# TARGET T0280 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0280.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 705 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.743 0.183 0.055 0.017 0.003 0.001 0.001 2 R 0.562 0.249 0.110 0.058 0.018 0.003 0.001 3 F 0.417 0.219 0.145 0.126 0.070 0.021 0.002 4 R 0.498 0.234 0.123 0.084 0.044 0.016 0.002 5 D 0.434 0.263 0.154 0.090 0.042 0.014 0.003 6 R 0.215 0.184 0.165 0.196 0.140 0.079 0.019 7 R 0.229 0.261 0.229 0.179 0.080 0.020 0.002 8 H 0.192 0.336 0.241 0.140 0.067 0.022 0.002 9 A 0.034 0.075 0.119 0.242 0.307 0.203 0.020 10 G 0.019 0.058 0.115 0.249 0.317 0.216 0.026 11 A 0.124 0.363 0.306 0.152 0.043 0.010 0.001 12 L 0.044 0.151 0.284 0.321 0.165 0.034 0.002 13 L 0.007 0.011 0.018 0.072 0.295 0.535 0.061 14 A 0.009 0.035 0.113 0.340 0.356 0.142 0.006 15 E 0.054 0.410 0.326 0.146 0.053 0.012 0.001 16 A 0.006 0.052 0.236 0.444 0.222 0.040 0.001 17 L 0.002 0.011 0.035 0.181 0.489 0.269 0.012 18 A 0.103 0.322 0.327 0.183 0.053 0.012 0.001 19 P 0.564 0.367 0.052 0.013 0.003 0.001 0.001 20 L 0.065 0.204 0.371 0.286 0.066 0.007 0.001 21 G 0.425 0.331 0.149 0.069 0.023 0.003 0.001 22 L 0.161 0.296 0.254 0.215 0.069 0.005 0.001 23 E 0.171 0.471 0.246 0.095 0.016 0.001 0.001 24 A 0.008 0.110 0.270 0.376 0.203 0.032 0.001 25 P 0.001 0.003 0.025 0.165 0.437 0.349 0.021 26 V 0.001 0.001 0.002 0.019 0.123 0.575 0.280 27 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.225 0.759 28 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.120 0.875 29 G 0.001 0.001 0.002 0.007 0.036 0.245 0.709 30 L 0.001 0.002 0.007 0.028 0.113 0.357 0.493 31 P 0.003 0.027 0.073 0.160 0.280 0.309 0.148 32 R 0.013 0.088 0.175 0.253 0.267 0.158 0.047 33 G 0.007 0.042 0.098 0.202 0.281 0.263 0.107 34 G 0.003 0.008 0.019 0.066 0.194 0.454 0.256 35 V 0.002 0.008 0.022 0.064 0.211 0.417 0.276 36 V 0.007 0.037 0.088 0.229 0.247 0.274 0.118 37 V 0.001 0.004 0.012 0.044 0.133 0.367 0.440 38 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.252 0.722 39 D 0.001 0.005 0.031 0.167 0.344 0.386 0.067 40 E 0.001 0.010 0.062 0.217 0.386 0.281 0.043 41 V 0.001 0.001 0.001 0.010 0.082 0.576 0.330 42 A 0.001 0.003 0.018 0.115 0.349 0.461 0.053 43 R 0.011 0.176 0.345 0.292 0.131 0.042 0.004 44 R 0.014 0.076 0.195 0.382 0.249 0.077 0.007 45 L 0.002 0.012 0.048 0.183 0.442 0.293 0.019 46 G 0.137 0.413 0.274 0.124 0.042 0.009 0.001 47 G 0.083 0.199 0.237 0.267 0.151 0.055 0.009 48 E 0.132 0.298 0.273 0.186 0.082 0.027 0.003 49 L 0.038 0.075 0.145 0.246 0.318 0.161 0.017 50 D 0.087 0.174 0.220 