# TARGET T0279 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0279.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 R 0.064 0.029 0.016 0.037 0.003 0.035 0.817 3 R 0.065 0.021 0.036 0.041 0.216 0.094 0.527 4 L 0.078 0.015 0.039 0.044 0.255 0.068 0.501 5 E 0.076 0.016 0.059 0.047 0.133 0.118 0.550 6 E 0.087 0.030 0.085 0.031 0.148 0.153 0.467 7 D 0.093 0.011 0.074 0.020 0.273 0.284 0.245 8 A 0.188 0.007 0.037 0.010 0.270 0.224 0.263 9 V 0.442 0.011 0.008 0.004 0.119 0.021 0.395 10 R 0.878 0.011 0.002 0.002 0.020 0.004 0.084 11 V 0.959 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 12 A 0.951 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.040 13 Y 0.900 0.006 0.001 0.001 0.010 0.002 0.081 14 A 0.588 0.020 0.001 0.001 0.063 0.006 0.320 15 G 0.121 0.010 0.004 0.003 0.216 0.019 0.627 16 L 0.011 0.006 0.093 0.048 0.296 0.136 0.411 17 R 0.003 0.010 0.195 0.107 0.227 0.225 0.233 18 R 0.002 0.003 0.189 0.211 0.156 0.151 0.288 19 K 0.001 0.001 0.104 0.652 0.047 0.085 0.110 20 E 0.001 0.001 0.037 0.860 0.018 0.061 0.022 21 A 0.001 0.002 0.019 0.925 0.011 0.023 0.019 22 F 0.001 0.001 0.003 0.984 0.002 0.006 0.004 23 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 24 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 27 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.007 0.001 28 K 0.001 0.001 0.004 0.953 0.002 0.040 0.001 29 L 0.001 0.001 0.005 0.390 0.008 0.595 0.002 30 G 0.001 0.001 0.002 0.012 0.011 0.952 0.022 31 F 0.010 0.001 0.001 0.001 0.027 0.003 0.958 32 T 0.282 0.004 0.002 0.001 0.287 0.005 0.420 33 P 0.875 0.020 0.002 0.001 0.008 0.002 0.092 34 L 0.924 0.002 0.002 0.001 0.006 0.002 0.062 35 L 0.951 0.002 0.001 0.001 0.011 0.002 0.032 36 F 0.748 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 0.215 37 P 0.462 0.002 0.003 0.001 0.109 0.009 0.414 38 V 0.752 0.004 0.005 0.001 0.051 0.011 0.175 39 Q 0.864 0.008 0.003 0.001 0.021 0.006 0.098 40 A 0.914 0.004 0.001 0.001 0.010 0.002 0.068 41 T 0.835 0.010 0.001 0.001 0.013 0.001 0.139 42 E 0.595 0.016 0.001 0.001 0.045 0.004 0.337 43 K 0.302 0.026 0.002 0.002 0.098 0.012 0.556 44 V 0.051 0.017 0.010 0.009 0.157 0.044 0.712 45 P 0.009 0.007 0.022 0.012 0.220 0.112 0.619 46 V 0.003 0.004 0.048 0.044 0.230 0.190 0.482 47 P 0.002 0.004 0.110 0.168 0.210 0.259 0.247 48 E 0.002 0.006 0.121 0.302 0.191 0.176 0.203 49 Y 0.004 0.009 0.093 0.512 0.079 0.111 0.192 50 R 0.006 0.004 0.055 0.708 0.051 0.057 0.120 51 D 0.012 0.003 0.050 0.801 0.023 0.048 0.063 52 Q 0.014 0.004 0.044 0.833 0.019 0.040 0.046 53 V 0.019 0.005 0.043 0.833 0.018 0.042 0.040 54 R 0.020 0.003 0.042 0.819 0.016 0.064 0.037 55 A 0.013 0.001 0.040 0.776 0.018 0.118 0.034 56 L 0.009 0.006 0.065 0.681 0.028 0.144 0.068 57 A 0.013 0.004 0.120 0.372 0.087 0.268 0.136 58 Q 0.014 0.005 0.124 0.142 0.157 0.457 0.100 59 G 0.039 0.014 0.063 0.041 0.232 0.337 0.275 60 V 0.079 0.002 0.002 0.002 0.143 0.018 0.754 61 D 0.251 0.001 0.001 0.001 0.577 0.007 0.164 62 L 0.982 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 63 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 64 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 65 A 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 66 T 0.583 0.005 0.001 0.001 0.057 0.002 0.352 67 T 0.081 