# TARGET T0282 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0282.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 235 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.035 0.055 0.004 0.014 0.190 0.702 2 N 0.040 0.089 0.005 0.015 0.478 0.373 3 P 0.028 0.050 0.012 0.016 0.595 0.300 4 N 0.009 0.015 0.014 0.014 0.741 0.207 5 F 0.020 0.035 0.011 0.008 0.558 0.368 6 T 0.027 0.081 0.012 0.018 0.263 0.600 7 T 0.016 0.050 0.022 0.029 0.480 0.402 8 E 0.015 0.019 0.090 0.121 0.571 0.184 9 H 0.023 0.027 0.113 0.160 0.512 0.165 10 T 0.043 0.027 0.208 0.201 0.427 0.094 11 W 0.071 0.023 0.169 0.283 0.341 0.112 12 Q 0.061 0.011 0.147 0.262 0.325 0.194 13 G 0.088 0.017 0.067 0.151 0.346 0.331 14 R 0.147 0.059 0.035 0.085 0.261 0.413 15 H 0.141 0.095 0.015 0.050 0.202 0.497 16 D 0.055 0.028 0.018 0.042 0.511 0.346 17 P 0.007 0.003 0.138 0.111 0.634 0.106 18 E 0.004 0.003 0.189 0.120 0.615 0.071 19 D 0.008 0.007 0.183 0.106 0.629 0.067 20 G 0.023 0.013 0.095 0.185 0.448 0.235 21 Q 0.036 0.017 0.066 0.245 0.371 0.266 22 A 0.054 0.023 0.077 0.295 0.331 0.219 23 G 0.109 0.021 0.058 0.222 0.298 0.292 24 R 0.157 0.008 0.095 0.229 0.258 0.253 25 R 0.322 0.016 0.105 0.238 0.178 0.141 26 V 0.408 0.014 0.058 0.265 0.145 0.110 27 H 0.452 0.010 0.031 0.222 0.141 0.144 28 H 0.399 0.006 0.016 0.155 0.154 0.270 29 I 0.386 0.020 0.014 0.140 0.156 0.284 30 A 0.293 0.034 0.012 0.106 0.176 0.379 31 C 0.191 0.013 0.017 0.065 0.213 0.500 32 P 0.113 0.011 0.227 0.143 0.257 0.250 33 I 0.115 0.018 0.234 0.133 0.242 0.257 34 Q 0.110 0.012 0.229 0.128 0.255 0.267 35 V 0.098 0.013 0.059 0.075 0.304 0.451 36 G 0.072 0.020 0.034 0.067 0.286 0.521 37 E 0.059 0.020 0.046 0.081 0.359 0.434 38 L 0.041 0.015 0.075 0.095 0.426 0.348 39 A 0.036 0.016 0.085 0.080 0.447 0.337 40 N 0.040 0.011 0.221 0.091 0.506 0.131 41 Q 0.031 0.017 0.162 0.058 0.557 0.175 42 E 0.043 0.008 0.075 0.014 0.622 0.237 43 P 0.141 0.006 0.013 0.007 0.481 0.353 44 G 0.366 0.005 0.003 0.002 0.194 0.430 45 V 0.945 0.002 0.001 0.001 0.013 0.038 46 A 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 47 L 0.988 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 48 I 0.946 0.001 0.001 0.001 0.009 0.044 49 G 0.877 0.003 0.001 0.001 0.023 0.096 50 F 0.653 0.027 0.001 0.002 0.088 0.228 51 E 0.438 0.022 0.008 0.004 0.240 0.287 52 C 0.168 0.016 0.048 0.013 0.404 0.351 53 D 0.090 0.045 0.101 0.023 0.539 0.202 54 A 0.085 0.017 0.074 0.050 0.549 0.226 55 G 0.060 0.012 0.044 0.047 0.567 0.270 56 V 0.103 0.078 0.054 0.099 0.457 0.210 57 E 0.082 0.026 0.074 0.182 0.394 0.241 58 R 0.075 0.025 0.104 0.205 0.392 0.198 59 N 0.051 0.022 0.068 0.185 0.483 0.192 60 K 0.038 0.026 0.050 0.147 0.477 0.261 61 G 0.026 0.015 0.036 0.127 0.434 0.361 62 R 0.024 0.016 0.021 0.096 0.386 0.457 63 T 0.042 0.040 0.041 0.122 0.384 0.370 64 G 0.052 0.048 0.076 0.124 0.502 0.199 65 A 0.058 0.017 0.149 0.208 0.471 0.097 66 K 0.058 0.018 0.146 0.240 0.422 0.116 67 H 