# TARGET T0277 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0277.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.5384 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.126 0.074 0.051 0.103 0.103 0.125 0.145 0.096 0.085 0.054 0.038 2 A 0.567 0.182 0.083 0.081 0.039 0.019 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 3 S 0.052 0.210 0.130 0.256 0.158 0.100 0.060 0.021 0.009 0.003 0.001 4 L 0.012 0.014 0.030 0.032 0.043 0.086 0.200 0.191 0.181 0.133 0.077 5 A 0.145 0.071 0.271 0.238 0.130 0.080 0.050 0.010 0.004 0.001 0.001 6 R 0.008 0.051 0.452 0.355 0.097 0.025 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 7 A 0.001 0.002 0.038 0.010 0.010 0.037 0.213 0.218 0.215 0.169 0.087 8 V 0.001 0.001 0.068 0.030 0.059 0.144 0.402 0.159 0.080 0.042 0.016 9 E 0.001 0.005 0.867 0.075 0.029 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 10 R 0.001 0.002 0.055 0.147 0.286 0.306 0.149 0.037 0.011 0.005 0.001 11 L 0.001 0.001 0.023 0.001 0.002 0.004 0.051 0.104 0.292 0.318 0.205 12 K 0.001 0.003 0.189 0.194 0.264 0.164 0.142 0.030 0.010 0.003 0.001 13 A 0.003 0.015 0.912 0.046 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.002 0.008 0.047 0.037 0.075 0.170 0.393 0.144 0.080 0.034 0.012 15 L 0.009 0.008 0.027 0.013 0.022 0.046 0.264 0.211 0.218 0.127 0.053 16 E 0.177 0.184 0.452 0.114 0.045 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 17 R 0.193 0.177 0.168 0.168 0.120 0.082 0.058 0.019 0.010 0.005 0.001 18 P 0.330 0.144 0.034 0.055 0.060 0.072 0.101 0.070 0.057 0.049 0.029 19 K 0.447 0.270 0.054 0.098 0.058 0.036 0.022 0.007 0.004 0.002 0.001 20 D 0.453 0.161 0.085 0.130 0.075 0.047 0.028 0.010 0.006 0.003 0.001 21 E 0.362 0.224 0.088 0.145 0.077 0.044 0.033 0.013 0.008 0.003 0.002 22 F 0.089 0.060 0.068 0.138 0.123 0.137 0.176 0.098 0.062 0.031 0.018 23 I 0.043 0.042 0.058 0.101 0.128 0.156 0.200 0.118 0.083 0.048 0.024 24 R 0.020 0.047 0.150 0.187 0.158 0.149 0.153 0.071 0.040 0.018 0.008 25 D 0.046 0.071 0.115 0.245 0.185 0.151 0.102 0.041 0.024 0.014 0.006 26 S 0.047 0.046 0.069 0.085 0.091 0.113 0.212 0.128 0.103 0.069 0.037 27 A 0.023 0.024 0.063 0.080 0.072 0.080 0.186 0.143 0.144 0.114 0.070 28 I 0.008 0.015 0.082 0.055 0.060 0.073 0.183 0.149 0.165 0.132 0.079 29 Q 0.020 0.039 0.198 0.219 0.186 0.136 0.113 0.047 0.025 0.012 0.005 30 R 0.022 0.030 0.081 0.085 0.100 0.129 0.231 0.141 0.100 0.058 0.023 31 F 0.010 0.016 0.041 0.045 0.044 0.057 0.157 0.179 0.219 0.157 0.076 32 E 0.017 0.022 0.081 0.058 0.069 0.101 0.218 0.142 0.134 0.097 0.061 33 F 0.025 0.029 0.153 0.081 0.073 0.075 0.152 0.125 0.121 0.102 0.065 34 T 0.005 0.026 0.063 0.075 0.077 0.085 0.185 0.167 0.156 0.105 0.055 35 F 0.017 0.021 0.094 0.052 0.043 0.051 0.142 0.145 0.187 0.152 0.094 36 E 0.047 0.024 0.145 0.093 0.106 0.135 0.205 0.097 0.075 0.046 0.028 37 L 0.012 0.018 0.258 0.095 0.065 0.066 0.152 0.109 0.104 0.074 0.047 38 A 0.001 0.001 0.015 0.009 0.009 0.017 0.087 0.130 0.226 0.284 0.221 39 W 0.001 0.004 