# TARGET T0277 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0277.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.7341 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.026 0.046 0.050 0.057 0.092 0.184 0.146 0.160 0.116 0.094 2 A 0.290 0.138 0.256 0.189 0.074 0.028 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 3 S 0.008 0.071 0.156 0.232 0.187 0.169 0.117 0.038 0.016 0.006 0.002 4 L 0.002 0.003 0.023 0.012 0.018 0.048 0.182 0.183 0.224 0.177 0.128 5 A 0.067 0.039 0.285 0.243 0.140 0.108 0.088 0.019 0.006 0.002 0.001 6 R 0.004 0.035 0.524 0.296 0.102 0.028 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 7 A 0.001 0.001 0.037 0.006 0.006 0.022 0.163 0.180 0.236 0.212 0.137 8 V 0.001 0.001 0.035 0.022 0.049 0.133 0.442 0.175 0.086 0.043 0.014 9 E 0.001 0.005 0.873 0.074 0.028 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.001 0.002 0.044 0.107 0.236 0.337 0.202 0.050 0.015 0.006 0.001 11 L 0.001 0.001 0.029 0.001 0.002 0.004 0.058 0.120 0.310 0.303 0.172 12 K 0.001 0.004 0.300 0.224 0.224 0.123 0.095 0.020 0.007 0.002 0.001 13 A 0.003 0.013 0.909 0.050 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.003 0.011 0.072 0.043 0.076 0.168 0.363 0.139 0.081 0.033 0.012 15 L 0.018 0.013 0.058 0.020 0.027 0.055 0.267 0.197 0.190 0.108 0.046 16 E 0.073 0.125 0.545 0.130 0.068 0.028 0.019 0.006 0.003 0.002 0.001 17 R 0.206 0.199 0.174 0.155 0.113 0.068 0.048 0.019 0.011 0.005 0.002 18 P 0.373 0.152 0.040 0.055 0.054 0.058 0.086 0.058 0.052 0.046 0.027 19 K 0.242 0.184 0.055 0.136 0.120 0.104 0.088 0.034 0.022 0.011 0.005 20 D 0.451 0.152 0.094 0.121 0.070 0.047 0.032 0.015 0.011 0.005 0.002 21 E 0.277 0.226 0.112 0.180 0.093 0.051 0.036 0.013 0.008 0.003 0.001 22 F 0.140 0.077 0.080 0.120 0.101 0.108 0.149 0.099 0.067 0.036 0.022 23 I 0.048 0.042 0.055 0.099 0.130 0.153 0.194 0.115 0.084 0.052 0.029 24 R 0.018 0.043 0.151 0.180 0.153 0.143 0.163 0.074 0.045 0.021 0.009 25 D 0.045 0.068 0.121 0.247 0.181 0.151 0.103 0.041 0.024 0.014 0.006 26 S 0.049 0.047 0.070 0.084 0.089 0.112 0.215 0.132 0.102 0.066 0.034 27 A 0.025 0.025 0.070 0.082 0.070 0.077 0.175 0.137 0.144 0.118 0.077 28 I 0.008 0.015 0.086 0.054 0.059 0.074 0.187 0.147 0.162 0.131 0.078 29 Q 0.019 0.038 0.209 0.223 0.185 0.131 0.108 0.045 0.024 0.011 0.005 30 R 0.022 0.031 0.085 0.084 0.099 0.129 0.232 0.140 0.099 0.057 0.023 31 F 0.011 0.016 0.044 0.047 0.045 0.058 0.160 0.178 0.216 0.153 0.073 32 E 0.018 0.023 0.086 0.059 0.069 0.101 0.218 0.141 0.133 0.095 0.060 33 F 0.025 0.029 0.154 0.081 0.072 0.074 0.152 0.125 0.121 0.102 0.065 34 T 0.005 0.027 0.065 0.074 0.076 0.084 0.184 0.167 0.157 0.105 0.055 35 F 0.018 0.022 0.098 0.054 0.044 0.051 0.142 0.145 0.185 0.149 0.092 36 E 0.045 0.024 0.145 0.092 0.107 0.136 0.207 0.097 0.074 0.046 0.027 37 L 0.012 0.018 0.260 0.092 0.062 0.063 0.151 0.109 0.106 0.076 0.050 38 A 0.001 0.002 0.016 0.010 0.009 0.018 0.090 0.132 0.227 0.282 0.215 39 W 0.002 0.004 0.065 0.027 0.033 0.074 0.223 0.157 