0.084 0.041 0.076 0.242 0.356 0.201 68 A 0.050 0.031 0.016 0.235 0.243 0.424 69 P 0.001 0.001 0.010 0.958 0.022 0.010 70 S 0.001 0.001 0.005 0.984 0.009 0.001 71 L 0.001 0.001 0.005 0.987 0.007 0.001 72 I 0.001 0.001 0.002 0.989 0.007 0.002 73 K 0.001 0.001 0.001 0.986 0.008 0.004 74 Q 0.002 0.001 0.002 0.965 0.020 0.011 75 A 0.001 0.001 0.003 0.947 0.026 0.022 76 L 0.002 0.002 0.005 0.928 0.033 0.029 77 A 0.002 0.001 0.014 0.858 0.069 0.055 78 N 0.003 0.002 0.021 0.680 0.146 0.148 79 L 0.007 0.003 0.050 0.383 0.290 0.269 80 A 0.013 0.008 0.057 0.278 0.363 0.281 81 W 0.017 0.012 0.067 0.213 0.390 0.302 82 H 0.017 0.010 0.083 0.128 0.475 0.287 83 H 0.026 0.009 0.055 0.047 0.429 0.435 84 P 0.050 0.018 0.047 0.025 0.403 0.458 85 I 0.074 0.009 0.024 0.016 0.306 0.570 86 P 0.256 0.012 0.018 0.014 0.176 0.523 87 I 0.612 0.023 0.014 0.013 0.080 0.258 88 Y 0.734 0.010 0.011 0.016 0.063 0.166 89 D 0.780 0.011 0.009 0.013 0.054 0.133 90 L 0.575 0.010 0.010 0.020 0.131 0.254 91 G 0.368 0.011 0.010 0.021 0.224 0.366 92 N 0.225 0.019 0.007 0.014 0.283 0.452 93 I 0.279 0.038 0.011 0.021 0.229 0.423 94 R 0.297 0.051 0.009 0.020 0.186 0.436 95 C 0.196 0.033 0.025 0.030 0.272 0.445 96 E 0.071 0.015 0.023 0.026 0.558 0.306 97 G 0.019 0.008 0.059 0.078 0.619 0.217 98 D 0.015 0.011 0.059 0.132 0.573 0.210 99 E 0.017 0.023 0.031 0.159 0.403 0.367 100 L 0.001 0.001 0.013 0.938 0.027 0.021 101 E 0.001 0.001 0.005 0.968 0.017 0.009 102 Q 0.001 0.001 0.006 0.974 0.015 0.005 103 A 0.001 0.001 0.004 0.979 0.009 0.006 104 Q 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.003 105 Q 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.002 106 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.004 107 C 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.006 108 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.005 109 Q 0.001 0.001 0.001 0.986 0.004 0.008 110 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 111 I 0.001 0.001 0.003 0.987 0.005 0.004 112 Q 0.001 0.001 0.010 0.969 0.014 0.007 113 Q 0.001 0.001 0.016 0.927 0.036 0.021 114 A 0.001 0.001 0.018 0.819 0.076 0.086 115 L 0.003 0.014 0.043 0.444 0.396 0.101 116 P 0.006 0.007 0.033 0.124 0.689 0.141 117 H 0.004 0.001 0.011 0.013 0.683 0.288 118 A 0.033 0.004 0.005 0.003 0.505 0.451 119 R 0.356 0.013 0.002 0.002 0.143 0.485 120 A 0.831 0.004 0.001 0.001 0.025 0.139 121 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 122 V 0.983 0.004 0.001 0.001 0.002 0.011 123 L 0.895 0.002 0.001 0.001 0.014 0.086 124 G 0.390 0.008 0.007 0.010 0.171 0.415 125 G 0.023 0.010 0.027 0.040 0.503 0.397 126 G 0.008 0.005 0.195 0.179 0.499 0.114 127 H 0.006 0.004 0.286 0.297 0.343 0.064 128 E 0.013 0.009 0.260 0.475 0.185 0.058 129 I 0.022 0.012 0.252 0.583 0.089 0.041 130 A 0.033 0.006 0.087 0.774 0.053 0.047 131 W 0.008 0.001 0.049 0.905 0.028 0.009 132 A 0.001 0.001 0.029 0.954 0.011 0.005 133 T 0.001 0.001 0.021 0.965 0.008 0.004 134 F 