0.056 0.025 0.032 0.073 0.224 0.160 0.182 0.144 0.099 40 K 0.014 0.023 0.310 0.136 0.114 0.112 0.144 0.072 0.041 0.023 0.012 41 T 0.001 0.005 0.034 0.039 0.055 0.094 0.252 0.187 0.158 0.114 0.060 42 L 0.001 0.001 0.009 0.004 0.003 0.004 0.035 0.076 0.210 0.332 0.327 43 K 0.001 0.001 0.029 0.057 0.146 0.242 0.310 0.115 0.065 0.025 0.010 44 T 0.019 0.036 0.472 0.191 0.115 0.086 0.053 0.016 0.007 0.003 0.001 45 F 0.001 0.004 0.013 0.033 0.060 0.126 0.316 0.209 0.139 0.074 0.027 46 L 0.002 0.002 0.009 0.005 0.004 0.007 0.045 0.100 0.211 0.294 0.322 47 E 0.011 0.039 0.230 0.265 0.250 0.113 0.062 0.018 0.007 0.003 0.001 48 L 0.010 0.045 0.248 0.156 0.150 0.154 0.122 0.054 0.037 0.018 0.007 49 Q 0.079 0.097 0.062 0.145 0.151 0.143 0.171 0.080 0.041 0.021 0.010 50 G 0.539 0.141 0.041 0.073 0.047 0.039 0.054 0.027 0.019 0.012 0.008 51 L 0.030 0.051 0.037 0.084 0.104 0.114 0.157 0.129 0.122 0.102 0.069 52 E 0.274 0.345 0.076 0.146 0.076 0.038 0.024 0.009 0.006 0.003 0.002 53 A 0.188 0.038 0.019 0.045 0.046 0.059 0.117 0.108 0.134 0.122 0.124 54 R 0.290 0.133 0.047 0.125 0.109 0.085 0.092 0.046 0.035 0.022 0.015 55 S 0.129 0.259 0.054 0.139 0.111 0.080 0.071 0.052 0.051 0.034 0.022 56 P 0.036 0.074 0.021 0.065 0.068 0.105 0.135 0.124 0.134 0.132 0.107 57 R 0.073 0.046 0.033 0.106 0.181 0.197 0.196 0.078 0.052 0.025 0.013 58 A 0.311 0.156 0.123 0.197 0.094 0.050 0.038 0.016 0.009 0.004 0.002 59 A 0.002 0.010 0.015 0.068 0.082 0.114 0.192 0.172 0.154 0.112 0.078 60 I 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.009 0.043 0.095 0.202 0.270 0.371 61 R 0.004 0.011 0.159 0.227 0.197 0.189 0.126 0.046 0.025 0.012 0.004 62 G 0.001 0.016 0.175 0.221 0.202 0.168 0.133 0.045 0.023 0.011 0.005 63 A 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.006 0.041 0.082 0.190 0.279 0.392 64 F 0.001 0.001 0.006 0.019 0.040 0.092 0.251 0.214 0.179 0.129 0.069 65 Q 0.004 0.031 0.499 0.184 0.129 0.073 0.046 0.018 0.010 0.004 0.003 66 V 0.004 0.010 0.030 0.059 0.103 0.213 0.327 0.133 0.068 0.037 0.015 67 G 0.525 0.165 0.053 0.088 0.058 0.036 0.036 0.016 0.011 0.007 0.004 68 L 0.008 0.028 0.020 0.051 0.057 0.074 0.163 0.147 0.172 0.156 0.124 69 L 0.012 0.012 0.011 0.027 0.040 0.057 0.135 0.140 0.186 0.181 0.198 70 P 0.179 0.239 0.106 0.164 0.119 0.076 0.067 0.024 0.014 0.006 0.004 71 E 0.200 0.249 0.090 0.153 0.094 0.078 0.073 0.032 0.017 0.010 0.005 72 D 0.437 0.179 0.053 0.136 0.088 0.050 0.030 0.012 0.008 0.005 0.003 73 P 0.280 0.177 0.069 0.145 0.111 0.080 0.076 0.030 0.019 0.008 0.004 74 F 0.033 0.072 0.055 0.156 0.144 0.164 0.207 0.090 0.045 0.022 0.011 75 W 0.005 0.008 0.012 0.044 0.066 0.120 0.246 0.177 0.151 0.110 0.060 76 L 0.026 0.020 0.098 0.094 0.094 0.131 0.213 0.133 0.107 0.059 0.026 77 E 0.007 0.032 0.172 0.372 0.222 0.106 0.056 0.020 0.009 0.004 0.002 78 M 0.003 0.011 0.051 0.027 0.025 0.040 0.136 0.181 0.222 0.194 0.111 79 L 0.005 0.008 0.095 0.088 0.129 0.144 0.239 0.135 0.092 0.045 0.021 80 E 0.041 0.052 0.587 0.163 0.078 0.039 