# TARGET T0281 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0281.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.5168 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.269 0.115 0.066 0.124 0.100 0.080 0.086 0.058 0.051 0.032 0.019 2 W 0.046 0.036 0.017 0.052 0.068 0.075 0.153 0.156 0.171 0.138 0.088 3 M 0.123 0.124 0.049 0.122 0.122 0.115 0.135 0.086 0.063 0.043 0.018 4 P 0.278 0.104 0.035 0.137 0.124 0.101 0.110 0.053 0.036 0.016 0.006 5 P 0.015 0.007 0.004 0.012 0.023 0.039 0.119 0.193 0.236 0.214 0.138 6 R 0.041 0.622 0.116 0.144 0.045 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 7 P 0.026 0.044 0.016 0.089 0.169 0.241 0.212 0.109 0.057 0.026 0.010 8 E 0.750 0.146 0.033 0.040 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 9 E 0.025 0.078 0.093 0.447 0.214 0.091 0.043 0.007 0.002 0.001 0.001 10 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.008 0.053 0.134 0.250 0.307 0.240 11 A 0.001 0.001 0.006 0.031 0.095 0.242 0.307 0.157 0.087 0.047 0.027 12 R 0.002 0.015 0.709 0.172 0.060 0.026 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 13 K 0.001 0.001 0.006 0.033 0.085 0.266 0.427 0.123 0.038 0.016 0.005 14 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 0.067 0.207 0.359 0.345 15 R 0.001 0.004 0.055 0.147 0.262 0.233 0.197 0.067 0.023 0.008 0.003 16 R 0.013 0.040 0.768 0.121 0.038 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.002 0.009 0.010 0.029 0.055 0.151 0.407 0.182 0.089 0.051 0.015 18 G 0.401 0.226 0.047 0.089 0.051 0.042 0.058 0.034 0.028 0.017 0.009 19 F 0.017 0.022 0.016 0.033 0.038 0.052 0.112 0.128 0.196 0.194 0.192 20 V 0.052 0.117 0.144 0.227 0.151 0.113 0.104 0.042 0.030 0.013 0.006 21 E 0.151 0.108 0.089 0.177 0.140 0.103 0.117 0.058 0.036 0.014 0.006 22 R 0.081 0.066 0.069 0.177 0.147 0.162 0.146 0.076 0.047 0.022 0.008 23 M 0.043 0.050 0.091 0.131 0.132 0.135 0.151 0.109 0.089 0.050 0.019 24 A 0.081 0.101 0.168 0.191 0.129 0.101 0.109 0.058 0.036 0.018 0.008 25 K 0.056 0.121 0.108 0.192 0.160 0.125 0.123 0.059 0.032 0.017 0.005 26 G 0.134 0.120 0.056 0.119 0.104 0.098 0.115 0.088 0.080 0.058 0.028 27 G 0.078 0.094 0.042 0.138 0.127 0.110 0.160 0.099 0.078 0.049 0.023 28 H 0.018 0.024 0.023 0.073 0.085 0.103 0.179 0.156 0.157 0.114 0.068 29 R 0.024 0.041 0.039 0.149 0.163 0.150 0.171 0.119 0.083 0.044 0.017 30 L 0.017 0.050 0.036 0.172 0.209 0.171 0.173 0.093 0.051 0.021 0.007 31 Y 0.004 0.009 0.012 0.035 0.050 0.073 0.157 0.175 0.225 0.175 0.085 32 T 0.049 0.129 0.062 0.269 0.202 0.120 0.097 0.039 0.022 0.008 0.004 33 H 0.025 0.056 0.023 0.108 0.123 0.147 0.206 0.148 0.096 0.047 0.022 34 P 0.420 0.237 0.073 0.131 0.064 0.034 0.022 0.010 0.006 0.003 0.002 35 D 