# TARGET T0282 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0282.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 288 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.047 0.020 0.013 0.020 0.219 0.681 2 N 0.044 0.016 0.012 0.013 0.272 0.644 3 P 0.036 0.015 0.048 0.030 0.350 0.521 4 N 0.045 0.025 0.067 0.033 0.421 0.409 5 F 0.056 0.022 0.129 0.063 0.434 0.295 6 T 0.071 0.021 0.074 0.071 0.336 0.427 7 T 0.096 0.026 0.082 0.087 0.344 0.364 8 E 0.124 0.029 0.096 0.109 0.305 0.337 9 H 0.162 0.035 0.093 0.093 0.326 0.291 10 T 0.127 0.046 0.101 0.076 0.429 0.220 11 W 0.126 0.038 0.066 0.068 0.445 0.255 12 Q 0.078 0.014 0.060 0.058 0.538 0.251 13 G 0.066 0.019 0.032 0.019 0.523 0.341 14 R 0.070 0.054 0.028 0.022 0.389 0.438 15 H 0.084 0.115 0.011 0.019 0.286 0.485 16 D 0.024 0.023 0.002 0.008 0.407 0.536 17 P 0.010 0.006 0.065 0.170 0.621 0.127 18 E 0.019 0.009 0.071 0.155 0.670 0.076 19 D 0.014 0.010 0.065 0.103 0.753 0.055 20 G 0.020 0.008 0.150 0.190 0.519 0.112 21 Q 0.058 0.026 0.163 0.302 0.304 0.146 22 A 0.064 0.013 0.115 0.376 0.285 0.148 23 G 0.116 0.013 0.034 0.205 0.248 0.384 24 R 0.283 0.021 0.033 0.185 0.174 0.304 25 R 0.528 0.020 0.032 0.098 0.135 0.186 26 V 0.667 0.014 0.030 0.077 0.086 0.126 27 H 0.634 0.012 0.030 0.065 0.090 0.169 28 H 0.511 0.011 0.027 0.051 0.133 0.267 29 I 0.464 0.016 0.013 0.043 0.149 0.316 30 A 0.342 0.019 0.011 0.030 0.195 0.403 31 C 0.285 0.018 0.016 0.031 0.245 0.405 32 P 0.258 0.017 0.041 0.052 0.224 0.408 33 I 0.283 0.029 0.051 0.060 0.161 0.416 34 Q 0.266 0.029 0.044 0.070 0.187 0.404 35 V 0.135 0.019 0.083 0.163 0.227 0.373 36 G 0.096 0.019 0.115 0.126 0.275 0.369 37 E 0.073 0.025 0.202 0.142 0.292 0.266 38 L 0.038 0.022 0.223 0.163 0.343 0.211 39 A 0.030 0.015 0.181 0.121 0.459 0.194 40 N 0.016 0.014 0.093 0.051 0.524 0.303 41 Q 0.023 0.013 0.076 0.033 0.534 0.320 42 E 0.032 0.015 0.023 0.005 0.569 0.356 43 P 0.024 0.004 0.038 0.005 0.657 0.272 44 G 0.154 0.005 0.017 0.002 0.450 0.372 45 V 0.948 0.006 0.002 0.001 0.020 0.023 46 A 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 47 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 49 G 0.853 0.001 0.001 0.002 0.026 0.118 50 F 0.429 0.005 0.002 0.002 0.114 0.449 51 E 0.272 0.018 0.008 0.002 0.260 0.440 52 C 0.191 0.030 0.043 0.007 0.429 0.299 53 D 0.098 0.011 0.091 0.008 0.567 0.225 54 A 0.109 0.007 0.110 0.020 0.580 0.174 55 G 0.218 0.019 0.059 0.026 0.420 0.258 56 V 0.488 0.076 0.035 0.037 0.182 0.182 57 E 0.418 0.134 0.021 0.037 0.235 0.156 58 R 0.181 0.057 0.046 0.030 0.594 0.092 59 N 0.067 0.016 0.051 0.015 0.744 0.108 60 K 0.024 0.009 0.054 0.019 0.788 0.106 61 G 0.046 0.021 0.020 0.011 0.646 0.256 62 R 0.090 0.106 0.012 0.034 0.333 0.424 63 T 0.099 0.155 0.017 0.048 0.350 0.332 64 G 0.058 0.040 0.053 0.104 0.472 0.273 65 A 0.020 0.009 0.293 0.206 0.379 0.092 66 K 0.014 0.009 0.344 0.237 0.288 0.108 67 H 0.013 0.014 0.255 0.414 0.199 0.106 68 A 0.014 0.013 0.040 0.370 0.185 0.377 69 P 0.004 0.002 0.022 0.832 0.049 