# TARGET T0281 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0281.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 53 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.013 0.833 0.001 0.018 0.031 0.001 0.001 0.006 0.045 0.023 0.004 0.026 2 W 0.001 0.033 0.798 0.002 0.025 0.027 0.001 0.001 0.009 0.060 0.025 0.007 0.013 3 M 0.001 0.013 0.517 0.005 0.045 0.043 0.001 0.001 0.011 0.256 0.088 0.009 0.013 4 P 0.001 0.011 0.711 0.005 0.028 0.024 0.001 0.001 0.010 0.114 0.081 0.004 0.013 5 P 0.001 0.066 0.676 0.001 0.004 0.020 0.001 0.001 0.016 0.163 0.012 0.022 0.019 6 R 0.001 0.017 0.853 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.006 0.067 0.003 0.001 0.024 7 P 0.001 0.001 0.010 0.001 0.007 0.956 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 0.001 0.001 8 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 9 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 10 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 15 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 16 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.880 0.001 0.001 0.001 0.004 0.109 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.015 0.001 0.006 0.246 0.001 0.001 0.001 0.020 0.712 0.001 0.001 18 G 0.001 0.001 0.124 0.001 0.007 0.019 0.001 0.001 0.003 0.095 0.747 0.001 0.001 19 F 0.001 0.008 0.799 0.001 0.003 0.008 0.002 0.001 0.028 0.061 0.008 0.007 0.075 20 V 0.005 0.018 0.123 0.008 0.002 0.007 0.004 0.002 0.110 0.029 0.002 0.612 0.078 21 E 0.015 0.017 0.108 0.014 0.005 0.011 0.014 0.012 0.105 0.012 0.004 0.037 0.645 22 R 0.035 0.030 0.165 0.219 0.009 0.012 0.021 0.013 0.069 0.020 0.009 0.275 0.123 23 M 0.029 0.010 0.259 0.087 0.015 0.006 0.015 0.004 0.042 0.095 0.030 0.115 0.292 24 A 0.015 0.018 0.349 0.019 0.021 0.006 0.010 0.003 0.043 0.149 0.065 0.054 0.249 25 K 0.017 0.024 0.211 0.028 0.017 0.005 0.009 0.003 0.017 0.192 0.192 0.184 0.100 26 G 0.012 0.005 0.180 0.042 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.306 0.304 0.063 0.069 27 G 0.052 0.014 0.314 0.047 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.247 0.104 0.058 0.145 28 H 0.188 0.012 0.132 0.033 0.008 0.002 0.011 0.001 0.003 0.056 0.023 0.266 0.268 29 R 0.405 0.003 0.052 0.032 0.003 0.003 0.017 0.001 0.001 0.021 0.005 0.106 0.352 30 L 0.616 0.002 0.017 0.004 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 0.002 0.001 0.165 0.158 31 Y 0.693 0.003 0.013 0.003 0.002 0.003 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.069 0.183 32 T 0.473 0.014 0.045 0.010 0.002 0.003 0.020 0.001 0.003 0.007 0.002 0.165 0.257 33 H 0.016 0.011 0.405 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.058 0.037 0.035 0.424 34 P 0.001 0.001 0.019 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.117 0.845 0.003 0.002 35 D 0.001 0.001 0.013 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.865 0.001 0.001 36 G 0.001 0.003 0.212 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.486 0.252 0.007 0.027 37 R 0.032 0.019 0.557 0.004 0.003 0.001 0.017 0.002 0.012 0.084 0.026 0.101 0.141 38 I 0.083 0.044 0.166 0.008 0.001 0.001 0.053 0.004 0.027 0.016 0.002 0.039 0.556 39 V 0.133 0.026 0.192 0.032 0.002 0.001 0.065 0.008 0.044 0.016 0.004 0.354 0.123 40 V 0.052 0.012 0.252 0.010 0.001 0.001 0.031 0.005 0.071 0.037 0.003 0.175 0.349 41 V 0.010 0.011 0.541 0.016 0.002 0.001 0.008 0.001 0.060 0.044 0.006 0.100 0.201 42 P 0.004 0.043 0.676 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.028 0.081 0.007 0.034 0.113 43 F 0.001 0.023 0.875 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.055 0.007 0.006 0.017 44 H 0.001 0.004 0.152 0.002 0.121 0.015 0.001 0.001 0.001 0.155 0.544 0.002 0.005 45 S 0.001 0.002 0.063 0.001 0.180 0.010 0.001 0.001 0.001 0.086 0.656 0.001 0.002 46 G 0.001 0.005 0.208 0.001 0.237 0.053 0.001 0.001 0.001 0.309 0.179 0.005 0.003 47 E 0.001 0.048 0.501 0.001 0.066 0.100 0.001 0.001 0.002 0.160 0.088 0.001 0.031 48 L 0.001 0.123 0.473 0.001 0.012 0.089 0.001 0.001 0.002 0.244 0.025 0.019 0.011 49 P 0.001 0.008 0.802 0.001 0.008 0.110 0.001 0.001 0.001 0.046 0.015 0.001 0.009 50 K 0.001 0.001 0.052 0.001 0.051 0.818 0.001 0.001 0.001 0.020 0.057 0.001 0.001 51 G 0.001 0.001 0.026 0.001 0.055 0.828 0.001 0.001 0.001 0.027 0.061 0.001 0.001 52 T 0.001 0.002 0.021 0.001 0.019 0.920 0.001 0.001 0.001 0.012 0.023 0.001 0.003 53 F 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 54 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 55 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 56 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 58 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 59 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.903 0.001 0.001 0.001 0.005 0.082 0.001 0.001 60 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.006 0.336 0.001 0.001 0.001 0.062 0.584 0.001 0.001 61 G 0.001 0.001 0.118 0.001 0.002 0.056 0.001 0.001 0.001 0.083 0.738 0.001 0.001 62 L 0.001 0.024 0.868 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.085 0.009 0.001 0.003 63 T 0.001 0.005 0.975 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 64 E 0.001 0.001 0.013 0.001 0.041 0.903 0.001 0.001 0.001 0.011 0.031 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.010 0.001 0.124 0.815 0.001 0.001 0.001 0.011 0.039 0.001 0.001 66 E 0.001 0.001 0.014 0.001 0.114 0.847 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 0.001 0.001 67 F 0.001 0.007 0.040 0.001 0.073 0.831 0.001 0.001 0.002 0.009 0.030 0.001 0.006 68 H 0.005 0.014 0.051 0.001 0.075 0.619 0.001 0.001 0.003 0.032 0.180 0.012 0.005 69 N 0.006 0.008 0.136 0.001 0.043 0.479 0.001 0.001 0.002 0.028 0.281 0.003 0.013 70 L 0.001 0.002 0.794 0.001 0.006 0.123 0.001 0.001 0.001 0.043 0.021 0.002 0.008