# TARGET T0280 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0280.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 705 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.009 0.006 0.038 0.346 0.593 2 R 0.010 0.013 0.005 0.118 0.101 0.753 3 F 0.004 0.002 0.029 0.794 0.059 0.112 4 R 0.003 0.001 0.048 0.855 0.056 0.037 5 D 0.003 0.002 0.045 0.878 0.041 0.031 6 R 0.002 0.001 0.024 0.940 0.020 0.013 7 R 0.001 0.001 0.013 0.962 0.016 0.008 8 H 0.001 0.001 0.008 0.971 0.011 0.009 9 A 0.001 0.001 0.006 0.969 0.010 0.012 10 G 0.001 0.001 0.003 0.981 0.005 0.009 11 A 0.001 0.001 0.003 0.984 0.005 0.007 12 L 0.001 0.001 0.003 0.986 0.004 0.005 13 L 0.002 0.001 0.002 0.989 0.003 0.004 14 A 0.002 0.001 0.003 0.980 0.006 0.008 15 E 0.002 0.001 0.004 0.978 0.008 0.008 16 A 0.003 0.001 0.006 0.969 0.011 0.011 17 L 0.004 0.001 0.007 0.948 0.019 0.021 18 A 0.005 0.001 0.031 0.882 0.051 0.030 19 P 0.007 0.003 0.031 0.712 0.149 0.098 20 L 0.008 0.004 0.047 0.363 0.313 0.265 21 G 0.008 0.004 0.043 0.045 0.509 0.390 22 L 0.008 0.005 0.046 0.021 0.599 0.322 23 E 0.018 0.008 0.044 0.010 0.495 0.425 24 A 0.093 0.009 0.012 0.004 0.465 0.418 25 P 0.322 0.001 0.005 0.002 0.156 0.513 26 V 0.965 0.002 0.001 0.001 0.009 0.022 27 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 28 L 0.973 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 29 G 0.887 0.003 0.001 0.002 0.021 0.086 30 L 0.448 0.016 0.010 0.006 0.162 0.358 31 P 0.059 0.012 0.018 0.016 0.759 0.137 32 R 0.009 0.004 0.021 0.024 0.808 0.133 33 G 0.006 0.009 0.016 0.063 0.727 0.178 34 G 0.017 0.036 0.017 0.169 0.423 0.338 35 V 0.006 0.003 0.006 0.905 0.026 0.053 36 V 0.002 0.001 0.008 0.965 0.014 0.011 37 V 0.001 0.001 0.005 0.989 0.003 0.003 38 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 39 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 40 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 41 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 42 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.006 0.001 43 R 0.001 0.001 0.007 0.972 0.014 0.006 44 R 0.001 0.001 0.012 0.949 0.022 0.016 45 L 0.001 0.002 0.014 0.825 0.052 0.106 46 G 0.004 0.001 0.017 0.083 0.192 0.703 47 G 0.016 0.006 0.041 0.052 0.321 0.564 48 E 0.059 0.013 0.100 0.047 0.372 0.409 49 L 0.090 0.007 0.129 0.045 0.440 0.288 50 D 0.221 0.006 0.105 0.031 0.282 0.355 51 V 0.604 0.016 0.045 0.029 0.155 0.151 52 V 0.702 0.009 0.020 0.041 0.094 0.134 53 L 0.837 0.008 0.007 0.027 0.043 0.078 54 V 0.797 0.007 0.009 0.035 0.065 0.087 55 R 0.678 0.017 0.011 0.048 0.116 0.131 56 K 0.356 0.025 0.018 0.061 0.325 0.215 57 V 0.093 0.009 0.021 0.034 0.538 0.305 58 G 0.052 0.007 0.014 0.015 0.549 0.363 59 A 0.095 0.044 0.021 0.012 0.517 0.310 60 P 0.141 0.034 0.014 0.015 0.434 0.363 61 G 0.121 0.031 0.022 0.025 0.417 0.384 62 N 0.111 0.018 0.017 0.026 0.446 0.382 63 P 0.159 0.015 0.044 0.117 0.365 0.300 64 E 0.350 0.028 0.042 0.129 0.198 0.253 65 F 0.489 0.018 0.046 0.157 0.138 0.153 66 A 0.549 0.013 0.036 0.154 0.099 0.149 67 L 0.505 0.007 0.058 0.248 0.088 0.093 68 G 0.487 0.007 0.040 0.304 0.082 0.080 69 A 0.499 