# TARGET T0277 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0277.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.050 0.013 0.004 0.037 0.008 0.014 0.615 0.168 0.053 0.014 2 A 0.005 0.031 0.013 0.010 0.013 0.016 0.023 0.790 0.084 0.010 0.004 3 S 0.010 0.025 0.011 0.001 0.014 0.001 0.004 0.785 0.095 0.048 0.007 4 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.899 0.086 0.010 0.001 5 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.947 0.045 0.001 0.001 6 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.949 0.041 0.003 0.001 7 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.939 0.051 0.005 0.001 8 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.920 0.073 0.003 0.001 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.933 0.055 0.002 0.001 10 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.877 0.078 0.031 0.001 11 L 0.002 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.756 0.196 0.026 0.002 12 K 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 0.003 0.034 0.803 0.137 0.009 0.001 13 A 0.002 0.004 0.004 0.005 0.004 0.009 0.052 0.615 0.149 0.154 0.004 14 A 0.028 0.050 0.021 0.008 0.056 0.012 0.064 0.500 0.157 0.082 0.021 15 L 0.038 0.060 0.015 0.007 0.066 0.008 0.042 0.427 0.194 0.116 0.027 16 E 0.016 0.070 0.029 0.012 0.059 0.032 0.111 0.408 0.155 0.097 0.011 17 R 0.063 0.155 0.106 0.025 0.126 0.024 0.054 0.214 0.082 0.107 0.042 18 P 0.102 0.161 0.068 0.013 0.147 0.015 0.043 0.217 0.088 0.096 0.049 19 K 0.053 0.149 0.068 0.019 0.120 0.020 0.028 0.265 0.137 0.111 0.029 20 D 0.036 0.124 0.072 0.026 0.084 0.019 0.028 0.381 0.129 0.082 0.017 21 E 0.031 0.049 0.016 0.005 0.059 0.005 0.017 0.595 0.142 0.065 0.016 22 F 0.022 0.039 0.009 0.004 0.045 0.007 0.028 0.690 0.107 0.041 0.009 23 I 0.062 0.047 0.015 0.005 0.074 0.007 0.023 0.628 0.088 0.037 0.015 24 R 0.025 0.033 0.023 0.017 0.039 0.030 0.047 0.661 0.080 0.037 0.009 25 D 0.076 0.088 0.037 0.024 0.106 0.011 0.019 0.433 0.100 0.060 0.045 26 S 0.033 0.106 0.076 0.035 0.106 0.011 0.015 0.417 0.092 0.084 0.024 27 A 0.046 0.074 0.012 0.004 0.135 0.010 0.061 0.544 0.083 0.023 0.008 28 I 0.280 0.048 0.005 0.004 0.277 0.010 0.029 0.234 0.049 0.025 0.038 29 Q 0.049 0.130 0.031 0.036 0.176 0.090 0.096 0.300 0.062 0.017 0.012 30 R 0.334 0.039 0.009 0.002 0.269 0.002 0.007 0.079 0.044 0.077 0.138 31 F 0.131 0.181 0.028 0.008 0.365 0.012 0.017 0.152 0.045 0.028 0.034 32 E 0.079 0.042 0.017 0.005 0.143 0.020 0.068 0.433 0.105 0.056 0.031 33 F 0.061 0.066 0.021 0.005 0.134 0.003 0.013 0.503 0.131 0.031 0.031 34 T 0.012 0.007 0.001 0.003 0.018 0.002 0.013 0.792 0.131 0.015 0.005 35 F 0.003 0.010 0.003 0.003 0.014 0.004 0.014 0.874 0.072 0.003 0.001 36 E 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 0.905 0.066 0.001 0.002 37 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.917 0.055 0.004 0.002 38 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.899 0.092 0.004 0.001 39 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.905 0.088 0.001 0.001 40 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.923 0.053 0.001 0.001 41 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.951 0.037 0.002 0.001 42 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.918 0.075 0.004 0.001 43 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.910 0.084 0.002 0.001 44 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.936 0.050 0.001 0.001 45 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.880 0.097 0.008 0.001 46 L 0.008 0.004 0.001 0.001 0.010 0.001 0.017 0.743 0.169 0.042 0.006 47 E 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.004 0.042 0.656 0.231 0.047 0.004 48 L 0.014 0.049 0.020 0.017 0.031 0.023 0.149 0.514 0.114 0.061 0.007 49 Q 0.010 0.485 0.242 0.040 0.073 0.014 0.029 0.044 0.031 0.027 0.005 50 G 0.056 0.017 0.017 0.035 0.019 0.015 0.016 0.030 0.051 0.524 0.220 51 L 0.040 0.415 0.144 0.031 0.165 0.019 0.025 0.053 0.061 0.028 0.018 52 E 0.088 0.119 0.047 0.028 0.195 0.032 0.036 0.065 0.101 0.180 0.109 53 A 0.265 0.085 0.019 0.003 0.291 0.005 0.013 0.044 0.062 0.123 0.090 54 R 0.069 0.117 0.072 0.037 0.145 0.057 0.104 0.064 0.063 0.211 0.061 55 S 0.012 0.382 0.469 0.044 0.059 0.002 0.001 0.007 0.005 0.012 0.008 56 P 0.047 0.084 0.027 0.005 0.083 0.003 0.006 0.375 0.256 0.092 0.021 57 R 0.004 0.008 0.003 0.001 0.010 0.003 0.016 0.771 0.169 0.011 0.003 58 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.909 0.068 0.009 0.001 59 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.939 0.043 0.008 0.001 60 