# TARGET T0276 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0276.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 109.322 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.119 0.168 0.412 0.040 0.133 0.026 0.051 0.018 0.018 0.015 0.001 2 T 0.059 0.062 0.609 0.011 0.023 0.183 0.004 0.001 0.039 0.007 0.003 3 K 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 A 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 E 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 L 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 W 0.985 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 R 0.977 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 R 0.734 0.001 0.004 0.253 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.346 0.076 0.349 0.144 0.008 0.037 0.010 0.002 0.028 0.001 0.001 18 D 0.242 0.049 0.270 0.090 0.020 0.174 0.089 0.010 0.047 0.007 0.001 19 L 0.875 0.014 0.023 0.067 0.002 0.009 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 20 K 0.948 0.004 0.014 0.028 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.962 0.002 0.006 0.024 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 22 L 0.982 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 S 0.989 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 R 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 V 0.982 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 G 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 A 0.978 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.829 0.003 0.006 0.158 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.920 0.009 0.044 0.006 0.002 0.002 0.008 0.001 0.005 0.002 0.001 32 P 0.941 0.001 0.031 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 W 0.905 0.008 0.027 0.050 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 34 L 0.927 0.006 0.028 0.029 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.929 0.014 0.019 0.027 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.798 0.020 0.042 0.115 0.003 0.012 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 37 R 0.425 0.064 0.145 0.325 0.012 0.007 0.010 0.001 0.010 0.001 0.001 38 G 0.070 0.005 0.026 0.049 0.021 0.004 0.260 0.481 0.004 0.080 0.001 39 F 0.067 0.146 0.628 0.036 0.060 0.034 0.011 0.006 0.006 0.004 0.001 40 R 0.312 0.193 0.116 0.319 0.029 0.016 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 41 H 0.005 0.790 0.124 0.002 0.059 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 42 I 0.007 0.848 0.080 0.002 0.007 0.017 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 43 L 0.006 0.796 0.129 0.001 0.021 0.023 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 44 L 0.010 0.783 0.127 0.004 0.028 0.028 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 45 Y 0.015 0.636 0.167 0.019 0.065 0.049 0.004 0.001 0.041 0.003 0.001 46 H 0.005 0.623 0.111 0.001 0.055 0.024 0.011 0.001 0.169 0.001 0.001 47 P 0.107 0.010 0.662 0.024 0.001 0.114 0.002 0.001 0.004 0.001 0.076 48 L 0.044 0.204 0.518 0.005 0.022 0.045 0.015 0.001 0.142 0.001 0.002 49 P 0.474 0.003 0.412 0.013 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.002 0.074 50 H 0.234 0.038 0.061 0.317 0.040 0.027 0.145 0.115 0.016 0.007 0.001 51 E 0.327 0.217 0.188 0.123 0.044 0.040 0.018 0.003 0.034 0.006 0.001 52 L 0.204 0.136 0.396 0.118 0.049 0.069 0.009 0.003 0.011 0.003 0.002 53 N 0.030 0.042 0.185 0.027 0.031 0.420 0.023 0.001 0.238 