# TARGET T0279 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0279.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 208 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.004 0.005 0.019 0.092 0.866 2 R 0.049 0.013 0.029 0.149 0.151 0.608 3 R 0.048 0.025 0.071 0.166 0.251 0.438 4 L 0.046 0.047 0.129 0.179 0.340 0.259 5 E 0.047 0.012 0.265 0.155 0.361 0.160 6 E 0.051 0.007 0.302 0.140 0.332 0.168 7 D 0.057 0.005 0.152 0.252 0.353 0.181 8 A 0.150 0.005 0.021 0.080 0.320 0.424 9 V 0.434 0.004 0.002 0.016 0.099 0.446 10 R 0.952 0.001 0.001 0.007 0.009 0.030 11 V 0.990 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 12 A 0.989 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 13 Y 0.955 0.001 0.001 0.008 0.011 0.025 14 A 0.531 0.003 0.001 0.019 0.146 0.299 15 G 0.092 0.004 0.009 0.037 0.391 0.467 16 L 0.039 0.015 0.076 0.094 0.468 0.308 17 R 0.031 0.021 0.111 0.142 0.418 0.277 18 R 0.013 0.008 0.169 0.272 0.327 0.211 19 K 0.012 0.004 0.073 0.507 0.169 0.234 20 E 0.004 0.001 0.040 0.840 0.075 0.040 21 A 0.001 0.001 0.023 0.956 0.013 0.008 22 F 0.001 0.001 0.006 0.986 0.003 0.004 23 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 24 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 28 K 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.002 0.980 0.003 0.015 30 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.990 31 F 0.005 0.002 0.001 0.001 0.030 0.963 32 T 0.202 0.007 0.003 0.001 0.081 0.708 33 P 0.707 0.012 0.008 0.001 0.056 0.215 34 L 0.841 0.006 0.006 0.001 0.037 0.110 35 L 0.917 0.003 0.004 0.001 0.022 0.054 36 F 0.787 0.003 0.004 0.001 0.056 0.148 37 P 0.632 0.003 0.011 0.002 0.111 0.241 38 V 0.679 0.009 0.027 0.004 0.097 0.183 39 Q 0.774 0.009 0.025 0.007 0.068 0.117 40 A 0.846 0.007 0.017 0.012 0.049 0.070 41 T 0.751 0.012 0.012 0.015 0.063 0.146 42 E 0.553 0.010 0.011 0.014 0.144 0.268 43 K 0.290 0.021 0.012 0.010 0.194 0.473 44 V 0.057 0.020 0.007 0.005 0.160 0.751 45 P 0.023 0.023 0.003 0.005 0.124 0.822 46 V 0.002 0.004 0.001 0.005 0.086 0.902 47 P 0.002 0.002 0.020 0.649 0.116 0.212 48 E 0.001 0.001 0.016 0.943 0.028 0.012 49 Y 0.001 0.001 0.007 0.976 0.012 0.004 50 R 0.001 0.001 0.003 0.982 0.007 0.007 51 D 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.003 52 Q 0.001 0.001 0.003 0.989 0.003 0.003 53 V 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.004 54 R 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.003 55 A 0.001 0.001 0.006 0.977 0.008 0.009 56 L 0.002 0.001 0.019 0.895 0.037 0.046 57 A 0.006 0.007 0.040 0.600 0.218 0.129 58 Q 0.005 0.003 0.057 0.339 0.465 0.131 59 G 0.006 0.002 0.017 0.019 0.570 0.386 60 V 0.022 0.004 0.005 0.002 0.541 0.427 61 D 0.209 0.003 0.001 0.001 0.266 0.520 62 L 0.954 0.002 0.001 0.001 0.009 0.034 63 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.984 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 66 T 0.459 0.003 0.001 0.010 0.078 0.449 67 T 0.036 0.002 0.007 0.019 0.140 0.796 68 G 0.004 0.001 0.165 0.609 0.134 0.088 69 V 0.002 0.001 0.092 0.864 0.031 0.009 70 G 0.002 0.001 0.066 0.917 0.012 0.002 71 V 0.002 0.001 0.015 0.974 0.006 0.003 72 R 0.002 0.001 0.013 0.974 0.008 0.002 73 D 0.002 0.001 0.008 0.985 0.004 0.002 74 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 75 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 76 E 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 77 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 78 G 0.001 0.001 0.004 0.979 0.008 0.009 79 K 0.001 0.001 0.017 0.963 0.011 0.008 80 A 0.001 0.001 0.016 0.954 0.014 0.015 81 L 0.001 0.001 0.007 0.930 0.013 0.048 82 G 0.001 0.001 0.003 0.034 0.043 0.919 83 L 0.005 0.009 0.009 0.026 0.107 0.844 84 D 0.016 0.021 0.016 0.028 0.179 0.741 85 L 0.013 0.013 0.090 0.376 0.220 0.289 86 E 0.013 0.010 0.068 0.564 0.178 0.167 87 G 0.009 0.004 0.095 0.534 0.260 0.099 88 P 0.003 0.002 0.201 0.621 0.136 0.038 89 L 0.006 0.005 0.220 