PFRMAT RR TARGET T0280 AUTHOR 4204-4258-2837 REMARK From group SAM-TO4-hand under the direction of REMARK Kevin Karplus. REMARK Project by George Shackelford and Kevin Karplus REMARK The value given is an approximation of the probability REMARK as provided by the neural network. REMARK The predictions are limited to a score >= .18 which REMARK is an approximation of the probability. REMARK METHOD The predictor is an artificial neural network METHOD using 280 inputs. METHOD Input includes separation and sequence length, corrected METHOD mutual information between columns (M. Cline) and METHOD an e-value measure of correlation between columns (K Karplus) METHOD NN: /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp6/networks/NN280-240n300.net.28 METHOD Other inputs are from alignments and METHOD secondary predictions from SAM-t2k and SAM-t04 of METHOD University of California, Santa Cruz MODEL 1 MRFRDRRHAGALLAEALAPLGLEAPVVLGLPRGGVVVADEVARRLGGELD VVLVRKVGAPGNPEFALGAVGEGGELVLMPYALRYADQSYLEREAARQRD VLRKRAERYRRVRPKAARKGRDVVLVDDGVATGASMEAALSVVFQEGPRR VVVAVPVASPEAVERLKARAEVVALSVPQDFAAVGAYYLDFGEVTDEDVE AILLEWAG 27 74 0 8 0.5797 127 139 0 8 0.57545 128 155 0 8 0.5661 129 156 0 8 0.5525 27 73 0 8 0.5457 156 191 0 8 0.5287 34 174 0 8 0.5219 69 129 0 8 0.50235 155 170 0 8 0.49215 37 54 0 8 0.49215 129 157 0 8 0.4794 128 174 0 8 0.47685 54 170 0 8 0.47175 128 191 0 8 0.4692 70 128 0 8 0.4692 125 139 0 8 0.46665 34 129 0 8 0.46665 129 172 0 8 0.4641 78 153 0 8 0.4641 28 73 0 8 0.459 27 72 0 8 0.4488 156 187 0 8 0.4437 124 187 0 8 0.4437 127 191 0 8 0.43945 174 189 0 8 0.4318 79 152 0 8 0.4233 54 140 0 8 0.42075 156 174 0 8 0.41055 37 156 0 8 0.41055 128 185 0 8 0.4012 71 153 0 8 0.39865 28 72 0 8 0.39865 134 148 0 8 0.3961 139 166 0 8 0.39355 71 128 0 8 0.39355 52 69 0 8 0.39355 28 129 0 8 0.39355 153 170 0 8 0.391 34 156 0 8 0.391 71 143 0 8 0.38845 69 152 0 8 0.38335 42 129 0 8 0.38335 30 172 0 8 0.37825 28 156 0 8 0.37825 34 54 0 8 0.3706 166 191 0 8 0.3655 41 129 0 8 0.3553 27 129 0 8 0.35275 139 156 0 8 0.3502 72 129 0 8 0.3502 54 69 0 8 0.3502 33 128 0 8 0.3502 92 137 0 8 0.34765 70 129 0 8 0.34765 41 156 0 8 0.34765 49 129 0 8 0.34085 131 181 0 8 0.3383 129 191 0 8 0.3383 136 153 0 8 0.33575 123 174 0 8 0.33575 153 187 0 8 0.3332 129 187 0 8 0.33065 49 156 0 8 0.33065 69 174 0 8 0.3281 69 156 0 8 0.3281 128 187 0 8 0.3264 54 129 0 8 0.3264 42 156 0 8 0.3264 156 172 0 8 0.32385 134 185 0 8 0.32385 