# TARGET T0195 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0195.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2175 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.648 0.213 0.085 0.038 0.013 0.003 0.001 2 K 0.600 0.266 0.089 0.034 0.009 0.002 0.001 3 V 0.304 0.241 0.206 0.173 0.063 0.013 0.001 4 V 0.255 0.247 0.223 0.176 0.081 0.017 0.001 5 K 0.604 0.256 0.097 0.033 0.009 0.002 0.001 6 E 0.364 0.304 0.194 0.099 0.032 0.006 0.001 7 F 0.171 0.173 0.222 0.242 0.146 0.044 0.002 8 S 0.367 0.305 0.175 0.100 0.040 0.012 0.001 9 V 0.217 0.216 0.221 0.201 0.107 0.035 0.003 10 C 0.207 0.180 0.188 0.215 0.149 0.056 0.005 11 G 0.307 0.261 0.186 0.132 0.073 0.034 0.006 12 G 0.181 0.175 0.204 0.212 0.153 0.067 0.009 13 R 0.254 0.291 0.203 0.137 0.076 0.033 0.005 14 L 0.055 0.104 0.174 0.261 0.246 0.139 0.022 15 I 0.092 0.174 0.212 0.226 0.181 0.101 0.016 16 K 0.099 0.233 0.264 0.213 0.125 0.056 0.010 17 L 0.034 0.064 0.131 0.258 0.305 0.184 0.025 18 S 0.108 0.250 0.271 0.202 0.110 0.051 0.008 19 H 0.068 0.092 0.151 0.263 0.268 0.142 0.017 20 N 0.236 0.268 0.214 0.162 0.081 0.034 0.004 21 S 0.255 0.229 0.190 0.175 0.103 0.043 0.005 22 N 0.483 0.283 0.132 0.067 0.026 0.009 0.001 23 S 0.402 0.250 0.157 0.116 0.056 0.017 0.002 24 T 0.506 0.255 0.139 0.069 0.024 0.007 0.001 25 K 0.499 0.323 0.113 0.044 0.016 0.004 0.001 26 T 0.150 0.270 0.272 0.198 0.087 0.020 0.003 27 S 0.075 0.267 0.257 0.230 0.121 0.044 0.006 28 M 0.008 0.030 0.087 0.226 0.347 0.259 0.042 29 N 0.004 0.050 0.210 0.364 0.246 0.103 0.021 30 V 0.001 0.001 0.005 0.027 0.148 0.580 0.239 31 N 0.001 0.007 0.034 0.144 0.340 0.365 0.109 32 I 0.001 0.004 0.011 0.027 0.097 0.483 0.376 33 Y 0.002 0.008 0.019 0.064 0.195 0.452 0.261 34 L 0.001 0.011 0.049 0.145 0.283 0.379 0.131 35 P 0.010 0.040 0.094 0.198 0.326 0.280 0.051 36 K 0.098 0.197 0.235 0.228 0.163 0.071 0.008 37 H 0.170 0.230 0.220 0.191 0.125 0.056 0.009 38 Y 0.172 0.163 0.192 0.226 0.173 0.069 0.006 39 Y 0.340 0.247 0.198 0.132 0.060 0.020 0.002 40 A 0.513 0.247 0.129 0.075 0.029 0.007 0.001 41 Q 0.723 0.168 0.059 0.031 0.015 0.004 0.001 42 D 0.615 0.229 0.093 0.043 0.015 0.003 0.001 43 F 0.311 0.308 0.212 0.123 0.038 0.008 0.001 44 P 0.567 0.271 0.100 0.046 0.014 0.002 0.001 45 R 0.598 0.267 0.098 0.031 0.006 0.001 0.001 46 N 0.429 0.295 0.176 0.083 0.015 0.001 0.001 47 K 0.300 0.429 0.194 0.064 0.012 0.001 0.001 48 R 0.032 0.286 0.372 0.235 0.066 0.009 0.001 49 I 0.001 0.002 0.024 0.193 0.506 0.264 0.011 50 P 0.001 0.001 0.001 0.018 0.179 0.629 0.173 51 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.288 0.695 52 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.947 53 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.970 54 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 0.956 55 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.092 0.901 56 S 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.206 0.759 57 G 0.001 0.002 0.005 0.020 0.076 0.310 0.587 58 L 0.002 0.006 