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.038 0.007 0.001 61 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.050 0.002 0.001 62 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.961 0.031 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.937 0.044 0.007 0.001 64 F 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 0.820 0.129 0.018 0.004 65 Q 0.002 0.006 0.001 0.002 0.004 0.003 0.025 0.796 0.120 0.040 0.002 66 V 0.001 0.661 0.238 0.009 0.033 0.008 0.014 0.023 0.007 0.005 0.001 67 G 0.069 0.019 0.011 0.006 0.023 0.002 0.006 0.035 0.036 0.429 0.365 68 L 0.058 0.080 0.032 0.015 0.083 0.036 0.081 0.165 0.138 0.247 0.064 69 L 0.057 0.262 0.082 0.037 0.233 0.019 0.027 0.125 0.061 0.063 0.034 70 P 0.020 0.142 0.103 0.062 0.053 0.129 0.122 0.162 0.089 0.091 0.027 71 E 0.155 0.080 0.041 0.012 0.244 0.004 0.012 0.162 0.101 0.135 0.052 72 D 0.012 0.055 0.033 0.006 0.024 0.006 0.015 0.499 0.242 0.097 0.012 73 P 0.006 0.019 0.006 0.002 0.016 0.005 0.030 0.797 0.099 0.019 0.003 74 F 0.010 0.016 0.003 0.001 0.014 0.001 0.006 0.855 0.080 0.012 0.004 75 W 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.900 0.077 0.010 0.001 76 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.895 0.088 0.004 0.001 77 E 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.009 0.920 0.056 0.002 0.001 78 M 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.866 0.089 0.026 0.001 79 L 0.008 0.007 0.001 0.001 0.012 0.002 0.009 0.800 0.134 0.023 0.003 80 E 0.003 0.017 0.006 0.008 0.008 0.017 0.082 0.691 0.129 0.038 0.002 81 L 0.021 0.010 0.007 0.006 0.028 0.011 0.081 0.607 0.096 0.108 0.026 82 R 0.025 0.089 0.041 0.017 0.061 0.024 0.061 0.407 0.197 0.061 0.016 83 N 0.101 0.059 0.019 0.010 0.130 0.010 0.035 0.278 0.134 0.140 0.083 84 L 0.039 0.049 0.014 0.007 0.059 0.013 0.031 0.369 0.249 0.141 0.030 85 T 0.037 0.059 0.018 0.012 0.094 0.017 0.079 0.419 0.171 0.079 0.016 86 N 0.083 0.071 0.021 0.019 0.146 0.026 0.061 0.297 0.162 0.085 0.029 87 H 0.097 0.096 0.036 0.019 0.209 0.015 0.044 0.204 0.098 0.124 0.058 88 T 0.101 0.118 0.058 0.024 0.174 0.023 0.055 0.219 0.087 0.082 0.060 89 Y 0.027 0.186 0.113 0.040 0.075 0.038 0.058 0.231 0.086 0.115 0.031 90 D 0.148 0.183 0.111 0.013 0.182 0.004 0.005 0.170 0.055 0.064 0.065 91 E 0.002 0.007 0.003 0.001 0.004 0.003 0.005 0.761 0.200 0.012 0.002 92 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.916 0.059 0.006 0.001 93 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.902 0.070 0.020 0.001 94 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.047 0.004 0.001 95 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.952 0.041 0.001 0.001 96 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.959 0.033 0.002 0.001 97 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.922 0.070 0.005 0.001 98 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.898 0.097 0.002 0.001 99 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.920 0.064 0.001 0.001 100 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.699 0.137 0.143 0.003 101 L 0.005 0.010 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.717 0.224 0.029 0.005 102 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.825 0.152 0.001 0.001 103 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.832 0.117 0.024 0.001 104 A 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.692 0.195 0.095 0.002 105 L 0.002 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.848 0.128 0.006 0.001 106 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.913 0.065 0.001 0.001 107 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.895 0.061 0.024 0.001 108 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.870 0.111 0.013 0.001 109 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.932 0.057 0.002 0.001 110 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.933 0.045 0.008 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.888 0.084 0.016 0.001 112 L 0.003 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.814 0.147 0.012 0.002 113 R 0.001 0.004 0.001 0.002 0.003 0.003 0.029 0.786 0.152 0.017 0.001 114 R 0.003 0.007 0.005 0.004 0.007 0.012 0.109 0.667 0.124 0.059 0.003 115 L 0.047 0.052 0.011 0.003 0.075 0.006 0.032 0.444 0.206 0.099 0.026 116 E 0.023 0.036 0.023 0.019 0.034 0.034 0.103 0.400 0.199 0.109 0.020 117 E 0.043 0.157 0.112 0.025 0.119 0.022 0.048 0.250 0.103 0.093 0.028 118 P 0.058 0.135 0.082 0.022 0.116 0.020 0.051 0.251 0.146 0.087 0.032 119 A 0.058 0.146 0.074 0.018 0.130 0.020 0.051 0.225 0.130 0.114 0.033