# TARGET T0277 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0277.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.996 2 A 0.004 0.006 0.017 0.622 0.002 0.068 0.281 3 S 0.002 0.005 0.026 0.580 0.066 0.112 0.208 4 L 0.001 0.001 0.015 0.902 0.018 0.033 0.030 5 A 0.001 0.001 0.005 0.966 0.007 0.012 0.009 6 R 0.001 0.001 0.004 0.979 0.004 0.008 0.004 7 A 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.007 0.002 8 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 9 E 0.001 0.001 0.002 0.982 0.002 0.012 0.002 10 R 0.001 0.001 0.003 0.971 0.002 0.021 0.003 11 L 0.001 0.001 0.007 0.948 0.005 0.031 0.009 12 K 0.001 0.002 0.015 0.869 0.010 0.093 0.011 13 A 0.001 0.001 0.027 0.733 0.021 0.190 0.026 14 A 0.002 0.003 0.058 0.521 0.071 0.239 0.106 15 L 0.008 0.008 0.077 0.303 0.080 0.284 0.241 16 E 0.010 0.007 0.097 0.184 0.142 0.155 0.405 17 R 0.010 0.008 0.056 0.171 0.185 0.101 0.468 18 P 0.007 0.009 0.025 0.179 0.094 0.111 0.574 19 K 0.003 0.003 0.020 0.250 0.060 0.064 0.600 20 D 0.008 0.003 0.018 0.532 0.048 0.081 0.309 21 E 0.004 0.001 0.013 0.858 0.040 0.030 0.052 22 F 0.006 0.002 0.010 0.893 0.029 0.017 0.043 23 I 0.004 0.001 0.006 0.938 0.011 0.018 0.022 24 R 0.006 0.001 0.003 0.944 0.007 0.024 0.014 25 D 0.005 0.001 0.002 0.939 0.005 0.041 0.008 26 S 0.007 0.001 0.002 0.924 0.008 0.048 0.012 27 A 0.012 0.002 0.004 0.934 0.011 0.017 0.021 28 I 0.009 0.001 0.005 0.958 0.008 0.009 0.012 29 Q 0.003 0.001 0.002 0.976 0.007 0.008 0.003 30 R 0.003 0.001 0.002 0.974 0.003 0.014 0.005 31 F 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.011 0.002 32 E 0.002 0.001 0.001 0.984 0.003 0.006 0.004 33 F 0.002 0.001 0.002 0.986 0.003 0.004 0.004 34 T 0.001 0.001 0.002 0.983 0.003 0.006 0.004 35 F 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.003 0.001 36 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 37 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 38 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 39 W 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 40 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 41 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 42 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 43 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 44 T 0.001 0.001 0.001 0.977 0.001 0.018 0.002 45 F 0.001 0.001 0.002 0.960 0.002 0.032 0.004 46 L 0.002 0.001 0.006 0.928 0.008 0.044 0.012 47 E 0.003 0.002 0.018 0.853 0.011 0.097 0.016 48 L 0.006 0.003 0.025 0.718 0.049 0.144 0.055 49 Q 0.004 0.004 0.034 0.410 0.081 0.411 0.055 50 G 0.005 0.003 0.025 0.054 0.115 0.681 0.116 51 L 0.038 0.021 0.026 0.033 0.200 0.112 0.570 52 E 0.045 0.020 0.026 0.013 0.217 0.145 0.534 53 A 0.052 0.018 0.039 0.020 0.239 0.161 0.470 54 R 0.027 0.019 0.015 0.013 0.390 0.096 0.440 55 S 0.017 0.034 0.004 0.023 0.389 0.021 0.512 56 P 0.005 0.006 0.020 0.551 0.069 0.036 0.312 57 R 0.001 0.001 0.011 0.962 0.006 0.011 0.009 58 A 0.001 0.001 0.004 0.985 0.003 0.005 0.002 59 