0.015 0.047 0.127 0.361 0.443 59 T 0.005 0.017 0.036 0.083 0.170 0.371 0.317 60 C 0.013 0.023 0.038 0.089 0.191 0.379 0.267 61 T 0.039 0.071 0.114 0.180 0.219 0.239 0.139 62 P 0.109 0.144 0.162 0.190 0.167 0.148 0.081 63 D 0.196 0.216 0.173 0.159 0.114 0.088 0.054 64 N 0.195 0.202 0.163 0.151 0.127 0.104 0.056 65 A 0.143 0.135 0.144 0.177 0.174 0.153 0.074 66 S 0.134 0.154 0.152 0.167 0.150 0.158 0.086 67 E 0.119 0.164 0.166 0.169 0.147 0.151 0.083 68 K 0.058 0.086 0.114 0.164 0.206 0.236 0.137 69 A 0.031 0.071 0.133 0.196 0.229 0.229 0.112 70 F 0.035 0.092 0.134 0.179 0.229 0.226 0.104 71 W 0.008 0.016 0.034 0.086 0.214 0.406 0.234 72 Q 0.015 0.032 0.056 0.133 0.245 0.362 0.157 73 F 0.023 0.120 0.236 0.279 0.196 0.121 0.025 74 Q 0.010 0.061 0.161 0.294 0.293 0.155 0.026 75 A 0.007 0.010 0.022 0.089 0.308 0.454 0.110 76 D 0.026 0.127 0.239 0.343 0.210 0.051 0.004 77 K 0.195 0.452 0.224 0.093 0.028 0.007 0.001 78 Y 0.015 0.142 0.319 0.333 0.159 0.029 0.003 79 G 0.014 0.106 0.248 0.332 0.207 0.080 0.014 80 F 0.001 0.001 0.004 0.029 0.197 0.592 0.177 81 A 0.001 0.001 0.001 0.012 0.103 0.517 0.366 82 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.164 0.826 83 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.076 0.921 84 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.151 0.827 85 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.033 0.242 0.719 86 D 0.001 0.004 0.020 0.083 0.202 0.385 0.305 87 T 0.001 0.008 0.030 0.100 0.252 0.441 0.167 88 S 0.006 0.045 0.119 0.222 0.290 0.251 0.068 89 P 0.021 0.048 0.088 0.171 0.299 0.309 0.065 90 R 0.041 0.143 0.247 0.278 0.179 0.096 0.016 91 G 0.054 0.122 0.199 0.272 0.228 0.112 0.015 92 D 0.203 0.285 0.253 0.160 0.072 0.023 0.004 93 E 0.347 0.308 0.189 0.102 0.041 0.012 0.002 94 V 0.086 0.090 0.144 0.251 0.264 0.147 0.018 95 A 0.227 0.255 0.198 0.166 0.096 0.050 0.008 96 N 0.302 0.272 0.174 0.129 0.079 0.036 0.007 97 D 0.209 0.229 0.202 0.180 0.110 0.056 0.015 98 P 0.219 0.193 0.182 0.173 0.126 0.084 0.023 99 E 0.221 0.227 0.185 0.143 0.108 0.083 0.033 100 G 0.129 0.149 0.187 0.205 0.172 0.109 0.049 101 S 0.149 0.127 0.124 0.159 0.177 0.171 0.093 102 W 0.100 0.087 0.103 0.152 0.179 0.216 0.162 103 D 0.122 0.126 0.122 0.148 0.155 0.182 0.145 104 F 0.114 0.087 0.094 0.128 0.153 0.207 0.217 105 G 0.089 0.095 0.107 0.154 0.172 0.202 0.183 106 Q 0.131 0.124 0.129 0.139 0.142 0.176 0.159 107 G 0.117 0.096 0.105 0.146 0.185 0.203 0.148 108 A 0.099 0.100 0.144 0.176 0.177 0.181 0.123 109 G 0.084 0.109 0.139 0.178 0.200 0.196 0.094 110 F 0.050 0.061 0.088 0.157 0.252 0.276 0.116 111 Y 0.055 0.077 0.122 0.186 0.255 0.233 0.072 112 L 0.070 0.096 0.149 0.232 0.237 0.179 0.037 113 N 0.200 0.213 0.179 0.168 0.133 0.084 0.023 114 A 0.094 0.137 0.183 0.236 0.207 0.121 0.022 115 T 0.266 0.235 0.185 0.158 0.101 0.046 0.008 116 Q 0.361 0.259 0.173 0.120 0.058 0.024 0.005 117 E 0.429 0.243 0.144 0.098 0.054 0.027 0.005 118 P 0.297 0.274 0.189 0.130 0.070 0.033 0.007 119 Y 0.133 0.180 