# TARGET T0279 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0279.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.535 0.227 0.132 0.078 0.023 0.005 0.001 2 R 0.533 0.233 0.114 0.073 0.036 0.010 0.001 3 R 0.420 0.273 0.137 0.096 0.052 0.019 0.003 4 L 0.241 0.244 0.179 0.172 0.110 0.046 0.007 5 E 0.251 0.265 0.192 0.168 0.081 0.036 0.007 6 E 0.081 0.084 0.108 0.217 0.310 0.183 0.017 7 D 0.117 0.217 0.272 0.256 0.114 0.023 0.001 8 A 0.120 0.347 0.287 0.171 0.063 0.012 0.001 9 V 0.008 0.059 0.171 0.357 0.295 0.106 0.003 10 R 0.001 0.012 0.058 0.228 0.414 0.270 0.017 11 V 0.001 0.001 0.003 0.019 0.106 0.562 0.310 12 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.035 0.386 0.573 13 Y 0.001 0.001 0.002 0.009 0.049 0.374 0.565 14 A 0.001 0.004 0.015 0.049 0.181 0.495 0.256 15 G 0.005 0.042 0.136 0.277 0.306 0.197 0.037 16 L 0.077 0.191 0.216 0.237 0.173 0.092 0.014 17 R 0.180 0.302 0.239 0.146 0.089 0.038 0.006 18 R 0.159 0.257 0.238 0.206 0.105 0.032 0.003 19 K 0.056 0.160 0.291 0.276 0.152 0.058 0.006 20 E 0.443 0.402 0.121 0.027 0.006 0.001 0.001 21 A 0.072 0.352 0.345 0.171 0.051 0.008 0.001 22 F 0.004 0.012 0.037 0.159 0.443 0.330 0.017 23 K 0.009 0.093 0.276 0.412 0.184 0.025 0.001 24 A 0.161 0.590 0.187 0.047 0.012 0.003 0.001 25 L 0.004 0.041 0.255 0.509 0.172 0.017 0.001 26 A 0.010 0.019 0.045 0.216 0.493 0.210 0.007 27 E 0.183 0.449 0.250 0.096 0.019 0.003 0.001 28 K 0.483 0.398 0.093 0.022 0.004 0.001 0.001 29 L 0.084 0.239 0.319 0.240 0.095 0.020 0.002 30 G 0.238 0.306 0.206 0.143 0.076 0.028 0.002 31 F 0.108 0.089 0.130 0.244 0.267 0.143 0.019 32 T 0.131 0.222 0.224 0.218 0.148 0.051 0.006 33 P 0.068 0.081 0.110 0.187 0.255 0.233 0.067 34 L 0.043 0.059 0.079 0.150 0.224 0.282 0.163 35 L 0.046 0.090 0.136 0.205 0.198 0.204 0.120 36 F 0.021 0.024 0.038 0.087 0.178 0.327 0.324 37 P 0.032 0.047 0.070 0.117 0.181 0.288 0.265 38 V 0.050 0.055 0.083 0.137 0.184 0.299 0.191 39 Q 0.025 0.039 0.064 0.135 0.240 0.329 0.169 40 A 0.050 0.098 0.156 0.209 0.221 0.196 0.070 41 T 0.033 0.053 0.094 0.171 0.272 0.302 0.076 42 E 0.060 0.132 0.214 0.269 0.206 0.106 0.014 43 K 0.125 0.221 0.233 0.224 0.141 0.052 0.005 44 V 0.091 0.139 0.204 0.256 0.222 0.084 0.005 45 P 0.405 0.286 0.167 0.099 0.034 0.009 0.001 46 V 0.547 0.268 0.115 0.050 0.016 0.004 0.001 47 P 0.606 0.204 0.105 0.057 0.021 0.006 0.001 48 E 0.706 0.197 0.062 0.024 0.008 0.003 0.001 49 Y 0.436 0.246 0.159 0.101 0.044 0.012 0.002 50 R 0.184 0.192 0.219 0.225 0.135 0.041 0.004 51 D 0.408 0.341 0.151 0.069 0.023 0.007 0.001 52 Q 0.243 