# TARGET T0280 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0280.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 396 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.073 0.007 0.007 0.022 0.145 0.746 2 R 0.215 0.034 0.011 0.043 0.119 0.579 3 F 0.216 0.033 0.028 0.059 0.183 0.480 4 R 0.151 0.037 0.050 0.104 0.228 0.429 5 D 0.071 0.014 0.037 0.119 0.294 0.465 6 R 0.017 0.005 0.068 0.480 0.189 0.241 7 R 0.008 0.002 0.036 0.778 0.092 0.084 8 H 0.007 0.003 0.038 0.822 0.085 0.044 9 A 0.002 0.001 0.017 0.932 0.030 0.018 10 G 0.006 0.002 0.015 0.921 0.029 0.027 11 A 0.003 0.001 0.011 0.964 0.014 0.008 12 L 0.002 0.001 0.007 0.974 0.009 0.007 13 L 0.001 0.001 0.004 0.986 0.004 0.004 14 A 0.001 0.001 0.007 0.984 0.004 0.004 15 E 0.001 0.001 0.011 0.975 0.007 0.006 16 A 0.001 0.001 0.015 0.951 0.016 0.016 17 L 0.002 0.003 0.021 0.857 0.055 0.061 18 A 0.006 0.005 0.052 0.509 0.155 0.273 19 P 0.006 0.007 0.078 0.237 0.424 0.249 20 L 0.004 0.005 0.103 0.239 0.427 0.222 21 G 0.003 0.005 0.015 0.015 0.441 0.521 22 L 0.010 0.014 0.017 0.011 0.462 0.486 23 E 0.026 0.010 0.014 0.012 0.290 0.648 24 A 0.081 0.026 0.021 0.019 0.351 0.502 25 P 0.148 0.019 0.025 0.016 0.314 0.479 26 V 0.443 0.030 0.035 0.018 0.138 0.336 27 V 0.715 0.042 0.038 0.020 0.088 0.097 28 L 0.682 0.022 0.031 0.022 0.112 0.131 29 G 0.523 0.028 0.037 0.023 0.186 0.202 30 L 0.236 0.034 0.026 0.013 0.407 0.284 31 P 0.094 0.011 0.048 0.018 0.530 0.299 32 R 0.042 0.013 0.103 0.064 0.598 0.180 33 G 0.029 0.012 0.096 0.161 0.486 0.215 34 G 0.059 0.013 0.081 0.392 0.188 0.267 35 V 0.069 0.013 0.042 0.744 0.050 0.082 36 V 0.108 0.013 0.027 0.704 0.050 0.098 37 V 0.031 0.004 0.016 0.910 0.013 0.026 38 A 0.017 0.002 0.008 0.950 0.008 0.015 39 D 0.004 0.001 0.007 0.979 0.006 0.004 40 E 0.002 0.001 0.005 0.988 0.004 0.001 41 V 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 42 A 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 43 R 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.003 44 R 0.001 0.001 0.005 0.956 0.015 0.024 45 L 0.001 0.001 0.007 0.840 0.045 0.106 46 G 0.001 0.001 0.005 0.025 0.109 0.860 47 G 0.004 0.001 0.006 0.003 0.140 0.846 48 E 0.072 0.012 0.015 0.003 0.185 0.713 49 L 0.293 0.015 0.010 0.002 0.180 0.501 50 D 0.579 0.003 0.004 0.001 0.108 0.307 51 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 52 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 53 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 54 V 0.927 0.002 0.001 0.001 0.010 0.058 55 R 0.574 0.006 0.004 0.002 0.070 0.344 56 K 0.254 0.026 0.016 0.005 0.274 0.425 57 V 0.083 0.039 0.037 0.012 0.393 0.436 58 G 0.028 0.013 0.031 0.009 0.494 0.425 59 A 0.023 0.013 0.009 0.003 0.464 0.488 60 P 0.025 0.025 0.020 0.009 0.362 0.559 61 G 0.021 0.060 0.025 0.017 0.392 0.484 62 N 0.013 0.028 0.024 0.011 0.573 0.351 63 P 0.009 0.007 0.246 0.048 0.520 0.171 64 E 0.042 0.014 0.276 0.049 0.469 0.150 65 F 0.055 0.012 0.238 0.046 0.516 0.133 66 A 0.139 0.009 0.044 0.025 0.339 0.444 67 L 0.580 0.034 0.024 0.028 0.126 0.208 68 G 0.818 0.017 0.007 