# TARGET T0280 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0280.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 396 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.543 0.270 0.115 0.050 0.016 0.004 0.001 2 R 0.226 0.335 0.248 0.134 0.045 0.011 0.001 3 F 0.117 0.134 0.182 0.289 0.207 0.067 0.004 4 R 0.326 0.301 0.180 0.113 0.057 0.020 0.003 5 D 0.423 0.303 0.156 0.075 0.029 0.011 0.003 6 R 0.159 0.225 0.252 0.213 0.109 0.038 0.004 7 R 0.329 0.304 0.195 0.106 0.046 0.018 0.003 8 H 0.391 0.279 0.149 0.092 0.056 0.027 0.005 9 A 0.132 0.121 0.151 0.206 0.229 0.140 0.022 10 G 0.075 0.097 0.111 0.220 0.246 0.203 0.048 11 A 0.062 0.217 0.293 0.257 0.118 0.047 0.006 12 L 0.076 0.157 0.261 0.271 0.177 0.052 0.006 13 L 0.019 0.033 0.050 0.083 0.226 0.469 0.120 14 A 0.011 0.014 0.043 0.163 0.344 0.371 0.054 15 E 0.037 0.255 0.363 0.242 0.083 0.017 0.002 16 A 0.012 0.055 0.165 0.371 0.303 0.087 0.007 17 L 0.004 0.009 0.022 0.101 0.368 0.444 0.054 18 A 0.045 0.196 0.323 0.287 0.121 0.025 0.002 19 P 0.422 0.395 0.126 0.043 0.012 0.002 0.001 20 L 0.084 0.194 0.284 0.282 0.129 0.027 0.002 21 G 0.522 0.298 0.117 0.047 0.014 0.003 0.001 22 L 0.202 0.208 0.229 0.216 0.113 0.030 0.002 23 E 0.521 0.284 0.114 0.051 0.021 0.008 0.001 24 A 0.201 0.281 0.235 0.177 0.077 0.026 0.003 25 P 0.098 0.148 0.186 0.229 0.205 0.113 0.021 26 V 0.027 0.065 0.123 0.215 0.253 0.240 0.076 27 V 0.034 0.061 0.095 0.159 0.227 0.286 0.137 28 L 0.032 0.069 0.107 0.174 0.236 0.258 0.124 29 G 0.032 0.075 0.126 0.178 0.210 0.231 0.148 30 L 0.009 0.014 0.025 0.061 0.138 0.343 0.410 31 P 0.032 0.081 0.110 0.172 0.204 0.243 0.158 32 R 0.036 0.081 0.119 0.169 0.209 0.242 0.144 33 G 0.023 0.038 0.059 0.105 0.175 0.308 0.292 34 G 0.010 0.017 0.027 0.054 0.112 0.307 0.474 35 V 0.007 0.022 0.053 0.138 0.242 0.329 0.209 36 V 0.010 0.022 0.055 0.123 0.235 0.311 0.244 37 V 0.002 0.003 0.006 0.013 0.055 0.340 0.581 38 A 0.001 0.002 0.005 0.021 0.095 0.403 0.475 39 D 0.003 0.035 0.134 0.306 0.296 0.176 0.050 40 E 0.005 0.043 0.125 0.257 0.323 0.206 0.040 41 V 0.001 0.003 0.009 0.044 0.215 0.585 0.142 42 A 0.004 0.024 0.095 0.277 0.409 0.181 0.009 43 R 0.098 0.365 0.302 0.159 0.059 0.015 0.002 44 R 0.077 0.264 0.317 0.236 0.083 0.021 0.002 45 L 0.015 0.050 0.155 0.334 0.327 0.114 0.005 46 G 0.391 0.367 0.150 0.064 0.022 0.005 0.001 47 G 0.102 0.164 0.254 0.278 0.166 0.034 0.002 48 E 0.287 0.450 0.183 0.059 0.015 0.004 0.001 49 L 0.010 0.046 0.131 0.308 0.338 0.153 0.014 50 D 0.005 0.032 0.103 0.216 0.331 0.269 0.044 51 V 0.001 0.005 0.021 0.088 0.245 