# TARGET T0276 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0276.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 195 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.053 0.212 0.134 0.045 0.115 0.028 0.029 0.195 0.059 0.089 0.042 2 T 0.041 0.367 0.151 0.006 0.070 0.002 0.003 0.243 0.047 0.046 0.024 3 K 0.004 0.007 0.005 0.002 0.006 0.002 0.002 0.852 0.107 0.010 0.003 4 A 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.932 0.052 0.002 0.001 5 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.949 0.035 0.005 0.001 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.041 0.007 0.001 7 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.033 0.002 0.001 8 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.964 0.025 0.002 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.962 0.027 0.004 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.040 0.004 0.001 11 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.947 0.043 0.003 0.001 12 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.947 0.037 0.003 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.895 0.081 0.009 0.001 14 W 0.001 0.009 0.001 0.001 0.004 0.002 0.015 0.760 0.184 0.022 0.002 15 R 0.002 0.010 0.002 0.002 0.003 0.008 0.054 0.709 0.167 0.038 0.004 16 R 0.005 0.013 0.006 0.003 0.008 0.008 0.079 0.353 0.128 0.380 0.017 17 L 0.037 0.238 0.103 0.012 0.099 0.014 0.023 0.121 0.100 0.206 0.047 18 D 0.059 0.254 0.068 0.014 0.133 0.010 0.027 0.221 0.120 0.056 0.039 19 L 0.012 0.037 0.017 0.011 0.033 0.023 0.053 0.469 0.222 0.110 0.012 20 K 0.050 0.049 0.017 0.005 0.080 0.008 0.035 0.468 0.125 0.131 0.031 21 A 0.021 0.086 0.022 0.003 0.043 0.005 0.015 0.600 0.125 0.065 0.016 22 L 0.008 0.032 0.010 0.004 0.019 0.005 0.010 0.800 0.079 0.028 0.006 23 S 0.006 0.018 0.008 0.002 0.010 0.002 0.004 0.878 0.053 0.014 0.004 24 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.933 0.047 0.008 0.001 25 A 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.949 0.031 0.003 0.001 26 V 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.939 0.040 0.009 0.001 27 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.917 0.059 0.012 0.001 28 A 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.901 0.063 0.010 0.003 29 A 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.002 0.014 0.853 0.085 0.030 0.003 30 L 0.002 0.005 0.002 0.002 0.005 0.006 0.025 0.737 0.164 0.048 0.004 31 L 0.008 0.026 0.004 0.002 0.020 0.005 0.055 0.697 0.150 0.027 0.006 32 P 0.011 0.018 0.008 0.005 0.014 0.012 0.049 0.323 0.162 0.380 0.020 33 W 0.071 0.223 0.062 0.006 0.194 0.005 0.013 0.205 0.094 0.088 0.039 34 L 0.025 0.021 0.007 0.006 0.027 0.008 0.035 0.534 0.276 0.042 