# TARGET T0276 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0276.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 109.322 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.400 0.139 0.125 0.088 0.051 0.044 0.067 0.044 0.027 0.011 0.004 2 T 0.136 0.324 0.160 0.198 0.080 0.048 0.031 0.013 0.006 0.003 0.001 3 K 0.020 0.041 0.144 0.111 0.147 0.216 0.195 0.076 0.034 0.013 0.004 4 A 0.512 0.122 0.238 0.086 0.026 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 5 E 0.010 0.034 0.354 0.423 0.139 0.030 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 6 L 0.007 0.012 0.345 0.028 0.016 0.035 0.145 0.144 0.134 0.093 0.042 7 R 0.001 0.001 0.409 0.085 0.107 0.152 0.187 0.042 0.012 0.003 0.001 8 R 0.001 0.005 0.939 0.039 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.001 0.006 0.227 0.214 0.254 0.202 0.079 0.013 0.003 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.082 0.001 0.002 0.005 0.106 0.149 0.301 0.239 0.114 11 R 0.001 0.001 0.157 0.149 0.232 0.219 0.182 0.044 0.012 0.005 0.001 12 A 0.001 0.006 0.936 0.039 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.004 0.104 0.044 0.089 0.214 0.371 0.103 0.049 0.016 0.005 14 W 0.001 0.001 0.087 0.005 0.005 0.008 0.100 0.157 0.262 0.243 0.131 15 R 0.002 0.010 0.644 0.174 0.112 0.036 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 16 R 0.008 0.025 0.841 0.076 0.034 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.007 0.006 0.016 0.013 0.030 0.096 0.336 0.178 0.158 0.106 0.053 18 D 0.282 0.215 0.109 0.085 0.057 0.053 0.084 0.048 0.038 0.021 0.009 19 L 0.120 0.156 0.228 0.128 0.091 0.080 0.077 0.044 0.033 0.027 0.016 20 K 0.210 0.184 0.139 0.160 0.125 0.081 0.060 0.020 0.013 0.006 0.003 21 A 0.504 0.110 0.128 0.077 0.045 0.038 0.042 0.021 0.016 0.011 0.008 22 L 0.035 0.043 0.068 0.120 0.136 0.166 0.184 0.098 0.079 0.048 0.024 23 S 0.024 0.033 0.097 0.043 0.038 0.064 0.156 0.166 0.186 0.126 0.065 24 R 0.029 0.039 0.307 0.286 0.178 0.090 0.044 0.014 0.008 0.003 0.001 25 A 0.065 0.060 0.560 0.125 0.071 0.050 0.038 0.013 0.010 0.005 0.004 26 V 0.002 0.006 0.040 0.035 0.039 0.088 0.215 0.165 0.190 0.136 0.084 27 G 0.002 0.003 0.020 0.015 0.027 0.079 0.269 0.210 0.194 0.124 0.057 28 A 0.015 0.028 0.675 0.151 0.068 0.034 0.018 0.006 0.004 0.002 0.001 29 A 0.009 0.029 0.262 0.122 0.156 0.160 0.155 0.051 0.032 0.016 0.007 30 L 0.002 0.003 0.011 0.008 0.007 0.013 0.049 0.086 0.202 0.296 0.322 31 L 0.005 0.009 0.032 0.060 0.117 0.196 0.280 0.136 0.101 0.048 0.017 32 P 0.074 0.076 0.649 0.121 0.043 0.020 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 33 W 0.019 0.027 0.037 0.074 0.098 0.160 0.301 0.126 0.087 0.049 0.022 34 L 0.036 0.014 0.020 0.026 0.023 0.039 0.098 0.137 0.225 0.221 0.161 35 R 