0.450 0.191 52 V 0.001 0.003 0.004 0.012 0.060 0.408 0.513 53 L 0.001 0.004 0.013 0.054 0.161 0.385 0.383 54 V 0.001 0.002 0.005 0.023 0.106 0.384 0.479 55 R 0.003 0.024 0.069 0.161 0.248 0.334 0.161 56 K 0.016 0.073 0.133 0.222 0.253 0.233 0.070 57 V 0.042 0.114 0.171 0.216 0.233 0.164 0.060 58 G 0.154 0.161 0.171 0.192 0.160 0.128 0.034 59 A 0.130 0.111 0.124 0.181 0.197 0.202 0.055 60 P 0.198 0.237 0.201 0.179 0.103 0.064 0.017 61 G 0.267 0.254 0.170 0.132 0.095 0.062 0.020 62 N 0.155 0.184 0.198 0.207 0.153 0.077 0.025 63 P 0.252 0.259 0.207 0.139 0.084 0.043 0.016 64 E 0.117 0.227 0.203 0.181 0.148 0.096 0.028 65 F 0.019 0.071 0.131 0.228 0.287 0.204 0.060 66 A 0.014 0.062 0.124 0.222 0.249 0.220 0.109 67 L 0.001 0.002 0.009 0.041 0.145 0.460 0.342 68 G 0.001 0.002 0.008 0.037 0.147 0.423 0.382 69 A 0.001 0.002 0.004 0.009 0.040 0.268 0.676 70 V 0.001 0.002 0.002 0.005 0.023 0.173 0.794 71 G 0.001 0.003 0.006 0.021 0.067 0.243 0.659 72 E 0.006 0.024 0.048 0.113 0.199 0.309 0.302 73 G 0.011 0.038 0.071 0.142 0.224 0.311 0.203 74 G 0.015 0.032 0.064 0.139 0.245 0.340 0.164 75 E 0.044 0.073 0.086 0.123 0.174 0.299 0.201 76 L 0.038 0.080 0.142 0.227 0.229 0.209 0.076 77 V 0.065 0.120 0.158 0.208 0.214 0.171 0.064 78 L 0.029 0.036 0.053 0.103 0.203 0.379 0.198 79 M 0.036 0.061 0.106 0.189 0.251 0.260 0.098 80 P 0.146 0.248 0.231 0.173 0.107 0.066 0.028 81 Y 0.069 0.121 0.174 0.239 0.225 0.136 0.036 82 A 0.031 0.056 0.097 0.171 0.261 0.306 0.078 83 L 0.043 0.068 0.122 0.226 0.277 0.216 0.047 84 R 0.201 0.292 0.228 0.154 0.078 0.037 0.010 85 Y 0.141 0.183 0.190 0.204 0.163 0.099 0.019 86 A 0.058 0.071 0.116 0.216 0.279 0.223 0.037 87 D 0.281 0.312 0.208 0.114 0.053 0.026 0.007 88 Q 0.174 0.214 0.219 0.206 0.130 0.050 0.008 89 S 0.183 0.225 0.204 0.185 0.129 0.062 0.011 90 Y 0.097 0.196 0.255 0.232 0.135 0.072 0.014 91 L 0.042 0.044 0.077 0.196 0.322 0.279 0.040 92 E 0.099 0.241 0.266 0.218 0.116 0.050 0.008 93 R 0.058 0.098 0.152 0.236 0.254 0.175 0.027 94 E 0.119 0.241 0.256 0.200 0.119 0.055 0.009 95 A 0.079 0.148 0.208 0.253 0.203 0.098 0.010 96 A 0.065 0.162 0.235 0.262 0.187 0.082 0.006 97 R 0.079 0.152 0.255 0.294 0.183 0.035 0.001 98 Q 0.559 0.281 0.113 0.037 0.009 0.002 0.001 99 R 0.609 0.241 0.092 0.040 0.013 0.003 0.001 100 D 0.489 0.229 0.148 0.088 0.036 0.009 0.001 101 V 0.562 0.245 0.111 0.059 0.019 0.004 0.001 102 L 0.445 0.233 0.161 0.111 0.041 0.009 0.001 103 R 0.614 0.229 0.089 0.045 0.017 0.005 0.001 104 K 0.639 0.232 0.081 0.034 0.011 0.002 0.001 105 R 0.293 0.259 0.230 0.151 0.056 0.010 0.001 