# TARGET T0279 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0279.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 208 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.651 0.218 0.082 0.036 0.011 0.002 0.001 2 R 0.621 0.243 0.090 0.035 0.009 0.002 0.001 3 R 0.618 0.237 0.087 0.043 0.012 0.003 0.001 4 L 0.451 0.275 0.154 0.086 0.029 0.005 0.001 5 E 0.717 0.192 0.062 0.022 0.006 0.001 0.001 6 E 0.534 0.278 0.128 0.048 0.011 0.001 0.001 7 D 0.351 0.326 0.197 0.098 0.024 0.003 0.001 8 A 0.146 0.320 0.279 0.186 0.059 0.010 0.001 9 V 0.005 0.033 0.150 0.360 0.354 0.094 0.004 10 R 0.004 0.017 0.084 0.260 0.399 0.221 0.015 11 V 0.001 0.003 0.008 0.028 0.152 0.644 0.165 12 A 0.002 0.003 0.008 0.037 0.203 0.587 0.160 13 Y 0.002 0.018 0.070 0.205 0.340 0.308 0.057 14 A 0.007 0.061 0.163 0.317 0.316 0.121 0.015 15 G 0.081 0.344 0.307 0.172 0.070 0.024 0.002 16 L 0.270 0.322 0.209 0.135 0.051 0.012 0.001 17 R 0.487 0.275 0.115 0.071 0.039 0.012 0.001 18 R 0.213 0.318 0.283 0.143 0.039 0.004 0.001 19 K 0.157 0.347 0.305 0.146 0.038 0.006 0.001 20 E 0.733 0.223 0.036 0.006 0.001 0.001 0.001 21 A 0.197 0.449 0.257 0.082 0.014 0.002 0.001 22 F 0.010 0.017 0.067 0.348 0.464 0.092 0.001 23 K 0.036 0.215 0.402 0.274 0.066 0.007 0.001 24 A 0.335 0.538 0.108 0.018 0.002 0.001 0.001 25 L 0.018 0.079 0.257 0.397 0.215 0.034 0.001 26 A 0.011 0.016 0.053 0.226 0.471 0.216 0.008 27 E 0.146 0.405 0.311 0.117 0.019 0.002 0.001 28 K 0.450 0.406 0.108 0.029 0.006 0.001 0.001 29 L 0.035 0.133 0.278 0.313 0.184 0.054 0.004 30 G 0.161 0.264 0.241 0.190 0.101 0.038 0.005 31 F 0.043 0.063 0.113 0.233 0.328 0.190 0.030 32 T 0.055 0.122 0.186 0.232 0.202 0.157 0.045 33 P 0.028 0.036 0.058 0.123 0.209 0.360 0.186 34 L 0.015 0.021 0.031 0.074 0.165 0.355 0.340 35 L 0.012 0.026 0.046 0.085 0.139 0.292 0.400 36 F 0.010 0.020 0.036 0.080 0.159 0.332 0.364 37 P 0.009 0.018 0.032 0.071 0.163 0.369 0.338 38 V 0.009 0.018 0.032 0.078 0.177 0.391 0.296 39 Q 0.012 0.029 0.058 0.131 0.243 0.367 0.159 40 A 0.019 0.080 0.161 0.238 0.246 0.193 0.063 41 T 0.010 0.027 0.068 0.173 0.315 0.332 0.076 42 E 0.071 0.171 0.214 0.240 0.196 0.095 0.013 43 K 0.144 0.206 0.230 0.220 0.139 0.056 0.006 44 V 0.066 0.120 0.203 0.280 0.231 0.091 0.008 45 P 0.425 0.327 0.150 0.065 0.024 0.008 0.001 46 V 0.244 0.283 0.237 0.152 0.063 0.019 0.001 47 P 0.653 0.205 0.077 0.040 0.018 0.007 0.001 48 E 0.718 0.201 0.051 0.019 0.008 0.003 0.001 49 Y 0.192 0.187 0.231 0.231 0.127 0.031 0.002 50 R 0.122 0.220 0.264 0.246 0.114 0.032 0.002 51 D 0.533 0.341 0.097 0.024 0.005 0.001 0.001 52 Q 0.216 