# TARGET T0279 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0279.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.235 0.012 0.073 0.056 0.300 0.324 2 R 0.240 0.024 0.071 0.049 0.292 0.324 3 R 0.196 0.037 0.063 0.034 0.273 0.396 4 L 0.139 0.031 0.065 0.019 0.356 0.389 5 E 0.072 0.020 0.095 0.020 0.427 0.365 6 E 0.056 0.030 0.130 0.019 0.712 0.053 7 D 0.081 0.011 0.064 0.009 0.778 0.057 8 A 0.087 0.002 0.014 0.002 0.799 0.096 9 V 0.614 0.010 0.002 0.001 0.245 0.128 10 R 0.920 0.013 0.001 0.001 0.018 0.049 11 V 0.961 0.003 0.001 0.001 0.005 0.030 12 A 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 13 Y 0.954 0.004 0.001 0.001 0.007 0.034 14 A 0.719 0.010 0.001 0.001 0.042 0.227 15 G 0.115 0.006 0.003 0.001 0.155 0.720 16 L 0.011 0.003 0.099 0.017 0.396 0.473 17 R 0.002 0.002 0.275 0.036 0.424 0.260 18 R 0.002 0.003 0.267 0.068 0.482 0.179 19 K 0.001 0.002 0.101 0.305 0.329 0.263 20 E 0.002 0.001 0.029 0.584 0.187 0.197 21 A 0.001 0.002 0.026 0.878 0.055 0.037 22 F 0.002 0.002 0.009 0.965 0.012 0.010 23 K 0.001 0.001 0.006 0.984 0.007 0.002 24 A 0.001 0.001 0.003 0.989 0.006 0.002 25 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.001 26 A 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.001 27 E 0.001 0.001 0.006 0.988 0.005 0.002 28 K 0.001 0.001 0.006 0.970 0.013 0.010 29 L 0.003 0.001 0.006 0.834 0.038 0.119 30 G 0.005 0.001 0.001 0.003 0.048 0.943 31 F 0.060 0.002 0.001 0.001 0.055 0.883 32 T 0.706 0.004 0.001 0.001 0.027 0.262 33 P 0.965 0.003 0.001 0.001 0.004 0.028 34 L 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 35 L 0.969 0.003 0.001 0.001 0.004 0.024 36 F 0.840 0.002 0.001 0.001 0.035 0.122 37 P 0.631 0.001 0.002 0.001 0.111 0.256 38 V 0.837 0.009 0.002 0.001 0.060 0.092 39 Q 0.915 0.012 0.001 0.001 0.025 0.046 40 A 0.939 0.002 0.001 0.001 0.015 0.042 41 T 0.915 0.005 0.002 0.001 0.015 0.062 42 E 0.688 0.007 0.003 0.004 0.052 0.246 43 K 0.352 0.011 0.003 0.006 0.110 0.518 44 V 0.068 0.014 0.003 0.005 0.197 0.713 45 P 0.016 0.012 0.009 0.014 0.233 0.716 46 V 0.008 0.005 0.021 0.057 0.309 0.599 47 P 0.006 0.004 0.086 0.281 0.379 0.245 48 E 0.005 0.004 0.073 0.401 0.309 0.208 49 Y 0.005 0.003 0.083 0.593 0.203 0.113 50 R 0.012 0.006 0.072 0.615 0.190 0.105 51 D 0.009 0.005 0.066 0.672 0.154 0.095 52 Q 0.015 0.005 0.070 0.747 0.106 0.057 53 V 0.018 0.003 0.061 0.775 0.096 0.046 54 R 0.011 0.003 0.093 0.746 0.111 0.036 55 A 0.016 0.002 0.083 0.732 0.117 0.051 56 L 0.021 0.003 0.068 0.669 0.157 0.083 57 A 0.030 0.006 0.076 0.467 0.262 0.160 58 Q 0.026 0.010 0.044 0.094 0.425 0.400 59 G 0.035 0.006 0.038 0.011 0.530 0.380 60 V 0.075 0.003 0.008 0.003 0.554 0.357 61 D 0.248 0.003 0.004 0.001 0.269 0.475 62 L 0.973 0.002 0.001 0.001 0.008 0.017 63 F 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 64 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 65 A 