# TARGET T0277 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0277.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.003 0.210 0.001 0.030 0.686 0.001 0.001 0.002 0.032 0.032 0.001 0.002 2 A 0.001 0.005 0.145 0.001 0.024 0.757 0.001 0.001 0.002 0.027 0.036 0.001 0.001 3 S 0.001 0.004 0.068 0.001 0.010 0.863 0.001 0.001 0.002 0.023 0.026 0.001 0.002 4 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 5 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 10 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 12 K 0.001 0.001 0.011 0.001 0.008 0.936 0.001 0.001 0.001 0.005 0.038 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.011 0.889 0.001 0.001 0.001 0.009 0.080 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.054 0.001 0.022 0.732 0.001 0.001 0.001 0.043 0.148 0.001 0.001 15 L 0.001 0.005 0.169 0.001 0.033 0.493 0.001 0.001 0.001 0.077 0.218 0.001 0.003 16 E 0.001 0.006 0.290 0.001 0.040 0.410 0.001 0.001 0.002 0.136 0.110 0.003 0.003 17 R 0.001 0.005 0.403 0.001 0.030 0.262 0.001 0.001 0.002 0.222 0.068 0.004 0.004 18 P 0.001 0.010 0.591 0.001 0.019 0.240 0.001 0.001 0.003 0.057 0.071 0.001 0.007 19 K 0.001 0.005 0.521 0.001 0.016 0.377 0.001 0.001 0.003 0.026 0.047 0.002 0.002 20 D 0.001 0.003 0.309 0.001 0.018 0.563 0.001 0.001 0.002 0.063 0.036 0.003 0.003 21 E 0.001 0.003 0.072 0.001 0.037 0.815 0.001 0.001 0.001 0.019 0.048 0.001 0.004 22 F 0.004 0.002 0.031 0.001 0.024 0.887 0.001 0.001 0.002 0.020 0.022 0.002 0.003 23 I 0.002 0.002 0.030 0.001 0.031 0.875 0.001 0.001 0.003 0.008 0.038 0.003 0.006 24 R 0.003 0.002 0.033 0.003 0.038 0.816 0.001 0.001 0.004 0.014 0.073 0.003 0.009 25 D 0.002 0.001 0.024 0.001 0.042 0.703 0.001 0.001 0.002 0.027 0.186 0.004 0.005 26 S 0.006 0.003 0.045 0.001 0.030 0.509 0.002 0.001 0.007 0.041 0.335 0.005 0.017 27 A 0.026 0.027 0.131 0.005 0.030 0.497 0.011 0.003 0.014 0.063 0.104 0.041 0.050 28 I 0.019 0.009 0.109 0.019 0.041 0.532 0.004 0.003 0.025 0.054 0.064 0.016 0.105 29 Q 0.031 0.004 0.086 0.264 0.039 0.316 0.003 0.002 0.011 0.091 0.058 0.072 0.023 30 R 0.081 0.010 0.108 0.010 0.029 0.411 0.018 0.003 0.039 0.045 0.042 0.026 0.176 31 F 0.151 0.005 0.102 0.011 0.014 0.409 0.049 0.007 0.055 0.021 0.016 0.054 0.105 32 E 0.121 0.005 0.040 0.011 0.007 0.564 0.065 0.029 0.049 0.009 0.012 0.030 0.058 33 F 0.172 0.003 0.015 0.008 0.008 0.605 0.064 0.021 0.021 0.007 0.008 0.035 0.034 34 T 0.076 0.001 0.020 0.002 0.008 0.766 0.033 0.011 0.025 0.008 0.010 0.016 0.024 35 F 0.048 0.002 0.019 0.002 0.007 0.793 0.029 0.008 0.039 0.009 0.012 0.006 0.026 36 E 0.015 0.001 0.009 0.001 0.011 0.901 0.010 0.003 0.019 0.004 0.016 0.005 0.007 37 L 0.006 0.002 0.011 0.002 0.014 0.881 0.002 0.001 0.012 0.007 0.056 0.002 0.004 38 A 0.001 0.001 0.012 0.001 0.008 0.941 0.001 0.001 0.002 0.006 0.027 0.001 0.002 39 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 40 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 41 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 42 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 43 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 44 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 45 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 46 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.949 0.001 0.001 0.001 0.006 0.031 0.001 0.001 47 E 0.001 0.001 0.014 0.001 0.011 0.904 0.001 0.001 0.001 0.007 0.061 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.029 0.001 0.019 0.805 0.001 0.001 0.001 0.031 0.113 0.001 0.001 49 Q 0.001 0.001 0.026 0.001 0.024 0.292 0.001 0.001 0.001 0.067 0.589 0.001 0.001 50 G 0.001 0.001 0.049 0.001 0.026 0.053 0.001 0.001 0.001 0.060 0.809 0.001 0.001 51 L 0.001 0.006 0.718 0.001 0.024 0.026 0.001 0.001 0.007 0.165 0.047 0.002 0.004 52 E 0.001 0.032 0.583 0.003 0.041 0.016 0.001 0.001 0.058 0.174 0.075 0.006 0.011 53 A 0.001 0.032 0.516 0.002 0.064 0.022 0.002 0.004 0.099 0.142 0.079 0.011 0.026 54 R 0.001 0.059 0.492 0.003 0.039 0.028 0.001 0.005 0.051 0.231 0.063 0.012 0.015 55 S 0.001 0.027 0.632 0.001 0.010 0.035 0.001 0.001 0.031 0.229 0.018 0.003 0.014 56 P 0.001 0.003 0.168 0.001 0.036 0.658 0.001 0.001 0.004 0.046 0.083 0.001 0.002 57 R 0.001 0.001 0.015 0.001 0.016 0.912 0.001 0.001 0.001 0.017 0.040 0.001 0.001 58 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 0.958 