0.091 70 S 0.003 0.002 0.017 0.928 0.028 0.023 71 L 0.001 0.001 0.012 0.973 0.009 0.004 72 I 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.002 73 K 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 74 Q 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 75 A 0.001 0.001 0.003 0.987 0.005 0.004 76 L 0.001 0.001 0.007 0.971 0.011 0.009 77 A 0.001 0.001 0.014 0.945 0.022 0.016 78 N 0.002 0.001 0.024 0.875 0.043 0.054 79 L 0.005 0.005 0.048 0.683 0.109 0.149 80 A 0.014 0.009 0.070 0.424 0.230 0.253 81 W 0.021 0.006 0.080 0.313 0.336 0.243 82 H 0.037 0.016 0.050 0.222 0.383 0.292 83 H 0.030 0.009 0.015 0.072 0.382 0.491 84 P 0.024 0.006 0.009 0.020 0.341 0.600 85 I 0.060 0.015 0.005 0.005 0.236 0.680 86 P 0.214 0.025 0.011 0.007 0.221 0.520 87 I 0.375 0.025 0.110 0.040 0.201 0.251 88 Y 0.547 0.024 0.069 0.037 0.112 0.213 89 D 0.603 0.018 0.045 0.030 0.199 0.105 90 L 0.307 0.017 0.020 0.048 0.320 0.290 91 G 0.119 0.011 0.017 0.020 0.463 0.370 92 N 0.144 0.011 0.007 0.004 0.373 0.460 93 I 0.340 0.040 0.008 0.006 0.159 0.447 94 R 0.412 0.057 0.007 0.005 0.155 0.365 95 C 0.305 0.043 0.010 0.006 0.200 0.434 96 E 0.106 0.013 0.009 0.010 0.373 0.489 97 G 0.031 0.006 0.051 0.069 0.456 0.387 98 D 0.020 0.012 0.050 0.282 0.363 0.273 99 E 0.015 0.009 0.025 0.606 0.163 0.183 100 L 0.002 0.001 0.004 0.968 0.011 0.014 101 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.003 102 Q 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 103 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 104 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 105 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 106 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 107 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 108 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 109 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 110 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 111 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 112 Q 0.001 0.001 0.007 0.991 0.002 0.001 113 Q 0.001 0.001 0.008 0.982 0.005 0.004 114 A 0.001 0.001 0.012 0.864 0.023 0.099 115 L 0.005 0.015 0.018 0.190 0.554 0.219 116 P 0.002 0.001 0.034 0.031 0.815 0.118 117 H 0.003 0.001 0.027 0.005 0.865 0.100 118 A 0.074 0.010 0.017 0.002 0.767 0.130 119 R 0.475 0.013 0.004 0.002 0.120 0.386 120 A 0.930 0.007 0.001 0.001 0.013 0.048 121 I 0.982 0.002 0.001 0.001 0.004 0.011 122 V 0.974 0.003 0.001 0.001 0.006 0.016 123 L 0.865 0.005 0.002 0.001 0.047 0.080 124 G 0.301 0.007 0.004 0.002 0.289 0.398 125 G 0.071 0.009 0.008 0.004 0.461 0.447 126 G 0.054 0.022 0.016 0.010 0.473 0.424 127 H 0.099 0.029 0.039 0.048 0.419 0.367 128 E 0.147 0.029 0.063 0.110 0.371 0.279 129 I 0.149 0.055 0.045 0.279 0.227 0.244 130 A 0.109 0.026 0.031 0.446 0.135 0.252 131 W 0.031 0.003 0.043 0.824 0.049 0.049 132 A 0.022 0.003 0.053 0.851 0.039 0.032 133 T 0.017 0.003 0.034 0.905 0.019 0.022 134 F 0.005 0.001 0.012 0.967 0.008 0.007 135 Q 0.004 0.001 0.013 0.967 0.011 