0.470 0.259 0.040 90 A 0.008 0.004 0.207 0.354 0.340 0.086 91 K 0.012 0.004 0.093 0.303 0.310 0.278 92 A 0.071 0.013 0.044 0.181 0.324 0.367 93 F 0.164 0.005 0.023 0.150 0.286 0.372 94 R 0.634 0.005 0.015 0.112 0.098 0.137 95 L 0.719 0.004 0.005 0.205 0.030 0.037 96 A 0.714 0.004 0.004 0.202 0.025 0.050 97 R 0.493 0.010 0.005 0.254 0.049 0.189 98 G 0.150 0.004 0.004 0.138 0.079 0.626 99 A 0.016 0.001 0.013 0.828 0.051 0.090 100 K 0.006 0.002 0.012 0.937 0.020 0.022 101 A 0.003 0.001 0.004 0.977 0.006 0.009 102 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 103 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 105 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 106 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 107 E 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 108 A 0.001 0.001 0.002 0.982 0.002 0.013 109 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.977 110 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.033 0.960 111 P 0.025 0.008 0.005 0.001 0.107 0.855 112 P 0.052 0.007 0.149 0.012 0.262 0.517 113 H 0.168 0.024 0.249 0.021 0.198 0.340 114 A 0.299 0.044 0.189 0.034 0.213 0.221 115 V 0.151 0.047 0.025 0.029 0.293 0.454 116 G 0.039 0.009 0.006 0.010 0.308 0.629 117 D 0.029 0.013 0.010 0.032 0.400 0.515 118 G 0.021 0.035 0.017 0.047 0.364 0.516 119 T 0.015 0.039 0.028 0.120 0.314 0.483 120 S 0.004 0.004 0.240 0.522 0.143 0.088 121 K 0.002 0.002 0.308 0.592 0.068 0.028 122 S 0.001 0.001 0.343 0.582 0.060 0.012 123 L 0.001 0.002 0.218 0.711 0.049 0.018 124 L 0.006 0.005 0.231 0.617 0.099 0.042 125 P 0.004 0.003 0.302 0.539 0.112 0.040 126 L 0.009 0.008 0.228 0.505 0.153 0.097 127 L 0.018 0.039 0.084 0.137 0.443 0.279 128 P 0.007 0.010 0.055 0.045 0.607 0.275 129 Q 0.006 0.004 0.040 0.017 0.784 0.148 130 G 0.005 0.004 0.041 0.008 0.816 0.126 131 R 0.018 0.007 0.023 0.004 0.688 0.259 132 G 0.147 0.019 0.009 0.002 0.349 0.473 133 V 0.639 0.013 0.003 0.002 0.084 0.259 134 A 0.926 0.006 0.001 0.001 0.016 0.050 135 A 0.972 0.002 0.001 0.001 0.006 0.018 136 L 0.961 0.003 0.001 0.002 0.008 0.026 137 Q 0.858 0.006 0.002 0.003 0.033 0.099 138 L 0.469 0.011 0.006 0.005 0.195 0.314 139 Y 0.100 0.008 0.018 0.007 0.431 0.436 140 G 0.026 0.012 0.030 0.017 0.533 0.382 141 K 0.015 0.020 0.033 0.073 0.496 0.363 142 P 0.009 0.017 0.031 0.209 0.268 0.465 143 L 0.005 0.010 0.028 0.439 0.184 0.334 144 P 0.001 0.001 0.042 0.830 0.078 0.048 145 L 0.001 0.001 0.048 0.931 0.015 0.005 146 L 0.001 0.001 0.038 0.940 0.013 0.006 147 E 0.001 0.001 0.011 0.975 0.006 0.006 148 N 0.001 0.001 0.005 0.986 0.005 0.004 149 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 150 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 151 A 0.001 0.001 0.008 0.989 0.002 0.001 152 E 0.001 0.001 0.010 0.987 0.002 0.001 153 R 0.001 0.001 0.010 0.971 0.004 0.015 154 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.977 155 Y 0.045 0.005 0.001 0.001 0.037 0.912 156 R 0.600 0.008 0.002 0.001 0.050 0.339 157 V 0.854 0.009 0.003 0.001 0.030 0.104 158 L 0.863 0.003 0.003 0.001 0.039 0.092 159 P 0.899 0.001 0.003 0.001 0.032 0.063 160 L 0.854 0.003 0.003 0.001 0.030 0.109 161 M 0.809 0.003 0.003 0.001 0.043 0.140 162 P 0.825 0.006 0.005 0.002 0.050 0.113 163 Y 0.779 0.014 0.008 0.008 0.066 0.124 164 R 0.747 0.008 0.008 0.011 0.091 0.135 165 H 0.572 0.020 0.008 0.009 0.105 0.286 166 L 0.163 0.020 0.008 0.006 0.136 0.667 167 P 0.039 0.021 0.002 0.003 0.087 0.848 168 D 0.003 0.003 0.001 0.001 0.054 0.939 169 P 0.007 0.006 0.017 0.245 0.242 0.483 170 E 0.005 0.004 0.022 0.679 0.187 0.103 171 G 0.004 0.003 0.020 0.805 0.116 0.051 172 I 0.003 0.001 0.005 0.958 0.016 0.017 173 L 0.005 0.001 0.007 0.968 0.010 0.009 174 R 0.006 0.001 0.006 0.965 0.010 0.012 175 L 0.003 0.001 0.004 0.976 0.005 0.011 176 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 177 E 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 178 