0.238 0.169 0.098 0.014 51 V 0.059 0.112 0.157 0.219 0.240 0.190 0.024 52 V 0.029 0.044 0.070 0.156 0.281 0.358 0.062 53 L 0.030 0.081 0.142 0.232 0.255 0.224 0.036 54 V 0.044 0.077 0.122 0.210 0.279 0.233 0.035 55 R 0.083 0.207 0.262 0.249 0.144 0.049 0.005 56 K 0.184 0.198 0.209 0.218 0.134 0.051 0.006 57 V 0.356 0.263 0.166 0.116 0.069 0.028 0.003 58 G 0.343 0.267 0.177 0.126 0.060 0.025 0.003 59 A 0.309 0.228 0.184 0.151 0.087 0.037 0.005 60 P 0.309 0.194 0.173 0.154 0.108 0.054 0.007 61 G 0.398 0.196 0.130 0.126 0.096 0.046 0.008 62 N 0.306 0.213 0.185 0.154 0.092 0.041 0.010 63 P 0.313 0.207 0.160 0.155 0.099 0.051 0.014 64 E 0.234 0.216 0.158 0.150 0.128 0.086 0.029 65 F 0.080 0.095 0.126 0.197 0.242 0.200 0.060 66 A 0.083 0.125 0.160 0.216 0.210 0.161 0.045 67 L 0.105 0.102 0.116 0.181 0.214 0.214 0.069 68 G 0.153 0.143 0.126 0.162 0.177 0.173 0.067 69 A 0.093 0.106 0.131 0.181 0.213 0.200 0.076 70 V 0.066 0.080 0.113 0.172 0.228 0.242 0.099 71 G 0.147 0.134 0.148 0.185 0.176 0.150 0.060 72 E 0.220 0.186 0.154 0.152 0.120 0.102 0.066 73 G 0.172 0.134 0.121 0.134 0.157 0.161 0.121 74 G 0.169 0.141 0.133 0.138 0.150 0.155 0.114 75 E 0.203 0.147 0.141 0.155 0.140 0.132 0.082 76 L 0.207 0.150 0.132 0.160 0.150 0.133 0.067 77 V 0.122 0.097 0.095 0.132 0.191 0.232 0.130 78 L 0.084 0.098 0.111 0.170 0.200 0.203 0.134 79 M 0.121 0.148 0.141 0.154 0.156 0.163 0.117 80 P 0.186 0.153 0.133 0.151 0.135 0.143 0.099 81 Y 0.140 0.157 0.138 0.151 0.156 0.168 0.091 82 A 0.052 0.074 0.109 0.162 0.219 0.266 0.117 83 L 0.047 0.058 0.090 0.156 0.223 0.298 0.128 84 R 0.105 0.123 0.131 0.160 0.181 0.210 0.091 85 Y 0.102 0.121 0.135 0.176 0.182 0.190 0.093 86 A 0.092 0.094 0.105 0.155 0.205 0.222 0.128 87 D 0.167 0.154 0.169 0.163 0.150 0.132 0.064 88 Q 0.178 0.144 0.145 0.178 0.169 0.135 0.051 89 S 0.247 0.185 0.146 0.150 0.131 0.103 0.039 90 Y 0.156 0.136 0.149 0.174 0.176 0.152 0.057 91 L 0.144 0.121 0.121 0.175 0.200 0.176 0.063 92 E 0.191 0.192 0.171 0.171 0.137 0.100 0.038 93 R 0.221 0.125 0.122 0.161 0.175 0.146 0.050 94 E 0.239 0.202 0.147 0.131 0.119 0.118 0.044 95 A 0.138 0.122 0.141 0.202 0.201 0.154 0.042 96 A 0.155 0.181 0.179 0.188 0.161 0.112 0.024 97 R 0.218 0.200 0.177 0.183 0.135 0.073 0.014 98 Q 0.351 0.267 0.152 0.111 0.066 0.041 0.012 99 R 0.348 0.233 0.163 0.123 0.082 0.042 0.009 100 D 0.447 0.241 0.137 0.091 0.051 0.027 0.006 101 V 0.442 0.245 0.133 0.095 0.053 0.026 0.005 102 L 0.319 0.230 0.182 0.138 0.086 0.040 0.005 103 R 0.364 0.253 0.157 0.124 0.068 0.029 0.004 104 K 0.415 0.223 0.138 0.112 0.071 