0.012 0.050 0.096 69 A 0.872 0.016 0.008 0.010 0.030 0.065 70 V 0.666 0.039 0.014 0.017 0.078 0.187 71 G 0.299 0.022 0.019 0.021 0.357 0.282 72 E 0.102 0.007 0.032 0.051 0.588 0.221 73 G 0.032 0.011 0.060 0.099 0.620 0.179 74 G 0.042 0.027 0.058 0.257 0.465 0.152 75 E 0.072 0.023 0.129 0.363 0.220 0.193 76 L 0.082 0.014 0.190 0.432 0.180 0.102 77 V 0.133 0.019 0.177 0.378 0.167 0.126 78 L 0.116 0.019 0.098 0.519 0.120 0.128 79 M 0.126 0.011 0.085 0.394 0.170 0.215 80 P 0.020 0.001 0.227 0.575 0.116 0.061 81 Y 0.025 0.003 0.219 0.626 0.092 0.035 82 A 0.019 0.004 0.117 0.765 0.065 0.030 83 L 0.017 0.004 0.081 0.760 0.074 0.064 84 R 0.016 0.002 0.066 0.675 0.106 0.135 85 Y 0.034 0.006 0.074 0.487 0.156 0.242 86 A 0.028 0.014 0.022 0.255 0.210 0.470 87 D 0.020 0.008 0.024 0.179 0.183 0.586 88 Q 0.012 0.002 0.088 0.544 0.144 0.210 89 S 0.029 0.003 0.120 0.605 0.134 0.110 90 Y 0.055 0.006 0.134 0.649 0.094 0.063 91 L 0.153 0.013 0.050 0.562 0.091 0.131 92 E 0.183 0.006 0.033 0.554 0.091 0.133 93 R 0.174 0.004 0.034 0.634 0.068 0.087 94 E 0.165 0.006 0.029 0.640 0.066 0.094 95 A 0.101 0.005 0.034 0.673 0.083 0.103 96 A 0.067 0.005 0.039 0.683 0.099 0.106 97 R 0.069 0.007 0.040 0.581 0.148 0.155 98 Q 0.053 0.007 0.039 0.452 0.191 0.258 99 R 0.034 0.003 0.057 0.540 0.183 0.183 100 D 0.062 0.005 0.058 0.485 0.200 0.189 101 V 0.087 0.009 0.045 0.483 0.168 0.207 102 L 0.116 0.012 0.019 0.432 0.117 0.304 103 R 0.105 0.007 0.011 0.519 0.095 0.264 104 K 0.099 0.004 0.011 0.667 0.077 0.142 105 R 0.109 0.005 0.014 0.738 0.050 0.084 106 A 0.152 0.003 0.026 0.703 0.052 0.063 107 E 0.184 0.003 0.041 0.666 0.052 0.054 108 R 0.237 0.004 0.034 0.607 0.048 0.071 109 Y 0.214 0.007 0.014 0.652 0.034 0.078 110 R 0.184 0.005 0.014 0.618 0.053 0.126 111 R 0.226 0.012 0.013 0.430 0.079 0.240 112 V 0.166 0.026 0.009 0.179 0.111 0.509 113 R 0.090 0.018 0.008 0.046 0.136 0.701 114 P 0.029 0.006 0.009 0.013 0.141 0.802 115 K 0.052 0.016 0.123 0.049 0.308 0.452 116 A 0.090 0.034 0.229 0.053 0.342 0.253 117 A 0.078 0.038 0.333 0.067 0.349 0.134 118 R 0.067 0.031 0.178 0.039 0.657 0.028 119 K 0.053 0.006 0.099 0.022 0.773 0.047 120 G 0.032 0.004 0.022 0.007 0.849 0.085 121 R 0.197 0.013 0.002 0.001 0.572 0.216 122 D 0.460 0.003 0.001 0.001 0.079 0.457 123 V 0.985 0.003 0.001 0.001 0.003 0.009 124 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 V 0.974 0.001 0.001 0.003 0.005 0.018 127 D 0.454 0.005 0.001 0.013 0.153 0.373 128 D 0.110 0.007 0.013 0.024 0.498 0.347 129 G 0.034 0.024 0.061 0.025 0.675 0.181 130 V 0.023 0.019 0.068 0.049 0.765 0.076 131 A 0.020 0.024 0.045 0.068 0.705 0.137 132 T 0.012 0.013 0.018 0.138 0.546 0.272 133 G 0.011 0.007 0.030 0.301 0.397 0.254 134 A 0.005 0.005 0.017 0.819 0.087 0.068 135 S 0.007 0.006 0.008 0.845 0.031 0.103 136 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 137 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 138 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 139 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 140 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 