0.027 0.045 0.135 0.188 0.165 0.174 0.142 0.060 0.035 0.018 0.011 36 E 0.047 0.060 0.410 0.147 0.093 0.079 0.074 0.038 0.027 0.014 0.010 37 R 0.028 0.033 0.040 0.103 0.125 0.182 0.239 0.116 0.069 0.043 0.020 38 G 0.274 0.260 0.128 0.171 0.075 0.042 0.029 0.009 0.007 0.004 0.002 39 F 0.003 0.004 0.009 0.017 0.025 0.033 0.086 0.125 0.212 0.226 0.260 40 R 0.072 0.132 0.137 0.255 0.183 0.106 0.078 0.022 0.009 0.003 0.002 41 H 0.004 0.025 0.028 0.120 0.161 0.199 0.223 0.113 0.073 0.034 0.019 42 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.041 0.118 0.231 0.310 0.286 43 L 0.002 0.006 0.009 0.045 0.089 0.138 0.229 0.188 0.161 0.079 0.053 44 L 0.001 0.003 0.005 0.007 0.006 0.011 0.056 0.120 0.249 0.296 0.244 45 Y 0.002 0.003 0.003 0.031 0.050 0.085 0.196 0.219 0.207 0.133 0.070 46 H 0.005 0.013 0.007 0.023 0.031 0.048 0.143 0.196 0.246 0.181 0.106 47 P 0.046 0.041 0.018 0.086 0.098 0.103 0.155 0.151 0.152 0.096 0.054 48 L 0.044 0.046 0.020 0.089 0.117 0.143 0.190 0.148 0.103 0.062 0.038 49 P 0.271 0.235 0.052 0.165 0.118 0.059 0.046 0.027 0.015 0.008 0.003 50 H 0.264 0.166 0.044 0.140 0.108 0.092 0.075 0.049 0.034 0.019 0.009 51 E 0.043 0.036 0.013 0.056 0.074 0.102 0.185 0.151 0.146 0.114 0.080 52 L 0.062 0.037 0.027 0.061 0.067 0.095 0.180 0.153 0.144 0.109 0.066 53 N 0.051 0.108 0.075 0.222 0.193 0.131 0.097 0.051 0.037 0.022 0.013 54 L 0.004 0.011 0.009 0.019 0.019 0.028 0.081 0.135 0.220 0.240 0.234 55 L 0.019 0.021 0.035 0.118 0.188 0.206 0.194 0.094 0.071 0.036 0.019 56 P 0.136 0.131 0.277 0.219 0.108 0.060 0.042 0.013 0.008 0.004 0.003 57 L 0.002 0.006 0.014 0.041 0.057 0.107 0.232 0.189 0.163 0.116 0.072 58 M 0.003 0.002 0.008 0.008 0.011 0.022 0.090 0.140 0.253 0.262 0.202 59 E 0.026 0.051 0.264 0.281 0.176 0.102 0.063 0.021 0.009 0.004 0.003 60 A 0.033 0.105 0.375 0.183 0.117 0.092 0.057 0.019 0.012 0.005 0.003 61 Y 0.004 0.005 0.004 0.019 0.036 0.089 0.217 0.189 0.172 0.150 0.115 62 P 0.660 0.217 0.033 0.052 0.020 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 63 A 0.054 0.046 0.044 0.101 0.111 0.123 0.181 0.131 0.112 0.067 0.031 64 R 0.076 0.163 0.059 0.272 0.213 0.125 0.062 0.017 0.007 0.003 0.002 65 Y 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.020 0.080 0.148 0.245 0.256 0.235 66 Y 0.002 0.006 0.006 0.040 0.085 0.155 0.257 0.190 0.138 0.078 0.044 67 L 0.001 0.004 0.003 0.013 0.016 0.031 0.104 0.175 0.244 0.221 0.188 68 P 0.005 0.005 0.004 0.025 0.039 0.067 0.150 0.181 0.223 0.183 0.118 69 K 0.028 0.079 0.031 0.204 0.198 0.143 0.149 0.082 0.052 0.024 0.011 70 V 0.007 0.011 0.005 0.029 0.037 0.050 0.119 0.169 0.224 0.217 0.131 71 A 0.037 0.099 0.055 0.252 0.210 0.142 0.103 0.051 0.028 0.013 0.010 72 G 0.263 0.179 0.074 0.184 0.121 0.072 0.055 