0.034 0.006 105 R 0.349 0.209 0.159 0.136 0.095 0.046 0.007 106 A 0.421 0.252 0.140 0.103 0.057 0.024 0.004 107 E 0.271 0.241 0.187 0.156 0.095 0.043 0.007 108 R 0.222 0.212 0.197 0.187 0.123 0.054 0.006 109 Y 0.156 0.156 0.167 0.213 0.192 0.104 0.012 110 R 0.208 0.226 0.213 0.188 0.113 0.046 0.005 111 R 0.204 0.191 0.180 0.205 0.149 0.065 0.007 112 V 0.193 0.203 0.194 0.196 0.141 0.065 0.007 113 R 0.241 0.253 0.203 0.167 0.094 0.037 0.005 114 P 0.105 0.139 0.168 0.237 0.229 0.107 0.016 115 K 0.194 0.249 0.229 0.183 0.097 0.042 0.006 116 A 0.216 0.262 0.199 0.186 0.100 0.034 0.003 117 A 0.246 0.345 0.219 0.131 0.048 0.010 0.001 118 R 0.073 0.112 0.190 0.335 0.241 0.047 0.002 119 K 0.464 0.362 0.125 0.041 0.007 0.001 0.001 120 G 0.276 0.474 0.183 0.056 0.010 0.001 0.001 121 R 0.007 0.072 0.206 0.393 0.273 0.049 0.001 122 D 0.001 0.029 0.113 0.328 0.373 0.151 0.006 123 V 0.001 0.001 0.003 0.023 0.135 0.577 0.261 124 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.040 0.382 0.571 125 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.200 0.776 126 V 0.001 0.001 0.003 0.010 0.035 0.193 0.759 127 D 0.001 0.006 0.015 0.041 0.095 0.278 0.564 128 D 0.001 0.004 0.012 0.039 0.122 0.326 0.497 129 G 0.002 0.007 0.019 0.052 0.139 0.388 0.392 130 V 0.010 0.019 0.038 0.085 0.184 0.402 0.263 131 A 0.010 0.020 0.037 0.089 0.195 0.412 0.238 132 T 0.019 0.062 0.104 0.186 0.244 0.281 0.105 133 G 0.014 0.080 0.166 0.238 0.280 0.175 0.047 134 A 0.024 0.124 0.208 0.302 0.209 0.105 0.027 135 S 0.003 0.015 0.043 0.133 0.303 0.366 0.136 136 M 0.001 0.002 0.005 0.024 0.143 0.547 0.278 137 E 0.005 0.068 0.213 0.383 0.233 0.089 0.009 138 A 0.005 0.071 0.223 0.371 0.224 0.092 0.013 139 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.058 0.554 0.381 140 L 0.001 0.001 0.009 0.092 0.356 0.494 0.048 141 S 0.004 0.187 0.423 0.282 0.089 0.015 0.001 142 V 0.002 0.020 0.138 0.416 0.337 0.085 0.002 143 V 0.001 0.005 0.011 0.071 0.414 0.474 0.024 144 F 0.035 0.204 0.371 0.303 0.074 0.012 0.001 145 Q 0.388 0.479 0.101 0.027 0.005 0.001 0.001 146 E 0.050 0.216 0.358 0.277 0.088 0.010 0.001 147 G 0.235 0.414 0.233 0.093 0.022 0.002 0.001 148 P 0.048 0.132 0.220 0.320 0.237 0.043 0.001 149 R 0.063 0.286 0.257 0.261 0.113 0.020 0.001 150 R 0.011 0.121 0.245 0.350 0.215 0.056 0.002 151 V 0.001 0.001 0.007 0.046 0.230 0.570 0.146 152 V 0.001 0.004 0.023 0.116 0.324 0.405 0.130 153 V 0.001 0.001 0.002 0.008 0.041 0.324 0.626 154 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.285 0.685 155 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.234 