0.001 0.001 0.007 0.986 0.004 0.002 135 Q 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.004 136 G 0.001 0.001 0.006 0.989 0.003 0.001 137 L 0.001 0.001 0.007 0.984 0.006 0.002 138 A 0.001 0.001 0.009 0.968 0.016 0.006 139 Q 0.001 0.001 0.008 0.953 0.021 0.017 140 H 0.002 0.002 0.008 0.908 0.031 0.049 141 F 0.005 0.006 0.014 0.731 0.066 0.179 142 L 0.011 0.005 0.052 0.720 0.120 0.092 143 A 0.008 0.001 0.059 0.643 0.174 0.115 144 T 0.010 0.002 0.058 0.519 0.232 0.179 145 G 0.012 0.005 0.053 0.397 0.321 0.212 146 V 0.016 0.006 0.066 0.256 0.472 0.184 147 K 0.022 0.019 0.095 0.240 0.427 0.198 148 Q 0.033 0.037 0.058 0.032 0.495 0.345 149 P 0.026 0.006 0.012 0.005 0.444 0.506 150 R 0.038 0.003 0.006 0.002 0.199 0.753 151 I 0.383 0.009 0.003 0.002 0.143 0.461 152 G 0.849 0.002 0.001 0.001 0.026 0.121 153 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 154 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 155 N 0.966 0.002 0.001 0.001 0.006 0.026 156 F 0.825 0.003 0.003 0.004 0.046 0.119 157 D 0.455 0.009 0.015 0.010 0.240 0.272 158 A 0.220 0.020 0.046 0.027 0.339 0.348 159 H 0.170 0.023 0.082 0.033 0.416 0.275 160 F 0.247 0.062 0.074 0.045 0.363 0.209 161 D 0.130 0.057 0.058 0.044 0.518 0.193 162 L 0.077 0.027 0.066 0.085 0.511 0.233 163 R 0.042 0.022 0.030 0.051 0.533 0.322 164 T 0.022 0.025 0.017 0.025 0.714 0.196 165 F 0.023 0.027 0.031 0.045 0.603 0.270 166 E 0.016 0.043 0.049 0.038 0.611 0.243 167 S 0.010 0.019 0.048 0.024 0.668 0.231 168 E 0.010 0.018 0.039 0.029 0.416 0.488 169 L 0.017 0.053 0.084 0.046 0.394 0.407 170 A 0.018 0.030 0.076 0.043 0.514 0.318 171 P 0.028 0.027 0.108 0.046 0.463 0.328 172 V 0.041 0.037 0.074 0.041 0.465 0.342 173 R 0.045 0.026 0.058 0.051 0.390 0.430 174 P 0.061 0.065 0.045 0.065 0.410 0.354 175 S 0.059 0.046 0.036 0.077 0.428 0.354 176 S 0.034 0.025 0.024 0.163 0.356 0.398 177 G 0.010 0.009 0.015 0.231 0.230 0.505 178 T 0.004 0.004 0.020 0.838 0.045 0.089 179 P 0.001 0.001 0.006 0.987 0.004 0.002 180 F 0.001 0.001 0.006 0.986 0.006 0.002 181 N 0.001 0.001 0.004 0.986 0.007 0.002 182 Q 0.001 0.001 0.006 0.987 0.006 0.001 183 I 0.001 0.001 0.005 0.987 0.006 0.001 184 H 0.001 0.001 0.005 0.983 0.009 0.002 185 H 0.001 0.001 0.006 0.955 0.025 0.014 186 F 0.002 0.002 0.013 0.870 0.059 0.054 187 C 0.005 0.008 0.020 0.536 0.169 0.262 188 Q 0.010 0.007 0.112 0.333 0.343 0.196 189 Q 0.025 0.011 0.155 0.299 0.369 0.140 190 Q 0.018 0.008 0.171 0.296 0.339 0.169 191 G 0.029 0.014 0.077 0.116 0.451 0.314 192 W 0.027 0.010 0.038 0.047 0.469 0.409 193 D 0.033 0.013 0.060 0.026 0.555 0.312 194 F 0.061 0.005 0.045 0.019 0.583 0.286 195 H 0.330 0.005 0.024 0.009 0.327 0.305 196 Y 0.905 0.006 0.002 0.002 0.031 0.054 197 A 0.969 0.002 0.001 0.001 0.008 0.020 198 C 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 199 L 0.956 0.001 0.001 0.001 0.008 0.034 200 G 0.871 0.004 0.001 0.002 0.029 0.092 201 V 0.635 0.010 0.003 0.005 0.106 0.241 202 