0.007 0.040 0.293 0.080 0.080 70 V 0.438 0.013 0.032 0.334 0.095 0.087 71 G 0.327 0.013 0.039 0.358 0.162 0.101 72 E 0.197 0.009 0.049 0.339 0.286 0.120 73 G 0.090 0.007 0.036 0.200 0.441 0.226 74 G 0.075 0.011 0.038 0.115 0.490 0.270 75 E 0.119 0.021 0.043 0.098 0.418 0.301 76 L 0.181 0.018 0.058 0.139 0.329 0.275 77 V 0.230 0.030 0.049 0.168 0.254 0.269 78 L 0.184 0.038 0.030 0.203 0.193 0.351 79 M 0.084 0.009 0.014 0.214 0.158 0.521 80 P 0.020 0.002 0.045 0.660 0.118 0.155 81 Y 0.023 0.007 0.064 0.735 0.119 0.051 82 A 0.011 0.001 0.077 0.742 0.128 0.041 83 L 0.013 0.002 0.084 0.785 0.083 0.035 84 R 0.008 0.001 0.069 0.788 0.092 0.041 85 Y 0.014 0.002 0.053 0.625 0.181 0.125 86 A 0.024 0.006 0.033 0.246 0.301 0.390 87 D 0.031 0.014 0.037 0.081 0.379 0.458 88 Q 0.061 0.008 0.100 0.114 0.479 0.237 89 S 0.051 0.004 0.109 0.138 0.469 0.229 90 Y 0.205 0.016 0.088 0.222 0.317 0.151 91 L 0.310 0.015 0.041 0.220 0.204 0.210 92 E 0.281 0.009 0.030 0.247 0.169 0.265 93 R 0.218 0.010 0.063 0.430 0.138 0.143 94 E 0.233 0.014 0.068 0.427 0.126 0.132 95 A 0.207 0.008 0.067 0.483 0.121 0.114 96 A 0.198 0.013 0.041 0.423 0.133 0.191 97 R 0.113 0.009 0.048 0.454 0.180 0.196 98 Q 0.037 0.003 0.043 0.518 0.190 0.209 99 R 0.023 0.004 0.051 0.614 0.190 0.118 100 D 0.018 0.005 0.055 0.674 0.183 0.066 101 V 0.012 0.002 0.030 0.732 0.134 0.089 102 L 0.012 0.003 0.031 0.703 0.138 0.114 103 R 0.010 0.003 0.026 0.677 0.147 0.137 104 K 0.014 0.004 0.022 0.613 0.156 0.191 105 R 0.016 0.004 0.017 0.463 0.170 0.330 106 A 0.031 0.006 0.024 0.222 0.242 0.474 107 E 0.087 0.006 0.030 0.303 0.207 0.368 108 R 0.239 0.011 0.035 0.339 0.142 0.233 109 Y 0.387 0.013 0.030 0.282 0.103 0.185 110 R 0.477 0.009 0.025 0.227 0.084 0.178 111 R 0.524 0.008 0.020 0.124 0.093 0.231 112 V 0.477 0.011 0.016 0.071 0.126 0.300 113 R 0.385 0.008 0.020 0.044 0.185 0.358 114 P 0.233 0.021 0.021 0.031 0.216 0.478 115 K 0.167 0.015 0.069 0.035 0.313 0.401 116 A 0.195 0.023 0.097 0.038 0.291 0.356 117 A 0.179 0.034 0.084 0.047 0.336 0.320 118 R 0.053 0.027 0.063 0.030 0.795 0.032 119 K 0.015 0.005 0.039 0.015 0.892 0.034 120 G 0.020 0.002 0.012 0.002 0.915 0.050 121 R 0.307 0.007 0.002 0.001 0.527 0.157 122 D 0.867 0.009 0.001 0.001 0.020 0.104 123 V 0.992 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 124 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 125 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 126 V 0.945 0.001 0.001 0.001 0.008 0.045 127 D 0.563 0.002 0.003 0.005 0.139 0.288 128 D 0.257 0.011 0.018 0.049 0.362 0.302 129 G 0.250 0.033 0.046 0.129 0.395 0.146 130 V 0.187 0.008 0.063 0.259 0.385 0.097 131 A 0.083 0.011 0.067 0.346 0.360 0.132 132 T 0.053 0.012 0.028 0.468 0.261 0.179 133 G 0.008 0.001 0.008 0.295 0.230 0.457 134 A 0.004 0.004 0.020 0.794 0.071 0.106 135 S 0.002 0.006 0.017 0.926 0.020 0.029 136 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 137 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 138 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 139 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 140 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 