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 179 L 0.001 0.001 0.003 0.987 0.007 0.003 180 L 0.001 0.001 0.003 0.968 0.019 0.009 181 R 0.001 0.001 0.009 0.758 0.096 0.135 182 G 0.001 0.001 0.006 0.020 0.281 0.691 183 E 0.005 0.002 0.006 0.001 0.210 0.776 184 V 0.113 0.009 0.004 0.001 0.272 0.602 185 D 0.448 0.002 0.002 0.001 0.145 0.404 186 A 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 187 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 188 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 189 F 0.983 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 190 V 0.503 0.003 0.001 0.010 0.056 0.427 191 A 0.030 0.001 0.001 0.013 0.071 0.884 192 A 0.001 0.001 0.010 0.931 0.020 0.038 193 I 0.001 0.001 0.008 0.983 0.005 0.003 194 Q 0.001 0.001 0.007 0.990 0.002 0.001 195 V 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 196 E 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 197 F 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 198 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 199 F 0.001 0.001 0.007 0.990 0.002 0.001 200 E 0.001 0.001 0.014 0.980 0.004 0.002 201 G 0.001 0.001 0.016 0.943 0.016 0.023 202 A 0.001 0.006 0.019 0.623 0.106 0.245 203 K 0.001 0.005 0.021 0.300 0.217 0.456 204 D 0.001 0.002 0.006 0.038 0.423 0.529 205 P 0.001 0.001 0.096 0.370 0.335 0.198 206 K 0.001 0.001 0.077 0.793 0.099 0.030 207 A 0.001 0.001 0.031 0.931 0.030 0.007 208 L 0.002 0.001 0.005 0.972 0.009 0.012 209 R 0.002 0.001 0.002 0.986 0.004 0.005 210 E 0.002 0.001 0.004 0.987 0.004 0.002 211 A 0.001 0.001 0.007 0.981 0.008 0.003 212 L 0.001 0.001 0.010 0.971 0.014 0.004 213 N 0.003 0.001 0.018 0.912 0.045 0.021 214 T 0.004 0.001 0.036 0.551 0.192 0.215 215 R 0.017 0.002 0.005 0.011 0.190 0.774 216 V 0.199 0.005 0.001 0.002 0.100 0.692 217 K 0.800 0.003 0.001 0.001 0.037 0.159 218 A 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 219 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 220 A 0.966 0.001 0.001 0.002 0.007 0.025 221 V 0.756 0.004 0.001 0.019 0.036 0.183 222 G 0.179 0.002 0.004 0.024 0.161 0.631 223 R 0.075 0.005 0.015 0.142 0.287 0.475 224 V 0.031 0.025 0.035 0.300 0.216 0.394 225 T 0.035 0.027 0.020 0.589 0.066 0.263 226 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 227 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 228 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 229 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 230 R 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 231 E 0.001 0.001 0.006 0.992 0.001 0.002 232 W 0.001 0.001 0.004 0.979 0.003 0.013 233 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.982 234 V 0.006 0.006 0.001 0.001 0.045 0.941 235 K 0.094 0.007 0.005 0.002 0.136 0.756 236 P 0.275 0.008 0.031 0.017 0.211 0.458 237 F 0.547 0.017 0.031 0.025 0.126 0.254 238 Y 0.766 0.013 0.018 0.025 0.065 0.113 239 V 0.596 0.020 0.009 0.042 0.104 0.230 240 D 0.246 0.016 0.015 0.041 0.257 0.425 241 E 0.109 0.017 0.034 0.075 0.403 0.361 242 T 0.037 0.013 0.111 0.094 0.495 0.249 243 E 0.019 0.018 0.134 0.133 0.463 0.232 244 R 0.014 0.012 0.067 0.174 0.274 0.459 245 L 0.002 0.001 0.039 0.881 0.040 0.037 246 G 0.001 0.001 0.023 0.952 0.014 0.010 247 S 0.001 0.001 0.026 0.953 0.013 0.007 248 L 0.001 0.001 0.011 0.980 0.004 0.003 249 L 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.003 250 Q 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.003 251 G 0.001 0.001 0.004 0.986 0.006 0.004 252 F 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 253 K 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 254 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 255 A 0.001 0.001 0.003 0.986 0.004 0.008 256 L 0.001 0.001 0.004 0.976 0.007 0.013 257 Q 0.001 0.001 0.012 0.947 0.021 0.019 258 K 0.001 0.001 0.022 0.877 0.042 0.058 259 E 0.001 0.001 0.023 0.722 0.061 0.192 260 V 0.003 0.004 0.016 0.259 0.089 0.630 261 A 0.002 0.001 0.001 0.010 0.043 0.942