0.179 0.141 0.096 40 K 0.014 0.022 0.309 0.133 0.112 0.111 0.147 0.074 0.042 0.024 0.012 41 T 0.001 0.005 0.035 0.036 0.051 0.088 0.245 0.188 0.164 0.121 0.065 42 L 0.001 0.001 0.010 0.004 0.003 0.005 0.038 0.078 0.211 0.327 0.323 43 K 0.001 0.002 0.032 0.061 0.153 0.244 0.303 0.111 0.062 0.023 0.009 44 T 0.019 0.037 0.470 0.189 0.117 0.086 0.055 0.016 0.007 0.003 0.001 45 F 0.001 0.003 0.015 0.033 0.057 0.114 0.299 0.209 0.153 0.085 0.031 46 L 0.001 0.001 0.008 0.004 0.004 0.008 0.050 0.105 0.220 0.290 0.307 47 E 0.010 0.041 0.278 0.271 0.235 0.095 0.049 0.014 0.005 0.002 0.001 48 L 0.008 0.041 0.226 0.140 0.147 0.161 0.143 0.063 0.042 0.021 0.009 49 Q 0.074 0.088 0.056 0.143 0.152 0.145 0.178 0.086 0.044 0.023 0.011 50 G 0.648 0.140 0.037 0.059 0.034 0.025 0.029 0.013 0.008 0.005 0.003 51 L 0.032 0.053 0.040 0.097 0.119 0.128 0.168 0.125 0.107 0.083 0.048 52 E 0.359 0.355 0.062 0.119 0.055 0.025 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 53 A 0.118 0.024 0.011 0.030 0.032 0.046 0.106 0.115 0.169 0.164 0.185 54 R 0.244 0.158 0.056 0.136 0.114 0.089 0.092 0.045 0.032 0.020 0.015 55 S 0.112 0.249 0.046 0.126 0.103 0.080 0.080 0.065 0.065 0.045 0.028 56 P 0.084 0.127 0.033 0.101 0.104 0.135 0.131 0.093 0.080 0.067 0.047 57 R 0.082 0.056 0.035 0.117 0.186 0.184 0.184 0.072 0.048 0.023 0.012 58 A 0.252 0.150 0.111 0.228 0.112 0.061 0.047 0.020 0.012 0.005 0.003 59 A 0.002 0.008 0.013 0.054 0.064 0.092 0.180 0.181 0.177 0.134 0.094 60 I 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.014 0.064 0.123 0.219 0.253 0.312 61 R 0.004 0.012 0.183 0.244 0.194 0.172 0.111 0.041 0.023 0.011 0.004 62 G 0.001 0.015 0.143 0.203 0.201 0.178 0.155 0.055 0.029 0.014 0.006 63 A 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.007 0.040 0.083 0.196 0.282 0.380 64 F 0.001 0.001 0.008 0.023 0.048 0.104 0.262 0.207 0.167 0.117 0.063 65 Q 0.004 0.032 0.528 0.177 0.121 0.067 0.041 0.015 0.008 0.003 0.002 66 V 0.005 0.011 0.031 0.060 0.106 0.213 0.332 0.129 0.065 0.035 0.013 67 G 0.584 0.159 0.048 0.077 0.048 0.029 0.027 0.012 0.008 0.005 0.003 68 L 0.009 0.032 0.021 0.053 0.058 0.076 0.161 0.147 0.168 0.154 0.121 69 L 0.019 0.020 0.016 0.038 0.054 0.074 0.152 0.141 0.171 0.158 0.158 70 P 0.218 0.244 0.099 0.149 0.107 0.071 0.064 0.024 0.014 0.006 0.004 71 E 0.243 0.259 0.089 0.144 0.085 0.065 0.060 0.026 0.015 0.009 0.004 72 D 0.326 0.179 0.060 0.161 0.115 0.072 0.046 0.018 0.012 0.007 0.005 73 P 0.289 0.170 0.072 0.140 0.109 0.080 0.076 0.030 0.019 0.009 0.005 74 F 0.037 0.071 0.064 0.167 0.143 0.157 0.200 0.086 0.043 0.022 0.011 75 W 0.005 0.007 0.014 0.045 0.065 0.119 0.252 0.178 0.150 0.109 0.057 76 L 0.025 0.021 0.122 0.100 0.092 0.128 0.205 0.125 0.101 0.056 0.025 77 E 0.006 0.030 0.179 0.369 0.223 0.105 0.056 0.019 0.008 0.003 0.001 78 M 0.004 0.012 0.066 0.028 0.025 0.039 0.131 0.174 0.219 0.191 0.112 79 L 0.005 0.008 0.108 0.090 0.130 0.140 0.235 0.130 0.090 0.043 0.020 80 E 0.038 0.049 0.607 0.157 0.075 0.037 0.026 0.007 