S 0.365 0.030 0.010 0.007 0.256 0.333 203 R 0.098 0.037 0.029 0.009 0.595 0.232 204 A 0.024 0.007 0.034 0.009 0.761 0.165 205 S 0.013 0.008 0.036 0.011 0.698 0.234 206 N 0.006 0.030 0.011 0.011 0.536 0.407 207 T 0.004 0.008 0.005 0.036 0.263 0.684 208 P 0.001 0.001 0.031 0.883 0.067 0.019 209 A 0.001 0.001 0.023 0.930 0.040 0.006 210 L 0.001 0.001 0.027 0.935 0.032 0.005 211 F 0.001 0.001 0.010 0.961 0.018 0.009 212 E 0.002 0.001 0.005 0.966 0.020 0.006 213 R 0.002 0.001 0.007 0.970 0.016 0.005 214 A 0.004 0.001 0.011 0.960 0.020 0.006 215 D 0.002 0.001 0.017 0.961 0.015 0.005 216 K 0.004 0.001 0.022 0.937 0.024 0.013 217 L 0.006 0.001 0.012 0.761 0.061 0.160 218 G 0.007 0.001 0.001 0.005 0.059 0.929 219 V 0.067 0.002 0.001 0.001 0.071 0.859 220 W 0.672 0.004 0.001 0.001 0.033 0.288 221 Y 0.965 0.005 0.001 0.001 0.004 0.025 222 V 0.952 0.006 0.001 0.001 0.003 0.039 223 E 0.590 0.007 0.001 0.009 0.028 0.365 224 D 0.010 0.001 0.110 0.718 0.106 0.055 225 K 0.003 0.001 0.126 0.694 0.157 0.019 226 A 0.001 0.001 0.097 0.769 0.124 0.008 227 F 0.004 0.002 0.047 0.813 0.107 0.027 228 S 0.004 0.001 0.036 0.869 0.066 0.024 229 P 0.005 0.001 0.034 0.811 0.111 0.038 230 L 0.003 0.001 0.019 0.644 0.158 0.175 231 S 0.002 0.003 0.006 0.076 0.153 0.760 232 L 0.004 0.002 0.027 0.418 0.213 0.334 233 K 0.004 0.002 0.041 0.713 0.146 0.095 234 D 0.003 0.001 0.049 0.840 0.071 0.035 235 H 0.006 0.001 0.035 0.917 0.022 0.019 236 L 0.005 0.001 0.015 0.948 0.014 0.017 237 T 0.001 0.001 0.009 0.972 0.009 0.008 238 Q 0.001 0.001 0.008 0.984 0.004 0.003 239 L 0.001 0.001 0.012 0.975 0.008 0.005 240 Q 0.001 0.001 0.047 0.931 0.015 0.005 241 H 0.002 0.001 0.039 0.908 0.036 0.015 242 F 0.004 0.002 0.048 0.817 0.076 0.054 243 I 0.016 0.016 0.089 0.528 0.241 0.110 244 D 0.018 0.006 0.113 0.117 0.599 0.148 245 D 0.017 0.004 0.143 0.050 0.592 0.193 246 C 0.063 0.013 0.030 0.008 0.576 0.310 247 D 0.146 0.004 0.004 0.001 0.229 0.616 248 Y 0.634 0.006 0.001 0.001 0.056 0.303 249 L 0.957 0.002 0.001 0.001 0.009 0.032 250 Y 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 251 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 252 T 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 253 I 0.924 0.003 0.001 0.001 0.015 0.057 254 D 0.860 0.009 0.002 0.002 0.065 0.061 255 L 0.589 0.012 0.034 0.009 0.282 0.072 256 D 0.244 0.007 0.122 0.020 0.518 0.089 257 V 0.252 0.019 0.118 0.046 0.492 0.072 258 F 0.190 0.059 0.044 0.033 0.430 0.245 259 P 0.100 0.033 0.035 0.020 0.400 0.413 260 A 0.012 0.002 0.739 0.022 0.174 0.052 261 A 0.010 0.005 0.788 0.016 0.147 0.033 262 S 0.008 0.005 0.814 0.022 0.128 0.022 263 A 0.026 0.027 0.174 0.023 0.612 0.138 264 P 0.027 0.008 0.069 0.014 0.692 0.190 265 G 0.038 0.016 0.053 0.011 0.737 0.144 266 V 0.085 0.031 0.028 0.009 0.618 0.229 267 S 0.084 0.030 0.014 0.008 0.304 0.559 268 A 0.163 0.025 0.010 0.008 0.215 0.579 269 P 0.250 0.142 0.020 0.017 0.214 0.358 270 A 0.159 0.143 