0.309 0.227 0.151 0.055 0.014 0.002 53 V 0.084 0.102 0.138 0.244 0.274 0.141 0.017 54 R 0.104 0.185 0.234 0.242 0.156 0.067 0.012 55 A 0.175 0.229 0.195 0.193 0.131 0.066 0.012 56 L 0.130 0.195 0.196 0.227 0.170 0.073 0.009 57 A 0.109 0.139 0.170 0.237 0.222 0.112 0.011 58 Q 0.164 0.293 0.224 0.186 0.099 0.031 0.002 59 G 0.053 0.235 0.315 0.270 0.106 0.021 0.001 60 V 0.002 0.016 0.056 0.192 0.404 0.307 0.023 61 D 0.001 0.015 0.085 0.278 0.384 0.219 0.019 62 L 0.001 0.001 0.003 0.020 0.106 0.501 0.370 63 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.207 0.777 64 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.125 0.868 65 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.172 0.811 66 T 0.001 0.001 0.004 0.019 0.074 0.355 0.547 67 T 0.001 0.007 0.028 0.092 0.229 0.397 0.246 68 G 0.003 0.041 0.154 0.274 0.323 0.161 0.043 69 V 0.006 0.086 0.214 0.302 0.225 0.123 0.043 70 G 0.001 0.003 0.012 0.061 0.239 0.515 0.170 71 V 0.001 0.001 0.002 0.015 0.118 0.581 0.283 72 R 0.003 0.067 0.255 0.392 0.193 0.083 0.008 73 D 0.001 0.026 0.125 0.337 0.322 0.166 0.022 74 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.055 0.586 0.352 75 L 0.001 0.003 0.024 0.205 0.459 0.293 0.015 76 E 0.009 0.320 0.433 0.172 0.058 0.008 0.001 77 A 0.002 0.026 0.197 0.485 0.240 0.048 0.001 78 G 0.002 0.016 0.043 0.193 0.509 0.232 0.004 79 K 0.168 0.417 0.265 0.121 0.024 0.005 0.001 80 A 0.574 0.336 0.063 0.020 0.005 0.002 0.001 81 L 0.071 0.230 0.396 0.234 0.063 0.006 0.001 82 G 0.443 0.384 0.127 0.035 0.009 0.002 0.001 83 L 0.280 0.270 0.200 0.167 0.070 0.012 0.001 84 D 0.254 0.375 0.223 0.109 0.033 0.006 0.001 85 L 0.035 0.073 0.136 0.259 0.344 0.143 0.010 86 E 0.043 0.112 0.194 0.288 0.236 0.113 0.014 87 G 0.276 0.392 0.180 0.096 0.040 0.014 0.002 88 P 0.058 0.164 0.265 0.314 0.154 0.042 0.003 89 L 0.021 0.037 0.067 0.184 0.379 0.288 0.025 90 A 0.082 0.237 0.293 0.249 0.110 0.026 0.002 91 K 0.122 0.384 0.303 0.140 0.043 0.009 0.001 92 A 0.010 0.067 0.161 0.331 0.317 0.108 0.006 93 F 0.006 0.052 0.143 0.281 0.320 0.184 0.014 94 R 0.001 0.002 0.009 0.048 0.186 0.601 0.152 95 L 0.001 0.002 0.007 0.037 0.159 0.589 0.206 96 A 0.001 0.001 0.002 0.010 0.071 0.471 0.445 97 R 0.001 0.020 0.084 0.214 0.280 0.296 0.105 98 G 0.002 0.021 0.077 0.190 0.337 0.300 0.073 99 A 0.072 0.330 0.325 0.174 0.063 0.029 0.007 100 K 0.050 0.279 0.333 0.219 0.090 0.024 0.005 101 A 0.006 0.017 0.042 0.134 0.394 0.378 0.030 102 A 0.008 0.068 0.187 0.380 0.286 0.069 0.002 103 R 0.096 0.555 0.272 0.064 0.012 0.002 0.001 104 A 0.011 0.089 0.290 