0.003 0.001 0.001 81 L 0.009 0.033 0.133 0.178 0.191 0.192 0.166 0.056 0.026 0.012 0.004 82 R 0.026 0.026 0.063 0.029 0.026 0.037 0.114 0.147 0.213 0.187 0.133 83 N 0.091 0.081 0.110 0.137 0.123 0.129 0.143 0.076 0.051 0.036 0.023 84 L 0.064 0.083 0.234 0.132 0.138 0.117 0.119 0.056 0.034 0.017 0.006 85 T 0.102 0.101 0.095 0.109 0.096 0.083 0.119 0.090 0.081 0.069 0.055 86 N 0.098 0.095 0.084 0.103 0.085 0.079 0.119 0.090 0.100 0.083 0.064 87 H 0.082 0.082 0.076 0.110 0.125 0.138 0.162 0.087 0.070 0.043 0.025 88 T 0.265 0.136 0.175 0.122 0.075 0.059 0.070 0.038 0.028 0.020 0.012 89 Y 0.020 0.038 0.037 0.066 0.102 0.118 0.168 0.129 0.125 0.110 0.089 90 D 0.024 0.124 0.142 0.115 0.074 0.085 0.139 0.096 0.093 0.064 0.044 91 E 0.089 0.065 0.142 0.242 0.220 0.133 0.078 0.018 0.009 0.003 0.001 92 A 0.539 0.076 0.296 0.060 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 93 L 0.001 0.002 0.013 0.033 0.051 0.137 0.300 0.178 0.139 0.097 0.049 94 A 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.015 0.127 0.170 0.232 0.227 0.218 95 E 0.002 0.008 0.491 0.259 0.149 0.064 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 96 R 0.010 0.038 0.407 0.200 0.193 0.103 0.039 0.006 0.002 0.001 0.001 97 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.060 0.209 0.309 0.389 98 Y 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.112 0.439 0.222 0.127 0.049 0.019 99 A 0.025 0.033 0.846 0.083 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 E 0.001 0.004 0.011 0.030 0.108 0.308 0.420 0.086 0.024 0.007 0.002 101 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.053 0.178 0.280 0.475 102 P 0.034 0.038 0.079 0.185 0.253 0.232 0.135 0.026 0.011 0.004 0.002 103 K 0.110 0.090 0.641 0.127 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.046 0.260 0.246 0.197 0.146 0.089 105 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.043 0.204 0.217 0.230 0.155 0.130 106 E 0.058 0.052 0.750 0.103 0.025 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 107 R 0.001 0.009 0.099 0.158 0.179 0.296 0.203 0.041 0.010 0.004 0.001 108 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.077 0.142 0.253 0.267 0.252 109 Q 0.019 0.017 0.199 0.328 0.174 0.140 0.093 0.021 0.006 0.002 0.001 110 E 0.002 0.015 0.667 0.190 0.092 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 111 L 0.001 0.001 0.011 0.003 0.005 0.024 0.224 0.207 0.235 0.183 0.107 112 L 0.001 0.001 0.017 0.017 0.043 0.116 0.434 0.206 0.108 0.047 0.012 113 R 0.001 0.007 0.903 0.062 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 114 R 0.001 0.005 0.087 0.097 0.215 0.307 0.219 0.049 0.014 0.005 0.001 115 L 0.001 0.004 0.042 0.005 0.006 0.009 0.078 0.135 0.273 0.275 0.172 116 E 0.022 0.053 0.349 0.232 0.196 0.082 0.050 0.012 0.004 0.001 0.001 117 E 0.042 0.087 0.719 0.091 0.036 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 118 P 0.143 0.168 0.180 0.152 0.118 0.086 0.084 0.034 0.019 0.010 0.004 119 A 0.389 0.102 0.051 0.047 0.045 0.057 0.115 0.067 0.062 0.039 0.025