# TARGET T0280 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0280.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 705 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 R 0.002 0.012 0.005 0.073 0.005 0.023 0.881 3 F 0.001 0.004 0.015 0.280 0.157 0.072 0.470 4 R 0.002 0.003 0.050 0.608 0.068 0.119 0.150 5 D 0.002 0.004 0.054 0.711 0.041 0.070 0.119 6 R 0.002 0.002 0.023 0.878 0.029 0.023 0.044 7 R 0.003 0.002 0.007 0.927 0.012 0.018 0.031 8 H 0.002 0.001 0.004 0.927 0.009 0.038 0.018 9 A 0.002 0.001 0.004 0.918 0.008 0.049 0.019 10 G 0.001 0.001 0.002 0.958 0.007 0.019 0.012 11 A 0.001 0.001 0.002 0.973 0.006 0.012 0.006 12 L 0.001 0.001 0.002 0.974 0.005 0.009 0.009 13 L 0.001 0.001 0.003 0.976 0.003 0.011 0.006 14 A 0.001 0.001 0.007 0.962 0.004 0.021 0.005 15 E 0.002 0.001 0.010 0.934 0.005 0.044 0.005 16 A 0.001 0.001 0.014 0.906 0.006 0.065 0.009 17 L 0.007 0.006 0.023 0.845 0.024 0.056 0.038 18 A 0.013 0.004 0.053 0.779 0.024 0.083 0.045 19 P 0.014 0.003 0.053 0.638 0.052 0.187 0.052 20 L 0.012 0.007 0.047 0.310 0.169 0.275 0.180 21 G 0.011 0.009 0.047 0.056 0.146 0.398 0.334 22 L 0.023 0.012 0.070 0.038 0.203 0.370 0.283 23 E 0.042 0.011 0.048 0.017 0.338 0.222 0.321 24 A 0.093 0.004 0.010 0.005 0.401 0.044 0.442 25 P 0.410 0.010 0.003 0.002 0.144 0.018 0.414 26 V 0.919 0.007 0.001 0.001 0.011 0.003 0.057 27 V 0.973 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 28 L 0.951 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.039 29 G 0.751 0.005 0.001 0.001 0.030 0.004 0.207 30 L 0.244 0.028 0.016 0.014 0.124 0.032 0.541 31 P 0.044 0.008 0.048 0.027 0.247 0.181 0.447 32 R 0.008 0.005 0.105 0.075 0.197 0.524 0.085 33 G 0.008 0.007 0.088 0.132 0.161 0.487 0.116 34 G 0.016 0.008 0.065 0.329 0.159 0.227 0.195 35 V 0.019 0.007 0.037 0.647 0.076 0.036 0.179 36 V 0.017 0.007 0.043 0.810 0.029 0.035 0.059 37 V 0.006 0.003 0.025 0.899 0.013 0.028 0.025 38 A 0.002 0.001 0.008 0.963 0.006 0.011 0.011 39 D 0.001 0.001 0.003 0.981 0.003 0.006 0.005 40 E 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.006 0.003 41 V 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.004 0.002 42 A 0.001 0.001 0.003 0.985 0.002 0.007 0.003 43 R 0.001 0.001 0.005 0.954 0.002 0.037 0.002 44 R 0.001 0.001 0.008 0.885 0.004 0.098 0.004 45 L 0.001 0.003 0.014 0.574 0.054 0.307 0.046 46 G 0.002 0.003 0.017 0.091 0.080 0.608 0.199 47 G 0.007 0.006 0.020 0.028 0.133 0.042 0.764 48 E 0.040 0.011 0.100 0.040 0.120 0.124 0.564 49 L 0.094 0.011 0.242 0.040 0.151 0.227 0.234 50 D 0.196 0.010 0.157 0.029 0.243 0.122 0.244 51 V 0.545 0.018 0.057 0.021 0.082 0.040 0.237 52 V 0.748 0.006 0.012 0.016 0.030 0.015 0.173 53 L 0.815 0.010 0.008 0.012 0.021 0.011 0.123 54 V 0.806 0.017 0.005 0.010 0.021 0.008 0.132 55 R 0.632 0.031 0.008 0.013 0.042 0.016 0.258 56 K 0.327 0.021 0.016 0.017 0.081 0.047 0.490 57 V 0.048 0.007 0.030 0.014 0.150 0.645 0.106 58 G 0.024 0.005 0.022 0.004 0.198 0.621 0.126 59 A 0.073 0.037 0.017 0.008 0.302 0.073 0.491 60 P 0.106 0.051 0.016 0.019 0.181 0.115 0.511 61 G 0.095 0.020 0.028 0.031 0.192 0.152 0.481 62 N 0.086 0.015 0.032 0.047 0.181 0.096 0.543 63 P 0.223 0.022 0.051 0.144 0.160 0.116 0.283 64 E 0.382 0.020 0.053 0.205 0.071 0.066 0.204 65 F 0.489 0.032 0.036 0.199 0.045 0.030 0.169 66 A 0.629 0.011 0.021 0.155 0.031 0.026 0.128 67 L 0.600 0.008 0.031 0.245 0.026 0.027 0.063 68 G 0.583 0.004 0.030 0.282 0.023 0.022 0.055 69 A 0.591 0.011 0.034 0.253 0.021 0.027 0.062 70 