0.005 136 G 0.002 0.001 0.016 0.967 0.012 0.003 137 L 0.002 0.001 0.009 0.976 0.007 0.004 138 A 0.001 0.001 0.008 0.983 0.005 0.004 139 Q 0.001 0.001 0.006 0.984 0.005 0.004 140 H 0.001 0.001 0.008 0.972 0.009 0.011 141 F 0.002 0.003 0.015 0.894 0.045 0.040 142 L 0.002 0.002 0.041 0.800 0.133 0.022 143 A 0.003 0.002 0.042 0.728 0.189 0.036 144 T 0.002 0.002 0.029 0.675 0.204 0.089 145 G 0.007 0.004 0.014 0.037 0.523 0.416 146 V 0.034 0.027 0.027 0.025 0.452 0.435 147 K 0.113 0.032 0.042 0.022 0.543 0.248 148 Q 0.108 0.016 0.030 0.011 0.482 0.354 149 P 0.069 0.005 0.007 0.001 0.303 0.616 150 R 0.213 0.007 0.002 0.001 0.158 0.619 151 I 0.766 0.007 0.001 0.001 0.041 0.186 152 G 0.969 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 153 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 154 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 N 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 156 F 0.901 0.002 0.001 0.005 0.014 0.077 157 D 0.413 0.010 0.003 0.012 0.148 0.413 158 A 0.117 0.018 0.020 0.064 0.409 0.373 159 H 0.036 0.010 0.140 0.108 0.502 0.204 160 F 0.024 0.006 0.322 0.167 0.357 0.124 161 D 0.028 0.026 0.257 0.307 0.262 0.120 162 L 0.035 0.033 0.149 0.334 0.269 0.180 163 R 0.032 0.024 0.062 0.191 0.367 0.324 164 T 0.024 0.012 0.050 0.124 0.456 0.334 165 F 0.020 0.009 0.093 0.121 0.497 0.260 166 E 0.022 0.016 0.157 0.092 0.513 0.200 167 S 0.029 0.018 0.136 0.087 0.553 0.176 168 E 0.033 0.013 0.123 0.099 0.516 0.216 169 L 0.045 0.031 0.082 0.077 0.501 0.264 170 A 0.046 0.039 0.053 0.053 0.536 0.273 171 P 0.034 0.030 0.043 0.045 0.552 0.296 172 V 0.032 0.044 0.023 0.027 0.508 0.366 173 R 0.039 0.041 0.024 0.022 0.545 0.328 174 P 0.033 0.033 0.030 0.025 0.559 0.319 175 S 0.040 0.038 0.029 0.022 0.574 0.297 176 S 0.111 0.034 0.028 0.030 0.438 0.360 177 G 0.142 0.039 0.022 0.037 0.286 0.474 178 T 0.125 0.057 0.011 0.073 0.191 0.542 179 P 0.060 0.027 0.035 0.439 0.100 0.339 180 F 0.007 0.001 0.060 0.891 0.022 0.020 181 N 0.008 0.001 0.117 0.818 0.040 0.015 182 Q 0.006 0.001 0.118 0.834 0.031 0.009 183 I 0.008 0.004 0.039 0.907 0.027 0.015 184 H 0.005 0.001 0.027 0.908 0.033 0.026 185 H 0.004 0.001 0.030 0.886 0.045 0.035 186 F 0.008 0.003 0.044 0.807 0.077 0.061 187 C 0.013 0.008 0.092 0.570 0.173 0.145 188 Q 0.017 0.006 0.174 0.476 0.229 0.099 189 Q 0.021 0.006 0.131 0.540 0.218 0.083 190 Q 0.016 0.005 0.076 0.534 0.238 0.131 191 G 0.022 0.011 0.035 0.075 0.445 0.412 192 W 0.036 0.019 0.059 0.029 0.435 0.422 193 D 0.112 0.026 0.082 0.014 0.544 0.221 194 F 0.151 0.009 0.098 0.010 0.539 0.193 195 H 0.299 0.006 0.034 0.006 0.381 0.275 196 Y 0.846 0.003 0.003 0.001 0.058 0.088 197 A 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 198 C 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 199 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 200 G 0.947 0.001 0.001 0.001 0.011 0.041 201 V 0.784 0.006 0.001 0.001 0.035 0.174 202 S 0.391 0.015 0.003 0.003 0.154 0.434 203 R 0.106 0.015 0.010 0.006 0.393 0.471 204 