0.214 0.231 0.159 0.072 0.012 120 A 0.143 0.193 0.195 0.194 0.155 0.099 0.022 121 Q 0.185 0.234 0.212 0.169 0.108 0.066 0.024 122 H 0.095 0.165 0.199 0.222 0.173 0.116 0.030 123 Y 0.035 0.069 0.134 0.226 0.273 0.215 0.048 124 Q 0.058 0.119 0.167 0.204 0.204 0.188 0.060 125 M 0.024 0.025 0.038 0.090 0.197 0.423 0.203 126 Y 0.026 0.051 0.092 0.174 0.249 0.293 0.115 127 D 0.024 0.082 0.165 0.232 0.229 0.212 0.056 128 Y 0.014 0.041 0.085 0.166 0.324 0.299 0.071 129 I 0.005 0.014 0.035 0.095 0.272 0.462 0.117 130 H 0.005 0.019 0.046 0.133 0.299 0.414 0.084 131 K 0.064 0.256 0.303 0.230 0.110 0.033 0.004 132 E 0.020 0.201 0.379 0.276 0.101 0.021 0.003 133 L 0.001 0.002 0.006 0.039 0.224 0.594 0.135 134 P 0.003 0.030 0.134 0.377 0.345 0.102 0.007 135 Q 0.071 0.506 0.320 0.084 0.015 0.003 0.001 136 T 0.002 0.028 0.170 0.420 0.303 0.073 0.003 137 L 0.001 0.002 0.009 0.071 0.355 0.516 0.046 138 D 0.015 0.168 0.361 0.327 0.113 0.015 0.001 139 S 0.142 0.449 0.264 0.106 0.030 0.007 0.001 140 H 0.013 0.090 0.231 0.323 0.235 0.102 0.006 141 F 0.054 0.118 0.241 0.324 0.199 0.060 0.004 142 N 0.276 0.289 0.204 0.139 0.070 0.020 0.002 143 K 0.403 0.249 0.164 0.105 0.056 0.021 0.002 144 N 0.518 0.235 0.113 0.077 0.039 0.016 0.002 145 G 0.475 0.224 0.140 0.096 0.049 0.016 0.001 146 D 0.476 0.214 0.123 0.095 0.066 0.024 0.002 147 V 0.212 0.214 0.219 0.208 0.113 0.031 0.002 148 K 0.195 0.280 0.234 0.180 0.085 0.023 0.002 149 L 0.138 0.253 0.280 0.218 0.088 0.020 0.002 150 D 0.093 0.273 0.285 0.211 0.105 0.030 0.003 151 F 0.003 0.009 0.031 0.149 0.409 0.363 0.035 152 L 0.005 0.053 0.181 0.353 0.295 0.102 0.010 153 D 0.051 0.281 0.265 0.192 0.112 0.074 0.025 154 N 0.002 0.018 0.075 0.241 0.371 0.245 0.047 155 V 0.001 0.001 0.004 0.024 0.137 0.528 0.305 156 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.231 0.740 157 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.133 0.848 158 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.122 0.860 159 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.036 0.189 0.767 160 H 0.001 0.002 0.005 0.018 0.058 0.225 0.691 161 S 0.002 0.006 0.014 0.034 0.080 0.254 0.610 162 M 0.003 0.008 0.022 0.049 0.099 0.282 0.536 163 G 0.005 0.008 0.016 0.041 0.094 0.258 0.578 164 G 0.009 0.010 0.009 0.020 0.059 0.228 0.664 165 Y 0.008 0.013 0.019 0.041 0.072 0.185 0.661 166 G 0.003 0.008 0.017 0.032 0.048 0.151 0.743 167 A 0.001 0.002 0.003 0.011 0.032 0.151 0.801 168 I 0.001 0.001 0.004 0.017 0.055 0.223 0.700 169 C 0.001 0.001 0.004 0.015 0.062 0.284 0.634 170 G 0.001 0.002 0.004 0.011 0.052 0.332 0.597 171 Y 0.001 0.002 0.006 0.024 0.123 0.472 0.373 172 L 0.001 0.007 0.025 0.101 0.280 0.446 0.140 173 K 0.007 0.055 0.131 0.265 0.297 0.205 0.041 174 G 0.041 0.153 0.238 0.271 0.192 0.093 0.013 175 Y 0.055 0.162 0.235 0.284 0.185 0.069 0.009 176 S 0.222 0.303 0.222 0.147 0.074 0.028 0.005 177 G 0.207 0.268 0.240 0.188 0.079 0.016 0.002 178 K 0.192 0.455 0.238 0.083 0.025 0.006 0.001 179 R 0.004 0.068 0.248 0.377 