V 0.575 0.013 0.024 0.266 0.031 0.027 0.063 71 G 0.480 0.008 0.028 0.280 0.045 0.047 0.113 72 E 0.292 0.009 0.034 0.339 0.082 0.134 0.110 73 G 0.122 0.008 0.030 0.275 0.156 0.295 0.114 74 G 0.113 0.007 0.040 0.150 0.186 0.235 0.271 75 E 0.147 0.011 0.079 0.153 0.179 0.215 0.215 76 L 0.249 0.014 0.091 0.157 0.133 0.184 0.171 77 V 0.267 0.038 0.082 0.152 0.113 0.112 0.235 78 L 0.288 0.104 0.018 0.097 0.147 0.055 0.292 79 M 0.104 0.011 0.006 0.063 0.086 0.026 0.705 80 P 0.007 0.002 0.087 0.746 0.035 0.074 0.049 81 Y 0.003 0.001 0.096 0.805 0.018 0.065 0.012 82 A 0.003 0.001 0.121 0.807 0.009 0.043 0.015 83 L 0.005 0.003 0.095 0.822 0.011 0.040 0.024 84 R 0.012 0.002 0.066 0.753 0.024 0.116 0.027 85 Y 0.012 0.003 0.059 0.725 0.028 0.147 0.027 86 A 0.026 0.009 0.028 0.414 0.234 0.098 0.190 87 D 0.039 0.012 0.027 0.118 0.088 0.126 0.590 88 Q 0.021 0.007 0.246 0.344 0.063 0.231 0.087 89 S 0.030 0.003 0.286 0.260 0.101 0.242 0.077 90 Y 0.050 0.008 0.290 0.328 0.075 0.145 0.104 91 L 0.164 0.028 0.062 0.343 0.128 0.093 0.182 92 E 0.216 0.013 0.040 0.223 0.099 0.104 0.305 93 R 0.273 0.014 0.046 0.348 0.088 0.052 0.178 94 E 0.342 0.020 0.044 0.341 0.044 0.046 0.162 95 A 0.328 0.016 0.055 0.312 0.049 0.071 0.168 96 A 0.260 0.021 0.040 0.298 0.083 0.070 0.228 97 R 0.111 0.015 0.032 0.326 0.138 0.059 0.319 98 Q 0.059 0.006 0.039 0.393 0.107 0.083 0.313 99 R 0.043 0.008 0.051 0.485 0.080 0.102 0.230 100 D 0.035 0.005 0.072 0.580 0.067 0.119 0.123 101 V 0.052 0.006 0.068 0.554 0.079 0.110 0.131 102 L 0.048 0.010 0.060 0.572 0.088 0.095 0.127 103 R 0.059 0.008 0.041 0.533 0.083 0.116 0.160 104 K 0.052 0.007 0.031 0.446 0.095 0.186 0.183 105 R 0.070 0.009 0.022 0.312 0.145 0.184 0.258 106 A 0.094 0.008 0.020 0.171 0.126 0.083 0.497 107 E 0.204 0.015 0.031 0.189 0.088 0.054 0.418 108 R 0.385 0.019 0.039 0.196 0.065 0.050 0.247 109 Y 0.436 0.017 0.047 0.191 0.058 0.048 0.203 110 R 0.471 0.017 0.052 0.177 0.056 0.055 0.171 111 R 0.422 0.016 0.051 0.120 0.083 0.072 0.237 112 V 0.304 0.013 0.041 0.070 0.156 0.082 0.334 113 R 0.186 0.015 0.037 0.054 0.170 0.087 0.451 114 P 0.142 0.015 0.032 0.035 0.121 0.052 0.602 115 K 0.114 0.009 0.060 0.037 0.076 0.091 0.613 116 A 0.145 0.015 0.106 0.063 0.115 0.128 0.429 117 A 0.136 0.035 0.124 0.067 0.123 0.112 0.403 118 R 0.116 0.023 0.155 0.058 0.139 0.125 0.384 119 K 0.028 0.003 0.062 0.034 0.082 0.745 0.045 120 G 0.028 0.002 0.024 0.007 0.100 0.792 0.048 121 R 0.335 0.012 0.002 0.002 0.091 0.011 0.546 122 D 0.626 0.012 0.001 0.001 0.037 0.003 0.321 123 V 0.950 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.038 124 V 0.974 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 125 L 0.956 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.034 126 V 0.841 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.150 127 D 0.455 0.001 0.001 0.006 0.297 0.005 0.237 128 D 0.722 0.003 0.003 0.028 0.150 0.011 0.083 129 G 0.777 0.011 0.009 0.105 0.012 0.030 0.056 130 V 0.595 0.013 0.013 0.227 0.026 0.076 0.051 131 A 0.173 0.004 0.012 0.153 0.196 0.179 0.281 132 T 0.029 0.003 0.002 0.106 0.346 0.191 0.323 133 G 0.005 0.002 0.002 0.168 0.399 0.087 0.337 134 A 0.001 0.002 0.019 0.858 0.042 0.030 0.048 135 S 0.001 0.002 0.010 0.951 0.009 0.014 0.012 136 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 0.001 137 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 138 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 139 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 140 