A 0.024 0.009 0.035 0.011 0.668 0.254 205 S 0.015 0.020 0.041 0.020 0.598 0.306 206 N 0.010 0.024 0.011 0.026 0.493 0.436 207 T 0.003 0.006 0.003 0.037 0.223 0.728 208 P 0.001 0.001 0.022 0.941 0.022 0.014 209 A 0.001 0.001 0.017 0.973 0.007 0.002 210 L 0.001 0.001 0.020 0.970 0.006 0.002 211 F 0.001 0.001 0.003 0.991 0.002 0.002 212 E 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.002 213 R 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 214 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 215 D 0.001 0.001 0.010 0.984 0.003 0.002 216 K 0.001 0.001 0.019 0.972 0.004 0.005 217 L 0.001 0.001 0.022 0.933 0.009 0.036 218 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.980 219 V 0.047 0.002 0.002 0.001 0.053 0.895 220 W 0.660 0.002 0.002 0.001 0.038 0.299 221 Y 0.969 0.004 0.001 0.001 0.004 0.023 222 V 0.963 0.006 0.001 0.001 0.004 0.027 223 E 0.907 0.004 0.003 0.001 0.013 0.072 224 D 0.078 0.001 0.743 0.027 0.096 0.055 225 K 0.019 0.001 0.814 0.013 0.116 0.039 226 A 0.011 0.002 0.757 0.023 0.176 0.031 227 F 0.022 0.043 0.122 0.043 0.464 0.306 228 S 0.020 0.016 0.057 0.056 0.524 0.327 229 P 0.009 0.011 0.245 0.143 0.444 0.147 230 L 0.014 0.018 0.105 0.155 0.411 0.298 231 S 0.008 0.010 0.022 0.103 0.160 0.698 232 L 0.001 0.001 0.007 0.961 0.009 0.021 233 K 0.001 0.001 0.004 0.986 0.004 0.005 234 D 0.001 0.001 0.006 0.982 0.006 0.004 235 H 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.002 236 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 237 T 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 238 Q 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.003 239 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.003 240 Q 0.001 0.001 0.011 0.975 0.009 0.004 241 H 0.001 0.001 0.013 0.955 0.016 0.014 242 F 0.002 0.001 0.023 0.803 0.057 0.113 243 I 0.005 0.011 0.029 0.670 0.150 0.135 244 D 0.006 0.004 0.028 0.309 0.426 0.229 245 D 0.005 0.003 0.045 0.088 0.533 0.326 246 C 0.015 0.006 0.039 0.021 0.580 0.339 247 D 0.067 0.006 0.019 0.004 0.462 0.441 248 Y 0.327 0.007 0.009 0.004 0.185 0.468 249 L 0.886 0.006 0.001 0.001 0.028 0.078 250 Y 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 251 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 252 T 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 253 I 0.895 0.003 0.001 0.001 0.025 0.076 254 D 0.502 0.007 0.004 0.004 0.192 0.291 255 L 0.237 0.018 0.028 0.010 0.403 0.304 256 D 0.139 0.022 0.049 0.010 0.560 0.220 257 V 0.175 0.050 0.047 0.017 0.469 0.242 258 F 0.100 0.062 0.032 0.017 0.465 0.325 259 P 0.078 0.047 0.041 0.018 0.537 0.279 260 A 0.006 0.004 0.544 0.045 0.362 0.039 261 A 0.011 0.007 0.568 0.060 0.312 0.042 262 S 0.021 0.021 0.449 0.074 0.382 0.053 263 A 0.026 0.052 0.052 0.052 0.421 0.397 264 P 0.031 0.034 0.032 0.031 0.386 0.486 265 G 0.074 0.061 0.028 0.016 0.501 0.320 266 V 0.118 0.087 0.025 0.013 0.471 0.285 267 S 0.118 0.083 0.031 0.012 0.490 0.265 268 A 0.085 0.042 0.021 0.009 0.508 0.334 269 P 0.060 0.032 0.030 0.010 0.550 