0.739 156 P 0.001 0.001 0.004 0.015 0.064 0.321 0.596 157 V 0.001 0.004 0.011 0.035 0.145 0.485 0.320 158 A 0.007 0.036 0.084 0.214 0.319 0.277 0.064 159 S 0.037 0.159 0.240 0.260 0.209 0.082 0.014 160 P 0.194 0.305 0.223 0.153 0.083 0.037 0.006 161 E 0.256 0.277 0.200 0.148 0.077 0.036 0.006 162 A 0.115 0.155 0.206 0.241 0.192 0.083 0.008 163 V 0.094 0.174 0.218 0.248 0.176 0.080 0.010 164 E 0.262 0.306 0.208 0.133 0.064 0.023 0.003 165 R 0.224 0.291 0.223 0.159 0.074 0.025 0.004 166 L 0.095 0.136 0.181 0.278 0.221 0.082 0.008 167 K 0.248 0.340 0.227 0.125 0.046 0.013 0.001 168 A 0.081 0.160 0.200 0.269 0.205 0.078 0.006 169 R 0.088 0.271 0.295 0.226 0.092 0.026 0.002 170 A 0.016 0.038 0.080 0.214 0.384 0.245 0.024 171 E 0.034 0.164 0.281 0.300 0.158 0.057 0.005 172 V 0.009 0.017 0.043 0.117 0.258 0.458 0.099 173 V 0.006 0.016 0.038 0.104 0.247 0.468 0.123 174 A 0.006 0.015 0.040 0.110 0.231 0.455 0.144 175 L 0.016 0.040 0.073 0.152 0.279 0.334 0.106 176 S 0.056 0.188 0.261 0.255 0.158 0.071 0.012 177 V 0.043 0.091 0.153 0.273 0.284 0.138 0.018 178 P 0.282 0.305 0.204 0.137 0.053 0.016 0.002 179 Q 0.456 0.276 0.129 0.080 0.040 0.016 0.003 180 D 0.366 0.279 0.183 0.108 0.046 0.015 0.002 181 F 0.208 0.173 0.170 0.196 0.167 0.078 0.009 182 A 0.241 0.206 0.209 0.185 0.105 0.047 0.007 183 A 0.259 0.168 0.144 0.159 0.140 0.109 0.021 184 V 0.176 0.171 0.156 0.174 0.164 0.126 0.033 185 G 0.197 0.181 0.172 0.166 0.146 0.112 0.027 186 A 0.131 0.158 0.155 0.210 0.192 0.126 0.029 187 Y 0.147 0.139 0.142 0.190 0.200 0.149 0.032 188 Y 0.099 0.120 0.159 0.240 0.227 0.129 0.026 189 L 0.336 0.293 0.183 0.117 0.052 0.017 0.003 190 D 0.278 0.255 0.197 0.148 0.083 0.032 0.006 191 F 0.127 0.111 0.124 0.202 0.227 0.179 0.029 192 G 0.176 0.204 0.190 0.205 0.147 0.068 0.010 193 E 0.318 0.295 0.185 0.118 0.054 0.026 0.005 194 V 0.188 0.182 0.166 0.180 0.165 0.099 0.019 195 T 0.107 0.119 0.146 0.228 0.232 0.144 0.024 196 D 0.142 0.228 0.237 0.209 0.119 0.054 0.011 197 E 0.305 0.322 0.201 0.109 0.048 0.012 0.002 198 D 0.129 0.234 0.230 0.216 0.129 0.051 0.009 199 V 0.032 0.045 0.081 0.173 0.309 0.318 0.042 200 E 0.137 0.211 0.226 0.217 0.152 0.053 0.004 201 A 0.232 0.389 0.239 0.105 0.029 0.006 0.001 202 I 0.055 0.065 0.167 0.371 0.272 0.067 0.002 203 L 0.216 0.119 0.082 0.137 0.237 0.189 0.019 204 L 0.278 0.294 0.227 0.149 0.044 0.008 0.001 205 E 0.416 0.339 0.172 0.057 0.014 0.002 0.001 206 W 0.317 0.191 0.158 0.168 0.122 0.042 0.002 207 A 0.324 0.213 0.218 0.168 0.060 0.015 0.001 208 G 0.653 0.231 0.073 0.029 0.011 0.003 0.001