0.419 0.168 0.023 0.001 105 L 0.011 0.026 0.062 0.239 0.476 0.182 0.005 106 K 0.137 0.418 0.304 0.117 0.020 0.003 0.001 107 E 0.534 0.377 0.073 0.013 0.002 0.001 0.001 108 A 0.073 0.226 0.366 0.252 0.073 0.010 0.001 109 G 0.246 0.313 0.234 0.139 0.056 0.011 0.001 110 L 0.126 0.146 0.199 0.263 0.210 0.053 0.003 111 P 0.249 0.319 0.222 0.143 0.054 0.012 0.001 112 P 0.256 0.229 0.200 0.193 0.094 0.025 0.003 113 H 0.404 0.331 0.145 0.070 0.033 0.014 0.002 114 A 0.114 0.162 0.198 0.264 0.181 0.073 0.008 115 V 0.167 0.227 0.217 0.208 0.132 0.044 0.005 116 G 0.181 0.216 0.212 0.219 0.126 0.041 0.005 117 D 0.445 0.327 0.155 0.056 0.013 0.003 0.001 118 G 0.253 0.321 0.209 0.137 0.061 0.017 0.003 119 T 0.102 0.263 0.254 0.225 0.117 0.035 0.005 120 S 0.021 0.073 0.160 0.276 0.296 0.157 0.017 121 K 0.216 0.433 0.235 0.084 0.023 0.007 0.001 122 S 0.090 0.299 0.310 0.198 0.079 0.022 0.003 123 L 0.011 0.017 0.034 0.128 0.361 0.411 0.038 124 L 0.011 0.055 0.190 0.389 0.270 0.079 0.006 125 P 0.156 0.494 0.223 0.084 0.030 0.011 0.002 126 L 0.016 0.082 0.271 0.389 0.194 0.046 0.002 127 L 0.008 0.019 0.050 0.215 0.431 0.263 0.014 128 P 0.152 0.366 0.267 0.145 0.057 0.012 0.001 129 Q 0.450 0.338 0.133 0.059 0.017 0.004 0.001 130 G 0.300 0.334 0.219 0.110 0.030 0.007 0.001 131 R 0.212 0.313 0.237 0.152 0.070 0.015 0.001 132 G 0.163 0.239 0.239 0.218 0.109 0.029 0.002 133 V 0.061 0.141 0.214 0.278 0.210 0.086 0.009 134 A 0.018 0.020 0.041 0.112 0.253 0.439 0.117 135 A 0.017 0.025 0.045 0.106 0.227 0.415 0.165 136 L 0.016 0.019 0.034 0.078 0.163 0.400 0.291 137 Q 0.031 0.057 0.083 0.142 0.231 0.304 0.153 138 L 0.073 0.127 0.169 0.234 0.214 0.138 0.045 139 Y 0.132 0.187 0.182 0.202 0.162 0.106 0.029 140 G 0.275 0.250 0.174 0.147 0.093 0.050 0.010 141 K 0.200 0.258 0.202 0.150 0.106 0.067 0.017 142 P 0.097 0.161 0.173 0.229 0.200 0.122 0.018 143 L 0.035 0.109 0.186 0.258 0.235 0.151 0.026 144 P 0.301 0.411 0.195 0.065 0.019 0.007 0.001 145 L 0.046 0.212 0.318 0.266 0.122 0.032 0.004 146 L 0.004 0.008 0.019 0.084 0.345 0.498 0.042 147 E 0.010 0.081 0.240 0.418 0.211 0.038 0.002 148 N 0.155 0.588 0.189 0.050 0.015 0.003 0.001 149 A 0.004 0.053 0.302 0.485 0.139 0.016 0.001 150 L 0.004 0.015 0.042 0.216 0.505 0.213 0.005 151 A 0.161 0.445 0.265 0.104 0.022 0.003 0.001 152 E 0.615 0.320 0.051 0.012 0.002 0.001 0.001 153 R 0.079 0.292 0.389 0.197 0.038 0.005 0.001 154 G 0.302 0.402 0.180 0.081 0.030 0.005 0.001 155 Y 0.068 0.113 0.176 0.316 0.260 0.065 0.003 156 R 0.124 0.305 0.293 0.198 0.067 0.012 0.001 157 V 0.037 0.062 0.115 0.243 