.001 0.001 0.002 0.925 0.001 0.072 0.001 132 E 0.001 0.001 0.004 0.886 0.002 0.101 0.007 133 L 0.001 0.001 0.006 0.945 0.003 0.017 0.029 134 P 0.001 0.001 0.014 0.976 0.001 0.006 0.004 135 Q 0.001 0.001 0.011 0.982 0.001 0.006 0.001 136 T 0.001 0.001 0.012 0.979 0.001 0.007 0.001 137 L 0.001 0.001 0.009 0.969 0.002 0.017 0.002 138 D 0.001 0.001 0.015 0.937 0.003 0.038 0.005 139 S 0.001 0.001 0.026 0.853 0.005 0.104 0.011 140 H 0.001 0.002 0.025 0.718 0.014 0.179 0.061 141 F 0.003 0.003 0.047 0.412 0.089 0.287 0.160 142 N 0.008 0.006 0.054 0.174 0.161 0.278 0.319 143 K 0.013 0.014 0.050 0.154 0.272 0.202 0.295 144 N 0.008 0.011 0.020 0.054 0.120 0.036 0.750 145 G 0.003 0.002 0.180 0.134 0.046 0.457 0.176 146 D 0.010 0.020 0.184 0.237 0.035 0.397 0.117 147 V 0.021 0.027 0.155 0.199 0.085 0.179 0.333 148 K 0.037 0.020 0.074 0.148 0.078 0.237 0.407 149 L 0.049 0.014 0.170 0.179 0.165 0.209 0.214 150 D 0.101 0.032 0.203 0.120 0.146 0.191 0.207 151 F 0.115 0.040 0.152 0.150 0.118 0.166 0.259 152 L 0.110 0.024 0.158 0.066 0.114 0.248 0.280 153 D 0.091 0.007 0.086 0.035 0.224 0.426 0.132 154 N 0.266 0.006 0.064 0.031 0.177 0.301 0.155 155 V 0.782 0.018 0.008 0.012 0.018 0.011 0.150 156 A 0.937 0.007 0.002 0.005 0.006 0.003 0.041 157 I 0.944 0.006 0.003 0.005 0.006 0.004 0.032 158 T 0.798 0.016 0.005 0.012 0.022 0.021 0.127 159 G 0.337 0.009 0.027 0.019 0.173 0.123 0.311 160 H 0.124 0.019 0.067 0.044 0.221 0.269 0.258 161 S 0.059 0.036 0.052 0.100 0.194 0.273 0.288 162 M 0.014 0.014 0.060 0.454 0.126 0.142 0.190 163 G 0.001 0.001 0.030 0.919 0.007 0.021 0.021 164 G 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.002 0.001 165 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 166 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 167 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 168 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 169 C 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 170 G 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.017 0.001 171 Y 0.001 0.001 0.004 0.948 0.001 0.045 0.001 172 L 0.001 0.001 0.014 0.882 0.010 0.074 0.018 173 K 0.001 0.001 0.048 0.620 0.028 0.267 0.035 174 G 0.001 0.001 0.061 0.235 0.031 0.604 0.068 175 Y 0.003 0.008 0.109 0.161 0.130 0.324 0.265 176 S 0.007 0.007 0.086 0.061 0.189 0.193 0.457 177 G 0.006 0.003 0.162 0.061 0.103 0.513 0.153 178 K 0.029 0.005 0.185 0.095 0.156 0.369 0.161 179 R 0.161 0.084 0.119 0.041 0.144 0.162 0.290 180 Y 0.374 0.023 0.013 0.005 0.033 0.014 0.539 181 K 0.358 0.002 0.009 0.003 0.367 0.019 0.242 182 S 0.968 0.001 0.004 0.001 0.006 0.007 0.012 183 C 0.982 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 184 S 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 185 A 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 186 F 0.821 0.004 0.001 0.001 0.024 