0.027 0.014 0.007 0.004 73 K 0.288 0.186 0.066 0.181 0.112 0.075 0.052 0.023 0.010 0.005 0.002 74 G 0.473 0.220 0.051 0.134 0.067 0.030 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 75 L 0.004 0.005 0.003 0.011 0.016 0.029 0.086 0.138 0.246 0.236 0.227 76 T 0.056 0.213 0.107 0.244 0.171 0.099 0.070 0.020 0.011 0.005 0.003 77 V 0.010 0.010 0.007 0.019 0.025 0.037 0.103 0.145 0.223 0.214 0.208 78 H 0.046 0.081 0.037 0.163 0.192 0.161 0.163 0.083 0.044 0.021 0.010 79 P 0.368 0.185 0.068 0.140 0.095 0.054 0.041 0.021 0.015 0.008 0.004 80 F 0.026 0.035 0.015 0.068 0.089 0.118 0.222 0.166 0.123 0.090 0.047 81 G 0.245 0.178 0.052 0.122 0.098 0.076 0.080 0.056 0.046 0.031 0.016 82 P 0.405 0.154 0.045 0.110 0.079 0.059 0.058 0.035 0.026 0.018 0.012 83 L 0.124 0.078 0.031 0.083 0.083 0.085 0.138 0.120 0.108 0.087 0.063 84 A 0.212 0.145 0.050 0.130 0.106 0.087 0.097 0.065 0.049 0.034 0.026 85 P 0.391 0.201 0.050 0.122 0.082 0.052 0.041 0.024 0.017 0.012 0.007 86 G 0.359 0.147 0.055 0.106 0.081 0.064 0.062 0.045 0.036 0.027 0.018 87 P 0.292 0.141 0.055 0.137 0.099 0.070 0.079 0.047 0.037 0.026 0.017 88 F 0.062 0.061 0.035 0.099 0.104 0.114 0.172 0.130 0.114 0.071 0.039 89 G 0.140 0.134 0.075 0.167 0.130 0.100 0.102 0.063 0.047 0.026 0.015 90 L 0.029 0.025 0.021 0.047 0.047 0.064 0.123 0.149 0.180 0.174 0.141 91 L 0.043 0.065 0.038 0.104 0.121 0.128 0.161 0.126 0.108 0.070 0.037 92 E 0.058 0.062 0.022 0.071 0.083 0.089 0.154 0.155 0.140 0.103 0.066 93 P 0.068 0.043 0.023 0.063 0.076 0.086 0.162 0.141 0.138 0.116 0.084 94 T 0.187 0.101 0.048 0.131 0.113 0.086 0.115 0.076 0.066 0.047 0.030 95 T 0.157 0.124 0.035 0.140 0.126 0.100 0.117 0.078 0.059 0.044 0.021 96 P 0.357 0.168 0.054 0.110 0.072 0.058 0.065 0.041 0.033 0.025 0.016 97 P 0.359 0.098 0.033 0.089 0.075 0.078 0.106 0.060 0.047 0.033 0.022 98 E 0.452 0.169 0.050 0.095 0.058 0.046 0.044 0.029 0.026 0.020 0.011 99 D 0.229 0.252 0.074 0.214 0.102 0.057 0.036 0.016 0.011 0.006 0.004 100 P 0.260 0.143 0.067 0.149 0.117 0.086 0.073 0.043 0.028 0.017 0.016 101 R 0.110 0.144 0.080 0.228 0.179 0.123 0.090 0.028 0.012 0.005 0.002 102 V 0.025 0.081 0.067 0.289 0.252 0.155 0.092 0.023 0.010 0.004 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.037 0.108 0.245 0.305 0.294 104 D 0.001 0.012 0.026 0.154 0.234 0.231 0.207 0.080 0.034 0.013 0.007 105 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.018 0.101 0.204 0.261 0.244 0.160 106 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.055 0.147 0.221 0.273 0.289 107 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.031 0.097 0.220 0.313 0.330 108 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.008 0.015 0.066 0.145 0.276 0.264 0.216 109 P 0.001 0.001 0.002 0.008 