0.313 0.277 0.148 0.039 0.006 0.001 53 V 0.046 0.042 0.082 0.262 0.379 0.180 0.008 54 R 0.062 0.165 0.287 0.299 0.147 0.038 0.002 55 A 0.265 0.439 0.199 0.073 0.019 0.004 0.001 56 L 0.050 0.140 0.238 0.281 0.200 0.084 0.007 57 A 0.019 0.039 0.095 0.241 0.375 0.219 0.012 58 Q 0.158 0.351 0.265 0.150 0.059 0.014 0.002 59 G 0.091 0.320 0.300 0.196 0.071 0.020 0.003 60 V 0.002 0.011 0.035 0.143 0.379 0.383 0.048 61 D 0.003 0.019 0.093 0.267 0.373 0.212 0.033 62 L 0.001 0.001 0.005 0.022 0.115 0.524 0.333 63 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.228 0.751 64 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.164 0.809 65 A 0.001 0.001 0.002 0.010 0.042 0.188 0.757 66 T 0.001 0.001 0.001 0.009 0.052 0.358 0.580 67 T 0.001 0.001 0.002 0.014 0.079 0.409 0.495 68 G 0.001 0.014 0.053 0.170 0.325 0.355 0.083 69 V 0.002 0.033 0.141 0.320 0.317 0.156 0.032 70 G 0.001 0.002 0.006 0.020 0.091 0.529 0.353 71 V 0.001 0.001 0.003 0.024 0.157 0.591 0.223 72 R 0.001 0.019 0.136 0.362 0.324 0.140 0.018 73 D 0.001 0.005 0.043 0.195 0.417 0.313 0.027 74 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.513 0.455 75 L 0.001 0.004 0.042 0.285 0.458 0.204 0.008 76 E 0.006 0.224 0.426 0.247 0.080 0.016 0.002 77 A 0.001 0.016 0.104 0.403 0.355 0.115 0.007 78 G 0.001 0.005 0.021 0.134 0.457 0.359 0.022 79 K 0.085 0.391 0.348 0.141 0.031 0.004 0.001 80 A 0.400 0.406 0.142 0.042 0.009 0.001 0.001 81 L 0.065 0.193 0.332 0.287 0.103 0.019 0.001 82 G 0.353 0.335 0.188 0.090 0.028 0.006 0.001 83 L 0.219 0.212 0.224 0.206 0.114 0.023 0.001 84 D 0.368 0.317 0.165 0.087 0.045 0.017 0.001 85 L 0.060 0.114 0.210 0.326 0.220 0.067 0.002 86 E 0.367 0.279 0.175 0.113 0.050 0.014 0.001 87 G 0.427 0.349 0.155 0.053 0.013 0.002 0.001 88 P 0.219 0.269 0.224 0.189 0.079 0.019 0.001 89 L 0.033 0.062 0.140 0.330 0.311 0.118 0.006 90 A 0.270 0.378 0.234 0.091 0.023 0.003 0.001 91 K 0.324 0.416 0.182 0.061 0.013 0.003 0.001 92 A 0.018 0.071 0.156 0.290 0.298 0.153 0.014 93 F 0.007 0.051 0.144 0.260 0.311 0.200 0.025 94 R 0.007 0.022 0.065 0.175 0.313 0.355 0.064 95 L 0.004 0.016 0.035 0.077 0.194 0.478 0.195 96 A 0.002 0.006 0.012 0.035 0.132 0.444 0.369 97 R 0.001 0.014 0.049 0.143 0.251 0.345 0.195 98 G 0.001 0.007 0.019 0.078 0.247 0.424 0.224 99 A 0.048 0.259 0.307 0.227 0.105 0.045 0.010 100 K 0.016 0.175 0.357 0.287 0.129 0.032 0.004 101 A 0.001 0.003 0.013 0.071 0.292 0.511 0.108 102 A 0.003 0.028 0.104 0.333 0.379 0.142 0.010 103 R 0.050 0.484 0.334 0.108 0.019 0.004 0.001 104 A 0.002 0.030 0.173 0.461 0.279 0.054 0.001 105 L 0.001 0.002 0.010 0.082 