0.001 0.001 0.003 0.101 0.006 0.806 68 G 0.005 0.002 0.090 0.599 0.147 0.107 0.050 69 V 0.001 0.002 0.070 0.820 0.033 0.063 0.011 70 G 0.001 0.001 0.035 0.928 0.007 0.022 0.006 71 V 0.001 0.001 0.004 0.980 0.003 0.008 0.004 72 R 0.003 0.001 0.003 0.974 0.003 0.013 0.004 73 D 0.001 0.001 0.004 0.973 0.002 0.017 0.003 74 L 0.001 0.001 0.003 0.973 0.006 0.011 0.006 75 L 0.001 0.001 0.005 0.978 0.004 0.009 0.004 76 E 0.001 0.001 0.004 0.968 0.004 0.019 0.004 77 A 0.001 0.001 0.004 0.956 0.003 0.031 0.005 78 G 0.001 0.001 0.006 0.940 0.011 0.031 0.011 79 K 0.001 0.001 0.012 0.904 0.010 0.058 0.015 80 A 0.001 0.001 0.014 0.829 0.018 0.113 0.024 81 L 0.001 0.002 0.021 0.512 0.037 0.365 0.063 82 G 0.002 0.005 0.021 0.306 0.081 0.424 0.161 83 L 0.003 0.006 0.044 0.474 0.113 0.073 0.287 84 D 0.005 0.006 0.081 0.612 0.056 0.085 0.155 85 L 0.006 0.003 0.073 0.714 0.037 0.080 0.086 86 E 0.006 0.002 0.069 0.789 0.031 0.043 0.061 87 G 0.007 0.001 0.055 0.817 0.026 0.066 0.029 88 P 0.003 0.002 0.057 0.788 0.019 0.095 0.036 89 L 0.004 0.007 0.111 0.577 0.047 0.163 0.093 90 A 0.001 0.001 0.044 0.134 0.019 0.788 0.013 91 K 0.002 0.001 0.020 0.033 0.026 0.891 0.028 92 A 0.032 0.007 0.003 0.014 0.196 0.016 0.734 93 F 0.172 0.012 0.002 0.007 0.178 0.011 0.618 94 R 0.806 0.024 0.004 0.009 0.024 0.011 0.122 95 L 0.914 0.003 0.003 0.005 0.010 0.007 0.058 96 A 0.922 0.003 0.002 0.004 0.012 0.005 0.052 97 R 0.652 0.016 0.001 0.005 0.048 0.005 0.273 98 G 0.135 0.003 0.001 0.043 0.135 0.007 0.675 99 A 0.001 0.001 0.014 0.956 0.009 0.016 0.004 100 K 0.001 0.001 0.009 0.980 0.002 0.008 0.001 101 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.003 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 103 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 105 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 106 K 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.005 0.001 107 E 0.001 0.001 0.002 0.958 0.001 0.039 0.001 108 A 0.001 0.001 0.004 0.450 0.006 0.538 0.002 109 G 0.001 0.001 0.003 0.028 0.037 0.885 0.045 110 L 0.008 0.007 0.002 0.004 0.061 0.013 0.906 111 P 0.061 0.024 0.010 0.004 0.065 0.012 0.824 112 P 0.114 0.017 0.095 0.015 0.110 0.072 0.578 113 H 0.137 0.015 0.095 0.021 0.158 0.105 0.468 114 A 0.190 0.039 0.036 0.027 0.207 0.036 0.465 115 V 0.104 0.018 0.007 0.012 0.102 0.021 0.736 116 G 0.031 0.006 0.005 0.011 0.077 0.025 0.845 117 D 0.050 0.016 0.021 0.045 0.119 0.109 0.640 118 G 0.036 0.022 0.047 0.113 0.288 0.125 0.368 119 T 0.049 0.047 0.036 0.183 0.141 0.053 0.491 120 S 0.008 0.003 0.042 0.856 0.029 0.021 0.041 121 K 0.006 0.001 0.022 0.934 0.009 0.015 0.014 122 S 0.002 0.001 0.021 0.948 0.005 0.017 0.006 123 L 0.002 0.001 0.017 0.949 0.006 0.021 0.006 124 L 0.002 0.001 0.022 0.941 0.004 0.024 0.007 125 P 0.003 0.001 0.034 0.872 0.006 0.076 0.009 126 L 0.002 0.001 0.046 0.792 0.016 0.123 0.019 127 L 0.008 0.016 0.065 0.608 0.101 0.095 0.107 128 P 0.012 0.008 0.131 0.442 0.055 0.203 0.149 129 Q 0.013 0.004 0.112 0.301 0.100 0.332 0.138 130 G 0.029 0.005 0.086 0.161 0.119 0.357 0.243 131 R 0.073 0.008 0.022 0.037 0.192 0.084 0.584 132 G 0.195 0.006 0.016 0.036 0.253 0.042 0.453 133 V 0.576 0.019 0.012 0.037 0.081 0.024 0.252 134 A 0.728 0.009 0.009 0.039 0.019 0.015 0.182 135 A 0.828 