0.003 0.001 54 L 0.909 0.004 0.012 0.065 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 L 0.982 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 56 P 0.992 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 M 0.977 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.983 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 A 0.206 0.001 0.004 0.785 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 Y 0.010 0.085 0.611 0.001 0.008 0.013 0.030 0.001 0.240 0.001 0.001 62 P 0.261 0.006 0.499 0.084 0.001 0.061 0.005 0.001 0.001 0.001 0.081 63 A 0.020 0.458 0.371 0.014 0.094 0.015 0.007 0.005 0.014 0.001 0.001 64 R 0.034 0.571 0.291 0.010 0.012 0.052 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 65 Y 0.016 0.722 0.185 0.012 0.024 0.027 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 66 Y 0.008 0.792 0.062 0.007 0.065 0.024 0.002 0.001 0.038 0.001 0.001 67 L 0.004 0.334 0.321 0.002 0.017 0.049 0.006 0.001 0.267 0.001 0.001 68 P 0.018 0.011 0.905 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 69 K 0.025 0.545 0.325 0.004 0.023 0.038 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 70 V 0.056 0.272 0.553 0.010 0.003 0.082 0.001 0.001 0.020 0.001 0.002 71 A 0.100 0.246 0.250 0.109 0.077 0.034 0.092 0.005 0.076 0.012 0.001 72 G 0.070 0.015 0.083 0.038 0.105 0.009 0.156 0.398 0.002 0.121 0.003 73 K 0.147 0.191 0.252 0.317 0.044 0.014 0.015 0.006 0.010 0.003 0.001 74 G 0.041 0.085 0.161 0.094 0.128 0.012 0.177 0.219 0.020 0.063 0.001 75 L 0.014 0.361 0.498 0.012 0.062 0.028 0.006 0.002 0.015 0.002 0.001 76 T 0.012 0.670 0.219 0.011 0.038 0.029 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 77 V 0.030 0.526 0.326 0.017 0.027 0.037 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 78 H 0.004 0.530 0.236 0.001 0.024 0.019 0.002 0.001 0.185 0.001 0.001 79 P 0.056 0.008 0.802 0.004 0.001 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 80 F 0.086 0.234 0.408 0.120 0.042 0.051 0.015 0.008 0.032 0.001 0.003 81 G 0.028 0.085 0.149 0.001 0.238 0.001 0.013 0.011 0.023 0.451 0.001 82 P 0.135 0.002 0.267 0.033 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.537 83 L 0.060 0.243 0.490 0.073 0.028 0.049 0.015 0.003 0.037 0.001 0.001 84 A 0.013 0.138 0.769 0.001 0.009 0.019 0.004 0.001 0.043 0.002 0.003 85 P 0.048 0.008 0.872 0.009 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 86 G 0.022 0.095 0.437 0.003 0.297 0.005 0.006 0.015 0.023 0.096 0.001 87 P 0.733 0.009 0.127 0.070 0.002 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 88 F 0.084 0.047 0.107 0.648 0.026 0.008 0.051 0.014 0.011 0.003 0.001 89 G 0.018 0.008 0.048 0.034 0.066 0.004 0.180 0.520 0.002 0.119 0.001 90 L 0.079 0.337 0.507 0.021 0.021 0.022 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 91 L 0.170 0.150 0.443 0.115 0.005 0.086 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 92 E 0.016 0.350 0.465 0.002 0.072 0.010 0.007 0.001 0.075 0.001 0.001 93 P 0.216 0.022 0.698 0.014 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 94 T 0.087 0.332 0.295 0.114 0.093 0.040 0.006 0.005 0.023 0.004 0.001 95 T 0.015 0.332 0.456 0.003 0.038 0.016 0.005 0.001 0.133 0.002 0.001 96 P 0.031 0.007 0.918 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.007 0.002 0.023 97 P 0.197 0.005 0.632 0.017 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 98 E 0.223 0.167 0.244 0.237 0.035 0.050 0.012 0.007 