106 A 0.477 0.283 0.137 0.071 0.026 0.006 0.001 107 E 0.339 0.319 0.201 0.102 0.032 0.007 0.001 108 R 0.145 0.214 0.251 0.241 0.118 0.030 0.002 109 Y 0.072 0.114 0.192 0.298 0.238 0.080 0.006 110 R 0.241 0.241 0.230 0.175 0.085 0.025 0.002 111 R 0.336 0.247 0.179 0.131 0.073 0.030 0.003 112 V 0.136 0.142 0.188 0.251 0.201 0.076 0.006 113 R 0.231 0.307 0.233 0.141 0.065 0.022 0.002 114 P 0.114 0.141 0.189 0.261 0.205 0.085 0.006 115 K 0.214 0.307 0.217 0.142 0.083 0.033 0.004 116 A 0.159 0.235 0.232 0.203 0.121 0.044 0.005 117 A 0.134 0.280 0.255 0.201 0.098 0.030 0.002 118 R 0.035 0.107 0.267 0.360 0.200 0.030 0.001 119 K 0.461 0.329 0.138 0.056 0.015 0.002 0.001 120 G 0.456 0.381 0.125 0.033 0.005 0.001 0.001 121 R 0.008 0.070 0.239 0.405 0.239 0.038 0.001 122 D 0.004 0.036 0.146 0.346 0.346 0.116 0.006 123 V 0.001 0.001 0.002 0.015 0.131 0.648 0.203 124 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.380 0.588 125 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.153 0.830 126 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.088 0.906 127 D 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.164 0.816 128 D 0.001 0.001 0.002 0.010 0.038 0.206 0.743 129 G 0.001 0.002 0.006 0.019 0.062 0.264 0.646 130 V 0.002 0.006 0.014 0.039 0.103 0.360 0.476 131 A 0.002 0.009 0.026 0.082 0.173 0.377 0.330 132 T 0.002 0.010 0.018 0.059 0.160 0.399 0.351 133 G 0.002 0.019 0.067 0.189 0.326 0.307 0.090 134 A 0.003 0.027 0.098 0.223 0.335 0.261 0.054 135 S 0.001 0.002 0.008 0.027 0.121 0.480 0.360 136 M 0.001 0.001 0.001 0.004 0.056 0.510 0.429 137 E 0.001 0.004 0.052 0.309 0.408 0.199 0.029 138 A 0.001 0.003 0.025 0.119 0.333 0.433 0.085 139 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.239 0.755 140 L 0.001 0.001 0.005 0.077 0.353 0.496 0.069 141 S 0.001 0.065 0.308 0.373 0.193 0.051 0.009 142 V 0.001 0.006 0.057 0.309 0.427 0.193 0.008 143 V 0.001 0.001 0.004 0.046 0.355 0.547 0.046 144 F 0.006 0.136 0.411 0.341 0.098 0.008 0.001 145 Q 0.437 0.440 0.095 0.022 0.005 0.001 0.001 146 E 0.064 0.264 0.394 0.226 0.047 0.005 0.001 147 G 0.207 0.387 0.261 0.119 0.023 0.002 0.001 148 P 0.064 0.120 0.198 0.327 0.243 0.046 0.001 149 R 0.090 0.381 0.299 0.154 0.063 0.012 0.001 150 R 0.008 0.063 0.217 0.403 0.235 0.066 0.008 151 V 0.001 0.001 0.005 0.027 0.151 0.604 0.212 152 V 0.001 0.001 0.010 0.079 0.331 0.441 0.138 153 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.046 0.368 0.578 154 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.212 0.778 155 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.253 