0.012 0.031 0.144 0.226 0.267 0.198 0.109 110 G 0.002 0.003 0.004 0.014 0.022 0.047 0.141 0.207 0.228 0.208 0.125 111 L 0.002 0.003 0.003 0.014 0.020 0.039 0.110 0.175 0.243 0.215 0.176 112 A 0.002 0.004 0.003 0.017 0.028 0.048 0.121 0.188 0.234 0.205 0.148 113 F 0.003 0.007 0.005 0.022 0.033 0.050 0.119 0.172 0.223 0.199 0.166 114 D 0.007 0.017 0.010 0.071 0.103 0.121 0.181 0.170 0.151 0.098 0.071 115 R 0.103 0.103 0.044 0.184 0.182 0.149 0.117 0.058 0.035 0.017 0.009 116 E 0.323 0.177 0.071 0.190 0.108 0.057 0.041 0.016 0.010 0.005 0.002 117 G 0.106 0.060 0.028 0.097 0.092 0.105 0.142 0.114 0.106 0.085 0.066 118 Y 0.018 0.043 0.022 0.099 0.115 0.146 0.209 0.136 0.106 0.064 0.043 119 R 0.009 0.025 0.018 0.055 0.067 0.108 0.180 0.159 0.152 0.125 0.102 120 L 0.010 0.010 0.007 0.028 0.031 0.041 0.092 0.134 0.198 0.217 0.231 121 G 0.053 0.030 0.016 0.068 0.086 0.101 0.148 0.142 0.160 0.113 0.083 122 H 0.040 0.070 0.038 0.143 0.142 0.134 0.170 0.105 0.084 0.049 0.025 123 G 0.028 0.025 0.017 0.061 0.063 0.080 0.150 0.159 0.172 0.145 0.099 124 Q 0.025 0.076 0.039 0.176 0.208 0.178 0.144 0.072 0.045 0.025 0.011 125 G 0.032 0.039 0.030 0.071 0.073 0.090 0.161 0.150 0.159 0.117 0.078 126 F 0.011 0.020 0.015 0.058 0.082 0.124 0.215 0.172 0.142 0.100 0.061 127 Y 0.006 0.011 0.011 0.025 0.028 0.037 0.125 0.166 0.223 0.211 0.159 128 D 0.006 0.015 0.022 0.099 0.121 0.136 0.155 0.132 0.138 0.102 0.072 129 R 0.038 0.040 0.103 0.128 0.115 0.120 0.154 0.100 0.099 0.064 0.040 130 F 0.005 0.008 0.024 0.061 0.069 0.084 0.200 0.185 0.172 0.120 0.071 131 L 0.002 0.003 0.012 0.017 0.020 0.034 0.114 0.157 0.230 0.233 0.177 132 K 0.011 0.027 0.149 0.207 0.187 0.158 0.132 0.062 0.037 0.019 0.010 133 E 0.072 0.102 0.229 0.177 0.125 0.117 0.101 0.039 0.021 0.010 0.006 134 V 0.012 0.016 0.015 0.038 0.045 0.070 0.167 0.172 0.179 0.168 0.118 135 R 0.267 0.277 0.073 0.170 0.094 0.051 0.037 0.013 0.009 0.005 0.003 136 A 0.066 0.038 0.024 0.056 0.061 0.062 0.117 0.127 0.165 0.136 0.148 137 A 0.101 0.096 0.058 0.170 0.168 0.133 0.137 0.066 0.039 0.019 0.012 138 T 0.010 0.034 0.026 0.118 0.159 0.205 0.213 0.108 0.071 0.034 0.021 139 V 0.002 0.002 0.001 0.005 0.006 0.013 0.051 0.116 0.207 0.275 0.321 140 G 0.004 0.005 0.005 0.017 0.027 0.052 0.146 0.176 0.221 0.183 0.165 141 V 0.003 0.009 0.007 0.017 0.015 0.021 0.075 0.124 0.221 0.249 0.258 142 V 0.002 0.003 0.002 0.013 0.019 0.031 0.077 0.132 0.210 0.232 0.280 143 P 0.021 0.046 0.029 0.119 0.168 0.166 0.193 0.116 0.081 0.039 0.020 144 Q 0.140 0.105 0.058 0.215 0.170 0.112 0.097 0.050 0.031 0.016 0.007 145 A 0.022 0.027 0.024 0.088 0.088 0.113 0.160 0.135 0.150 0.109 0.084 146 L 0.010 0.018 0.017 0.053 0.068 0.098 0.172 0.170 0.175 0.133 0.088 147 L 0.021 