0.408 0.459 0.038 106 K 0.032 0.258 0.408 0.244 0.052 0.005 0.001 107 E 0.238 0.535 0.174 0.044 0.008 0.001 0.001 108 A 0.023 0.111 0.297 0.358 0.172 0.038 0.002 109 G 0.168 0.292 0.259 0.183 0.077 0.019 0.002 110 L 0.132 0.141 0.186 0.251 0.215 0.070 0.005 111 P 0.217 0.357 0.251 0.119 0.041 0.013 0.002 112 P 0.103 0.147 0.186 0.249 0.205 0.099 0.011 113 H 0.158 0.238 0.230 0.197 0.123 0.047 0.006 114 A 0.087 0.146 0.189 0.215 0.215 0.128 0.019 115 V 0.087 0.136 0.188 0.249 0.214 0.109 0.017 116 G 0.165 0.263 0.235 0.188 0.103 0.041 0.006 117 D 0.377 0.314 0.168 0.095 0.035 0.009 0.002 118 G 0.220 0.327 0.231 0.134 0.066 0.019 0.003 119 T 0.033 0.171 0.303 0.291 0.148 0.049 0.005 120 S 0.004 0.012 0.035 0.165 0.403 0.343 0.038 121 K 0.033 0.227 0.399 0.249 0.078 0.014 0.001 122 S 0.024 0.232 0.411 0.255 0.068 0.009 0.001 123 L 0.001 0.003 0.011 0.081 0.348 0.524 0.032 124 L 0.002 0.020 0.113 0.370 0.399 0.095 0.003 125 P 0.079 0.517 0.278 0.094 0.025 0.007 0.001 126 L 0.003 0.065 0.309 0.439 0.158 0.026 0.001 127 L 0.001 0.005 0.034 0.184 0.486 0.281 0.010 128 P 0.061 0.352 0.365 0.179 0.039 0.003 0.001 129 Q 0.608 0.303 0.065 0.018 0.004 0.001 0.001 130 G 0.381 0.316 0.207 0.079 0.015 0.001 0.001 131 R 0.337 0.429 0.173 0.054 0.007 0.001 0.001 132 G 0.040 0.186 0.318 0.313 0.125 0.016 0.001 133 V 0.004 0.032 0.148 0.349 0.356 0.106 0.005 134 A 0.001 0.001 0.007 0.041 0.232 0.623 0.095 135 A 0.001 0.001 0.003 0.012 0.084 0.533 0.368 136 L 0.001 0.001 0.003 0.016 0.089 0.398 0.492 137 Q 0.001 0.004 0.011 0.045 0.157 0.450 0.333 138 L 0.001 0.011 0.049 0.175 0.331 0.367 0.067 139 Y 0.003 0.025 0.084 0.242 0.375 0.244 0.027 140 G 0.123 0.271 0.271 0.211 0.101 0.022 0.001 141 K 0.222 0.316 0.243 0.146 0.057 0.015 0.001 142 P 0.287 0.342 0.211 0.108 0.040 0.011 0.001 143 L 0.053 0.194 0.339 0.280 0.112 0.020 0.001 144 P 0.574 0.328 0.073 0.018 0.005 0.002 0.001 145 L 0.030 0.173 0.328 0.315 0.127 0.026 0.001 146 L 0.003 0.011 0.048 0.260 0.491 0.183 0.004 147 E 0.070 0.338 0.394 0.167 0.029 0.002 0.001 148 N 0.366 0.507 0.109 0.016 0.002 0.001 0.001 149 A 0.032 0.168 0.327 0.334 0.120 0.018 0.001 150 L 0.005 0.018 0.088 0.371 0.438 0.079 0.001 151 A 0.161 0.437 0.302 0.087 0.012 0.001 0.001 152 E 0.519 0.365 0.091 0.021 0.003 0.001 0.001 153 R 0.177 0.322 0.307 0.154 0.036 0.004 0.001 154 G 0.340 0.370 0.189 0.079 0.020 0.003 0.001 155 Y 0.059 0.099 0.205 0.338 0.244 0.053 0.002 156 R 0.157 0.373 0.286 0.138 0.038 0.008 0.001 157 V 0.042 0.054 0.092 0.222 0.331 0.236 0.023 158 L 0.057 0.146 0.207 0.277 0.207 0.095 0.012 159 P 0.101 