# TARGET T0279 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0279.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 208 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.003 0.985 2 R 0.011 0.016 0.009 0.058 0.008 0.031 0.867 3 R 0.025 0.016 0.054 0.114 0.107 0.091 0.592 4 L 0.022 0.004 0.088 0.063 0.095 0.082 0.647 5 E 0.020 0.006 0.268 0.104 0.079 0.194 0.329 6 E 0.016 0.005 0.311 0.128 0.099 0.275 0.166 7 D 0.035 0.009 0.141 0.078 0.117 0.362 0.258 8 A 0.094 0.010 0.025 0.022 0.212 0.229 0.409 9 V 0.674 0.007 0.006 0.009 0.037 0.019 0.248 10 R 0.940 0.009 0.001 0.006 0.004 0.001 0.039 11 V 0.970 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.020 12 A 0.947 0.003 0.001 0.003 0.006 0.002 0.036 13 Y 0.693 0.015 0.003 0.005 0.019 0.007 0.260 14 A 0.091 0.006 0.003 0.002 0.093 0.029 0.775 15 G 0.030 0.008 0.017 0.006 0.129 0.111 0.700 16 L 0.012 0.008 0.161 0.091 0.173 0.221 0.333 17 R 0.008 0.015 0.256 0.138 0.094 0.268 0.220 18 R 0.004 0.011 0.173 0.209 0.089 0.274 0.240 19 K 0.001 0.003 0.054 0.682 0.041 0.058 0.161 20 E 0.001 0.001 0.014 0.939 0.021 0.011 0.015 21 A 0.001 0.001 0.010 0.976 0.001 0.005 0.007 22 F 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.002 0.001 23 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 24 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.008 0.001 28 K 0.001 0.001 0.004 0.930 0.001 0.064 0.001 29 L 0.001 0.001 0.008 0.340 0.003 0.646 0.002 30 G 0.001 0.001 0.001 0.009 0.018 0.944 0.027 31 F 0.007 0.004 0.001 0.001 0.075 0.006 0.906 32 T 0.237 0.011 0.002 0.001 0.107 0.004 0.639 33 P 0.638 0.017 0.009 0.004 0.048 0.013 0.271 34 L 0.947 0.002 0.006 0.001 0.011 0.006 0.027 35 L 0.945 0.004 0.004 0.001 0.007 0.001 0.038 36 F 0.917 0.002 0.003 0.001 0.018 0.001 0.057 37 P 0.810 0.003 0.005 0.001 0.029 0.005 0.148 38 V 0.582 0.008 0.029 0.004 0.028 0.016 0.334 39 Q 0.769 0.005 0.014 0.004 0.054 0.024 0.131 40 A 0.816 0.007 0.012 0.004 0.016 0.029 0.115 41 T 0.883 0.011 0.002 0.004 0.005 0.008 0.087 42 E 0.848 0.007 0.003 0.003 0.022 0.006 0.111 43 K 0.780 0.012 0.003 0.002 0.030 0.009 0.164 44 V 0.223 0.023 0.002 0.001 0.200 0.011 0.541 45 P 0.042 0.017 0.002 0.001 0.129 0.008 0.801 46 V 0.005 0.005 0.027 0.012 0.077 0.022 0.852 47 P 0.001 0.002 0.379 0.329 0.060 0.153 0.076 48 E 0.001 0.002 0.326 0.476 0.015 0.151 0.030 49 Y 0.001 0.003 0.156 0.675 0.012 0.084 0.068 50 R 0.001 0.001 0.024 0.932 0.004 0.020 0.018 51 D 0.001 0.001 0.016 0.964 0.002 0.012 0.005 52 Q 0.001 0.001 0.015 0.964 0.002 0.014 0.004 53 V 0.001 0.001 0.011 0.963 0.002 0.020 0.003 54 R 0.001 0.001 0.018 0.940 0.003 0.033 0.005 55 A 0.001 0.001 0.033 0.859 0.005 0.093 0.008 56 L 0.002 0.002 0.038 0.786 0.016 0.119 0.038 57 A 0.005 0.006 0.089 0.484 0.083 0.147 0.187 58 Q 0.005 0.002 0.083 0.238 0.090 0.527 0.055 59 G 0.011 0.002 0.035 0.018 0.148 0.691 0.094 60 V 0.047 0.004 0.005 0.001 0.074 0.027 0.843 61 D 0.090 0.001 0.004 0.001 0.546 0.022 0.337 62 L 0.936 0.002 0.006 0.001 0.010 0.005 0.038 63 F 0.985 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 64 L 0.994 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 65 A 0.928 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.059 66 T 0.316 0.007 0.003 0.003 0.106 0.023 0.541 67 T 0.014 0.003 0.009 0.013 0.277 0.016 0.667 68 G 0.001 