0.062 0.044 0.117 0.126 0.132 0.181 0.127 0.093 0.058 0.038 148 F 0.009 0.016 0.017 0.045 0.066 0.084 0.159 0.164 0.186 0.145 0.108 149 P 0.305 0.159 0.072 0.165 0.117 0.066 0.058 0.027 0.017 0.008 0.004 150 A 0.310 0.179 0.058 0.171 0.109 0.067 0.058 0.023 0.015 0.007 0.003 151 L 0.026 0.030 0.014 0.047 0.057 0.078 0.147 0.160 0.182 0.154 0.105 152 P 0.309 0.243 0.053 0.122 0.081 0.064 0.057 0.030 0.021 0.012 0.008 153 R 0.237 0.129 0.046 0.112 0.111 0.104 0.111 0.067 0.044 0.026 0.014 154 D 0.280 0.131 0.026 0.092 0.082 0.072 0.097 0.076 0.063 0.048 0.033 155 P 0.358 0.149 0.047 0.148 0.100 0.066 0.051 0.030 0.024 0.016 0.010 156 W 0.073 0.060 0.026 0.110 0.122 0.129 0.172 0.124 0.095 0.058 0.031 157 D 0.034 0.053 0.038 0.113 0.101 0.120 0.155 0.134 0.106 0.079 0.067 158 V 0.074 0.084 0.046 0.137 0.127 0.124 0.155 0.099 0.074 0.049 0.030 159 P 0.192 0.158 0.077 0.211 0.141 0.090 0.073 0.030 0.017 0.008 0.003 160 V 0.006 0.004 0.003 0.011 0.015 0.021 0.074 0.131 0.239 0.249 0.246 161 D 0.014 0.065 0.071 0.266 0.218 0.158 0.120 0.048 0.024 0.011 0.006 162 H 0.004 0.026 0.025 0.108 0.144 0.200 0.227 0.135 0.074 0.041 0.016 163 L 0.003 0.002 0.003 0.008 0.012 0.024 0.090 0.157 0.226 0.256 0.218 164 A 0.003 0.009 0.007 0.033 0.050 0.066 0.164 0.159 0.203 0.176 0.130 165 T 0.001 0.014 0.013 0.040 0.049 0.049 0.125 0.158 0.217 0.177 0.157 166 E 0.215 0.178 0.084 0.252 0.147 0.070 0.034 0.011 0.005 0.002 0.001 167 A 0.404 0.172 0.067 0.166 0.099 0.049 0.029 0.009 0.003 0.001 0.001 168 G 0.138 0.164 0.058 0.217 0.147 0.108 0.088 0.038 0.025 0.011 0.006 169 V 0.009 0.014 0.012 0.028 0.038 0.076 0.161 0.150 0.208 0.170 0.135 170 E 0.054 0.147 0.138 0.227 0.163 0.117 0.089 0.034 0.018 0.008 0.004 171 A 0.072 0.104 0.092 0.153 0.136 0.122 0.135 0.081 0.058 0.031 0.016 172 V 0.059 0.048 0.033 0.099 0.126 0.126 0.186 0.129 0.100 0.061 0.034 173 K 0.339 0.245 0.067 0.161 0.094 0.045 0.029 0.011 0.006 0.003 0.001 174 R 0.072 0.092 0.047 0.118 0.124 0.129 0.161 0.108 0.079 0.049 0.022 175 P 0.503 0.206 0.060 0.098 0.053 0.031 0.026 0.011 0.007 0.004 0.002 176 A 0.280 0.114 0.039 0.097 0.093 0.092 0.128 0.070 0.047 0.028 0.013 177 P 0.610 0.209 0.030 0.069 0.034 0.016 0.011 0.007 0.006 0.004 0.003 178 G 0.160 0.119 0.040 0.132 0.137 0.114 0.115 0.078 0.055 0.032 0.019 179 P 0.089 0.067 0.027 0.087 0.101 0.123 0.175 0.130 0.096 0.064 0.040 180 G 0.107 0.114 0.053 0.165 0.159 0.128 0.115 0.071 0.047 0.028 0.013 181 G 0.146 0.096 0.045 0.138 0.115 0.103 0.124 0.094 0.067 0.048 0.025 182 L 0.054 0.035 0.036 0.065 0.054 0.062 0.115 0.124 0.164 0.157 0.133 183 L 0.026 0.053 0.045 0.113 0.105 0.119 0.169 0.128 0.120 0.075 0.048 184 D 0.068 0.109 0.044 0.141 0.123 0.098 0.118 0.109 0.088 0.061 0.041