# TARGET T0281 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0281.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.5106 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.675 0.091 0.034 0.048 0.031 0.025 0.029 0.024 0.020 0.015 0.009 2 W 0.179 0.139 0.029 0.103 0.116 0.088 0.131 0.095 0.066 0.040 0.014 3 M 0.395 0.199 0.029 0.081 0.075 0.055 0.058 0.045 0.033 0.022 0.008 4 P 0.317 0.060 0.016 0.096 0.103 0.097 0.129 0.078 0.059 0.031 0.013 5 P 0.094 0.032 0.017 0.054 0.075 0.081 0.175 0.180 0.155 0.098 0.038 6 R 0.083 0.602 0.102 0.140 0.042 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 7 P 0.084 0.137 0.037 0.134 0.178 0.204 0.116 0.060 0.031 0.014 0.005 8 E 0.574 0.217 0.060 0.077 0.043 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 9 E 0.031 0.125 0.102 0.432 0.196 0.075 0.032 0.006 0.002 0.001 0.001 10 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.013 0.070 0.171 0.274 0.264 0.192 11 A 0.001 0.001 0.004 0.027 0.087 0.209 0.279 0.173 0.111 0.067 0.042 12 R 0.004 0.021 0.682 0.191 0.063 0.025 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 13 K 0.001 0.001 0.005 0.038 0.084 0.249 0.422 0.135 0.042 0.018 0.006 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.058 0.188 0.362 0.376 15 R 0.001 0.003 0.032 0.120 0.236 0.251 0.231 0.081 0.032 0.010 0.004 16 R 0.015 0.045 0.702 0.161 0.050 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.002 0.007 0.006 0.025 0.049 0.147 0.405 0.197 0.093 0.054 0.016 18 G 0.410 0.226 0.041 0.090 0.049 0.041 0.055 0.034 0.028 0.017 0.010 19 F 0.014 0.020 0.013 0.028 0.034 0.047 0.105 0.127 0.201 0.203 0.208 20 V 0.056 0.135 0.131 0.232 0.153 0.110 0.098 0.040 0.028 0.012 0.006 21 E 0.174 0.116 0.080 0.171 0.136 0.100 0.112 0.056 0.035 0.014 0.006 22 R 0.095 0.071 0.063 0.172 0.143 0.158 0.144 0.075 0.048 0.023 0.009 23 M 0.047 0.053 0.078 0.129 0.133 0.136 0.152 0.111 0.090 0.051 0.020 24 A 0.090 0.105 0.143 0.181 0.126 0.102 0.115 0.065 0.041 0.022 0.010 25 K 0.056 0.114 0.099 0.185 0.159 0.128 0.131 0.066 0.036 0.019 0.006 26 G 0.148 0.127 0.056 0.127 0.111 0.102 0.111 0.080 0.069 0.048 0.023 27 G 0.074 0.090 0.041 0.133 0.124 0.107 0.159 0.105 0.086 0.055 0.026 28 H 0.020 0.025 0.023 0.074 0.085 0.103 0.181 0.156 0.154 0.112 0.067 29 R 0.025 0.042 0.043 0.148 0.161 0.152 0.171 0.116 0.081 0.043 0.017 30 L 0.018 0.051 0.039 0.172 0.202 0.167 0.173 0.096 0.054 0.022 0.007 31 Y 0.005 0.010 0.014 0.038 0.053 0.074 0.155 0.174 0.218 0.174 0.085 32 T 0.056 0.143 0.074 0.267 0.191 0.109 0.091 0.037 0.021 0.008 0.003 33 H 0.038 0.072 0.031 0.141 0.143 0.155 0.187 0.120 0.070 0.031 0.012 34 P 0.452 0.217 0.073 0.121 0.061 0.034 0.022 0.010 0.006 0.003 0.002 35 D 