0.243 0.262 0.202 0.114 0.062 0.016 160 L 0.030 0.051 0.095 0.198 0.283 0.274 0.069 161 M 0.039 0.102 0.168 0.213 0.220 0.194 0.063 162 P 0.041 0.097 0.141 0.196 0.213 0.231 0.082 163 Y 0.023 0.042 0.074 0.163 0.281 0.324 0.092 164 R 0.037 0.097 0.173 0.244 0.242 0.166 0.041 165 H 0.100 0.157 0.186 0.225 0.196 0.113 0.023 166 L 0.080 0.182 0.253 0.262 0.159 0.057 0.007 167 P 0.310 0.310 0.204 0.118 0.045 0.011 0.001 168 D 0.447 0.315 0.153 0.064 0.018 0.003 0.001 169 P 0.825 0.126 0.032 0.012 0.004 0.001 0.001 170 E 0.750 0.170 0.050 0.021 0.007 0.002 0.001 171 G 0.437 0.251 0.165 0.104 0.037 0.007 0.001 172 I 0.180 0.295 0.269 0.182 0.061 0.013 0.001 173 L 0.395 0.329 0.173 0.075 0.024 0.004 0.001 174 R 0.143 0.310 0.297 0.171 0.065 0.013 0.001 175 L 0.014 0.020 0.052 0.214 0.434 0.255 0.011 176 E 0.031 0.161 0.318 0.314 0.144 0.030 0.001 177 E 0.183 0.537 0.218 0.053 0.008 0.001 0.001 178 A 0.013 0.089 0.238 0.398 0.214 0.047 0.001 179 L 0.004 0.012 0.056 0.277 0.486 0.161 0.004 180 L 0.235 0.466 0.237 0.055 0.006 0.001 0.001 181 R 0.599 0.316 0.071 0.013 0.001 0.001 0.001 182 G 0.134 0.367 0.327 0.140 0.029 0.002 0.001 183 E 0.120 0.487 0.287 0.091 0.014 0.001 0.001 184 V 0.001 0.007 0.046 0.255 0.527 0.159 0.005 185 D 0.002 0.022 0.113 0.320 0.379 0.154 0.010 186 A 0.001 0.001 0.005 0.023 0.122 0.617 0.232 187 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.293 0.679 188 A 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.175 0.788 189 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.151 0.826 190 V 0.001 0.001 0.002 0.010 0.053 0.327 0.607 191 A 0.001 0.001 0.004 0.021 0.090 0.405 0.478 192 A 0.001 0.014 0.055 0.163 0.298 0.346 0.123 193 I 0.007 0.061 0.172 0.290 0.267 0.168 0.036 194 Q 0.001 0.007 0.024 0.065 0.186 0.471 0.245 195 V 0.001 0.001 0.002 0.014 0.114 0.567 0.302 196 E 0.001 0.022 0.149 0.400 0.312 0.103 0.013 197 F 0.001 0.006 0.039 0.161 0.381 0.366 0.046 198 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.387 0.587 199 F 0.001 0.002 0.015 0.127 0.395 0.406 0.056 200 E 0.003 0.123 0.379 0.338 0.126 0.026 0.005 201 G 0.001 0.010 0.061 0.317 0.423 0.178 0.010 202 A 0.001 0.002 0.012 0.100 0.417 0.433 0.035 203 K 0.039 0.286 0.350 0.232 0.078 0.013 0.001 204 D 0.333 0.428 0.167 0.056 0.013 0.003 0.001 205 P 0.155 0.334 0.325 0.149 0.032 0.005 0.001 206 K 0.557 0.292 0.101 0.036 0.010 0.003 0.001 207 A 0.230 0.218 0.203 0.188 0.122 0.037 0.002 208 L 0.117 0.153 0.200 0.251 0.193 0.080 0.006 209 R 0.160 0.284 0.259 0.193 0.079 0.022 0.002 210 E 0.306 0.374 0.198 0.082 0.030 0.009 0.001 211 A 