0.007 0.005 0.026 0.020 0.010 0.105 136 L 0.803 0.015 0.006 0.023 0.021 0.007 0.125 137 Q 0.543 0.015 0.015 0.027 0.049 0.024 0.327 138 L 0.167 0.017 0.033 0.046 0.176 0.076 0.484 139 Y 0.053 0.012 0.057 0.084 0.308 0.134 0.352 140 G 0.021 0.006 0.117 0.178 0.230 0.232 0.217 141 K 0.016 0.013 0.123 0.256 0.190 0.205 0.198 142 P 0.010 0.007 0.102 0.339 0.115 0.207 0.221 143 L 0.007 0.002 0.059 0.644 0.078 0.088 0.122 144 P 0.005 0.001 0.040 0.855 0.022 0.047 0.030 145 L 0.003 0.003 0.026 0.898 0.012 0.032 0.025 146 L 0.002 0.001 0.008 0.956 0.005 0.014 0.013 147 E 0.001 0.001 0.003 0.986 0.002 0.005 0.003 148 N 0.002 0.001 0.002 0.989 0.001 0.004 0.002 149 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.001 150 L 0.002 0.001 0.001 0.990 0.001 0.004 0.001 151 A 0.002 0.001 0.006 0.971 0.001 0.018 0.002 152 E 0.003 0.001 0.013 0.850 0.008 0.120 0.005 153 R 0.001 0.001 0.008 0.125 0.012 0.854 0.001 154 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.977 0.009 155 Y 0.074 0.001 0.001 0.001 0.037 0.003 0.884 156 R 0.793 0.005 0.001 0.001 0.048 0.001 0.153 157 V 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 158 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 159 P 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 160 L 0.942 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.052 161 M 0.867 0.002 0.001 0.001 0.019 0.001 0.110 162 P 0.786 0.004 0.003 0.001 0.018 0.004 0.184 163 Y 0.754 0.014 0.005 0.004 0.035 0.013 0.174 164 R 0.697 0.014 0.007 0.007 0.063 0.015 0.197 165 H 0.351 0.013 0.009 0.010 0.148 0.030 0.439 166 L 0.213 0.027 0.007 0.008 0.284 0.028 0.434 167 P 0.047 0.014 0.010 0.007 0.132 0.033 0.756 168 D 0.009 0.005 0.018 0.013 0.091 0.051 0.813 169 P 0.006 0.005 0.071 0.059 0.136 0.201 0.522 170 E 0.004 0.007 0.073 0.094 0.154 0.148 0.521 171 G 0.002 0.007 0.032 0.118 0.071 0.042 0.728 172 I 0.003 0.003 0.036 0.693 0.039 0.045 0.181 173 L 0.002 0.002 0.020 0.875 0.015 0.040 0.045 174 R 0.001 0.001 0.010 0.935 0.010 0.022 0.020 175 L 0.001 0.001 0.004 0.962 0.009 0.011 0.012 176 E 0.001 0.001 0.002 0.979 0.004 0.008 0.006 177 E 0.002 0.001 0.002 0.976 0.003 0.011 0.006 178 A 0.001 0.001 0.002 0.977 0.003 0.011 0.006 179 L 0.001 0.001 0.003 0.972 0.004 0.014 0.006 180 L 0.001 0.001 0.009 0.918 0.003 0.063 0.006 181 R 0.001 0.001 0.010 0.472 0.019 0.484 0.014 182 G 0.003 0.004 0.010 0.143 0.174 0.553 0.115 183 E 0.013 0.013 0.006 0.007 0.160 0.132 0.670 184 V 0.080 0.002 0.001 0.001 0.061 0.002 0.854 185 D 0.313 0.001 0.001 0.001 0.532 0.001 0.152 186 A 0.989 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 187 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 188 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 189 F 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 190 V 0.392 0.009 0.001 0.001 0.096 0.002 0.501 191 A 0.045 0.001 0.001 0.002 0.179 0.002 0.771 192 A 0.002 0.002 0.031 0.784 0.088 0.049 0.044 193 I 0.001 0.001 0.013 0.969 0.007 0.009 0.001 194 Q 0.001 0.001 0.014 0.978 0.001 0.006 0.001 195 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 196 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 197 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 198 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 199 F 