0.319 270 A 0.063 0.066 0.031 0.011 0.556 0.273 271 A 0.039 0.033 0.031 0.011 0.643 0.243 272 R 0.045 0.021 0.029 0.015 0.584 0.305 273 G 0.064 0.026 0.010 0.006 0.364 0.530 274 V 0.093 0.101 0.003 0.011 0.151 0.642 275 S 0.040 0.023 0.001 0.015 0.068 0.853 276 L 0.001 0.001 0.025 0.963 0.005 0.005 277 E 0.001 0.001 0.025 0.971 0.003 0.001 278 A 0.001 0.001 0.040 0.956 0.003 0.001 279 L 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 280 A 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 281 P 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 282 Y 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 283 F 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.004 284 D 0.001 0.001 0.007 0.981 0.007 0.004 285 R 0.001 0.001 0.006 0.977 0.009 0.007 286 I 0.001 0.001 0.009 0.972 0.010 0.008 287 L 0.002 0.001 0.018 0.944 0.025 0.010 288 H 0.002 0.001 0.025 0.922 0.039 0.012 289 Y 0.004 0.003 0.045 0.724 0.148 0.076 290 K 0.005 0.006 0.041 0.339 0.373 0.237 291 N 0.006 0.001 0.013 0.025 0.314 0.640 292 K 0.119 0.017 0.008 0.012 0.208 0.635 293 L 0.523 0.020 0.003 0.001 0.121 0.332 294 M 0.849 0.003 0.002 0.001 0.028 0.118 295 I 0.981 0.002 0.001 0.001 0.003 0.014 296 A 0.972 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 297 D 0.967 0.001 0.001 0.001 0.006 0.027 298 I 0.961 0.002 0.002 0.001 0.006 0.028 299 A 0.928 0.001 0.003 0.002 0.013 0.053 300 E 0.917 0.004 0.004 0.003 0.019 0.053 301 Y 0.632 0.032 0.008 0.007 0.066 0.255 302 N 0.167 0.016 0.009 0.006 0.249 0.553 303 P 0.096 0.010 0.054 0.014 0.466 0.359 304 S 0.087 0.019 0.172 0.021 0.454 0.246 305 F 0.099 0.057 0.125 0.052 0.478 0.190 306 D 0.031 0.038 0.031 0.038 0.717 0.145 307 I 0.008 0.015 0.028 0.110 0.702 0.136 308 D 0.013 0.006 0.017 0.126 0.589 0.251 309 Q 0.008 0.006 0.010 0.832 0.109 0.035 310 H 0.003 0.003 0.003 0.967 0.010 0.014 311 T 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 312 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 313 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 314 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 315 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 316 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 317 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 318 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 319 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 320 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 321 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 322 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 323 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.003 324 N 0.001 0.001 0.008 0.977 0.007 0.008 325 A 0.002 0.001 0.014 0.941 0.022 0.022 326 M 0.005 0.001 0.017 0.862 0.040 0.074 327 A 0.012 0.002 0.025 0.778 0.063 0.120 328 E 0.020 0.002 0.038 0.738 0.087 0.116 329 Q 0.042 0.003 0.024 0.628 0.094 0.208 330 V 0.035 0.007 0.013 0.488 0.076 0.381 331 Q 0.028 0.011 0.005 0.192 0.074 0.691 332 S 0.017 0.003 0.002 0.039 0.057 0.882