; SAM: /projects/compbio/bin/i686/prettyalign v3.5 (May 1, 2004) compiled 07/27/04_17:12:31 ; (c) 1992-2001 Regents of the University of California, Santa Cruz ; ; Sequence Alignment and Modeling Software System ; http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html ; ; ----------------- Citations (SAM, SAM-T2K, HMMs) -------------------- ; R. Hughey, A. Krogh, Hidden Markov models for sequence analysis: ; Extension and analysis of the basic method, CABIOS 12:95-107, 1996. ; K. Karplus, et al., What is the value added by human intervention in protein ; structure prediction, Proteins: Stucture, Function, Genetics 45(S5):86--91, 2001. ; A. 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S.....S.....I.....D.....T.....P.....A.....S.....R.....A.....F... 1pea -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-... 1pea -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-... 1pea Y.....I.....P.....L.....Y.....P.....S.....D.....D.....D.....L... 1pea Y.....I.....P.....L.....Y.....P.....S.....D.....D.....D.....L... 1pea Y.....I.....P.....L.....Y.....P.....S.....D.....D.....D.....L... 1pea Y.....I.....P.....L.....Y.....P.....S.....D.....D.....D.....L... 1pea Y.....I.....P.....L.....Y.....P.....S.....D.....D.....D.....L... 1pea Y.....I.....P.....L.....Y.....P.....S.....D.....D.....D.....L... 1pea Y.....I.....P.....L.....Y.....P.....S.....D.....D.....D.....L... 1pea Y.....I.....P.....L.....Y.....P.....S.....D.....D.....D.....L... 1pea Y.....I.....P.....L.....Y.....P.....S.....D.....D.....D.....L... 1pea Y.....I.....P.....L.....Y.....P.....S.....D.....D.....D.....L... 1pea I.....Y.....I.....P.....L.....Y.....P.....S.....Dd....D.....L... 1pea I.....Y.....I.....P.....L.....Y.....P.....S.....Dd....D.....L... 1pea Y.....I.....P.....L.....Y.....P.....S.....D.....D.....D.....L... 1pea Y.....I.....P.....L.....Y.....P.....S.....D.....D.....D.....L... 1pea Y.....I.....P.....L.....Y.....P.....S.....D.....D.....D.....L... 1pea -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-... 1pea I.....Y.....I.....P.....L.....Y.....P.....S.....Dd....D.....L... 1pea Y.....I.....P.....L.....Y.....P.....S.....D.....D.....D.....L... 1pea Y.....I.....P.....L.....Y.....P.....S.....D.....D.....D.....L... 1pea Y.....I.....P.....L.....Y.....P.....S.....D.....D.....D.....L... 1reqA G.....I.....-g....-m....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-... 1reqA G.....I.....-g....-m....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-... 1reqA P.....L.....D.....V.....L.....K.....V.....D.....N.....S.....T... 1reqA K.....L.....R.....A.....E.....R.....D.....Pekvk.A.....A.....L... 1reqA -.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-... 1reqA 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