0.001 0.082 0.679 0.098 0.069 0.070 69 V 0.001 0.001 0.028 0.955 0.001 0.013 0.002 70 G 0.001 0.001 0.011 0.985 0.001 0.003 0.001 71 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 72 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 73 D 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 74 L 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.014 0.001 75 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.007 0.001 76 E 0.001 0.001 0.003 0.979 0.001 0.017 0.001 77 A 0.001 0.001 0.001 0.978 0.001 0.017 0.002 78 G 0.001 0.001 0.004 0.979 0.002 0.009 0.007 79 K 0.001 0.001 0.019 0.933 0.002 0.041 0.004 80 A 0.001 0.001 0.021 0.848 0.007 0.119 0.005 81 L 0.001 0.001 0.025 0.341 0.015 0.606 0.012 82 G 0.001 0.001 0.006 0.024 0.019 0.903 0.047 83 L 0.005 0.010 0.005 0.013 0.080 0.029 0.859 84 D 0.021 0.040 0.023 0.015 0.045 0.024 0.833 85 L 0.023 0.028 0.131 0.142 0.121 0.097 0.459 86 E 0.020 0.009 0.194 0.184 0.115 0.166 0.312 87 G 0.006 0.004 0.321 0.382 0.084 0.082 0.122 88 P 0.007 0.009 0.196 0.597 0.029 0.083 0.078 89 L 0.015 0.015 0.402 0.317 0.028 0.150 0.073 90 A 0.009 0.002 0.303 0.268 0.027 0.362 0.029 91 K 0.020 0.002 0.185 0.226 0.081 0.435 0.052 92 A 0.099 0.010 0.033 0.047 0.364 0.072 0.376 93 F 0.236 0.009 0.021 0.030 0.226 0.103 0.374 94 R 0.785 0.015 0.017 0.022 0.044 0.036 0.080 95 L 0.951 0.004 0.004 0.008 0.005 0.006 0.023 96 A 0.911 0.006 0.004 0.009 0.015 0.012 0.043 97 R 0.588 0.026 0.002 0.016 0.106 0.028 0.234 98 G 0.064 0.005 0.002 0.039 0.258 0.010 0.622 99 A 0.001 0.001 0.017 0.932 0.009 0.031 0.010 100 K 0.001 0.001 0.017 0.968 0.001 0.013 0.001 101 A 0.001 0.001 0.013 0.978 0.001 0.006 0.002 102 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 0.001 103 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 105 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 106 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 107 E 0.001 0.001 0.003 0.943 0.001 0.053 0.001 108 A 0.001 0.001 0.003 0.293 0.002 0.701 0.001 109 G 0.001 0.001 0.001 0.010 0.020 0.936 0.033 110 L 0.004 0.007 0.001 0.001 0.099 0.003 0.887 111 P 0.039 0.017 0.002 0.001 0.031 0.003 0.907 112 P 0.142 0.034 0.180 0.032 0.079 0.121 0.413 113 H 0.330 0.018 0.191 0.034 0.148 0.110 0.169 114 A 0.312 0.093 0.101 0.035 0.084 0.048 0.327 115 V 0.119 0.061 0.014 0.011 0.137 0.044 0.615 116 G 0.037 0.020 0.013 0.008 0.223 0.162 0.537 117 D 0.012 0.014 0.014 0.016 0.262 0.356 0.325 118 G 0.012 0.022 0.014 0.042 0.456 0.196 0.258 119 T 0.030 0.035 0.029 0.110 0.219 0.079 0.499 120 S 0.015 0.015 0.110 0.730 0.024 0.031 0.075 121 K 0.007 0.005 0.124 0.810 0.011 0.028 0.015 122 S 0.003 0.002 0.154 0.793 0.004 0.039 0.005 123 L 0.002 0.001 0.175 0.788 0.002 0.028 0.004 124 L 0.001 0.001 0.258 0.720 0.003 0.013 0.004 125 P 0.001 0.001 0.311 0.610 0.002 0.073 0.003 126 L 0.005 0.003 0.248 0.593 0.009 0.129 0.014 127 L 0.023 0.019 0.045 0.105 0.545 0.023 0.239 128 P 0.024 0.011 0.077 0.095 0.109 0.180 0.504 129 Q 0.013 0.007 0.056 0.045 0.202 0.424 0.253 130 G 0.012 0.002 0.046 0.014 0.160 0.479 0.287 131 R 0.034 0.004 0.029 0.002 0.311 0.312 0.308 132 G 0.224 0.006 0.004 0.001 0.344 0.045 0.375 133 V 0.764 0.004 0.001 0.001 0.046 0.004 0.180 134 A 0.974 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 135 A 