0.339 0.189 0.015 158 L 0.070 0.215 0.241 0.257 0.155 0.057 0.006 159 P 0.084 0.210 0.243 0.239 0.144 0.070 0.011 160 L 0.012 0.023 0.055 0.153 0.318 0.355 0.085 161 M 0.035 0.114 0.192 0.261 0.230 0.144 0.024 162 P 0.031 0.067 0.138 0.220 0.263 0.233 0.049 163 Y 0.018 0.035 0.075 0.173 0.305 0.326 0.069 164 R 0.056 0.133 0.200 0.244 0.217 0.128 0.022 165 H 0.059 0.112 0.164 0.246 0.249 0.149 0.022 166 L 0.095 0.158 0.190 0.248 0.206 0.094 0.009 167 P 0.192 0.259 0.223 0.184 0.104 0.034 0.004 168 D 0.278 0.261 0.213 0.155 0.069 0.022 0.002 169 P 0.624 0.222 0.083 0.046 0.018 0.006 0.001 170 E 0.551 0.262 0.114 0.046 0.019 0.007 0.001 171 G 0.203 0.269 0.230 0.197 0.083 0.016 0.001 172 I 0.095 0.249 0.333 0.228 0.077 0.015 0.001 173 L 0.661 0.292 0.041 0.005 0.001 0.001 0.001 174 R 0.116 0.463 0.325 0.083 0.012 0.001 0.001 175 L 0.004 0.012 0.047 0.231 0.524 0.178 0.004 176 E 0.011 0.127 0.355 0.381 0.114 0.012 0.001 177 E 0.262 0.595 0.113 0.024 0.005 0.001 0.001 178 A 0.007 0.071 0.308 0.444 0.152 0.018 0.001 179 L 0.006 0.015 0.044 0.223 0.509 0.199 0.004 180 L 0.175 0.432 0.268 0.105 0.018 0.002 0.001 181 R 0.445 0.429 0.097 0.024 0.004 0.001 0.001 182 G 0.070 0.278 0.310 0.253 0.078 0.011 0.001 183 E 0.067 0.467 0.316 0.118 0.029 0.003 0.001 184 V 0.001 0.006 0.034 0.186 0.466 0.295 0.012 185 D 0.001 0.010 0.068 0.296 0.437 0.180 0.009 186 A 0.001 0.001 0.002 0.014 0.096 0.563 0.324 187 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.178 0.811 188 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.123 0.870 189 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.197 0.783 190 V 0.001 0.001 0.003 0.016 0.085 0.423 0.471 191 A 0.001 0.013 0.049 0.161 0.312 0.336 0.128 192 A 0.006 0.084 0.269 0.294 0.237 0.091 0.019 193 I 0.042 0.234 0.281 0.239 0.134 0.058 0.013 194 Q 0.002 0.016 0.057 0.170 0.329 0.329 0.096 195 V 0.001 0.002 0.008 0.046 0.255 0.573 0.115 196 E 0.004 0.113 0.333 0.350 0.145 0.049 0.005 197 F 0.005 0.056 0.176 0.337 0.270 0.138 0.018 198 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.083 0.606 0.299 199 F 0.001 0.004 0.030 0.208 0.413 0.317 0.027 200 E 0.013 0.257 0.413 0.220 0.076 0.018 0.002 201 G 0.004 0.032 0.173 0.393 0.300 0.094 0.004 202 A 0.001 0.008 0.028 0.147 0.486 0.317 0.011 203 K 0.079 0.355 0.343 0.172 0.045 0.007 0.001 204 D 0.372 0.406 0.149 0.059 0.012 0.002 0.001 205 P 0.189 0.321 0.289 0.152 0.043 0.006 0.001 206 K 0.508 0.305 0.126 0.047 0.013 0.002 0.001 207 A 0.427 0.241 0.156 0.116 0.049 0.010 0.001 208 L 0.467 0.283 0.139 0.077 0.029 0.005 