0.007 0.141 187 A 0.394 0.007 0.006 0.002 0.178 0.015 0.398 188 P 0.157 0.010 0.042 0.005 0.226 0.109 0.452 189 I 0.198 0.032 0.054 0.009 0.230 0.152 0.325 190 V 0.162 0.079 0.045 0.016 0.331 0.061 0.306 191 N 0.073 0.024 0.022 0.005 0.130 0.024 0.722 192 P 0.008 0.005 0.440 0.049 0.055 0.336 0.108 193 S 0.005 0.006 0.330 0.046 0.060 0.495 0.058 194 N 0.008 0.013 0.374 0.060 0.131 0.261 0.152 195 V 0.015 0.016 0.044 0.036 0.329 0.048 0.513 196 P 0.022 0.022 0.064 0.072 0.124 0.193 0.503 197 W 0.019 0.023 0.076 0.130 0.140 0.397 0.215 198 G 0.030 0.019 0.062 0.217 0.109 0.207 0.356 199 Q 0.038 0.012 0.087 0.397 0.090 0.065 0.312 200 K 0.032 0.009 0.094 0.606 0.062 0.088 0.109 201 A 0.026 0.009 0.094 0.663 0.037 0.076 0.097 202 F 0.023 0.010 0.097 0.663 0.037 0.073 0.097 203 K 0.018 0.007 0.131 0.594 0.034 0.160 0.055 204 G 0.011 0.002 0.155 0.430 0.040 0.294 0.067 205 Y 0.019 0.014 0.164 0.269 0.099 0.233 0.202 206 L 0.026 0.028 0.080 0.160 0.192 0.300 0.213 207 G 0.016 0.010 0.042 0.058 0.244 0.209 0.422 208 E 0.013 0.016 0.054 0.099 0.189 0.131 0.497 209 E 0.015 0.016 0.060 0.141 0.126 0.095 0.548 210 K 0.006 0.004 0.141 0.607 0.034 0.079 0.128 211 A 0.009 0.005 0.153 0.674 0.025 0.068 0.065 212 Q 0.010 0.008 0.149 0.710 0.017 0.058 0.049 213 W 0.011 0.006 0.196 0.674 0.017 0.052 0.045 214 E 0.016 0.005 0.194 0.599 0.030 0.109 0.046 215 A 0.020 0.006 0.125 0.526 0.044 0.204 0.076 216 Y 0.019 0.024 0.039 0.424 0.182 0.121 0.191 217 D 0.015 0.012 0.020 0.102 0.149 0.041 0.662 218 P 0.002 0.001 0.159 0.586 0.019 0.188 0.046 219 C 0.004 0.003 0.238 0.545 0.026 0.155 0.029 220 L 0.008 0.009 0.304 0.506 0.032 0.085 0.055 221 L 0.017 0.011 0.097 0.724 0.019 0.063 0.069 222 I 0.007 0.005 0.118 0.805 0.010 0.026 0.029 223 K 0.007 0.003 0.195 0.680 0.014 0.085 0.016 224 N 0.006 0.002 0.139 0.623 0.016 0.185 0.029 225 I 0.023 0.011 0.162 0.409 0.109 0.081 0.204 226 R 0.019 0.010 0.193 0.314 0.062 0.225 0.178 227 H 0.017 0.007 0.143 0.204 0.082 0.380 0.166 228 V 0.028 0.012 0.091 0.057 0.183 0.225 0.404 229 G 0.022 0.008 0.057 0.025 0.176 0.466 0.246 230 D 0.054 0.007 0.022 0.005 0.326 0.252 0.333 231 D 0.089 0.006 0.003 0.001 0.255 0.017 0.630 232 R 0.458 0.006 0.003 0.001 0.063 0.009 0.461 233 I 0.921 0.003 0.002 0.001 0.010 0.001 0.063 234 L 0.983 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 235 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 236 H 0.956 0.006 0.001 0.002 0.002 0.002 0.031 237 V 0.812 0.005 0.002 0.003 0.016 0.022 0.140 238 G 0.293 0.007 0.009 0.005 0.291 0.125 0.270 239 D 0.140 0.021 0.034 0.016 0.240 0.392 0.157 240 S 0.064 0.025 0.058 0.040 0.291 0.300 0.224 241 D 0.026 0.017 0.057 0.022 0.243 0.034 0.600 242 P 0.011 0.005 0.147 0.116 0.131 0.492 0.099 243 F 0.019 0.012 0.183 0.245 0.071 0.364 0.106 244 L 0.048 0.045 0.137 0.309 