141 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 142 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 143 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.003 0.001 144 F 0.001 0.001 0.008 0.980 0.010 0.002 145 Q 0.001 0.001 0.013 0.922 0.049 0.017 146 E 0.001 0.001 0.018 0.615 0.166 0.200 147 G 0.003 0.002 0.002 0.006 0.163 0.824 148 P 0.034 0.001 0.002 0.001 0.262 0.700 149 R 0.440 0.003 0.006 0.001 0.177 0.372 150 R 0.982 0.003 0.001 0.001 0.006 0.009 151 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 152 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 153 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 154 A 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 155 V 0.965 0.001 0.001 0.001 0.006 0.027 156 P 0.935 0.004 0.001 0.001 0.015 0.045 157 V 0.769 0.013 0.002 0.003 0.060 0.153 158 A 0.312 0.011 0.005 0.007 0.203 0.462 159 S 0.045 0.006 0.042 0.048 0.482 0.376 160 P 0.007 0.002 0.294 0.141 0.471 0.085 161 E 0.007 0.002 0.363 0.158 0.423 0.047 162 A 0.021 0.006 0.234 0.293 0.337 0.108 163 V 0.072 0.017 0.138 0.310 0.268 0.194 164 E 0.119 0.011 0.130 0.279 0.266 0.195 165 R 0.177 0.015 0.100 0.199 0.233 0.275 166 L 0.142 0.020 0.066 0.102 0.250 0.419 167 K 0.127 0.008 0.114 0.078 0.280 0.394 168 A 0.156 0.012 0.101 0.077 0.264 0.389 169 R 0.145 0.018 0.058 0.054 0.242 0.483 170 A 0.149 0.015 0.025 0.024 0.364 0.423 171 E 0.102 0.002 0.016 0.011 0.336 0.533 172 V 0.509 0.009 0.016 0.018 0.222 0.226 173 V 0.837 0.015 0.004 0.007 0.058 0.079 174 A 0.877 0.007 0.003 0.007 0.040 0.066 175 L 0.822 0.005 0.005 0.010 0.055 0.104 176 S 0.595 0.022 0.004 0.010 0.096 0.274 177 V 0.253 0.022 0.002 0.013 0.172 0.538 178 P 0.074 0.006 0.007 0.021 0.308 0.584 179 Q 0.035 0.008 0.126 0.185 0.433 0.213 180 D 0.038 0.007 0.220 0.289 0.353 0.093 181 F 0.057 0.011 0.275 0.348 0.258 0.052 182 A 0.069 0.011 0.176 0.368 0.261 0.115 183 A 0.093 0.011 0.153 0.300 0.277 0.166 184 V 0.143 0.006 0.102 0.248 0.261 0.239 185 G 0.260 0.009 0.019 0.050 0.263 0.399 186 A 0.440 0.041 0.010 0.033 0.124 0.353 187 Y 0.414 0.043 0.012 0.047 0.147 0.336 188 Y 0.049 0.005 0.158 0.413 0.258 0.116 189 L 0.008 0.001 0.323 0.459 0.179 0.030 190 D 0.009 0.002 0.294 0.458 0.211 0.027 191 F 0.017 0.005 0.177 0.588 0.151 0.061 192 G 0.024 0.011 0.195 0.548 0.144 0.077 193 E 0.031 0.005 0.240 0.433 0.216 0.075 194 V 0.015 0.005 0.107 0.346 0.294 0.234 195 T 0.007 0.013 0.009 0.083 0.217 0.671 196 D 0.001 0.003 0.006 0.162 0.155 0.673 197 E 0.001 0.001 0.009 0.964 0.015 0.012 198 D 0.001 0.001 0.008 0.975 0.013 0.004 199 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 200 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 201 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 202 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 203 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.006 0.002 204 L 0.001 0.001 0.001 0.978 0.012 0.008 205 E 0.001 0.001 0.003 0.957 0.022 0.018 206 W 0.001 0.002 0.006 0.906 0.036 0.050 207 A 0.001 0.005 0.013 0.538 0.116 0.327 208 G 0.001 0.001 0.006 0.070 0.150 0.772