# TARGET T0277 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0277.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.5384 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.621 0.223 0.087 0.046 0.018 0.005 0.001 2 A 0.880 0.090 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 3 S 0.522 0.275 0.124 0.059 0.015 0.004 0.001 4 L 0.165 0.102 0.130 0.292 0.242 0.067 0.003 5 A 0.212 0.319 0.319 0.125 0.022 0.003 0.001 6 R 0.364 0.406 0.170 0.050 0.009 0.001 0.001 7 A 0.087 0.053 0.105 0.193 0.382 0.173 0.007 8 V 0.063 0.064 0.142 0.338 0.296 0.093 0.003 9 E 0.202 0.492 0.222 0.070 0.012 0.001 0.001 10 R 0.073 0.156 0.334 0.343 0.088 0.006 0.001 11 L 0.039 0.021 0.040 0.177 0.467 0.248 0.008 12 K 0.214 0.392 0.277 0.101 0.015 0.001 0.001 13 A 0.496 0.386 0.093 0.022 0.003 0.001 0.001 14 A 0.105 0.151 0.253 0.331 0.142 0.018 0.001 15 L 0.249 0.273 0.223 0.188 0.059 0.007 0.001 16 E 0.713 0.226 0.045 0.012 0.003 0.001 0.001 17 R 0.663 0.233 0.073 0.025 0.006 0.001 0.001 18 P 0.744 0.176 0.049 0.022 0.007 0.001 0.001 19 K 0.696 0.208 0.068 0.022 0.005 0.001 0.001 20 D 0.587 0.269 0.104 0.031 0.007 0.001 0.001 21 E 0.642 0.244 0.075 0.029 0.008 0.001 0.001 22 F 0.190 0.221 0.222 0.220 0.122 0.025 0.001 23 I 0.075 0.127 0.211 0.331 0.200 0.054 0.004 24 R 0.078 0.166 0.238 0.269 0.171 0.069 0.009 25 D 0.092 0.222 0.271 0.237 0.135 0.040 0.004 26 S 0.034 0.053 0.131 0.259 0.349 0.155 0.019 27 A 0.018 0.036 0.047 0.073 0.168 0.445 0.212 28 I 0.013 0.034 0.075 0.215 0.294 0.265 0.104 29 Q 0.029 0.123 0.204 0.258 0.191 0.132 0.064 30 R 0.006 0.031 0.078 0.189 0.288 0.283 0.125 31 F 0.002 0.005 0.010 0.040 0.138 0.481 0.324 32 E 0.003 0.020 0.063 0.171 0.322 0.283 0.139 33 F 0.005 0.020 0.043 0.082 0.148 0.410 0.292 34 T 0.007 0.020 0.049 0.117 0.230 0.355 0.223 35 F 0.010 0.028 0.049 0.100 0.167 0.321 0.325 36 E 0.018 0.036 0.065 0.151 0.211 0.277 0.243 37 L 0.025 0.041 0.065 0.086 0.122 0.323 0.337 38 A 0.023 0.029 0.038 0.075 0.130 0.310 0.394 39 W 0.012 0.020 0.035 0.081 0.162 0.374 0.315 40 K 0.027 0.076 0.146 0.261 0.211 0.176 0.102 41 T 0.016 0.039 0.074 0.159 0.228 0.368 0.116 42 L 0.003 0.008 0.013 0.041 0.161 0.556 0.217 43 K 0.014 0.068 0.167 0.312 0.279 0.141 0.019 44 T 0.040 0.226 0.300 0.272 0.121 0.038 0.003 45 F 0.008 0.049 0.147 0.344 0.323 0.122 0.008 46 L 0.007 0.018 0.057 0.212 0.440 0.252 0.014 47 E 0.193 0.435 0.251 0.094 0.023 0.004 0.001 48 L 0.276 0.313 0.228 0.137 0.039 0.007 0.001 49 Q 0.335 0.332 0.196 0.096 0.032 0.008 0.001 50 G 0.405 0.293 0.169 0.089 0.034 0.008 0.001 51 L 0.287 0.176 0.163 0.176 0.133 0.057 0.007 52 E 0.303 0.304 0.186 0.117 0.059 0.027 0.005 53 A 0.174 0.170 0.176 0.222 0.169 0.076 0.013 54 R 0.229 0.222 0.208 0.176 0.106 0.048 0.010 55 S 0.121 0.230 0.238 0.204 0.124 0.064 0.019 56 P 0.062 0.114 0.154 0.220 0.230 0.172 0.047 57 R 0.053 0.151 0.235 0.265 0.201 0.082 0.015 58 A 0.080 0.225 0.268 0.215 0.129 0.067 