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 136 L 0.978 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.016 137 Q 0.864 0.002 0.002 0.002 0.008 0.004 0.118 138 L 0.476 0.012 0.014 0.003 0.081 0.043 0.370 139 Y 0.215 0.019 0.021 0.007 0.260 0.215 0.264 140 G 0.055 0.008 0.024 0.005 0.443 0.250 0.215 141 K 0.039 0.026 0.007 0.003 0.593 0.036 0.296 142 P 0.029 0.026 0.023 0.017 0.155 0.054 0.698 143 L 0.014 0.013 0.164 0.295 0.100 0.042 0.371 144 P 0.002 0.002 0.208 0.677 0.026 0.055 0.030 145 L 0.001 0.002 0.132 0.826 0.004 0.024 0.011 146 L 0.001 0.001 0.049 0.928 0.002 0.011 0.009 147 E 0.001 0.001 0.013 0.975 0.001 0.010 0.001 148 N 0.001 0.001 0.006 0.977 0.001 0.015 0.001 149 A 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.005 0.003 150 L 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.003 0.002 151 A 0.001 0.001 0.011 0.967 0.001 0.021 0.001 152 E 0.001 0.001 0.023 0.882 0.003 0.090 0.001 153 R 0.001 0.001 0.025 0.146 0.010 0.816 0.003 154 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.974 0.010 155 Y 0.047 0.003 0.001 0.001 0.014 0.002 0.934 156 R 0.906 0.010 0.001 0.001 0.005 0.001 0.078 157 V 0.935 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 158 L 0.958 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.034 159 P 0.880 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.106 160 L 0.567 0.004 0.001 0.001 0.035 0.001 0.392 161 M 0.535 0.007 0.002 0.001 0.034 0.002 0.419 162 P 0.341 0.013 0.011 0.003 0.032 0.010 0.590 163 Y 0.507 0.011 0.057 0.013 0.097 0.075 0.239 164 R 0.667 0.007 0.041 0.011 0.088 0.077 0.109 165 H 0.714 0.011 0.014 0.008 0.042 0.025 0.187 166 L 0.514 0.029 0.004 0.004 0.214 0.006 0.229 167 P 0.147 0.030 0.003 0.002 0.096 0.008 0.714 168 D 0.022 0.008 0.006 0.002 0.063 0.018 0.882 169 P 0.005 0.004 0.191 0.065 0.106 0.422 0.206 170 E 0.004 0.007 0.204 0.182 0.106 0.356 0.141 171 G 0.006 0.013 0.091 0.304 0.139 0.128 0.319 172 I 0.003 0.002 0.017 0.849 0.015 0.039 0.075 173 L 0.002 0.001 0.011 0.954 0.007 0.013 0.013 174 R 0.002 0.002 0.008 0.964 0.003 0.007 0.012 175 L 0.001 0.001 0.003 0.983 0.001 0.005 0.006 176 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.002 177 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 178 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 179 L 0.001 0.001 0.006 0.972 0.002 0.017 0.002 180 L 0.001 0.001 0.013 0.823 0.006 0.150 0.005 181 R 0.001 0.001 0.013 0.214 0.012 0.752 0.007 182 G 0.002 0.001 0.006 0.027 0.110 0.783 0.072 183 E 0.018 0.010 0.009 0.002 0.227 0.114 0.619 184 V 0.171 0.014 0.004 0.001 0.043 0.007 0.761 185 D 0.376 0.002 0.002 0.001 0.378 0.007 0.235 186 A 0.980 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.013 187 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 188 A 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 189 F 0.949 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.044 190 V 0.465 0.007 0.002 0.002 0.111 0.013 0.400 191 A 0.036 0.004 0.005 0.011 0.249 0.010 0.685 192 A 0.001 0.001 0.099 0.780 0.030 0.044 0.046 193 I 0.001 0.001 0.052 0.929 0.002 0.015 0.002 194 Q 0.001 0.001 0.031 0.961 0.001 0.006 0.001 195 V 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.003 0.001 196 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 197 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 