0.021 0.002 0.002 99 D 0.014 0.188 0.420 0.013 0.049 0.062 0.018 0.001 0.230 0.004 0.001 100 P 0.539 0.020 0.305 0.063 0.003 0.038 0.007 0.004 0.003 0.001 0.016 101 R 0.376 0.156 0.125 0.192 0.088 0.018 0.016 0.014 0.012 0.002 0.001 102 V 0.098 0.526 0.154 0.120 0.048 0.022 0.009 0.002 0.020 0.001 0.001 103 L 0.009 0.336 0.539 0.001 0.016 0.073 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 104 D 0.695 0.007 0.008 0.283 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 L 0.001 0.753 0.009 0.001 0.233 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 106 V 0.001 0.943 0.027 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 107 V 0.001 0.723 0.191 0.001 0.006 0.027 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 108 V 0.001 0.506 0.148 0.001 0.023 0.064 0.005 0.001 0.251 0.001 0.001 109 P 0.028 0.023 0.811 0.002 0.001 0.107 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 110 G 0.047 0.368 0.311 0.021 0.108 0.064 0.037 0.002 0.035 0.002 0.007 111 L 0.040 0.643 0.198 0.009 0.035 0.048 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 112 A 0.015 0.590 0.148 0.027 0.130 0.042 0.010 0.002 0.032 0.002 0.001 113 F 0.008 0.537 0.156 0.065 0.162 0.038 0.007 0.001 0.024 0.002 0.001 114 D 0.001 0.055 0.750 0.001 0.073 0.090 0.001 0.001 0.026 0.004 0.001 115 R 0.955 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 E 0.336 0.005 0.024 0.618 0.001 0.002 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 117 G 0.053 0.001 0.014 0.068 0.009 0.001 0.109 0.713 0.001 0.031 0.001 118 Y 0.172 0.123 0.494 0.097 0.017 0.035 0.036 0.003 0.018 0.004 0.002 119 R 0.090 0.231 0.503 0.022 0.020 0.051 0.022 0.003 0.052 0.006 0.002 120 L 0.153 0.080 0.565 0.151 0.003 0.032 0.004 0.001 0.008 0.001 0.002 121 G 0.034 0.020 0.093 0.030 0.166 0.007 0.048 0.297 0.003 0.303 0.001 122 H 0.121 0.223 0.226 0.241 0.094 0.027 0.023 0.007 0.027 0.009 0.001 123 G 0.065 0.019 0.094 0.061 0.105 0.005 0.039 0.224 0.003 0.386 0.001 124 Q 0.177 0.095 0.214 0.274 0.107 0.020 0.059 0.023 0.013 0.017 0.001 125 G 0.132 0.039 0.171 0.039 0.174 0.007 0.018 0.140 0.003 0.274 0.002 126 F 0.534 0.122 0.118 0.097 0.055 0.034 0.009 0.007 0.016 0.006 0.002 127 Y 0.656 0.083 0.115 0.062 0.014 0.039 0.006 0.002 0.018 0.004 0.001 128 D 0.854 0.020 0.035 0.044 0.006 0.027 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 129 R 0.960 0.004 0.005 0.025 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 130 F 0.961 0.005 0.005 0.022 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 L 0.901 0.005 0.006 0.083 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 K 0.927 0.007 0.031 0.029 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.371 0.003 0.009 0.585 0.001 0.006 0.013 0.006 0.005 0.001 0.001 134 V 0.057 0.146 0.639 0.069 0.005 0.047 0.007 0.001 0.028 0.001 0.001 135 R 0.119 0.169 0.292 0.118 0.040 0.055 0.136 0.014 0.041 0.014 0.001 136 A 0.060 0.153 0.558 0.025 0.123 0.009 0.012 0.018 0.008 0.032 0.003 137 A 0.108 0.232 0.543 0.024 0.022 0.044 0.003 0.001 0.017 0.001 0.005 138 T 0.017 0.417 0.486 0.006 0.014 0.050 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 139 V 0.023 0.832 0.061 0.018 0.029 0.013 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 140 G 0.006 0.738 0.100 0.001 0.124 0.015 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 141 V 0.009 0.756 0.141 0.006 0.015 0.044 