# TARGET T0277 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0277.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.5384 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.023 0.006 0.002 0.017 0.002 0.003 0.725 0.157 0.042 0.010 2 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.897 0.067 0.003 0.001 3 S 0.002 0.006 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.908 0.040 0.033 0.002 4 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.047 0.005 0.001 5 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.025 0.001 0.001 6 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 7 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.024 0.003 0.001 8 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.024 0.001 0.001 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 10 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.010 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.061 0.005 0.001 12 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.853 0.141 0.002 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.811 0.121 0.017 0.001 14 A 0.002 0.005 0.006 0.002 0.004 0.015 0.171 0.608 0.144 0.041 0.001 15 L 0.024 0.074 0.015 0.009 0.046 0.011 0.076 0.431 0.175 0.119 0.021 16 E 0.034 0.035 0.020 0.013 0.036 0.026 0.092 0.155 0.160 0.383 0.045 17 R 0.036 0.371 0.311 0.018 0.141 0.008 0.019 0.043 0.017 0.015 0.020 18 P 0.024 0.381 0.143 0.013 0.122 0.012 0.042 0.173 0.066 0.015 0.010 19 K 0.040 0.109 0.043 0.010 0.069 0.024 0.118 0.228 0.196 0.131 0.031 20 D 0.043 0.087 0.030 0.012 0.092 0.008 0.020 0.228 0.165 0.252 0.063 21 E 0.055 0.077 0.017 0.003 0.100 0.006 0.022 0.443 0.166 0.087 0.026 22 F 0.028 0.076 0.020 0.005 0.062 0.006 0.019 0.616 0.107 0.050 0.011 23 I 0.029 0.045 0.013 0.004 0.049 0.005 0.013 0.730 0.076 0.025 0.011 24 R 0.010 0.017 0.010 0.007 0.018 0.011 0.021 0.792 0.083 0.026 0.006 25 D 0.007 0.011 0.004 0.003 0.015 0.006 0.024 0.822 0.088 0.016 0.005 26 S 0.008 0.011 0.008 0.004 0.011 0.004 0.017 0.802 0.103 0.029 0.004 27 A 0.006 0.006 0.001 0.002 0.008 0.003 0.017 0.805 0.115 0.036 0.003 28 I 0.041 0.022 0.003 0.003 0.050 0.008 0.025 0.712 0.104 0.018 0.013 29 Q 0.004 0.006 0.002 0.007 0.010 0.040 0.114 0.736 0.069 0.009 0.002 30 R 0.035 0.028 0.008 0.005 0.064 0.012 0.065 0.646 0.096 0.031 0.010 31 F 0.058 0.030 0.005 0.007 0.074 0.009 0.020 0.600 0.135 0.045 0.017 32 E 0.017 0.019 0.003 0.002 0.034 0.006 0.028 0.777 0.087 0.018 0.010 33 F 0.015 0.019 0.004 0.002 0.022 0.003 0.015 0.830 0.064 0.013 0.013 34 T 0.005 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.013 0.889 0.071 0.006 0.002 35 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.914 0.076 0.002 0.001 36 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.973 0.024 0.001 0.001 37 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.024 0.001 0.001 38 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.036 0.001 0.001 39 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 40 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.011 0.001 0.001 41 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.021 0.001 0.001 42 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.062 0.001 0.001 43 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.031 0.001 0.001 44 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.973 0.019 0.002 0.001 45 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.949 0.036 0.009 0.001 46 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.914 0.074 0.004 0.001 47 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.838 0.110 0.010 0.001 48 L 0.005 0.019 0.015 0.005 0.014 0.013 0.152 0.679 0.066 0.028 0.003 49 Q 0.005 0.567 0.308 0.024 0.049 0.006 0.013 0.013 0.004 0.008 0.004 50 G 0.068 0.008 0.018 0.037 0.013 0.014 0.005 0.016 0.017 0.470 0.333 51 L 0.080 0.415 0.056 0.006 0.308 0.005 0.008 0.042 0.029 0.027 0.023 52 E 0.167 0.124 0.034 0.011 0.360 0.014 0.019 0.053 0.043 0.085 0.090 53 A 0.206 0.136 0.029 0.007 0.312 0.011 0.030 0.082 0.083 0.061 0.042 54 R 0.066 0.128 0.142 0.047 0.125 0.043 0.082 0.098 0.078 0.131 0.060 55 S 0.038 0.402 0.360 0.018 0.120 0.003 0.005 0.025 0.007 0.009 0.013 56 P 0.026 0.167 0.031 0.003 0.071 0.003 0.008 0.407 0.225 0.045 0.015 57 R 0.005 0.028 0.010 0.003 0.011 0.009 0.020 0.667 0.202 0.038 0.006 58 A 0.012 0.014 0.003 0.002 0.021 0.002 0.009 0.778 0.111 0.040 0.008 59 A 0.005 0.012 0.004 0.001 0.008 0.002 0.005 0.882 0.059 0.020 0.002 60 I 0.008 0.005 