198 L 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.012 0.001 199 F 0.001 0.001 0.010 0.973 0.001 0.014 0.001 200 E 0.001 0.001 0.025 0.860 0.001 0.113 0.001 201 G 0.001 0.001 0.046 0.591 0.005 0.347 0.010 202 A 0.001 0.005 0.061 0.332 0.173 0.194 0.234 203 K 0.002 0.015 0.059 0.113 0.127 0.291 0.392 204 D 0.001 0.003 0.016 0.015 0.237 0.027 0.702 205 P 0.001 0.002 0.172 0.248 0.059 0.239 0.278 206 K 0.001 0.002 0.198 0.485 0.038 0.211 0.066 207 A 0.002 0.006 0.151 0.642 0.019 0.092 0.088 208 L 0.002 0.002 0.047 0.813 0.011 0.051 0.073 209 R 0.001 0.001 0.028 0.908 0.008 0.021 0.032 210 E 0.001 0.001 0.049 0.897 0.009 0.022 0.021 211 A 0.002 0.001 0.040 0.900 0.006 0.036 0.015 212 L 0.004 0.004 0.047 0.804 0.016 0.103 0.022 213 N 0.005 0.002 0.059 0.695 0.023 0.184 0.032 214 T 0.004 0.001 0.027 0.312 0.045 0.589 0.024 215 R 0.029 0.003 0.009 0.018 0.163 0.380 0.399 216 V 0.105 0.006 0.001 0.001 0.079 0.009 0.798 217 K 0.620 0.003 0.002 0.001 0.070 0.008 0.296 218 A 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 219 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 220 A 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 221 V 0.722 0.006 0.002 0.002 0.030 0.005 0.233 222 G 0.083 0.002 0.002 0.003 0.281 0.010 0.619 223 R 0.019 0.003 0.094 0.330 0.220 0.138 0.197 224 V 0.011 0.012 0.104 0.665 0.052 0.083 0.074 225 T 0.005 0.004 0.076 0.831 0.006 0.030 0.048 226 A 0.001 0.001 0.015 0.978 0.001 0.006 0.001 227 D 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.003 0.001 228 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 229 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 230 R 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.007 0.001 231 E 0.001 0.001 0.005 0.929 0.001 0.063 0.001 232 W 0.001 0.001 0.007 0.251 0.003 0.736 0.002 233 G 0.001 0.001 0.002 0.007 0.013 0.960 0.018 234 V 0.009 0.008 0.001 0.001 0.083 0.008 0.890 235 K 0.157 0.018 0.003 0.001 0.116 0.006 0.699 236 P 0.351 0.014 0.012 0.006 0.063 0.016 0.538 237 F 0.724 0.012 0.017 0.007 0.046 0.017 0.177 238 Y 0.776 0.024 0.009 0.007 0.023 0.005 0.156 239 V 0.615 0.040 0.006 0.008 0.034 0.006 0.291 240 D 0.223 0.024 0.024 0.008 0.099 0.046 0.577 241 E 0.088 0.017 0.052 0.014 0.252 0.236 0.341 242 T 0.041 0.017 0.054 0.019 0.296 0.100 0.473 243 E 0.020 0.023 0.049 0.065 0.388 0.102 0.354 244 R 0.019 0.053 0.042 0.121 0.145 0.083 0.537 245 L 0.001 0.001 0.033 0.938 0.002 0.014 0.012 246 G 0.001 0.001 0.014 0.979 0.001 0.004 0.002 247 S 0.001 0.001 0.009 0.985 0.001 0.003 0.002 248 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 249 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 250 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 251 G 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 252 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 253 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 254 R 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.008 0.001 255 A 0.001 0.001 0.006 0.967 0.001 0.024 0.002 256 L 0.001 0.001 0.015 0.924 0.003 0.047 0.010 257 Q 0.001 0.001 0.024 0.863 0.008 0.096 0.008 258 K 0.001 0.001 0.028 0.687 0.046 0.211 0.027 259 E 0.001 0.001 0.021 0.319 0.095 0.485 0.078 260 V 0.003 0.012 0.004 0.109 0.050 0.070 0.751 261 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996