0.230 0.068 0.006 180 Y 0.001 0.001 0.005 0.050 0.311 0.547 0.086 181 K 0.001 0.010 0.076 0.301 0.424 0.167 0.022 182 S 0.001 0.002 0.007 0.028 0.106 0.511 0.346 183 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.191 0.791 184 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.095 0.893 185 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.094 0.893 186 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.128 0.861 187 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.170 0.803 188 P 0.001 0.001 0.002 0.007 0.036 0.235 0.719 189 I 0.001 0.001 0.004 0.023 0.096 0.337 0.538 190 V 0.001 0.002 0.006 0.021 0.090 0.411 0.470 191 N 0.003 0.016 0.048 0.140 0.272 0.355 0.166 192 P 0.009 0.030 0.075 0.157 0.261 0.325 0.143 193 S 0.060 0.136 0.164 0.202 0.195 0.169 0.074 194 N 0.111 0.175 0.193 0.206 0.168 0.116 0.032 195 V 0.103 0.137 0.173 0.224 0.199 0.134 0.029 196 P 0.291 0.224 0.163 0.137 0.098 0.068 0.020 197 W 0.177 0.204 0.195 0.183 0.133 0.083 0.025 198 G 0.159 0.152 0.157 0.190 0.180 0.130 0.033 199 Q 0.154 0.200 0.211 0.200 0.135 0.081 0.020 200 K 0.258 0.300 0.210 0.127 0.065 0.032 0.009 201 A 0.092 0.147 0.196 0.236 0.198 0.111 0.020 202 F 0.074 0.066 0.105 0.222 0.290 0.211 0.033 203 K 0.171 0.250 0.256 0.189 0.091 0.038 0.006 204 G 0.166 0.265 0.249 0.178 0.096 0.039 0.007 205 Y 0.055 0.092 0.151 0.240 0.269 0.168 0.024 206 L 0.059 0.087 0.153 0.255 0.258 0.171 0.017 207 G 0.259 0.257 0.202 0.159 0.086 0.033 0.004 208 E 0.432 0.280 0.147 0.087 0.041 0.012 0.002 209 E 0.505 0.255 0.128 0.071 0.030 0.010 0.001 210 K 0.463 0.286 0.147 0.071 0.024 0.008 0.001 211 A 0.466 0.286 0.141 0.072 0.028 0.008 0.001 212 Q 0.253 0.284 0.224 0.150 0.069 0.018 0.002 213 W 0.066 0.103 0.184 0.300 0.238 0.098 0.010 214 E 0.290 0.348 0.204 0.103 0.038 0.014 0.003 215 A 0.144 0.220 0.238 0.201 0.123 0.064 0.011 216 Y 0.061 0.074 0.119 0.230 0.283 0.200 0.032 217 D 0.108 0.162 0.182 0.206 0.172 0.136 0.034 218 P 0.053 0.077 0.113 0.182 0.231 0.265 0.080 219 C 0.035 0.085 0.141 0.202 0.246 0.226 0.065 220 L 0.045 0.124 0.192 0.233 0.222 0.148 0.036 221 L 0.015 0.049 0.106 0.211 0.307 0.259 0.053 222 I 0.017 0.033 0.087 0.227 0.373 0.240 0.023 223 K 0.152 0.361 0.286 0.147 0.044 0.009 0.001 224 N 0.081 0.249 0.292 0.242 0.103 0.029 0.003 225 I 0.010 0.037 0.113 0.301 0.382 0.150 0.007 226 R 0.186 0.365 0.248 0.140 0.047 0.013 0.001 227 H 0.438 0.295 0.151 0.083 0.027 0.005 0.001 228 V 0.199 0.224 0.257 0.204 0.099 0.016 0.001 229 G 0.431 0.349 0.149 0.053 0.015 0.003 0.001 230 D 0.088 0.303 0.288 0.208 0.085 0.025 0.003 231 D 0.002 0.025 0.092 0.265 0.403 0.196 0.015 232 R 0.001 0.005 0.035 0.196 0.397 0.304 0.064 233 I 0.001 0.001 0.002 0.009 0.069 0.518 0.402 234 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.033 0.323 0.639 235 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.139 0.850 236 H 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 0.237 0.723 237 V 0.001 0.001 0.003 0.019 0.112 0.465 0.401 