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.008 0.001 200 E 0.001 0.001 0.006 0.959 0.002 0.033 0.001 201 G 0.001 0.001 0.007 0.933 0.003 0.055 0.002 202 A 0.001 0.002 0.011 0.878 0.030 0.064 0.014 203 K 0.001 0.004 0.024 0.714 0.030 0.176 0.052 204 D 0.002 0.004 0.030 0.581 0.075 0.184 0.125 205 P 0.003 0.003 0.034 0.443 0.073 0.279 0.165 206 K 0.004 0.005 0.032 0.266 0.094 0.328 0.271 207 A 0.008 0.010 0.049 0.288 0.106 0.068 0.472 208 L 0.013 0.013 0.083 0.426 0.073 0.058 0.333 209 R 0.008 0.004 0.121 0.673 0.033 0.065 0.096 210 E 0.011 0.002 0.118 0.729 0.025 0.064 0.051 211 A 0.010 0.002 0.115 0.698 0.028 0.099 0.047 212 L 0.008 0.006 0.089 0.661 0.049 0.117 0.069 213 N 0.010 0.005 0.120 0.471 0.055 0.224 0.115 214 T 0.007 0.002 0.077 0.210 0.080 0.571 0.052 215 R 0.022 0.004 0.036 0.094 0.156 0.475 0.213 216 V 0.087 0.004 0.002 0.009 0.185 0.014 0.699 217 K 0.413 0.005 0.002 0.006 0.225 0.009 0.341 218 A 0.925 0.015 0.001 0.004 0.006 0.003 0.046 219 L 0.958 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.031 220 A 0.930 0.002 0.001 0.003 0.010 0.003 0.051 221 V 0.626 0.010 0.001 0.006 0.054 0.004 0.299 222 G 0.167 0.004 0.004 0.044 0.185 0.010 0.588 223 R 0.009 0.001 0.062 0.753 0.057 0.079 0.039 224 V 0.004 0.008 0.059 0.832 0.018 0.062 0.018 225 T 0.002 0.002 0.019 0.933 0.007 0.025 0.013 226 A 0.001 0.001 0.004 0.986 0.002 0.005 0.003 227 D 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.004 0.001 228 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.004 0.001 229 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 230 R 0.001 0.001 0.005 0.982 0.001 0.010 0.001 231 E 0.001 0.001 0.008 0.925 0.003 0.063 0.001 232 W 0.001 0.001 0.008 0.363 0.012 0.613 0.003 233 G 0.001 0.001 0.003 0.015 0.037 0.905 0.038 234 V 0.020 0.004 0.001 0.003 0.050 0.010 0.911 235 K 0.185 0.012 0.007 0.004 0.073 0.009 0.710 236 P 0.602 0.018 0.029 0.009 0.055 0.018 0.269 237 F 0.738 0.008 0.017 0.008 0.044 0.011 0.173 238 Y 0.749 0.013 0.011 0.011 0.042 0.006 0.169 239 V 0.553 0.028 0.006 0.009 0.034 0.008 0.362 240 D 0.157 0.009 0.020 0.012 0.121 0.056 0.624 241 E 0.058 0.010 0.035 0.011 0.270 0.138 0.476 242 T 0.025 0.021 0.029 0.017 0.346 0.077 0.483 243 E 0.013 0.027 0.027 0.022 0.256 0.082 0.572 244 R 0.009 0.026 0.005 0.028 0.198 0.025 0.709 245 L 0.001 0.001 0.026 0.849 0.040 0.021 0.063 246 G 0.001 0.001 0.006 0.965 0.007 0.013 0.009 247 S 0.001 0.001 0.004 0.977 0.003 0.012 0.004 248 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.005 0.002 249 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.004 0.001 250 Q 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.007 0.001 251 G 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.002 252 F 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.005 0.003 253 K 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.009 0.001 254 R 0.001 0.001 0.001 0.952 0.002 0.042 0.002 255 A 0.001 0.001 0.003 0.907 0.005 0.073 0.013 256 L 0.001 0.005 0.007 0.774 0.033 0.119 0.061 257 Q 0.003 0.002 0.034 0.620 0.062 0.188 0.092 258 K 0.008 0.003 0.053 0.495 0.096 0.182 0.163 259 E 0.007 0.006 0.049 0.345 0.108 0.200 0.284 260 V 0.014 0.020 0.036 0.227 0.007 0.220 0.478 261 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.997