0.055 0.105 0.165 0.286 0.261 0.118 0.010 212 L 0.024 0.057 0.140 0.305 0.326 0.141 0.007 213 N 0.199 0.288 0.266 0.173 0.064 0.009 0.001 214 T 0.352 0.456 0.152 0.035 0.005 0.001 0.001 215 R 0.051 0.293 0.313 0.238 0.082 0.021 0.002 216 V 0.001 0.004 0.027 0.171 0.478 0.304 0.017 217 K 0.001 0.010 0.078 0.312 0.427 0.152 0.019 218 A 0.001 0.001 0.001 0.007 0.057 0.602 0.333 219 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.313 0.670 220 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.152 0.827 221 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.220 0.753 222 G 0.001 0.001 0.001 0.009 0.074 0.428 0.488 223 R 0.003 0.052 0.157 0.276 0.259 0.202 0.052 224 V 0.002 0.064 0.237 0.342 0.264 0.083 0.009 225 T 0.001 0.002 0.009 0.059 0.287 0.548 0.094 226 A 0.004 0.039 0.142 0.370 0.329 0.109 0.007 227 D 0.106 0.584 0.247 0.054 0.007 0.001 0.001 228 A 0.007 0.064 0.249 0.463 0.190 0.026 0.001 229 L 0.003 0.006 0.021 0.139 0.463 0.349 0.019 230 R 0.062 0.348 0.390 0.169 0.028 0.002 0.001 231 E 0.326 0.500 0.136 0.031 0.005 0.001 0.001 232 W 0.021 0.098 0.291 0.358 0.190 0.041 0.002 233 G 0.114 0.284 0.309 0.192 0.076 0.023 0.002 234 V 0.039 0.060 0.118 0.244 0.353 0.173 0.014 235 K 0.074 0.223 0.294 0.228 0.125 0.051 0.006 236 P 0.024 0.047 0.084 0.184 0.312 0.312 0.037 237 F 0.025 0.070 0.139 0.265 0.298 0.179 0.023 238 Y 0.033 0.092 0.175 0.278 0.269 0.139 0.016 239 V 0.102 0.212 0.253 0.241 0.138 0.048 0.006 240 D 0.319 0.331 0.194 0.107 0.037 0.009 0.001 241 E 0.546 0.284 0.109 0.044 0.013 0.003 0.001 242 T 0.474 0.309 0.139 0.057 0.017 0.003 0.001 243 E 0.302 0.321 0.205 0.113 0.049 0.011 0.001 244 R 0.091 0.316 0.299 0.199 0.076 0.018 0.001 245 L 0.006 0.035 0.105 0.303 0.390 0.154 0.008 246 G 0.038 0.218 0.348 0.263 0.108 0.025 0.001 247 S 0.005 0.043 0.184 0.337 0.321 0.104 0.006 248 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.073 0.585 0.333 249 L 0.001 0.003 0.022 0.176 0.420 0.346 0.033 250 Q 0.002 0.086 0.357 0.381 0.139 0.032 0.003 251 G 0.001 0.002 0.019 0.129 0.437 0.395 0.017 252 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.106 0.718 0.170 253 K 0.003 0.047 0.272 0.470 0.187 0.021 0.001 254 R 0.030 0.433 0.372 0.137 0.026 0.002 0.001 255 A 0.005 0.037 0.135 0.371 0.319 0.126 0.006 256 L 0.019 0.074 0.163 0.365 0.300 0.077 0.002 257 Q 0.620 0.270 0.073 0.027 0.008 0.001 0.001 258 K 0.824 0.144 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 259 E 0.655 0.249 0.072 0.020 0.004 0.001 0.001 260 V 0.585 0.245 0.107 0.048 0.012 0.002 0.001 261 A 0.645 0.191 0.097 0.046 0.017 0.003 0.001