141 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 142 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 143 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 144 F 0.001 0.001 0.003 0.995 0.002 0.001 145 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 146 E 0.001 0.001 0.001 0.975 0.005 0.019 147 G 0.001 0.002 0.001 0.007 0.073 0.917 148 P 0.005 0.005 0.016 0.003 0.357 0.614 149 R 0.067 0.003 0.026 0.001 0.632 0.272 150 R 0.791 0.006 0.011 0.001 0.119 0.074 151 V 0.979 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 152 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 153 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 154 A 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 155 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 156 P 0.965 0.001 0.001 0.001 0.008 0.025 157 V 0.658 0.006 0.002 0.003 0.077 0.254 158 A 0.099 0.008 0.002 0.005 0.203 0.682 159 S 0.013 0.004 0.004 0.019 0.266 0.694 160 P 0.001 0.001 0.092 0.698 0.157 0.050 161 E 0.001 0.001 0.070 0.842 0.075 0.011 162 A 0.003 0.002 0.102 0.833 0.053 0.007 163 V 0.006 0.002 0.052 0.894 0.032 0.015 164 E 0.007 0.001 0.061 0.876 0.037 0.017 165 R 0.009 0.002 0.048 0.864 0.045 0.032 166 L 0.015 0.004 0.035 0.751 0.098 0.096 167 K 0.021 0.004 0.044 0.471 0.181 0.279 168 A 0.034 0.004 0.048 0.244 0.201 0.469 169 R 0.089 0.011 0.023 0.041 0.226 0.610 170 A 0.152 0.005 0.013 0.013 0.227 0.589 171 E 0.384 0.006 0.010 0.007 0.165 0.427 172 V 0.914 0.006 0.003 0.004 0.024 0.050 173 V 0.955 0.004 0.002 0.004 0.010 0.025 174 A 0.950 0.003 0.005 0.004 0.015 0.024 175 L 0.838 0.004 0.008 0.011 0.051 0.089 176 S 0.537 0.008 0.015 0.010 0.145 0.285 177 V 0.246 0.016 0.006 0.005 0.254 0.473 178 P 0.124 0.013 0.019 0.012 0.346 0.486 179 Q 0.085 0.019 0.053 0.042 0.481 0.319 180 D 0.058 0.020 0.081 0.065 0.555 0.220 181 F 0.047 0.010 0.328 0.120 0.380 0.115 182 A 0.121 0.012 0.236 0.137 0.339 0.155 183 A 0.231 0.013 0.193 0.189 0.267 0.107 184 V 0.414 0.010 0.057 0.155 0.178 0.186 185 G 0.606 0.007 0.024 0.065 0.133 0.165 186 A 0.739 0.008 0.015 0.039 0.092 0.106 187 Y 0.821 0.018 0.008 0.018 0.049 0.086 188 Y 0.691 0.017 0.006 0.012 0.090 0.183 189 L 0.498 0.016 0.013 0.010 0.154 0.310 190 D 0.264 0.035 0.028 0.011 0.354 0.309 191 F 0.073 0.019 0.251 0.043 0.473 0.141 192 G 0.069 0.009 0.284 0.033 0.481 0.124 193 E 0.069 0.011 0.301 0.052 0.465 0.102 194 V 0.042 0.036 0.089 0.086 0.412 0.335 195 T 0.025 0.033 0.011 0.069 0.345 0.517 196 D 0.008 0.005 0.009 0.249 0.217 0.512 197 E 0.003 0.001 0.005 0.958 0.019 0.015 198 D 0.007 0.001 0.005 0.967 0.013 0.008 199 V 0.004 0.001 0.002 0.987 0.003 0.002 200 E 0.009 0.001 0.002 0.985 0.002 0.002 201 A 0.010 0.001 0.003 0.984 0.002 0.002 202 I 0.013 0.001 0.004 0.975 0.004 0.004 203 L 0.007 0.001 0.003 0.980 0.004 0.005 204 L 0.005 0.001 0.011 0.958 0.013 0.012 205 E 0.008 0.001 0.031 0.871 0.042 0.046 206 W 0.004 0.002 0.020 0.842 0.042 0.090 207 A 0.003 0.005 0.011 0.563 0.078 0.340 208 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.047 0.943