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.001 0.001 59 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 60 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 61 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 62 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 64 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.006 0.001 0.021 0.873 0.001 0.001 0.001 0.004 0.095 0.001 0.001 66 V 0.001 0.001 0.011 0.001 0.041 0.408 0.001 0.001 0.001 0.022 0.516 0.001 0.001 67 G 0.001 0.002 0.051 0.001 0.029 0.063 0.001 0.001 0.003 0.030 0.818 0.001 0.002 68 L 0.001 0.031 0.556 0.001 0.051 0.042 0.002 0.001 0.010 0.130 0.127 0.006 0.042 69 L 0.001 0.042 0.432 0.003 0.027 0.032 0.001 0.001 0.015 0.250 0.107 0.056 0.035 70 P 0.001 0.008 0.387 0.004 0.017 0.019 0.001 0.001 0.002 0.388 0.135 0.011 0.028 71 E 0.001 0.009 0.408 0.004 0.017 0.046 0.001 0.001 0.001 0.340 0.151 0.005 0.019 72 D 0.002 0.008 0.184 0.004 0.035 0.321 0.001 0.001 0.004 0.232 0.170 0.018 0.021 73 P 0.006 0.008 0.146 0.005 0.034 0.620 0.002 0.001 0.009 0.068 0.046 0.009 0.046 74 F 0.015 0.009 0.109 0.004 0.025 0.709 0.004 0.001 0.019 0.028 0.018 0.033 0.026 75 W 0.029 0.011 0.060 0.003 0.019 0.745 0.007 0.002 0.010 0.013 0.020 0.011 0.070 76 L 0.035 0.003 0.023 0.003 0.030 0.840 0.006 0.002 0.003 0.009 0.015 0.013 0.019 77 E 0.068 0.001 0.029 0.004 0.036 0.787 0.003 0.001 0.002 0.009 0.019 0.022 0.019 78 M 0.050 0.002 0.026 0.002 0.034 0.778 0.003 0.001 0.003 0.010 0.050 0.012 0.030 79 L 0.054 0.008 0.039 0.004 0.033 0.671 0.004 0.001 0.003 0.034 0.080 0.017 0.052 80 E 0.017 0.007 0.058 0.011 0.049 0.567 0.003 0.001 0.004 0.044 0.193 0.025 0.021 81 L 0.005 0.003 0.126 0.010 0.042 0.355 0.001 0.001 0.002 0.113 0.314 0.011 0.018 82 R 0.002 0.022 0.208 0.004 0.050 0.243 0.001 0.001 0.003 0.213 0.220 0.008 0.025 83 N 0.002 0.053 0.386 0.002 0.047 0.090 0.001 0.001 0.012 0.172 0.190 0.017 0.028 84 L 0.001 0.017 0.327 0.004 0.049 0.069 0.001 0.001 0.010 0.235 0.262 0.008 0.017 85 T 0.002 0.021 0.285 0.008 0.089 0.043 0.001 0.001 0.017 0.229 0.276 0.011 0.018 86 N 0.004 0.050 0.300 0.006 0.143 0.030 0.002 0.001 0.023 0.198 0.204 0.010 0.027 87 H 0.005 0.042 0.459 0.003 0.068 0.019 0.003 0.001 0.030 0.182 0.150 0.012 0.026 88 T 0.002 0.061 0.418 0.004 0.041 0.023 0.001 0.001 0.026 0.242 0.127 0.007 0.047 89 Y 0.001 0.046 0.244 0.001 0.023 0.064 0.001 0.001 0.006 0.451 0.140 0.021 0.005 90 D 0.001 0.014 0.555 0.001 0.006 0.090 0.001 0.001 0.002 0.282 0.037 0.001 0.014 91 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.001 0.001 92 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 94 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 97 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 98 Y 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 99 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.896 0.001 0.001 0.001 0.008 0.087 0.001 0.001 100 E 0.001 0.001 0.026 0.001 0.005 0.833 0.001 0.001 0.001 0.023 0.111 0.001 0.001 101 L 0.001 0.001 0.057 0.001 0.003 0.848 0.001 0.001 0.001 0.064 0.027 0.001 0.001 102 P 0.001 0.001 0.014 0.001 0.024 0.928 0.001 0.001 0.001 0.006 0.027 0.001 0.001 103 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.046 0.896 0.001 0.001 0.001 0.011 0.038 0.001 0.001 104 A 0.001 0.001 0.012 0.001 0.037 0.880 0.001 0.001 0.001 0.006 0.064 0.001 0.001 105 L 0.001 0.001 0.015 0.001 0.007 0.946 0.001 0.001 0.001 0.015 0.017 0.001 0.001 106 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 107 R 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 108 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 109 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 110 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 112 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 113 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 114 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.001 0.001 115 L 0.001 0.001 0.025 0.001 0.007 0.861 0.001 0.001 0.001 0.028 0.078 0.001 0.001 116 E 0.001 0.005 0.071 0.001 0.014 0.686 0.001 0.001 0.001 0.047 0.174 0.001 0.002 117 E 0.001 0.002 0.136 0.001 0.010 0.519 0.001 0.001 0.001 0.158 0.171 0.002 0.002 118 P 0.001 0.003 0.757 0.001 0.004 0.132 0.001 0.001 0.002 0.023 0.075 0.001 0.003 119 A 0.001 0.001 0.978 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001