78 128 0 8 0.3213 71 130 0 8 0.3213 54 71 0 8 0.3213 129 155 0 8 0.31875 30 130 0 8 0.31875 158 174 0 8 0.3162 156 170 0 8 0.3162 174 194 0 8 0.3145 157 166 0 8 0.3145 174 185 0 8 0.3094 155 194 0 8 0.3094 129 166 0 8 0.3094 124 172 0 8 0.3094 54 174 0 8 0.30685 139 191 0 8 0.3043 71 174 0 8 0.3026 71 129 0 8 0.3026 57 170 0 8 0.3026 31 72 0 8 0.3026 140 156 0 8 0.30005 172 194 0 8 0.2975 55 74 0 8 0.2975 45 172 0 8 0.2975 45 140 0 8 0.2975 37 127 0 8 0.29325 96 174 0 8 0.2907 27 156 0 8 0.2907 123 170 0 8 0.28815 54 162 0 8 0.28815 172 185 0 8 0.28645 156 194 0 8 0.28645 129 174 0 8 0.28645 68 129 0 8 0.28645 130 187 0 8 0.2839 54 128 0 8 0.2839 140 153 0 8 0.28135 128 194 0 8 0.27965 36 54 0 8 0.27965 79 118 0 8 0.2771 29 156 0 8 0.2771 174 187 0 8 0.27455 157 187 0 8 0.27455 156 185 0 8 0.27455 140 166 0 8 0.27455 128 186 0 8 0.27455 51 71 0 8 0.27455 128 190 0 8 0.27285 31 152 0 8 0.27285 31 73 0 8 0.27285 126 173 0 8 0.2703 49 96 0 8 0.2703 34 52 0 8 0.2703 28 131 0 8 0.2703 153 191 0 8 0.2686 94 175 0 8 0.2686 174 191 0 8 0.26605 129 186 0 8 0.26605 128 170 0 8 0.26605 134 147 0 8 0.2635 95 110 0 8 0.2635 52 74 0 8 0.2618 49 191 0 8 0.2618 71 140 0 8 0.25925 68 140 0 8 0.25925 41 54 0 8 0.25925 74 162 0 8 0.25755 42 166 0 8 0.25755 153 174 0 8 0.255 131 172 0 8 0.255 53 174 0 8 0.255 128 173 0 8 0.2533 72 175 0 8 0.2533 69 131 0 8 0.2533 45 174 0 8 0.2533 29 118 0 8 0.2533 175 188 0 8 0.25075 131 185 0 8 0.25075 78 143 0 8 0.25075 72 95 0 8 0.25075 54 173 0 8 0.25075 42 174 0 8 0.25075 10 41 0 8 0.25075 78 174 0 8 0.24905 54 156 0 8 0.24905 166 187 0 8 0.2465 78 124 0 8 0.2465 34 194 0 8 0.2465 128 154 0 8 0.2448 78 129 0 8 0.2448 72 128 0 8 0.2448 45 131 0 8 0.2448 42 136 0 8 0.2448 31 44 0 8 0.2448 79 129 0 8 0.24225 71 156 0 8 0.24225 29 72 0 8 0.24225 57 113 0 8 0.24055 36 148 0 8 0.24055 10 156 0 8 0.24055 129 158 0 8 0.238 86 148 0 8 0.238 74 114 0 8 0.238 54 68 0 8 0.238 42 54 0 8 0.238 17 121 0 8 0.238 175 185 0 8 0.2363 129 153 0 8 0.2363 128 158 0 8 0.2363 83 148 0 8 0.2363 74 131 0 8 0.2363 69 82 0 8 0.2363 34 166 0 8 0.2363 39 81 0 8 0.2346 74 86 0 8 0.23205 54 131 0 8 0.23205 131 148 0 8 0.23035 89 186 0 8 0.23035 78 140 0 8 0.23035 74 95 0 8 0.23035 155 188 0 8 0.2278 127 157 0 8 0.2278 92 134 0 8 0.2278 58 95 0 8 0.2278 95 174 0 8 0.2261 51 68 0 8 0.2261 73 95 0 8 0.2244 42 78 0 8 0.2244 42 71 0 8 0.2244 41 131 0 8 0.2244 36 55 0 8 0.2244 162 187 0 8 0.22185 157 175 0 8 