0.019 35 R 0.009 0.033 0.015 0.006 0.022 0.010 0.065 0.526 0.237 0.071 0.006 36 E 0.053 0.029 0.006 0.004 0.072 0.008 0.030 0.393 0.222 0.161 0.023 37 R 0.033 0.189 0.099 0.024 0.114 0.030 0.055 0.260 0.150 0.038 0.008 38 G 0.150 0.039 0.016 0.005 0.089 0.004 0.017 0.070 0.090 0.363 0.155 39 F 0.259 0.140 0.012 0.003 0.359 0.002 0.003 0.017 0.030 0.060 0.115 40 R 0.027 0.049 0.013 0.033 0.103 0.123 0.272 0.236 0.082 0.055 0.008 41 H 0.429 0.022 0.002 0.002 0.436 0.002 0.004 0.015 0.007 0.033 0.048 42 I 0.213 0.068 0.007 0.021 0.641 0.013 0.005 0.007 0.002 0.004 0.020 43 L 0.258 0.059 0.012 0.003 0.557 0.002 0.002 0.004 0.002 0.011 0.090 44 L 0.229 0.123 0.015 0.003 0.521 0.002 0.005 0.011 0.006 0.016 0.069 45 Y 0.224 0.095 0.022 0.011 0.334 0.010 0.018 0.013 0.017 0.153 0.102 46 H 0.072 0.346 0.233 0.034 0.265 0.007 0.005 0.007 0.005 0.009 0.017 47 P 0.072 0.396 0.165 0.019 0.224 0.008 0.012 0.032 0.021 0.025 0.026 48 L 0.050 0.136 0.119 0.051 0.086 0.039 0.074 0.154 0.156 0.096 0.039 49 P 0.016 0.105 0.084 0.053 0.051 0.082 0.153 0.225 0.167 0.053 0.012 50 H 0.017 0.047 0.038 0.035 0.032 0.023 0.054 0.164 0.194 0.355 0.041 51 E 0.088 0.235 0.117 0.009 0.246 0.008 0.028 0.102 0.068 0.075 0.026 52 L 0.043 0.289 0.083 0.017 0.197 0.057 0.051 0.123 0.049 0.054 0.037 53 N 0.325 0.098 0.019 0.002 0.404 0.001 0.003 0.042 0.014 0.019 0.074 54 L 0.005 0.031 0.019 0.003 0.007 0.002 0.002 0.486 0.350 0.089 0.006 55 L 0.002 0.011 0.003 0.001 0.005 0.001 0.006 0.850 0.114 0.006 0.001 56 P 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.009 0.896 0.076 0.005 0.001 57 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.854 0.107 0.021 0.001 58 M 0.004 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.798 0.161 0.017 0.003 59 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.068 0.756 0.162 0.005 0.001 60 A 0.004 0.004 0.004 0.005 0.004 0.011 0.102 0.547 0.181 0.133 0.006 61 Y 0.009 0.607 0.268 0.013 0.075 0.003 0.003 0.008 0.005 0.005 0.003 62 P 0.029 0.010 0.007 0.048 0.011 0.021 0.022 0.028 0.050 0.526 0.248 63 A 0.026 0.423 0.228 0.028 0.155 0.008 0.009 0.025 0.026 0.058 0.014 64 R 0.165 0.153 0.017 0.002 0.622 0.001 0.002 0.006 0.004 0.005 0.022 65 Y 0.275 0.079 0.008 0.002 0.592 0.002 0.003 0.007 0.002 0.004 0.025 66 Y 0.173 0.145 0.025 0.004 0.585 0.003 0.004 0.006 0.002 0.019 0.036 67 L 0.182 0.202 0.094 0.009 0.464 0.002 0.002 0.004 0.002 0.007 0.033 68 P 0.107 0.368 0.141 0.008 0.295 0.006 0.010 0.015 0.008 0.016 0.025 69 K 0.070 0.470 0.127 0.002 0.296 0.001 0.003 0.009 0.004 0.005 0.015 70 V 0.182 0.261 0.076 0.012 0.289 0.020 0.032 0.046 0.016 0.021 0.045 71 A 0.044 0.237 0.230 0.116 0.133 0.055 0.058 0.063 0.027 0.020 0.017 