0.174 0.061 0.227 245 E 0.031 0.015 0.156 0.256 0.051 0.065 0.426 246 E 0.005 0.003 0.343 0.284 0.044 0.295 0.026 247 H 0.004 0.005 0.160 0.241 0.032 0.494 0.065 248 L 0.009 0.028 0.036 0.236 0.177 0.127 0.388 249 K 0.006 0.010 0.003 0.072 0.124 0.024 0.761 250 P 0.001 0.001 0.014 0.928 0.005 0.016 0.036 251 E 0.001 0.001 0.010 0.983 0.001 0.004 0.002 252 L 0.001 0.001 0.008 0.988 0.001 0.002 0.001 253 L 0.001 0.001 0.006 0.988 0.001 0.004 0.002 254 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.003 0.001 255 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 256 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 257 V 0.001 0.001 0.004 0.985 0.001 0.006 0.003 258 K 0.001 0.001 0.009 0.950 0.002 0.036 0.003 259 A 0.001 0.001 0.014 0.815 0.007 0.160 0.004 260 T 0.001 0.001 0.013 0.335 0.022 0.614 0.016 261 S 0.002 0.003 0.019 0.066 0.081 0.641 0.189 262 W 0.012 0.011 0.040 0.034 0.203 0.057 0.645 263 Q 0.031 0.007 0.315 0.046 0.088 0.130 0.384 264 D 0.076 0.016 0.350 0.047 0.166 0.231 0.114 265 Y 0.269 0.026 0.143 0.018 0.115 0.115 0.314 266 V 0.541 0.009 0.012 0.004 0.053 0.026 0.355 267 E 0.875 0.008 0.003 0.002 0.005 0.007 0.101 268 I 0.960 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 269 K 0.971 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.020 270 K 0.949 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.040 271 V 0.672 0.021 0.002 0.002 0.027 0.006 0.270 272 H 0.151 0.005 0.008 0.005 0.112 0.562 0.157 273 G 0.015 0.001 0.008 0.001 0.161 0.714 0.099 274 F 0.091 0.032 0.015 0.009 0.250 0.122 0.481 275 D 0.214 0.055 0.020 0.016 0.154 0.105 0.438 276 H 0.298 0.059 0.053 0.025 0.190 0.077 0.297 277 S 0.251 0.021 0.091 0.063 0.101 0.119 0.354 278 Y 0.261 0.020 0.117 0.110 0.139 0.117 0.236 279 Y 0.238 0.040 0.097 0.114 0.133 0.103 0.273 280 F 0.196 0.043 0.123 0.149 0.139 0.118 0.232 281 V 0.124 0.022 0.105 0.175 0.156 0.128 0.290 282 S 0.048 0.009 0.177 0.198 0.130 0.180 0.257 283 T 0.020 0.011 0.155 0.235 0.147 0.261 0.171 284 F 0.015 0.023 0.117 0.323 0.101 0.196 0.224 285 V 0.006 0.005 0.036 0.711 0.057 0.025 0.160 286 P 0.002 0.001 0.038 0.898 0.008 0.027 0.026 287 E 0.002 0.002 0.029 0.931 0.005 0.020 0.010 288 H 0.001 0.001 0.015 0.967 0.001 0.013 0.003 289 A 0.001 0.001 0.006 0.979 0.001 0.011 0.002 290 E 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.009 0.002 291 F 0.001 0.001 0.004 0.983 0.001 0.007 0.004 292 H 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.008 0.002 293 A 0.001 0.001 0.008 0.974 0.002 0.012 0.003 294 R 0.001 0.001 0.009 0.931 0.002 0.054 0.003 295 N 0.001 0.001 0.011 0.822 0.006 0.143 0.018 296 L 0.002 0.004 0.022 0.480 0.072 0.292 0.128 297 G 0.004 0.004 0.020 0.102 0.088 0.458 0.324 298 L 0.008 0.008 0.008 0.031 0.081 0.044 0.821 299 I 0.004 0.002 0.003 0.007 0.016 0.006 0.962