# TARGET T0280 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0280.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 396 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.043 0.003 0.001 0.007 0.012 0.004 0.929 2 R 0.281 0.084 0.010 0.029 0.017 0.013 0.566 3 F 0.345 0.048 0.026 0.041 0.057 0.027 0.456 4 R 0.179 0.018 0.055 0.047 0.121 0.196 0.384 5 D 0.081 0.030 0.045 0.050 0.213 0.230 0.351 6 R 0.027 0.006 0.082 0.179 0.195 0.139 0.373 7 R 0.015 0.009 0.086 0.449 0.167 0.102 0.173 8 H 0.008 0.011 0.082 0.650 0.044 0.103 0.102 9 A 0.005 0.005 0.047 0.836 0.012 0.046 0.050 10 G 0.002 0.001 0.011 0.958 0.004 0.011 0.014 11 A 0.001 0.001 0.008 0.984 0.001 0.004 0.002 12 L 0.001 0.001 0.010 0.979 0.001 0.008 0.002 13 L 0.001 0.001 0.011 0.969 0.001 0.015 0.003 14 A 0.001 0.001 0.008 0.982 0.001 0.007 0.001 15 E 0.001 0.001 0.011 0.968 0.001 0.019 0.001 16 A 0.001 0.001 0.008 0.952 0.001 0.034 0.005 17 L 0.001 0.002 0.012 0.927 0.007 0.034 0.016 18 A 0.003 0.002 0.072 0.716 0.023 0.097 0.088 19 P 0.002 0.001 0.112 0.605 0.037 0.191 0.052 20 L 0.001 0.002 0.073 0.201 0.038 0.637 0.048 21 G 0.002 0.002 0.053 0.021 0.077 0.686 0.160 22 L 0.011 0.008 0.024 0.010 0.141 0.080 0.726 23 E 0.019 0.014 0.024 0.020 0.342 0.087 0.494 24 A 0.041 0.005 0.004 0.009 0.416 0.013 0.512 25 P 0.111 0.008 0.013 0.026 0.057 0.028 0.756 26 V 0.617 0.023 0.023 0.049 0.061 0.026 0.201 27 V 0.776 0.029 0.017 0.032 0.019 0.013 0.115 28 L 0.732 0.012 0.022 0.025 0.061 0.054 0.093 29 G 0.468 0.018 0.027 0.022 0.132 0.150 0.183 30 L 0.176 0.018 0.010 0.010 0.134 0.017 0.635 31 P 0.123 0.012 0.026 0.014 0.136 0.054 0.636 32 R 0.040 0.021 0.164 0.174 0.126 0.316 0.158 33 G 0.041 0.007 0.114 0.382 0.093 0.240 0.123 34 G 0.034 0.003 0.051 0.592 0.062 0.149 0.109 35 V 0.065 0.008 0.010 0.816 0.030 0.026 0.046 36 V 0.049 0.006 0.004 0.901 0.010 0.005 0.024 37 V 0.007 0.001 0.003 0.982 0.001 0.003 0.004 38 A 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.002 0.002 39 D 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 40 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 41 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 43 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 44 R 0.001 0.001 0.002 0.948 0.001 0.049 0.001 45 L 0.001 0.001 0.006 0.514 0.006 0.465 0.008 46 G 0.001 0.001 0.002 0.016 0.013 0.925 0.042 47 G 0.008 0.003 0.002 0.002 0.076 0.012 0.896 48 E 0.101 0.028 0.016 0.002 0.121 0.042 0.689 49 L 0.337 0.016 0.011 0.001 0.065 0.019 0.550 50 D 0.382 0.002 0.007 0.001 0.283 0.013 0.313 51 V 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.020 52 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 53 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 54 V 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 55 R 0.843 0.002 0.001 0.001 0.017 0.003 0.133 56 K 0.483 0.014 0.008 0.003 0.077 0.022 0.393 57 V 0.162 0.016 0.022 0.003 0.219 0.191 0.387 58 G 0.077 0.015 0.016 0.002 0.252 0.241 0.397 59 A 0.043 0.013 0.008 0.001 0.164 0.036 0.735 60 P 0.085 0.028 0.014 0.003 0.168 0.152 0.549 61 G 0.060 0.057 0.017 0.004 0.346 0.135 0.380 62 N 0.027 0.010 0.015 0.002 0.208 0.025 0.713 63 P 0.010 0.003 0.173 0.029 0.099 0.559 0.127 64 E 0.026 0.016 0.181 0.028 0.105 0.560 0.083 65 F 0.127 0.030 0.089 0.017 0.206 0.085 0.446 66 A 0.281 0.015 0.014 0.014 0.189 0.047 0.439 67 L 0.769 0.015 0.010 0.014 0.039 0.016 0.137 68 G 0.904 0.008 0.004 0.013 0.009 0.006 0.055 69 A 0.934 0.006 0.003 