0.476 0.277 0.055 0.106 0.043 0.020 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 36 G 0.559 0.169 0.037 0.088 0.057 0.034 0.025 0.015 0.010 0.005 0.002 37 R 0.098 0.182 0.056 0.211 0.167 0.115 0.090 0.042 0.023 0.011 0.005 38 I 0.006 0.019 0.015 0.072 0.108 0.153 0.236 0.164 0.120 0.074 0.034 39 V 0.003 0.008 0.007 0.045 0.082 0.130 0.228 0.203 0.152 0.097 0.044 40 V 0.004 0.011 0.008 0.039 0.064 0.091 0.199 0.205 0.183 0.125 0.070 41 V 0.003 0.006 0.004 0.021 0.037 0.050 0.134 0.182 0.228 0.204 0.132 42 P 0.063 0.079 0.023 0.140 0.143 0.111 0.162 0.108 0.089 0.054 0.029 43 F 0.010 0.013 0.005 0.050 0.087 0.105 0.219 0.199 0.169 0.097 0.045 44 H 0.177 0.169 0.049 0.181 0.148 0.102 0.087 0.043 0.024 0.013 0.007 45 S 0.241 0.227 0.065 0.182 0.122 0.072 0.055 0.021 0.010 0.005 0.002 46 G 0.646 0.127 0.032 0.080 0.047 0.031 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 47 E 0.423 0.284 0.053 0.113 0.060 0.030 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 48 L 0.009 0.021 0.010 0.042 0.063 0.082 0.167 0.178 0.192 0.143 0.092 49 P 0.244 0.329 0.081 0.144 0.088 0.056 0.033 0.013 0.007 0.003 0.002 50 K 0.357 0.223 0.118 0.189 0.073 0.026 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 51 G 0.351 0.161 0.054 0.134 0.097 0.079 0.072 0.028 0.014 0.005 0.002 52 T 0.009 0.053 0.048 0.125 0.103 0.128 0.194 0.128 0.105 0.067 0.040 53 F 0.003 0.003 0.011 0.023 0.053 0.139 0.312 0.189 0.134 0.085 0.049 54 K 0.060 0.065 0.379 0.263 0.116 0.062 0.037 0.011 0.004 0.002 0.001 55 R 0.003 0.020 0.063 0.280 0.287 0.193 0.106 0.032 0.011 0.004 0.001 56 I 0.002 0.002 0.014 0.005 0.005 0.006 0.036 0.078 0.209 0.303 0.340 57 L 0.001 0.002 0.035 0.074 0.169 0.219 0.295 0.115 0.059 0.024 0.007 58 R 0.005 0.025 0.729 0.139 0.058 0.026 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 59 D 0.002 0.012 0.046 0.093 0.191 0.241 0.277 0.087 0.034 0.014 0.004 60 A 0.024 0.009 0.014 0.011 0.012 0.023 0.121 0.165 0.246 0.247 0.130 61 G 0.298 0.170 0.129 0.193 0.114 0.051 0.032 0.007 0.004 0.001 0.001 62 L 0.005 0.007 0.013 0.012 0.019 0.039 0.144 0.192 0.225 0.218 0.126 63 T 0.075 0.681 0.119 0.089 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 64 E 0.315 0.137 0.077 0.170 0.145 0.090 0.046 0.012 0.005 0.002 0.001 65 E 0.886 0.070 0.019 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 E 0.067 0.121 0.163 0.276 0.171 0.107 0.067 0.017 0.008 0.002 0.001 67 F 0.036 0.020 0.018 0.036 0.048 0.093 0.201 0.205 0.161 0.117 0.065 68 H 0.072 0.136 0.372 0.164 0.105 0.076 0.047 0.015 0.008 0.004 0.002 69 N 0.160 0.152 0.360 0.174 0.073 0.038 0.023 0.008 0.006 0.003 0.001 70 L 0.110 0.074 0.036 0.093 0.096 0.109 0.156 0.109 0.093 0.078 0.048