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 141 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 142 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 143 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.002 144 F 0.001 0.001 0.005 0.970 0.001 0.021 0.002 145 Q 0.001 0.001 0.013 0.805 0.008 0.166 0.007 146 E 0.001 0.001 0.007 0.176 0.026 0.783 0.007 147 G 0.001 0.003 0.004 0.006 0.042 0.876 0.066 148 P 0.026 0.003 0.002 0.001 0.047 0.016 0.905 149 R 0.297 0.002 0.003 0.001 0.409 0.009 0.279 150 R 0.943 0.004 0.001 0.001 0.017 0.001 0.034 151 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 152 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 153 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 154 A 0.952 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.042 155 V 0.861 0.002 0.002 0.002 0.021 0.001 0.112 156 P 0.707 0.010 0.005 0.004 0.026 0.005 0.243 157 V 0.520 0.037 0.009 0.008 0.053 0.017 0.357 158 A 0.238 0.019 0.013 0.016 0.154 0.047 0.515 159 S 0.047 0.010 0.047 0.056 0.271 0.138 0.431 160 P 0.015 0.005 0.151 0.148 0.189 0.310 0.180 161 E 0.017 0.005 0.241 0.203 0.134 0.254 0.145 162 A 0.035 0.014 0.189 0.300 0.129 0.138 0.195 163 V 0.069 0.022 0.166 0.316 0.100 0.137 0.191 164 E 0.090 0.013 0.141 0.317 0.090 0.145 0.204 165 R 0.073 0.016 0.097 0.253 0.129 0.132 0.299 166 L 0.060 0.020 0.046 0.084 0.177 0.064 0.548 167 K 0.066 0.008 0.038 0.031 0.124 0.114 0.618 168 A 0.113 0.056 0.048 0.044 0.156 0.088 0.496 169 R 0.110 0.041 0.033 0.031 0.154 0.091 0.541 170 A 0.058 0.005 0.005 0.007 0.198 0.015 0.712 171 E 0.130 0.004 0.005 0.005 0.327 0.038 0.490 172 V 0.680 0.071 0.008 0.007 0.036 0.032 0.165 173 V 0.808 0.017 0.005 0.009 0.014 0.009 0.139 174 A 0.790 0.006 0.010 0.010 0.028 0.017 0.140 175 L 0.705 0.008 0.012 0.012 0.054 0.032 0.178 176 S 0.517 0.026 0.017 0.014 0.111 0.040 0.275 177 V 0.283 0.038 0.009 0.021 0.186 0.027 0.436 178 P 0.119 0.017 0.017 0.025 0.134 0.063 0.625 179 Q 0.048 0.010 0.149 0.132 0.155 0.301 0.206 180 D 0.050 0.009 0.185 0.218 0.147 0.241 0.149 181 F 0.087 0.011 0.216 0.241 0.119 0.172 0.153 182 A 0.123 0.017 0.115 0.301 0.111 0.111 0.221 183 A 0.124 0.018 0.089 0.318 0.088 0.174 0.188 184 V 0.106 0.007 0.073 0.232 0.092 0.374 0.116 185 G 0.134 0.007 0.036 0.136 0.147 0.318 0.221 186 A 0.287 0.039 0.025 0.104 0.118 0.040 0.387 187 Y 0.259 0.086 0.014 0.110 0.060 0.021 0.451 188 Y 0.052 0.008 0.099 0.527 0.053 0.059 0.203 189 L 0.010 0.002 0.218 0.494 0.040 0.196 0.041 190 D 0.007 0.002 0.230 0.405 0.053 0.255 0.049 191 F 0.013 0.010 0.239 0.426 0.054 0.131 0.126 192 G 0.020 0.010 0.172 0.268 0.100 0.330 0.101 193 E 0.020 0.008 0.145 0.208 0.100 0.397 0.122 194 V 0.013 0.029 0.067 0.161 0.249 0.156 0.325 195 T 0.015 0.023 0.010 0.132 0.342 0.072 0.407 196 D 0.007 0.004 0.004 0.219 0.135 0.041 0.589 197 E 0.001 0.001 0.008 0.977 0.003 0.009 0.003 198 D 0.001 0.001 0.007 0.977 0.001 0.011 0.002 199 V 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.005 0.001 200 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 201 A 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.006 0.001 202 I 0.001 0.001 0.005 0.975 0.001 0.017 0.001 203 L 0.001 0.001 0.010 0.960 0.005 0.020 0.004 204 L 0.001 0.001 0.031 0.916 0.006 0.040 0.006 205 E 0.002 0.001 0.034 0.865 0.012 0.074 0.012 206 W 0.003 0.003 0.047 0.745 0.023 0.147 0.032 207 A 0.010 0.020 0.023 0.414 0.078 0.302 0.153 208 G 0.004 0.004 0.010 0.061 0.024 0.085 0.811