0.972 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 66 T 0.762 0.008 0.001 0.001 0.024 0.205 67 T 0.192 0.008 0.003 0.026 0.137 0.634 68 G 0.006 0.001 0.019 0.817 0.097 0.059 69 V 0.001 0.001 0.011 0.941 0.041 0.006 70 G 0.001 0.001 0.010 0.970 0.016 0.002 71 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.001 72 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 73 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 74 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 75 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.005 0.006 76 E 0.001 0.001 0.002 0.983 0.008 0.006 77 A 0.001 0.001 0.004 0.983 0.009 0.004 78 G 0.001 0.001 0.011 0.957 0.023 0.008 79 K 0.001 0.001 0.032 0.904 0.049 0.015 80 A 0.001 0.001 0.029 0.885 0.058 0.028 81 L 0.001 0.001 0.021 0.798 0.075 0.105 82 G 0.001 0.001 0.009 0.116 0.136 0.738 83 L 0.003 0.002 0.056 0.213 0.282 0.444 84 D 0.010 0.007 0.180 0.324 0.294 0.186 85 L 0.009 0.003 0.158 0.518 0.213 0.098 86 E 0.011 0.004 0.145 0.631 0.146 0.063 87 G 0.012 0.007 0.154 0.623 0.162 0.042 88 P 0.008 0.003 0.141 0.622 0.175 0.053 89 L 0.009 0.006 0.228 0.550 0.169 0.037 90 A 0.006 0.004 0.203 0.414 0.260 0.114 91 K 0.017 0.001 0.045 0.095 0.363 0.478 92 A 0.087 0.003 0.011 0.025 0.264 0.610 93 F 0.400 0.013 0.007 0.014 0.129 0.436 94 R 0.888 0.011 0.003 0.006 0.024 0.068 95 L 0.889 0.003 0.005 0.009 0.029 0.065 96 A 0.864 0.012 0.004 0.006 0.024 0.090 97 R 0.524 0.012 0.003 0.006 0.062 0.394 98 G 0.042 0.004 0.003 0.010 0.102 0.839 99 A 0.005 0.002 0.125 0.511 0.211 0.145 100 K 0.002 0.002 0.094 0.702 0.142 0.058 101 A 0.001 0.001 0.022 0.952 0.020 0.005 102 A 0.001 0.001 0.005 0.985 0.008 0.001 103 R 0.001 0.001 0.003 0.986 0.009 0.001 104 A 0.001 0.001 0.004 0.988 0.006 0.001 105 L 0.001 0.001 0.005 0.987 0.006 0.001 106 K 0.001 0.001 0.011 0.977 0.009 0.002 107 E 0.001 0.001 0.011 0.955 0.020 0.013 108 A 0.002 0.001 0.008 0.811 0.044 0.134 109 G 0.004 0.001 0.001 0.010 0.059 0.924 110 L 0.031 0.016 0.001 0.004 0.082 0.866 111 P 0.108 0.012 0.009 0.008 0.162 0.702 112 P 0.171 0.016 0.223 0.030 0.251 0.309 113 H 0.192 0.008 0.266 0.031 0.212 0.292 114 A 0.180 0.030 0.167 0.032 0.281 0.310 115 V 0.062 0.021 0.030 0.026 0.357 0.504 116 G 0.026 0.009 0.022 0.027 0.338 0.577 117 D 0.017 0.010 0.039 0.118 0.444 0.374 118 G 0.012 0.010 0.043 0.263 0.360 0.312 119 T 0.015 0.017 0.042 0.535 0.160 0.230 120 S 0.001 0.001 0.015 0.960 0.014 0.009 121 K 0.001 0.001 0.008 0.979 0.008 0.003 122 S 0.002 0.001 0.008 0.977 0.010 0.003 123 L 0.003 0.001 0.005 0.981 0.007 0.004 124 L 0.005 0.001 0.011 0.963 0.014 0.006 125 P 0.004 0.001 0.016 0.947 0.023 0.009 126 L 0.002 0.001 0.019 0.924 0.031 0.023 127 L 0.005 0.006 0.043 0.702 0.116 0.128 128 P 0.007 0.002 0.221 0.412 0.273 0.085 129 Q 0.008 0.002 0.230 0.303 0.349 0.108 130 G 0.028 0.008 0.156 0.147 0.492 0.169 131 R 