0.715 156 P 0.001 0.001 0.005 0.027 0.127 0.384 0.455 157 V 0.001 0.002 0.009 0.051 0.202 0.519 0.216 158 A 0.002 0.020 0.070 0.206 0.340 0.322 0.040 159 S 0.026 0.147 0.253 0.291 0.201 0.073 0.010 160 P 0.391 0.321 0.167 0.079 0.031 0.010 0.002 161 E 0.335 0.384 0.188 0.069 0.019 0.005 0.001 162 A 0.039 0.068 0.130 0.293 0.318 0.143 0.009 163 V 0.038 0.116 0.232 0.331 0.217 0.061 0.004 164 E 0.318 0.470 0.162 0.040 0.008 0.002 0.001 165 R 0.079 0.275 0.323 0.234 0.073 0.015 0.001 166 L 0.009 0.023 0.081 0.261 0.419 0.196 0.011 167 K 0.203 0.389 0.252 0.112 0.035 0.008 0.001 168 A 0.274 0.335 0.213 0.127 0.042 0.009 0.001 169 R 0.074 0.262 0.311 0.222 0.096 0.032 0.003 170 A 0.014 0.034 0.091 0.240 0.370 0.229 0.022 171 E 0.068 0.166 0.254 0.256 0.166 0.075 0.016 172 V 0.016 0.029 0.055 0.115 0.249 0.414 0.123 173 V 0.006 0.020 0.043 0.113 0.247 0.432 0.139 174 A 0.007 0.019 0.045 0.112 0.250 0.395 0.172 175 L 0.028 0.062 0.095 0.178 0.271 0.262 0.104 176 S 0.029 0.136 0.238 0.278 0.192 0.108 0.020 177 V 0.019 0.053 0.104 0.223 0.311 0.234 0.055 178 P 0.126 0.248 0.244 0.204 0.114 0.052 0.011 179 Q 0.348 0.311 0.169 0.097 0.048 0.021 0.006 180 D 0.372 0.284 0.167 0.100 0.044 0.024 0.009 181 F 0.136 0.162 0.202 0.230 0.180 0.078 0.012 182 A 0.287 0.268 0.193 0.134 0.070 0.037 0.011 183 A 0.263 0.243 0.182 0.152 0.095 0.052 0.013 184 V 0.163 0.159 0.171 0.182 0.173 0.120 0.033 185 G 0.105 0.106 0.140 0.201 0.207 0.178 0.063 186 A 0.095 0.121 0.148 0.186 0.193 0.182 0.076 187 Y 0.053 0.065 0.091 0.150 0.223 0.298 0.121 188 Y 0.044 0.064 0.093 0.167 0.247 0.276 0.108 189 L 0.060 0.081 0.129 0.179 0.228 0.216 0.107 190 D 0.123 0.231 0.198 0.172 0.129 0.100 0.046 191 F 0.027 0.045 0.097 0.217 0.310 0.239 0.066 192 G 0.179 0.302 0.226 0.152 0.084 0.044 0.012 193 E 0.097 0.187 0.207 0.212 0.166 0.106 0.024 194 V 0.017 0.025 0.056 0.161 0.304 0.341 0.097 195 T 0.096 0.233 0.269 0.216 0.117 0.054 0.014 196 D 0.144 0.259 0.240 0.183 0.107 0.055 0.013 197 E 0.239 0.293 0.218 0.139 0.075 0.030 0.006 198 D 0.236 0.294 0.208 0.139 0.076 0.039 0.007 199 V 0.110 0.071 0.103 0.224 0.284 0.182 0.025 200 E 0.138 0.219 0.275 0.231 0.099 0.035 0.004 201 A 0.190 0.199 0.189 0.195 0.138 0.078 0.011 202 I 0.114 0.069 0.082 0.155 0.263 0.264 0.053 203 L 0.179 0.119 0.135 0.200 0.211 0.138 0.018 204 L 0.220 0.285 0.232 0.165 0.073 0.023 0.003 205 E 0.232 0.347 0.228 0.125 0.052 0.014 0.002 206 W 0.124 0.167 0.220 0.238 0.173 0.072 0.007 207 A 0.335 0.213 0.166 0.151 0.093 0.037 0.004 208 G 0.636 0.185 0.091 0.053 0.024 0.009 0.002