0.015 0.010 0.005 0.027 70 V 0.855 0.010 0.006 0.024 0.011 0.011 0.082 71 G 0.522 0.010 0.020 0.044 0.042 0.050 0.311 72 E 0.180 0.012 0.039 0.086 0.199 0.308 0.177 73 G 0.039 0.007 0.061 0.095 0.178 0.513 0.107 74 G 0.066 0.008 0.070 0.193 0.160 0.218 0.283 75 E 0.152 0.026 0.080 0.257 0.077 0.129 0.280 76 L 0.283 0.022 0.082 0.309 0.095 0.055 0.153 77 V 0.227 0.024 0.094 0.347 0.073 0.079 0.155 78 L 0.116 0.017 0.073 0.534 0.045 0.097 0.117 79 M 0.071 0.008 0.049 0.354 0.129 0.041 0.348 80 P 0.020 0.002 0.186 0.594 0.032 0.077 0.090 81 Y 0.025 0.005 0.254 0.504 0.028 0.136 0.047 82 A 0.039 0.018 0.221 0.459 0.028 0.171 0.064 83 L 0.060 0.011 0.143 0.426 0.073 0.172 0.115 84 R 0.068 0.008 0.083 0.350 0.087 0.241 0.163 85 Y 0.052 0.019 0.061 0.184 0.112 0.176 0.395 86 A 0.045 0.020 0.016 0.077 0.145 0.075 0.623 87 D 0.050 0.012 0.016 0.056 0.088 0.057 0.720 88 Q 0.048 0.010 0.095 0.360 0.107 0.103 0.277 89 S 0.078 0.005 0.088 0.379 0.129 0.106 0.214 90 Y 0.163 0.010 0.071 0.524 0.049 0.071 0.112 91 L 0.300 0.018 0.017 0.494 0.023 0.019 0.129 92 E 0.299 0.008 0.011 0.508 0.038 0.022 0.115 93 R 0.282 0.004 0.017 0.540 0.026 0.036 0.095 94 E 0.300 0.009 0.015 0.519 0.025 0.034 0.099 95 A 0.240 0.004 0.027 0.501 0.040 0.055 0.133 96 A 0.155 0.009 0.030 0.496 0.048 0.106 0.157 97 R 0.098 0.009 0.025 0.435 0.088 0.135 0.211 98 Q 0.073 0.006 0.028 0.319 0.130 0.099 0.346 99 R 0.038 0.004 0.059 0.519 0.092 0.123 0.165 100 D 0.039 0.004 0.079 0.531 0.061 0.143 0.143 101 V 0.060 0.010 0.048 0.611 0.046 0.090 0.134 102 L 0.071 0.011 0.021 0.656 0.041 0.077 0.124 103 R 0.047 0.005 0.017 0.693 0.042 0.083 0.114 104 K 0.067 0.006 0.027 0.531 0.055 0.091 0.224 105 R 0.107 0.008 0.032 0.510 0.059 0.066 0.218 106 A 0.192 0.008 0.038 0.469 0.057 0.051 0.183 107 E 0.272 0.007 0.040 0.440 0.055 0.049 0.137 108 R 0.341 0.012 0.023 0.470 0.029 0.040 0.084 109 Y 0.406 0.014 0.015 0.399 0.027 0.039 0.100 110 R 0.447 0.011 0.017 0.324 0.031 0.050 0.121 111 R 0.311 0.009 0.019 0.292 0.062 0.107 0.201 112 V 0.182 0.022 0.012 0.184 0.108 0.100 0.392 113 R 0.099 0.010 0.003 0.024 0.096 0.018 0.748 114 P 0.077 0.016 0.032 0.058 0.070 0.060 0.689 115 K 0.099 0.012 0.099 0.112 0.154 0.090 0.435 116 A 0.164 0.029 0.169 0.083 0.149 0.102 0.303 117 A 0.109 0.018 0.101 0.074 0.076 0.107 0.515 118 R 0.139 0.013 0.112 0.113 0.112 0.248 0.262 119 K 0.017 0.003 0.028 0.021 0.080 0.818 0.032 120 G 0.026 0.001 0.007 0.001 0.101 0.757 0.108 121 R 0.105 0.004 0.001 0.001 0.049 0.003 0.838 122 D 0.834 0.003 0.001 0.001 0.024 0.002 0.137 123 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 124 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 V 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 127 D 0.429 0.001 0.002 0.001 0.115 0.006 0.447 128 D 0.142 0.004 0.013 0.004 0.263 0.022 0.552 129 G 0.246 0.012 0.068 0.039 0.212 0.161 0.262 130 V 0.261 0.036 0.079 0.127 0.129 0.174 0.196 131 A 0.178 0.042 0.055 0.157 0.089 0.282 0.195 132 T 0.048 0.011 0.028 0.148 0.116 0.414 0.236 133 G 0.012 0.005 0.016 0.336 0.284 0.206 0.142 134 A 0.006 0.003 0.014 0.745 0.101 0.062 0.069 135 S 0.002 0.002 0.008 0.942 0.007 0.018 0.021 136 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 137 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 138 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 139 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 140 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 141 