0.595 0.231 0.042 0.081 0.030 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 36 G 0.461 0.179 0.046 0.122 0.079 0.044 0.031 0.018 0.011 0.006 0.003 37 R 0.016 0.068 0.028 0.151 0.180 0.183 0.181 0.099 0.056 0.027 0.011 38 I 0.001 0.008 0.008 0.044 0.081 0.149 0.248 0.187 0.138 0.088 0.047 39 V 0.002 0.003 0.002 0.013 0.024 0.049 0.148 0.214 0.228 0.201 0.117 40 V 0.003 0.007 0.005 0.028 0.048 0.072 0.187 0.202 0.203 0.145 0.100 41 V 0.002 0.005 0.003 0.015 0.022 0.030 0.090 0.146 0.235 0.248 0.204 42 P 0.041 0.054 0.015 0.123 0.150 0.133 0.184 0.118 0.093 0.056 0.032 43 F 0.016 0.023 0.009 0.076 0.116 0.131 0.221 0.174 0.128 0.073 0.031 44 H 0.133 0.158 0.052 0.190 0.170 0.117 0.093 0.043 0.024 0.013 0.007 45 S 0.207 0.215 0.076 0.199 0.129 0.079 0.056 0.022 0.010 0.005 0.002 46 G 0.604 0.139 0.041 0.094 0.057 0.033 0.019 0.007 0.003 0.002 0.001 47 E 0.301 0.347 0.070 0.147 0.073 0.034 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 48 L 0.003 0.006 0.002 0.012 0.023 0.037 0.105 0.159 0.233 0.222 0.198 49 P 0.174 0.315 0.086 0.170 0.115 0.073 0.043 0.014 0.007 0.003 0.002 50 K 0.428 0.235 0.112 0.152 0.047 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 51 G 0.279 0.132 0.050 0.145 0.114 0.104 0.104 0.039 0.020 0.008 0.004 52 T 0.010 0.034 0.036 0.080 0.066 0.103 0.200 0.154 0.145 0.105 0.069 53 F 0.002 0.004 0.015 0.028 0.063 0.167 0.338 0.169 0.110 0.067 0.037 54 K 0.048 0.055 0.441 0.237 0.099 0.060 0.040 0.013 0.005 0.002 0.001 55 R 0.003 0.018 0.060 0.257 0.284 0.207 0.118 0.036 0.011 0.004 0.001 56 I 0.003 0.004 0.031 0.009 0.007 0.008 0.041 0.083 0.210 0.292 0.314 57 L 0.001 0.003 0.059 0.108 0.214 0.218 0.248 0.088 0.041 0.015 0.004 58 R 0.005 0.025 0.749 0.122 0.056 0.025 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 59 D 0.004 0.018 0.075 0.115 0.198 0.226 0.248 0.074 0.029 0.011 0.003 60 A 0.041 0.019 0.028 0.020 0.020 0.032 0.149 0.173 0.222 0.198 0.097 61 G 0.381 0.191 0.142 0.144 0.080 0.034 0.020 0.005 0.003 0.001 0.001 62 L 0.012 0.019 0.035 0.029 0.039 0.065 0.175 0.185 0.186 0.163 0.092 63 T 0.096 0.649 0.134 0.081 0.026 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 64 E 0.361 0.158 0.109 0.177 0.112 0.052 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 65 E 0.862 0.073 0.030 0.019 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 66 E 0.042 0.074 0.186 0.267 0.173 0.127 0.092 0.024 0.011 0.003 0.001 67 F 0.030 0.020 0.037 0.046 0.055 0.102 0.228 0.199 0.141 0.096 0.046 68 H 0.036 0.082 0.447 0.194 0.112 0.073 0.035 0.012 0.006 0.003 0.001 69 N 0.095 0.152 0.372 0.191 0.097 0.050 0.026 0.009 0.005 0.003 0.001 70 L 0.046 0.040 0.036 0.059 0.070 0.086 0.160 0.134 0.141 0.135 0.095