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.866 0.083 0.017 0.005 61 R 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.006 0.017 0.906 0.054 0.004 0.001 62 G 0.003 0.005 0.004 0.003 0.005 0.002 0.013 0.886 0.051 0.025 0.002 63 A 0.003 0.003 0.002 0.001 0.006 0.006 0.029 0.856 0.079 0.013 0.001 64 F 0.020 0.024 0.007 0.002 0.016 0.004 0.023 0.756 0.120 0.019 0.010 65 Q 0.022 0.011 0.006 0.003 0.024 0.006 0.052 0.686 0.131 0.049 0.009 66 V 0.016 0.558 0.090 0.015 0.128 0.025 0.044 0.080 0.029 0.011 0.004 67 G 0.114 0.028 0.015 0.020 0.056 0.013 0.031 0.129 0.084 0.289 0.220 68 L 0.150 0.147 0.045 0.013 0.223 0.027 0.101 0.115 0.056 0.078 0.044 69 L 0.049 0.351 0.227 0.051 0.178 0.014 0.014 0.040 0.021 0.027 0.027 70 P 0.036 0.277 0.147 0.042 0.119 0.057 0.074 0.138 0.069 0.029 0.011 71 E 0.043 0.082 0.068 0.023 0.058 0.023 0.058 0.117 0.144 0.322 0.060 72 D 0.032 0.276 0.280 0.031 0.115 0.010 0.012 0.109 0.047 0.066 0.022 73 P 0.017 0.034 0.009 0.001 0.042 0.003 0.014 0.684 0.170 0.019 0.007 74 F 0.009 0.031 0.010 0.002 0.022 0.003 0.009 0.793 0.091 0.025 0.004 75 W 0.011 0.008 0.001 0.001 0.017 0.001 0.003 0.902 0.041 0.012 0.003 76 L 0.008 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.003 0.931 0.032 0.005 0.002 77 E 0.012 0.010 0.002 0.001 0.021 0.002 0.011 0.887 0.038 0.011 0.004 78 M 0.006 0.009 0.005 0.002 0.010 0.002 0.009 0.901 0.041 0.012 0.002 79 L 0.008 0.015 0.005 0.002 0.013 0.004 0.024 0.822 0.090 0.014 0.003 80 E 0.014 0.033 0.012 0.008 0.020 0.021 0.097 0.660 0.096 0.030 0.008 81 L 0.050 0.061 0.027 0.012 0.072 0.016 0.066 0.448 0.099 0.115 0.034 82 R 0.047 0.227 0.069 0.030 0.107 0.049 0.059 0.236 0.086 0.064 0.027 83 N 0.144 0.094 0.045 0.031 0.132 0.015 0.031 0.174 0.088 0.141 0.106 84 L 0.056 0.064 0.019 0.010 0.088 0.015 0.054 0.307 0.214 0.138 0.036 85 T 0.054 0.160 0.060 0.021 0.129 0.021 0.056 0.218 0.133 0.113 0.035 86 N 0.098 0.077 0.028 0.015 0.144 0.020 0.058 0.224 0.169 0.117 0.050 87 H 0.077 0.102 0.057 0.016 0.126 0.016 0.042 0.304 0.127 0.091 0.042 88 T 0.062 0.128 0.045 0.010 0.094 0.021 0.052 0.299 0.082 0.149 0.057 89 Y 0.048 0.182 0.073 0.039 0.089 0.038 0.037 0.181 0.073 0.185 0.054 90 D 0.079 0.266 0.189 0.016 0.131 0.005 0.004 0.132 0.038 0.100 0.040 91 E 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.854 0.127 0.007 0.001 92 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.958 0.033 0.002 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.026 0.009 0.001 94 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.027 0.001 0.001 95 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.963 0.034 0.001 0.001 96 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.960 0.029 0.003 0.001 97 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.869 0.110 0.017 0.001 98 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.713 0.264 0.007 0.001 99 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.132 0.735 0.111 0.010 0.001 100 E 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.008 0.097 0.149 0.171 0.558 0.008 101 L 0.088 0.227 0.055 0.003 0.108 0.001 0.007 0.256 0.137 0.065 0.052 102 P 0.001 0.034 0.011 0.003 0.005 0.018 0.040 0.668 0.219 0.003 0.001 103 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.786 0.150 0.028 0.002 104 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.678 0.185 0.111 0.002 105 L 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.881 0.101 0.008 0.001 106 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.938 0.049 0.001 0.001 107 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.956 0.027 0.013 0.001 108 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.057 0.008 0.001 109 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.030 0.001 0.001 110 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.013 0.001 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.959 0.034 0.004 0.001 112 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.873 0.119 0.005 0.001 113 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.808 0.146 0.008 0.001 114 R 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.006 0.108 0.622 0.156 0.099 0.002 115 L 0.047 0.200 0.044 0.005 0.119 0.008 0.058 0.306 0.109 0.075 0.028 116 E 0.057 0.045 0.022 0.018 0.050 0.027 0.080 0.180 0.155 0.301 0.064 117 E 0.059 0.294 0.207 0.019 0.173 0.009 0.034 0.098 0.051 0.034 0.024 118 P 0.030 0.312 0.177 0.025 0.114 0.018 0.031 0.143 0.094 0.036 0.020 119 A 0.051 0.174 0.059 0.014 0.122 0.021 0.103 0.218 0.144 0.068 0.026