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 142 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 143 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 144 F 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.011 0.001 145 Q 0.001 0.001 0.005 0.865 0.002 0.128 0.001 146 E 0.001 0.001 0.006 0.349 0.011 0.630 0.004 147 G 0.001 0.003 0.003 0.015 0.088 0.692 0.198 148 P 0.008 0.002 0.005 0.001 0.028 0.016 0.939 149 R 0.116 0.001 0.023 0.002 0.650 0.032 0.176 150 R 0.893 0.003 0.014 0.001 0.026 0.010 0.053 151 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 152 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 153 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 154 A 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 155 V 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 156 P 0.921 0.001 0.002 0.001 0.009 0.005 0.061 157 V 0.694 0.007 0.006 0.003 0.089 0.017 0.184 158 A 0.192 0.033 0.003 0.003 0.274 0.009 0.487 159 S 0.008 0.003 0.003 0.009 0.135 0.004 0.838 160 P 0.001 0.001 0.082 0.850 0.010 0.049 0.008 161 E 0.001 0.001 0.059 0.907 0.002 0.031 0.001 162 A 0.001 0.001 0.052 0.927 0.001 0.016 0.003 163 V 0.001 0.001 0.024 0.949 0.002 0.021 0.002 164 E 0.001 0.001 0.020 0.919 0.002 0.056 0.002 165 R 0.001 0.001 0.036 0.825 0.006 0.123 0.008 166 L 0.006 0.004 0.028 0.679 0.061 0.106 0.116 167 K 0.018 0.008 0.080 0.336 0.058 0.121 0.378 168 A 0.051 0.012 0.104 0.349 0.174 0.161 0.150 169 R 0.086 0.014 0.037 0.085 0.182 0.132 0.464 170 A 0.119 0.006 0.034 0.030 0.141 0.070 0.599 171 E 0.335 0.005 0.016 0.015 0.325 0.037 0.266 172 V 0.939 0.003 0.006 0.005 0.009 0.005 0.033 173 V 0.976 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.014 174 A 0.974 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.015 175 L 0.876 0.001 0.003 0.004 0.015 0.007 0.094 176 S 0.704 0.008 0.004 0.002 0.055 0.014 0.213 177 V 0.406 0.023 0.003 0.002 0.221 0.007 0.338 178 P 0.189 0.018 0.007 0.002 0.083 0.010 0.691 179 Q 0.084 0.022 0.053 0.021 0.379 0.124 0.316 180 D 0.073 0.017 0.093 0.048 0.226 0.172 0.370 181 F 0.022 0.003 0.365 0.259 0.044 0.237 0.069 182 A 0.057 0.010 0.217 0.324 0.056 0.236 0.101 183 A 0.181 0.016 0.165 0.303 0.083 0.093 0.159 184 V 0.439 0.018 0.057 0.265 0.045 0.058 0.119 185 G 0.622 0.009 0.019 0.136 0.052 0.058 0.103 186 A 0.764 0.008 0.012 0.075 0.037 0.035 0.069 187 Y 0.848 0.010 0.007 0.046 0.021 0.022 0.047 188 Y 0.780 0.031 0.008 0.016 0.028 0.016 0.122 189 L 0.488 0.031 0.017 0.025 0.094 0.090 0.255 190 D 0.201 0.030 0.016 0.022 0.125 0.084 0.522 191 F 0.017 0.006 0.342 0.256 0.045 0.217 0.118 192 G 0.011 0.003 0.431 0.150 0.056 0.277 0.072 193 E 0.020 0.015 0.422 0.100 0.061 0.233 0.149 194 V 0.037 0.070 0.070 0.124 0.143 0.193 0.362 195 T 0.020 0.019 0.011 0.100 0.224 0.135 0.492 196 D 0.004 0.002 0.009 0.723 0.098 0.039 0.125 197 E 0.001 0.001 0.003 0.983 0.003 0.009 0.002 198 D 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.004 0.003 199 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.002 0.002 200 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 201 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 202 I 0.003 0.001 0.002 0.984 0.001 0.006 0.003 203 L 0.004 0.001 0.005 0.973 0.002 0.011 0.004 204 L 0.005 0.001 0.010 0.956 0.003 0.021 0.004 205 E 0.001 0.001 0.014 0.912 0.004 0.061 0.007 206 W 0.002 0.002 0.016 0.748 0.018 0.175 0.040 207 A 0.002 0.006 0.018 0.312 0.043 0.436 0.183 208 G 0.004 0.002 0.014 0.041 0.084 0.131 0.725