0.092 0.010 0.052 0.071 0.471 0.304 132 G 0.142 0.003 0.016 0.023 0.332 0.483 133 V 0.654 0.008 0.008 0.018 0.105 0.207 134 A 0.928 0.006 0.001 0.007 0.015 0.042 135 A 0.947 0.003 0.001 0.007 0.007 0.035 136 L 0.901 0.004 0.001 0.009 0.015 0.070 137 Q 0.686 0.009 0.005 0.019 0.055 0.227 138 L 0.272 0.007 0.018 0.031 0.185 0.487 139 Y 0.050 0.005 0.030 0.040 0.314 0.561 140 G 0.026 0.008 0.077 0.077 0.455 0.356 141 K 0.014 0.010 0.085 0.167 0.472 0.252 142 P 0.012 0.012 0.088 0.276 0.375 0.238 143 L 0.008 0.004 0.049 0.414 0.249 0.275 144 P 0.004 0.002 0.048 0.721 0.115 0.110 145 L 0.006 0.005 0.039 0.852 0.048 0.050 146 L 0.003 0.002 0.011 0.950 0.015 0.019 147 E 0.002 0.001 0.009 0.972 0.013 0.005 148 N 0.001 0.001 0.004 0.982 0.010 0.003 149 A 0.001 0.001 0.003 0.988 0.007 0.001 150 L 0.001 0.001 0.007 0.980 0.010 0.002 151 A 0.001 0.001 0.013 0.969 0.013 0.004 152 E 0.001 0.001 0.014 0.943 0.026 0.015 153 R 0.004 0.001 0.012 0.785 0.060 0.138 154 G 0.004 0.001 0.001 0.002 0.063 0.929 155 Y 0.073 0.001 0.001 0.001 0.066 0.860 156 R 0.832 0.003 0.001 0.001 0.019 0.145 157 V 0.984 0.002 0.001 0.001 0.002 0.012 158 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 159 P 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 160 L 0.884 0.001 0.001 0.001 0.014 0.099 161 M 0.756 0.002 0.001 0.002 0.053 0.187 162 P 0.616 0.012 0.005 0.006 0.103 0.257 163 Y 0.605 0.032 0.024 0.015 0.136 0.187 164 R 0.601 0.006 0.048 0.034 0.161 0.150 165 H 0.538 0.011 0.038 0.045 0.190 0.177 166 L 0.280 0.041 0.014 0.045 0.238 0.382 167 P 0.062 0.016 0.019 0.030 0.308 0.565 168 D 0.021 0.006 0.076 0.058 0.419 0.421 169 P 0.006 0.004 0.130 0.120 0.437 0.303 170 E 0.004 0.004 0.096 0.206 0.433 0.257 171 G 0.006 0.006 0.064 0.271 0.331 0.322 172 I 0.003 0.002 0.035 0.816 0.085 0.060 173 L 0.002 0.001 0.018 0.921 0.036 0.022 174 R 0.002 0.001 0.015 0.952 0.018 0.012 175 L 0.001 0.001 0.004 0.984 0.005 0.006 176 E 0.001 0.001 0.005 0.987 0.004 0.003 177 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 178 A 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 179 L 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.002 180 L 0.001 0.001 0.012 0.977 0.009 0.003 181 R 0.001 0.001 0.020 0.849 0.080 0.050 182 G 0.003 0.001 0.016 0.116 0.276 0.589 183 E 0.006 0.001 0.002 0.002 0.145 0.844 184 V 0.089 0.002 0.001 0.001 0.195 0.712 185 D 0.399 0.003 0.002 0.001 0.104 0.491 186 A 0.983 0.002 0.001 0.001 0.003 0.011 187 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 188 A 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 189 F 0.948 0.001 0.001 0.001 0.008 0.041 190 V 0.585 0.017 0.001 0.001 0.037 0.358 191 A 0.029 0.008 0.001 0.003 0.059 0.900 192 A 0.001 0.001 0.040 0.843 0.074 0.042 193 I 0.001 0.001 0.022 0.947 0.029 0.002 194 Q 0.001 0.001 0.023 0.958 0.018 0.001 195 V 0.001 0.001 0.004 0.981 0.013 0.002 196 E 