238 G 0.001 0.005 0.024 0.097 0.287 0.457 0.129 239 D 0.019 0.108 0.217 0.286 0.223 0.122 0.026 240 S 0.075 0.217 0.233 0.220 0.149 0.086 0.021 241 D 0.051 0.090 0.165 0.263 0.265 0.147 0.019 242 P 0.148 0.258 0.244 0.180 0.109 0.053 0.008 243 F 0.058 0.109 0.176 0.242 0.234 0.156 0.025 244 L 0.043 0.084 0.150 0.257 0.292 0.158 0.016 245 E 0.202 0.304 0.246 0.150 0.068 0.025 0.004 246 E 0.314 0.280 0.185 0.133 0.061 0.023 0.003 247 H 0.346 0.299 0.182 0.101 0.050 0.020 0.002 248 L 0.075 0.176 0.262 0.260 0.175 0.048 0.004 249 K 0.038 0.164 0.219 0.244 0.209 0.114 0.012 250 P 0.004 0.016 0.052 0.190 0.386 0.320 0.033 251 E 0.049 0.283 0.361 0.218 0.072 0.015 0.001 252 L 0.006 0.084 0.321 0.364 0.188 0.035 0.002 253 L 0.001 0.001 0.002 0.019 0.168 0.664 0.145 254 L 0.001 0.014 0.094 0.351 0.399 0.135 0.007 255 E 0.038 0.487 0.348 0.106 0.018 0.003 0.001 256 A 0.001 0.021 0.149 0.472 0.302 0.054 0.001 257 V 0.001 0.003 0.019 0.150 0.528 0.290 0.010 258 K 0.061 0.391 0.386 0.141 0.020 0.001 0.001 259 A 0.512 0.386 0.083 0.016 0.002 0.001 0.001 260 T 0.180 0.340 0.313 0.136 0.028 0.003 0.001 261 S 0.588 0.278 0.093 0.033 0.007 0.001 0.001 262 W 0.205 0.224 0.278 0.218 0.069 0.006 0.001 263 Q 0.611 0.270 0.084 0.027 0.007 0.001 0.001 264 D 0.427 0.335 0.159 0.063 0.014 0.002 0.001 265 Y 0.208 0.302 0.251 0.170 0.058 0.011 0.001 266 V 0.028 0.084 0.195 0.333 0.274 0.079 0.005 267 E 0.054 0.206 0.305 0.266 0.126 0.039 0.004 268 I 0.011 0.021 0.050 0.178 0.371 0.333 0.036 269 K 0.043 0.180 0.263 0.271 0.167 0.068 0.009 270 K 0.038 0.205 0.289 0.258 0.139 0.063 0.007 271 V 0.014 0.042 0.109 0.257 0.356 0.197 0.024 272 H 0.195 0.311 0.247 0.152 0.066 0.023 0.005 273 G 0.291 0.306 0.184 0.121 0.058 0.031 0.007 274 F 0.037 0.081 0.157 0.263 0.266 0.169 0.025 275 D 0.051 0.114 0.210 0.272 0.209 0.115 0.028 276 H 0.016 0.018 0.030 0.076 0.187 0.457 0.217 277 S 0.024 0.048 0.083 0.171 0.271 0.297 0.105 278 Y 0.022 0.039 0.069 0.115 0.202 0.348 0.205 279 Y 0.016 0.041 0.078 0.167 0.272 0.322 0.104 280 F 0.020 0.053 0.110 0.200 0.278 0.266 0.073 281 V 0.058 0.119 0.155 0.206 0.231 0.187 0.045 282 S 0.135 0.230 0.240 0.206 0.124 0.056 0.010 283 T 0.242 0.314 0.208 0.124 0.066 0.034 0.013 284 F 0.034 0.095 0.142 0.233 0.260 0.200 0.035 285 V 0.019 0.043 0.086 0.215 0.329 0.269 0.039 286 P 0.153 0.334 0.288 0.151 0.054 0.017 0.003 287 E 0.080 0.266 0.330 0.216 0.083 0.022 0.003 288 H 0.012 0.015 0.027 0.091 0.279 0.479 0.097 289 A 0.018 0.058 0.165 0.342 0.300 0.110 0.007 290 E 0.113 0.379 0.322 0.142 0.036 0.007 0.001 291 F 0.037 0.065 0.153 0.310 0.306 0.121 0.007 292 H 0.041 0.022 0.028 0.081 0.264 0.487 0.077 293 A 0.144 0.215 0.267 0.252 0.100 0.021 0.001 294 R 0.265 0.438 0.208 0.072 0.015 0.002 0.001 295 N 0.102 0.189 0.232 0.257 0.160 0.057 0.004 296 L 0.107 0.122 0.192 0.282 0.225 0.069 0.003 297 G 0.652 0.246 0.072 0.022 0.006 0.001 0.001 298 L 0.661 0.205 0.089 0.036 0.009 0.001 0.001 299 I 0.602 0.219 0.106 0.051 0.017 0.004 0.001