0.027 0.025 0.498 0.148 271 A 0.126 0.023 0.051 0.024 0.636 0.139 272 R 0.052 0.004 0.033 0.021 0.725 0.165 273 G 0.091 0.026 0.016 0.016 0.582 0.267 274 V 0.088 0.136 0.006 0.014 0.175 0.581 275 S 0.040 0.033 0.007 0.033 0.140 0.747 276 L 0.001 0.001 0.029 0.916 0.029 0.026 277 E 0.001 0.001 0.015 0.952 0.021 0.011 278 A 0.001 0.001 0.014 0.976 0.008 0.002 279 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 280 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 281 P 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 282 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 283 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 284 D 0.001 0.001 0.003 0.992 0.004 0.002 285 R 0.001 0.001 0.005 0.982 0.008 0.005 286 I 0.001 0.001 0.006 0.969 0.015 0.010 287 L 0.001 0.001 0.016 0.950 0.022 0.011 288 H 0.003 0.004 0.031 0.795 0.116 0.051 289 Y 0.006 0.007 0.069 0.504 0.248 0.166 290 K 0.010 0.005 0.020 0.033 0.694 0.238 291 N 0.018 0.002 0.011 0.007 0.707 0.255 292 K 0.160 0.010 0.007 0.002 0.596 0.225 293 L 0.766 0.012 0.001 0.001 0.133 0.088 294 M 0.917 0.002 0.001 0.001 0.020 0.060 295 I 0.956 0.003 0.001 0.001 0.008 0.033 296 A 0.885 0.001 0.001 0.001 0.019 0.095 297 D 0.888 0.001 0.001 0.001 0.016 0.095 298 I 0.959 0.004 0.001 0.001 0.008 0.029 299 A 0.961 0.001 0.001 0.001 0.008 0.029 300 E 0.963 0.003 0.001 0.001 0.010 0.023 301 Y 0.818 0.009 0.003 0.002 0.041 0.127 302 N 0.353 0.009 0.018 0.004 0.239 0.377 303 P 0.143 0.012 0.059 0.004 0.391 0.392 304 S 0.106 0.019 0.096 0.006 0.488 0.285 305 F 0.156 0.090 0.032 0.011 0.445 0.267 306 D 0.039 0.024 0.011 0.014 0.814 0.097 307 I 0.005 0.002 0.041 0.144 0.787 0.020 308 D 0.003 0.001 0.025 0.304 0.646 0.021 309 Q 0.008 0.003 0.011 0.620 0.325 0.032 310 H 0.022 0.008 0.002 0.827 0.047 0.093 311 T 0.029 0.029 0.003 0.864 0.012 0.064 312 A 0.003 0.001 0.003 0.987 0.002 0.004 313 R 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 314 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 315 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 316 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 317 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 318 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 319 C 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 320 W 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 321 D 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.003 322 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 323 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.003 324 N 0.001 0.001 0.002 0.982 0.009 0.006 325 A 0.001 0.001 0.003 0.977 0.012 0.007 326 M 0.001 0.001 0.005 0.963 0.017 0.014 327 A 0.001 0.001 0.016 0.921 0.033 0.029 328 E 0.002 0.001 0.019 0.551 0.166 0.261 329 Q 0.008 0.003 0.032 0.236 0.207 0.515 330 V 0.021 0.027 0.018 0.128 0.135 0.670 331 Q 0.029 0.019 0.012 0.097 0.084 0.759 332 S 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.980