0.001 0.001 0.002 0.986 0.009 0.003 197 F 0.001 0.001 0.003 0.986 0.008 0.001 198 L 0.001 0.001 0.004 0.977 0.013 0.006 199 F 0.001 0.001 0.015 0.943 0.027 0.013 200 E 0.001 0.001 0.024 0.917 0.039 0.019 201 G 0.001 0.001 0.022 0.885 0.055 0.036 202 A 0.002 0.002 0.026 0.777 0.099 0.095 203 K 0.002 0.003 0.063 0.576 0.215 0.141 204 D 0.002 0.001 0.071 0.491 0.232 0.202 205 P 0.001 0.001 0.044 0.321 0.220 0.413 206 K 0.001 0.001 0.021 0.130 0.153 0.694 207 A 0.001 0.003 0.082 0.438 0.226 0.250 208 L 0.002 0.002 0.095 0.508 0.218 0.175 209 R 0.004 0.002 0.083 0.647 0.183 0.082 210 E 0.006 0.002 0.070 0.713 0.152 0.057 211 A 0.005 0.004 0.102 0.653 0.189 0.047 212 L 0.005 0.008 0.130 0.655 0.149 0.052 213 N 0.006 0.006 0.403 0.346 0.194 0.045 214 T 0.006 0.003 0.310 0.344 0.233 0.104 215 R 0.021 0.001 0.066 0.082 0.324 0.505 216 V 0.130 0.003 0.014 0.028 0.238 0.586 217 K 0.683 0.007 0.005 0.010 0.064 0.230 218 A 0.954 0.003 0.001 0.004 0.009 0.029 219 L 0.955 0.001 0.001 0.004 0.010 0.028 220 A 0.936 0.005 0.001 0.004 0.011 0.043 221 V 0.695 0.007 0.001 0.005 0.041 0.252 222 G 0.103 0.004 0.004 0.015 0.134 0.739 223 R 0.012 0.003 0.080 0.510 0.216 0.180 224 V 0.005 0.003 0.062 0.777 0.106 0.047 225 T 0.002 0.001 0.019 0.940 0.026 0.011 226 A 0.001 0.001 0.007 0.976 0.013 0.003 227 D 0.001 0.001 0.003 0.982 0.012 0.002 228 A 0.001 0.001 0.004 0.987 0.007 0.001 229 L 0.001 0.001 0.006 0.984 0.008 0.001 230 R 0.001 0.001 0.011 0.975 0.011 0.002 231 E 0.001 0.001 0.014 0.949 0.025 0.010 232 W 0.002 0.001 0.010 0.815 0.062 0.111 233 G 0.005 0.001 0.001 0.009 0.094 0.890 234 V 0.049 0.005 0.001 0.003 0.118 0.824 235 K 0.333 0.011 0.006 0.005 0.137 0.508 236 P 0.692 0.015 0.020 0.008 0.084 0.181 237 F 0.779 0.006 0.020 0.007 0.056 0.131 238 Y 0.765 0.013 0.011 0.008 0.062 0.142 239 V 0.537 0.022 0.012 0.014 0.156 0.260 240 D 0.187 0.009 0.056 0.024 0.394 0.329 241 E 0.044 0.005 0.104 0.039 0.481 0.328 242 T 0.031 0.007 0.093 0.033 0.431 0.405 243 E 0.028 0.020 0.022 0.033 0.315 0.582 244 R 0.006 0.008 0.006 0.029 0.117 0.834 245 L 0.001 0.001 0.020 0.938 0.026 0.015 246 G 0.001 0.001 0.007 0.972 0.017 0.004 247 S 0.001 0.001 0.005 0.976 0.014 0.005 248 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.004 0.006 249 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 250 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 251 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 252 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 253 K 0.001 0.001 0.002 0.992 0.005 0.002 254 R 0.001 0.001 0.001 0.978 0.013 0.009 255 A 0.001 0.001 0.002 0.957 0.022 0.019 256 L 0.001 0.002 0.003 0.931 0.032 0.031 257 Q 0.003 0.002 0.010 0.763 0.135 0.086 258 K 0.003 0.001 0.020 0.749 0.149 0.079 259 E 0.003 0.001 0.024 0.564 0.160 0.249 260 V 0.003 0.004 0.014 0.318 0.098 0.564 261 A 0.001 0.001 0.003 0.035 0.056 0.905