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.002 0.002 60 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 61 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 62 G 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.002 63 A 0.001 0.001 0.002 0.976 0.004 0.012 0.005 64 F 0.001 0.002 0.006 0.943 0.006 0.031 0.011 65 Q 0.001 0.001 0.012 0.840 0.007 0.128 0.010 66 V 0.001 0.001 0.014 0.416 0.017 0.530 0.022 67 G 0.004 0.005 0.013 0.160 0.095 0.579 0.144 68 L 0.021 0.032 0.026 0.077 0.200 0.131 0.514 69 L 0.038 0.053 0.028 0.052 0.179 0.041 0.609 70 P 0.019 0.013 0.029 0.051 0.252 0.186 0.449 71 E 0.022 0.006 0.016 0.085 0.306 0.214 0.351 72 D 0.012 0.003 0.037 0.716 0.056 0.115 0.062 73 P 0.013 0.002 0.020 0.875 0.025 0.033 0.032 74 F 0.025 0.006 0.021 0.892 0.013 0.015 0.027 75 W 0.005 0.001 0.015 0.970 0.002 0.005 0.003 76 L 0.008 0.001 0.011 0.969 0.002 0.006 0.004 77 E 0.009 0.001 0.021 0.953 0.003 0.010 0.004 78 M 0.009 0.001 0.015 0.944 0.005 0.020 0.007 79 L 0.008 0.002 0.033 0.910 0.006 0.031 0.010 80 E 0.006 0.001 0.053 0.838 0.013 0.078 0.011 81 L 0.004 0.001 0.059 0.729 0.027 0.156 0.024 82 R 0.008 0.006 0.072 0.414 0.113 0.312 0.075 83 N 0.016 0.012 0.041 0.133 0.147 0.452 0.198 84 L 0.048 0.010 0.042 0.129 0.206 0.144 0.420 85 T 0.132 0.024 0.047 0.162 0.162 0.122 0.351 86 N 0.164 0.011 0.056 0.146 0.160 0.094 0.369 87 H 0.183 0.013 0.059 0.185 0.157 0.090 0.313 88 T 0.172 0.034 0.049 0.163 0.115 0.063 0.403 89 Y 0.060 0.024 0.045 0.191 0.177 0.071 0.432 90 D 0.020 0.004 0.012 0.287 0.176 0.050 0.451 91 E 0.001 0.001 0.011 0.938 0.014 0.022 0.013 92 A 0.001 0.001 0.005 0.962 0.010 0.016 0.007 93 L 0.001 0.001 0.004 0.971 0.003 0.017 0.005 94 A 0.001 0.001 0.001 0.984 0.004 0.007 0.003 95 E 0.001 0.001 0.001 0.986 0.004 0.008 0.002 96 R 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.010 0.002 97 I 0.001 0.001 0.003 0.981 0.002 0.011 0.003 98 Y 0.001 0.001 0.004 0.977 0.002 0.015 0.002 99 A 0.001 0.001 0.006 0.912 0.003 0.076 0.002 100 E 0.001 0.001 0.009 0.863 0.006 0.113 0.008 101 L 0.001 0.001 0.021 0.871 0.017 0.047 0.042 102 P 0.001 0.001 0.069 0.854 0.010 0.060 0.007 103 K 0.001 0.001 0.073 0.804 0.009 0.106 0.008 104 A 0.001 0.001 0.031 0.898 0.012 0.045 0.013 105 L 0.001 0.001 0.007 0.949 0.009 0.020 0.013 106 E 0.001 0.001 0.010 0.942 0.006 0.036 0.006 107 R 0.001 0.001 0.008 0.939 0.004 0.044 0.005 108 F 0.001 0.001 0.003 0.976 0.003 0.014 0.003 109 Q 0.001 0.001 0.004 0.978 0.003 0.012 0.002 110 E 0.001 0.001 0.004 0.980 0.002 0.011 0.003 111 L 0.001 0.001 0.004 0.978 0.002 0.011 0.004 112 L 0.001 0.001 0.011 0.951 0.003 0.028 0.005 113 R 0.001 0.001 0.015 0.907 0.006 0.060 0.010 114 R 0.001 0.001 0.026 0.854 0.009 0.092 0.016 115 L 0.007 0.005 0.039 0.687 0.047 0.144 0.073 116 E 0.010 0.005 0.048 0.479 0.090 0.261 0.107 117 E 0.014 0.006 0.023 0.229 0.287 0.176 0.266 118 P 0.007 0.006 0.007 0.049 0.006 0.086 0.838 119 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999