0.001 209 R 0.226 0.232 0.216 0.198 0.101 0.024 0.003 210 E 0.428 0.303 0.153 0.080 0.027 0.008 0.001 211 A 0.396 0.313 0.149 0.092 0.036 0.011 0.002 212 L 0.153 0.159 0.170 0.230 0.204 0.076 0.008 213 N 0.134 0.189 0.210 0.233 0.166 0.063 0.006 214 T 0.179 0.317 0.241 0.167 0.071 0.023 0.002 215 R 0.035 0.170 0.288 0.311 0.157 0.037 0.002 216 V 0.003 0.016 0.049 0.169 0.394 0.338 0.030 217 K 0.002 0.017 0.074 0.242 0.363 0.260 0.041 218 A 0.001 0.002 0.006 0.024 0.099 0.473 0.396 219 L 0.001 0.001 0.002 0.010 0.048 0.351 0.588 220 A 0.001 0.001 0.003 0.011 0.049 0.316 0.620 221 V 0.001 0.002 0.008 0.032 0.105 0.423 0.430 222 G 0.001 0.007 0.023 0.089 0.257 0.440 0.183 223 R 0.016 0.128 0.264 0.268 0.184 0.110 0.030 224 V 0.011 0.079 0.206 0.302 0.254 0.123 0.026 225 T 0.012 0.036 0.050 0.129 0.333 0.388 0.052 226 A 0.016 0.086 0.217 0.379 0.244 0.056 0.002 227 D 0.149 0.523 0.247 0.063 0.014 0.003 0.001 228 A 0.032 0.150 0.322 0.353 0.127 0.017 0.001 229 L 0.021 0.047 0.097 0.296 0.418 0.119 0.003 230 R 0.230 0.451 0.228 0.077 0.012 0.002 0.001 231 E 0.601 0.332 0.054 0.011 0.002 0.001 0.001 232 W 0.107 0.256 0.338 0.221 0.068 0.011 0.001 233 G 0.275 0.275 0.217 0.151 0.065 0.016 0.001 234 V 0.161 0.163 0.181 0.222 0.185 0.078 0.009 235 K 0.208 0.296 0.236 0.161 0.076 0.021 0.002 236 P 0.119 0.165 0.184 0.239 0.192 0.088 0.013 237 F 0.113 0.167 0.183 0.209 0.180 0.121 0.028 238 Y 0.063 0.088 0.130 0.256 0.260 0.170 0.032 239 V 0.102 0.150 0.170 0.207 0.204 0.136 0.031 240 D 0.105 0.116 0.148 0.225 0.229 0.143 0.034 241 E 0.313 0.337 0.172 0.106 0.047 0.020 0.004 242 T 0.138 0.301 0.277 0.175 0.078 0.027 0.004 243 E 0.104 0.185 0.206 0.249 0.184 0.064 0.007 244 R 0.058 0.250 0.296 0.231 0.118 0.041 0.005 245 L 0.011 0.039 0.103 0.248 0.367 0.213 0.019 246 G 0.065 0.358 0.348 0.171 0.048 0.009 0.001 247 S 0.025 0.161 0.313 0.330 0.139 0.030 0.003 248 L 0.001 0.004 0.010 0.049 0.249 0.599 0.087 249 L 0.001 0.005 0.028 0.158 0.386 0.387 0.037 250 Q 0.007 0.183 0.444 0.285 0.069 0.011 0.001 251 G 0.001 0.014 0.094 0.373 0.412 0.101 0.004 252 F 0.001 0.001 0.001 0.008 0.102 0.708 0.180 253 K 0.005 0.054 0.220 0.426 0.252 0.042 0.001 254 R 0.059 0.466 0.347 0.109 0.017 0.002 0.001 255 A 0.008 0.039 0.198 0.458 0.253 0.041 0.001 256 L 0.037 0.086 0.115 0.264 0.387 0.109 0.003 257 Q 0.331 0.440 0.171 0.050 0.008 0.001 0.001 258 K 0.598 0.317 0.066 0.016 0.002 0.001 0.001 259 E 0.341 0.290 0.219 0.113 0.032 0.005 0.001 260 V 0.425 0.249 0.187 0.104 0.032 0.004 0.001 261 A 0.625 0.200 0.089 0.057 0.024 0.005 0.001