# TARGET T0281 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0281.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 53 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.706 0.196 0.066 0.025 0.006 0.001 0.001 2 W 0.491 0.191 0.138 0.113 0.052 0.013 0.001 3 M 0.588 0.215 0.098 0.066 0.027 0.006 0.001 4 P 0.668 0.227 0.066 0.027 0.009 0.003 0.001 5 P 0.335 0.190 0.182 0.163 0.097 0.029 0.004 6 R 0.398 0.368 0.141 0.066 0.021 0.005 0.001 7 P 0.150 0.285 0.343 0.174 0.041 0.006 0.001 8 E 0.590 0.317 0.075 0.015 0.002 0.001 0.001 9 E 0.192 0.446 0.243 0.092 0.023 0.003 0.001 10 V 0.028 0.041 0.098 0.319 0.392 0.118 0.004 11 A 0.045 0.194 0.323 0.321 0.107 0.009 0.001 12 R 0.316 0.521 0.123 0.032 0.007 0.001 0.001 13 K 0.014 0.068 0.272 0.450 0.174 0.022 0.001 14 L 0.036 0.051 0.091 0.277 0.400 0.141 0.005 15 R 0.250 0.445 0.218 0.071 0.013 0.002 0.001 16 R 0.573 0.311 0.085 0.025 0.006 0.001 0.001 17 L 0.173 0.317 0.285 0.158 0.054 0.013 0.001 18 G 0.262 0.316 0.209 0.136 0.060 0.015 0.001 19 F 0.251 0.131 0.145 0.198 0.181 0.085 0.008 20 V 0.347 0.304 0.165 0.114 0.056 0.013 0.001 21 E 0.339 0.280 0.185 0.128 0.052 0.014 0.001 22 R 0.363 0.279 0.173 0.116 0.051 0.016 0.002 23 M 0.324 0.250 0.187 0.158 0.064 0.015 0.001 24 A 0.494 0.256 0.119 0.074 0.041 0.015 0.002 25 K 0.300 0.324 0.212 0.111 0.041 0.011 0.001 26 G 0.205 0.258 0.230 0.196 0.083 0.025 0.003 27 G 0.084 0.150 0.222 0.257 0.199 0.079 0.010 28 H 0.052 0.105 0.162 0.268 0.278 0.121 0.014 29 R 0.028 0.097 0.183 0.289 0.281 0.111 0.012 30 L 0.031 0.149 0.282 0.283 0.184 0.067 0.004 31 Y 0.005 0.022 0.058 0.212 0.410 0.281 0.012 32 T 0.039 0.205 0.357 0.280 0.102 0.017 0.001 33 H 0.203 0.282 0.261 0.203 0.047 0.003 0.001 34 P 0.745 0.198 0.043 0.012 0.001 0.001 0.001 35 D 0.904 0.088 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 36 G 0.724 0.249 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 37 R 0.076 0.333 0.320 0.224 0.044 0.002 0.001 38 I 0.006 0.044 0.172 0.376 0.320 0.080 0.002 39 V 0.001 0.007 0.031 0.123 0.360 0.447 0.032 40 V 0.001 0.003 0.022 0.085 0.266 0.542 0.081 41 V 0.001 0.010 0.041 0.145 0.365 0.401 0.038 42 P 0.004 0.045 0.183 0.350 0.300 0.111 0.008 43 F 0.064 0.232 0.284 0.266 0.130 0.023 0.001 44 H 0.446 0.369 0.130 0.046 0.008 0.001 0.001 45 S 0.649 0.251 0.073 0.023 0.004 0.001 0.001 46 G 0.709 0.216 0.057 0.015 0.002 0.001 0.001 47 E 0.532 0.341 0.092 0.029 0.006 0.001 0.001 48 L 0.131 0.156 0.248 0.298 0.148 0.020 0.001 49 P 0.304 0.371 0.205 0.094 0.023 0.003 0.001 50 K 0.384 0.384 0.156 0.060 0.014 0.002 0.001 51 G 0.169 0.269 0.246 0.205 0.091 0.019 0.001 52 T 0.077 0.134 0.177 0.274 0.242 0.092 0.005 53 F 0.116 0.176 0.201 0.235 0.184 0.080 0.008 54 K 0.211 0.313 0.230 0.152 0.068 0.024 0.002 55 R 0.131 0.218 0.222 0.211 0.144 0.067 0.008 56 I 0.038 0.060 0.105 0.246 0.319 0.208 0.024 57 L 0.137 0.200 0.244 0.234 0.137 0.043 0.005 58 R 0.220 0.262 0.197 0.160 0.110 0.045 0.005 59 D 0.135 0.152 0.214 0.253 0.169 0.070 0.008 60 A 0.217 0.231 0.200 0.192 0.114 0.043 0.003 61 G 0.391 0.334 0.162 0.075 0.031 0.008 0.001 62 L 0.086 0.123 0.249 0.328 0.185 0.027 0.001 63 T 0.525 0.278 0.129 0.056 0.011 0.002 0.001 64 E 0.799 0.159 0.034 0.007 0.001 0.001 0.001 65 E 0.899 0.088 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 66 E 0.670 0.223 0.077 0.025 0.004 0.001 0.001 67 F 0.435 0.212 0.185 0.133 0.033 0.002 0.001 68 H 0.574 0.289 0.103 0.030 0.004 0.001 0.001 69 N 0.828 0.147 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 70 L 0.584 0.198 0.118 0.072 0.025 0.003 0.001