; SAM: /projects/compbio/bin/i686/prettyalign v3.5 (May 1, 2004) compiled 07/27/04_17:12:31 ; (c) 1992-2001 Regents of the University of California, Santa Cruz ; ; Sequence Alignment and Modeling Software System ; http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html ; ; ----------------- Citations (SAM, SAM-T2K, HMMs) -------------------- ; R. Hughey, A. Krogh, Hidden Markov models for sequence analysis: ; Extension and analysis of the basic method, CABIOS 12:95-107, 1996. ; K. Karplus, et al., What is the value added by human intervention in protein ; structure prediction, Proteins: Stucture, Function, Genetics 45(S5):86--91, 2001. ; A. 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d18qwG.....I.....ME.....F.....NGA.EQ.....AIKDIN.....A.....KGG..I 2lbp .....-.....-.....--.....-d23efNGA.EQ.....AIKDIN.....A.....KGG..I 2lbp .....-.....-.....--.....-.....---.--.....------.....-.....---..- 2lbp .....-.....-.....--.....-.....---.--.....------.....-.....---..- 2lbp d18qwG.....I.....ME.....F.....NGA.EQ.....AIKDIN.....A.....KGG..I 2lbp d18qwG.....I.....ME.....F.....NGA.EQ.....AIKDIN.....A.....KGG..I 2lbp .....-.....-.....--.....-.....---.--.....------.....-.....---..- 2lbp .....-.....-.....--.....-.....---.--.....------.....-.....---..- 2lbp d314v-.....-.....--.....-.....---.--.....------.....-.....---..- 2lbp d277v-.....-.....--.....-.....---.--.....------.....-.....---..- 2lbp .....-.....-.....-D.....D.....IKV.AV.....VGAMSG.....P.....IAQ..W 2lbp .....-.....-.....-D.....D.....IKV.AV.....VGAMSG.....P.....IAQ..W 2lbp .....-.....-.....--.....-.....---.--.....------.....-.....---..- 2lbp .....-.....-.....--.....-.....---.--.....------.....-.....---..- 2lbp 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d....-.....-.....--.....-.....---.--.....------.....-.....---..- 2lbp dd...-.....-.....--.....-.....---.--.....------.....-.....---..- 2liv .....-.....-.....--.....-.....--E.DI.....KVAVVG.....A.....MSG..P 2liv .....-.....-.....--.....-.....--E.DI.....KVAVVG.....A.....MSG..P 2liv .....-.....-.....--.....-.....---.--.....------.....-.....---..- 2liv .....-.....-.....--.....-.....---.--.....------.....-.....---..- 2liv e18qyG.....D.....QE.....F.....TGA.EQ.....AVADIN.....A.....KGG..I 2liv e18qyG.....D.....QE.....F.....TGA.EQ.....AVADIN.....A.....KGG..I 2liv .....-.....-.....--.....-.....---.--.....------.....-.....---..- 2liv .....-.....-.....--.....-.....---.--.....------.....-.....---..- 2liv e312v-.....-.....--.....-.....---.--.....------.....-.....---..- 2liv e145h-.....-.....--.....-.....---.--.....------.....-.....---..- 2liv .....-.....-.....--.....-.....---.--.....------.....-.....---..- 2liv .....-.....-.....--.....-.....---.--.....------.....-.....---..- 2liv 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