0.22185 129 185 0 8 0.22185 129 148 0 8 0.22185 124 185 0 8 0.22185 95 187 0 8 0.22185 92 168 0 8 0.22185 45 69 0 8 0.22185 42 51 0 8 0.22185 22 78 0 8 0.22185 137 175 0 8 0.22015 131 187 0 8 0.22015 113 175 0 8 0.22015 156 188 0 8 0.21845 138 175 0 8 0.21845 105 187 0 8 0.21845 79 174 0 8 0.21845 79 158 0 8 0.21845 124 191 0 8 0.21675 74 153 0 8 0.21675 71 162 0 8 0.21675 55 170 0 8 0.21675 55 129 0 8 0.21675 49 126 0 8 0.21675 41 51 0 8 0.21675 162 174 0 8 0.2142 129 189 0 8 0.2142 73 129 0 8 0.2142 70 131 0 8 0.2142 153 162 0 8 0.2125 152 188 0 8 0.2125 152 185 0 8 0.2125 139 194 0 8 0.2125 128 189 0 8 0.2125 102 134 0 8 0.2125 177 189 0 8 0.2108 95 168 0 8 0.2108 78 158 0 8 0.2108 74 172 0 8 0.2108 42 187 0 8 0.2108 29 117 0 8 0.2108 174 186 0 8 0.2091 128 188 0 8 0.2091 96 113 0 8 0.2091 74 174 0 8 0.2091 53 71 0 8 0.2091 45 175 0 8 0.2091 9 129 0 8 0.2091 129 188 0 8 0.20655 129 177 0 8 0.20655 118 148 0 8 0.20655 51 174 0 8 0.20485 175 184 0 8 0.20315 95 186 0 8 0.20315 95 181 0 8 0.20315 95 175 0 8 0.20315 42 175 0 8 0.20315 41 74 0 8 0.20315 73 175 0 8 0.20145 45 156 0 8 0.20145 38 51 0 8 0.20145 140 174 0 8 0.19975 91 155 0 8 0.19975 89 175 0 8 0.19975 77 129 0 8 0.19975 71 187 0 8 0.19975 49 131 0 8 0.19975 45 129 0 8 0.19975 28 118 0 8 0.19975 105 185 0 8 0.1972 96 129 0 8 0.1972 85 186 0 8 0.1972 58 92 0 8 0.1972 45 152 0 8 0.1972 128 175 0 8 0.1955 117 146 0 8 0.1955 96 109 0 8 0.1955 51 74 0 8 0.1955 36 134 0 8 0.1955 92 195 0 8 0.1938 77 186 0 8 0.1938 55 95 0 8 0.1938 45 162 0 8 0.1938 152 172 0 8 0.1921 127 188 0 8 0.1921 127 158 0 8 0.1921 94 168 0 8 0.1921 71 175 0 8 0.1921 51 155 0 8 0.1921 131 194 0 8 0.1904 121 146 0 8 0.1904 114 174 0 8 0.1904 60 92 0 8 0.1904 49 166 0 8 0.1904 42 70 0 8 0.1904 174 184 0 8 0.1887 172 191 0 8 0.1887 129 170 0 8 0.1887 72 178 0 8 0.1887 71 152 0 8 0.1887 55 72 0 8 0.1887 53 68 0 8 0.1887 22 129 0 8 0.1887 174 188 0 8 0.187 136 188 0 8 0.187 74 156 0 8 0.187 178 191 0 8 0.1853 163 186 0 8 0.1853 96 187 0 8 0.1853 77 156 0 8 0.1853 68 156 0 8 0.1853 61 96 0 8 0.1853 45 114 0 8 0.1853 36 79 0 8 0.1853 31 93 0 8 0.1853 158 172 0 8 0.1836 72 174 0 8 0.1836 72 162 0 8 0.1836 72 158 0 8 0.1836 51 191 0 8 0.1836 129 162 0 8 0.1819 127 138 0 8 0.1819 75 134 0 8 0.1819 59 94 0 8 0.1819 57 72 0 8 0.1819 45 72 0 8 0.1819 42 76 0 8 0.1819 16 146 0 8 0.1819 175 187 0 8 0.1802 131 191 0 8 0.1802 122 150 0 8 0.1802 94 186 0 8 0.1802 51 166 0 8 0.1802 END