0.028 0.008 0.003 0.001 0.001 81 L 0.009 0.034 0.134 0.178 0.187 0.188 0.167 0.058 0.028 0.013 0.004 82 R 0.025 0.025 0.063 0.029 0.026 0.038 0.114 0.146 0.211 0.188 0.134 83 N 0.090 0.082 0.115 0.139 0.124 0.128 0.140 0.074 0.050 0.035 0.022 84 L 0.063 0.083 0.236 0.134 0.137 0.116 0.118 0.055 0.034 0.017 0.006 85 T 0.104 0.098 0.096 0.106 0.094 0.083 0.121 0.092 0.082 0.070 0.055 86 N 0.093 0.098 0.088 0.106 0.086 0.080 0.120 0.089 0.098 0.080 0.062 87 H 0.083 0.081 0.082 0.110 0.123 0.137 0.160 0.086 0.070 0.043 0.025 88 T 0.283 0.139 0.185 0.126 0.075 0.056 0.062 0.031 0.021 0.014 0.008 89 Y 0.021 0.041 0.043 0.072 0.107 0.120 0.168 0.126 0.120 0.102 0.081 90 D 0.024 0.119 0.150 0.113 0.072 0.087 0.141 0.096 0.092 0.063 0.043 91 E 0.086 0.064 0.157 0.247 0.214 0.127 0.075 0.017 0.008 0.003 0.001 92 A 0.510 0.081 0.325 0.059 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 93 L 0.001 0.002 0.019 0.041 0.059 0.154 0.312 0.169 0.123 0.080 0.039 94 A 0.001 0.001 0.009 0.002 0.005 0.019 0.149 0.183 0.231 0.212 0.190 95 E 0.002 0.008 0.549 0.238 0.128 0.054 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 96 R 0.008 0.032 0.442 0.197 0.186 0.094 0.033 0.005 0.001 0.001 0.001 97 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.064 0.204 0.300 0.393 98 Y 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.119 0.455 0.211 0.114 0.045 0.018 99 A 0.025 0.031 0.861 0.072 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 E 0.001 0.005 0.014 0.035 0.124 0.312 0.404 0.076 0.020 0.007 0.002 101 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.051 0.181 0.277 0.477 102 P 0.038 0.036 0.089 0.200 0.271 0.229 0.111 0.017 0.006 0.002 0.001 103 K 0.127 0.083 0.670 0.101 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.041 0.258 0.244 0.202 0.150 0.093 105 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.027 0.172 0.201 0.235 0.179 0.175 106 E 0.038 0.042 0.795 0.097 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 107 R 0.001 0.010 0.115 0.156 0.180 0.296 0.196 0.035 0.008 0.003 0.001 108 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.069 0.133 0.255 0.272 0.262 109 Q 0.016 0.013 0.171 0.274 0.176 0.172 0.135 0.030 0.009 0.003 0.001 110 E 0.001 0.013 0.692 0.176 0.085 0.025 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 111 L 0.001 0.001 0.014 0.004 0.007 0.031 0.250 0.209 0.225 0.168 0.092 112 L 0.001 0.001 0.024 0.019 0.040 0.095 0.391 0.220 0.133 0.061 0.016 113 R 0.002 0.009 0.890 0.068 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 114 R 0.001 0.010 0.153 0.113 0.203 0.262 0.193 0.044 0.014 0.005 0.001 115 L 0.003 0.006 0.043 0.009 0.011 0.019 0.123 0.164 0.271 0.231 0.121 116 E 0.054 0.087 0.339 0.205 0.163 0.077 0.054 0.014 0.005 0.002 0.001 117 E 0.075 0.130 0.578 0.120 0.052 0.024 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 118 P 0.190 0.169 0.133 0.127 0.111 0.087 0.091 0.043 0.027 0.016 0.006 119 A 0.567 0.144 0.056 0.055 0.038 0.034 0.044 0.023 0.019 0.012 0.007