0.015 59 A 0.006 0.031 0.088 0.193 0.303 0.322 0.056 60 I 0.002 0.005 0.013 0.066 0.251 0.505 0.157 61 R 0.021 0.125 0.258 0.310 0.185 0.086 0.015 62 G 0.016 0.111 0.242 0.314 0.209 0.099 0.009 63 A 0.007 0.015 0.036 0.126 0.332 0.417 0.067 64 F 0.015 0.050 0.142 0.316 0.332 0.136 0.009 65 Q 0.190 0.356 0.240 0.134 0.058 0.020 0.002 66 V 0.062 0.164 0.309 0.295 0.141 0.027 0.001 67 G 0.093 0.301 0.315 0.188 0.080 0.021 0.001 68 L 0.025 0.048 0.096 0.241 0.365 0.214 0.011 69 L 0.045 0.108 0.227 0.351 0.229 0.040 0.001 70 P 0.398 0.406 0.150 0.038 0.007 0.001 0.001 71 E 0.513 0.268 0.132 0.069 0.016 0.003 0.001 72 D 0.479 0.287 0.155 0.060 0.018 0.003 0.001 73 P 0.526 0.287 0.124 0.047 0.013 0.002 0.001 74 F 0.103 0.231 0.279 0.239 0.111 0.035 0.002 75 W 0.030 0.089 0.176 0.258 0.297 0.142 0.009 76 L 0.057 0.087 0.124 0.260 0.279 0.169 0.023 77 E 0.065 0.222 0.281 0.248 0.121 0.056 0.007 78 M 0.097 0.075 0.108 0.208 0.282 0.200 0.031 79 L 0.149 0.135 0.172 0.252 0.194 0.088 0.010 80 E 0.395 0.284 0.159 0.097 0.043 0.019 0.003 81 L 0.254 0.225 0.215 0.183 0.089 0.029 0.004 82 R 0.227 0.152 0.142 0.161 0.173 0.129 0.017 83 N 0.377 0.221 0.141 0.125 0.081 0.048 0.006 84 L 0.362 0.225 0.149 0.119 0.082 0.053 0.010 85 T 0.300 0.192 0.171 0.166 0.111 0.051 0.009 86 N 0.248 0.266 0.199 0.154 0.081 0.043 0.009 87 H 0.340 0.206 0.140 0.122 0.110 0.065 0.016 88 T 0.318 0.270 0.212 0.128 0.054 0.016 0.002 89 Y 0.138 0.124 0.161 0.255 0.231 0.083 0.007 90 D 0.312 0.324 0.198 0.111 0.042 0.010 0.001 91 E 0.343 0.407 0.178 0.058 0.012 0.002 0.001 92 A 0.369 0.326 0.190 0.087 0.025 0.003 0.001 93 L 0.031 0.131 0.204 0.275 0.233 0.117 0.008 94 A 0.005 0.013 0.036 0.240 0.476 0.220 0.009 95 E 0.041 0.383 0.409 0.146 0.019 0.002 0.001 96 R 0.037 0.174 0.330 0.324 0.121 0.015 0.001 97 I 0.002 0.005 0.012 0.054 0.301 0.582 0.045 98 Y 0.002 0.023 0.140 0.470 0.319 0.046 0.001 99 A 0.046 0.519 0.326 0.090 0.018 0.002 0.001 100 E 0.003 0.041 0.231 0.503 0.199 0.023 0.001 101 L 0.001 0.002 0.008 0.060 0.370 0.529 0.029 102 P 0.046 0.256 0.408 0.231 0.054 0.005 0.001 103 K 0.116 0.557 0.249 0.065 0.011 0.001 0.001 104 A 0.004 0.022 0.082 0.291 0.405 0.187 0.008 105 L 0.009 0.041 0.114 0.379 0.366 0.088 0.002 106 E 0.123 0.576 0.252 0.044 0.006 0.001 0.001 107 R 0.015 0.085 0.272 0.426 0.176 0.024 0.001 108 F 0.004 0.007 0.015 0.071 0.346 0.528 0.030 109 Q 0.100 0.278 0.350 0.221 0.046 0.004 0.001 110 E 0.076 0.356 0.385 0.156 0.026 0.002 0.001 111 L 0.019 0.024 0.064 0.264 0.435 0.190 0.004 112 L 0.062 0.116 0.232 0.364 0.196 0.029 0.001 113 R 0.623 0.319 0.048 0.008 0.001 0.001 0.001 114 R 0.326 0.289 0.253 0.115 0.015 0.001 0.001 115 L 0.285 0.161 0.189 0.216 0.128 0.020 0.001 116 E 0.759 0.185 0.042 0.011 0.002 0.001 0.001 117 E 0.808 0.154 0.030 0.007 0.001 0.001 0.001 118 P 0.832 0.116 0.040 0.011 0.002 0.001 0.001 119 A 0.934 0.054 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001