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 142 V 0.004 0.411 0.177 0.001 0.030 0.074 0.004 0.001 0.297 0.001 0.001 143 P 0.202 0.018 0.675 0.016 0.003 0.064 0.001 0.001 0.003 0.002 0.017 144 Q 0.510 0.127 0.166 0.078 0.078 0.012 0.014 0.004 0.005 0.004 0.001 145 A 0.419 0.130 0.122 0.182 0.054 0.019 0.035 0.015 0.018 0.004 0.001 146 L 0.150 0.318 0.277 0.079 0.034 0.067 0.019 0.002 0.055 0.001 0.001 147 L 0.128 0.298 0.359 0.075 0.012 0.090 0.012 0.001 0.022 0.001 0.001 148 F 0.057 0.275 0.323 0.009 0.043 0.030 0.017 0.002 0.239 0.004 0.001 149 P 0.454 0.008 0.450 0.032 0.002 0.017 0.002 0.001 0.001 0.002 0.031 150 A 0.251 0.134 0.141 0.332 0.038 0.030 0.035 0.016 0.020 0.002 0.001 151 L 0.021 0.314 0.444 0.005 0.022 0.023 0.010 0.001 0.161 0.001 0.001 152 P 0.115 0.008 0.800 0.011 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 153 R 0.204 0.216 0.325 0.142 0.037 0.037 0.009 0.006 0.021 0.003 0.001 154 D 0.036 0.195 0.548 0.002 0.090 0.010 0.010 0.002 0.091 0.014 0.001 155 P 0.339 0.009 0.507 0.033 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 156 W 0.150 0.194 0.186 0.182 0.142 0.024 0.039 0.049 0.013 0.022 0.001 157 D 0.074 0.192 0.194 0.151 0.022 0.170 0.110 0.006 0.076 0.003 0.003 158 V 0.017 0.549 0.203 0.002 0.050 0.020 0.008 0.001 0.151 0.001 0.001 159 P 0.080 0.014 0.740 0.010 0.001 0.117 0.001 0.001 0.003 0.001 0.035 160 V 0.099 0.401 0.334 0.012 0.039 0.079 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 161 D 0.797 0.009 0.015 0.165 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 162 H 0.037 0.635 0.045 0.022 0.230 0.004 0.008 0.001 0.017 0.001 0.001 163 L 0.052 0.583 0.252 0.020 0.015 0.044 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 164 A 0.017 0.598 0.214 0.023 0.073 0.053 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 165 T 0.003 0.373 0.188 0.004 0.349 0.026 0.001 0.001 0.048 0.007 0.001 166 E 0.891 0.008 0.037 0.049 0.002 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 167 A 0.686 0.009 0.075 0.197 0.004 0.001 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 168 G 0.208 0.002 0.011 0.115 0.014 0.002 0.164 0.461 0.001 0.023 0.001 169 V 0.221 0.230 0.462 0.033 0.014 0.027 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 170 E 0.299 0.449 0.120 0.078 0.015 0.016 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 171 A 0.064 0.435 0.417 0.018 0.025 0.025 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 172 V 0.109 0.585 0.167 0.048 0.035 0.020 0.003 0.001 0.032 0.001 0.001 173 K 0.115 0.301 0.223 0.112 0.074 0.090 0.025 0.004 0.046 0.009 0.001 174 R 0.021 0.371 0.378 0.008 0.049 0.023 0.013 0.001 0.135 0.001 0.001 175 P 0.121 0.010 0.754 0.024 0.001 0.034 0.001 0.001 0.002 0.001 0.053 176 A 0.022 0.241 0.602 0.002 0.053 0.014 0.010 0.001 0.051 0.003 0.001 177 P 0.048 0.007 0.840 0.011 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 178 G 0.030 0.089 0.294 0.005 0.239 0.003 0.010 0.047 0.025 0.257 0.001 179 P 0.179 0.015 0.545 0.062 0.003 0.037 0.005 0.001 0.004 0.002 0.148 180 G 0.070 0.046 0.270 0.142 0.107 0.006 0.044 0.247 0.006 0.060 0.001 181 G 0.028 0.018 0.152 0.010 0.204 0.002 0.019 0.214 0.002 0.351 0.001 182 L 0.206 0.274 0.397 0.054 0.026 0.026 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 183 L 0.083 0.425 0.217 0.076 0.050 0.090 0.007 0.002 0.047 0.002 0.001 184 D 0.102 0.250 0.270 0.118 0.115 0.070 0.015 0.004 0.047 0.008 0.001