72 G 0.032 0.098 0.088 0.085 0.051 0.078 0.089 0.248 0.159 0.057 0.015 73 K 0.016 0.064 0.066 0.066 0.035 0.053 0.101 0.252 0.213 0.118 0.017 74 G 0.065 0.143 0.066 0.045 0.118 0.025 0.039 0.074 0.111 0.225 0.088 75 L 0.233 0.131 0.026 0.007 0.328 0.004 0.005 0.016 0.029 0.096 0.125 76 T 0.151 0.215 0.050 0.006 0.456 0.007 0.013 0.023 0.018 0.026 0.036 77 V 0.357 0.105 0.030 0.007 0.353 0.003 0.004 0.016 0.014 0.031 0.081 78 H 0.072 0.383 0.126 0.023 0.304 0.015 0.016 0.024 0.013 0.011 0.013 79 P 0.192 0.206 0.064 0.008 0.375 0.005 0.010 0.041 0.021 0.027 0.051 80 F 0.135 0.114 0.048 0.030 0.195 0.028 0.051 0.109 0.084 0.131 0.075 81 G 0.051 0.269 0.161 0.059 0.173 0.033 0.036 0.087 0.061 0.050 0.020 82 P 0.109 0.144 0.072 0.020 0.173 0.011 0.030 0.137 0.134 0.112 0.059 83 L 0.090 0.270 0.152 0.022 0.188 0.011 0.023 0.067 0.060 0.078 0.038 84 A 0.092 0.358 0.169 0.012 0.246 0.009 0.016 0.043 0.014 0.015 0.025 85 P 0.055 0.150 0.036 0.040 0.129 0.102 0.142 0.140 0.083 0.088 0.034 86 G 0.060 0.129 0.353 0.169 0.074 0.021 0.012 0.043 0.041 0.055 0.042 87 P 0.032 0.032 0.048 0.049 0.034 0.063 0.091 0.339 0.208 0.080 0.024 88 F 0.020 0.420 0.171 0.080 0.086 0.018 0.034 0.057 0.039 0.060 0.015 89 G 0.036 0.044 0.050 0.070 0.048 0.015 0.011 0.025 0.038 0.468 0.194 90 L 0.086 0.325 0.119 0.017 0.238 0.012 0.019 0.066 0.052 0.043 0.024 91 L 0.125 0.212 0.112 0.023 0.206 0.016 0.047 0.065 0.059 0.070 0.065 92 E 0.073 0.310 0.244 0.031 0.189 0.013 0.024 0.036 0.027 0.028 0.025 93 P 0.084 0.301 0.126 0.022 0.221 0.020 0.033 0.070 0.048 0.041 0.035 94 T 0.114 0.187 0.135 0.027 0.231 0.013 0.025 0.065 0.059 0.084 0.060 95 T 0.048 0.185 0.133 0.065 0.122 0.056 0.081 0.116 0.091 0.081 0.021 96 P 0.074 0.226 0.126 0.025 0.182 0.012 0.025 0.105 0.081 0.103 0.041 97 P 0.105 0.122 0.055 0.018 0.142 0.014 0.037 0.131 0.122 0.187 0.066 98 E 0.053 0.191 0.119 0.057 0.121 0.036 0.084 0.143 0.086 0.076 0.034 99 D 0.059 0.313 0.162 0.029 0.158 0.011 0.027 0.093 0.064 0.056 0.028 100 P 0.108 0.151 0.053 0.017 0.179 0.020 0.038 0.135 0.189 0.077 0.033 101 R 0.047 0.218 0.156 0.039 0.154 0.021 0.036 0.135 0.119 0.054 0.020 102 V 0.177 0.173 0.048 0.003 0.289 0.004 0.022 0.042 0.072 0.110 0.061 103 L 0.428 0.091 0.008 0.001 0.333 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.123 104 D 0.016 0.016 0.006 0.029 0.048 0.203 0.553 0.075 0.022 0.025 0.007 105 L 0.195 0.146 0.017 0.003 0.619 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.012 106 V 0.230 0.054 0.002 0.001 0.704 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 107 V 0.309 0.040 0.003 0.001 0.519 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.111 108 V 0.185 0.158 0.065 0.050 0.383 0.009 0.018 0.007 0.005 0.018 0.102 109 P 0.162 0.070 0.060 0.074 0.190 0.148 0.094 0.034 0.035 0.073 0.057 110 G 0.120 0.229 0.063 0.011 0.438 0.006 0.009 0.018 0.022 0.031 0.052 111 L 0.304 0.086 0.023 0.011 0.395 0.020 0.026 0.020 0.012 0.040 0.064 112 A 0.128 0.265 0.065 0.004 0.465 0.004 0.012 0.011 0.003 0.013 0.030 113 F 0.072 0.386 0.024 0.016 0.380 0.012 0.004 0.011 0.006 0.047 0.043 114 D 0.006 0.086 0.849 0.045 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 115 R 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.015 0.037 0.648 0.284 0.002 0.001 116 E 0.001 0.510 0.378 0.058 0.005 0.006 0.013 0.016 0.007 0.006 0.001 117 G 0.010 0.035 0.017 0.012 0.015 0.005 0.002 0.007 0.013 0.557 0.327 118 Y 0.156 0.228 0.032 0.004 0.347 0.014 0.021 0.042 0.034 0.057 0.064 119 R 0.310 0.154 0.050 0.007 0.382 0.005 0.013 0.015 0.009 0.012 0.044 120 L 0.105 0.145 0.066 0.104 0.174 0.113 0.138 0.059 0.036 0.027 0.034 121 G 0.144 0.096 0.137 0.210 0.168 0.059 0.028 0.033 0.035 0.043 0.047 122 H 0.105 0.114 0.126 0.100 0.133 0.037 0.051 0.068 0.056 0.115 0.096 123 G 0.050 0.108 0.118 0.111 0.129 0.104 0.094 0.094 0.044 0.117 0.029 124 Q 0.104 0.098 0.057 0.065 0.129 0.042 0.036 0.162 0.099 0.135 0.073 125 G 0.018 0.068 0.160 0.200 0.040 0.076 0.034 0.225 0.065 0.080 0.034 126 F 0.069 0.051 0.025 0.006 0.071 0.003 0.009 0.576 0.127 0.031 0.032 127 Y 0.009 0.041 0.029 0.006 0.018 0.008 0.008 0.705 0.134 0.035 0.007 128 D 0.016 0.026 0.006 0.002 0.034 0.002 0.008 0.751 0.127 0.020 0.007 129 R 0.002 0.006 0.004 0.002 0.004 0.002 0.015 0.738 0.196 0.028 0.003 130 F 0.002 0.011 0.002 0.001 0.006 0.003 0.039 0.742 0.167 0.026 0.002 131 L 0.014 0.026 0.005 0.004 0.023 0.006 0.053 0.520 0.231 0.104 0.015 132 K 0.014 0.051 0.020 0.012 0.028 0.029 0.130 0.366 0.237 0.095 0.018 133 E 0.067 0.032 0.008 0.005 0.049 0.009 0.062 0.142 0.135 0.401 0.090 134 V 0.077 0.337 0.144 0.011 0.240 0.009 0.011 0.025 0.033 0.080 0.033 135 R 0.064 0.081 0.076 0.074 0.079 0.073 0.199 0.134 0.105 0.072 0.044 136 A 0.103 0.370 0.150 0.015 0.226 0.004 0.007 0.027 0.033 0.037 0.028 137 A 0.073 0.321 0.041 0.007 0.473 0.010 0.022 0.023 0.011 0.010 0.008 138 T 0.441 0.028 0.004 0.001 0.460 0.001 0.003 0.006 0.003 0.006 0.048 139 V 0.243 0.082 0.009 0.015 0.544 0.011 0.010 0.011 0.004 0.011 0.060 140 G 0.186 0.101 0.016 0.003 0.652 0.003 0.004 0.006 0.002 0.006 0.021 141 V 0.322 0.073 0.010 0.002 0.531 0.002 0.002 0.007 0.003 0.008 0.041 142 V 0.300 0.109 0.023 0.019 0.376 0.017 0.016 0.017 0.009 0.024 0.091 143 P 0.139 0.283 0.087 0.036 0.292 0.024 0.016 0.032 0.018 0.026 0.049 144 Q 0.181 0.101 0.039 0.020 0.269 0.017 0.035 0.109 0.081 0.069 0.079 145 A 0.190 0.089 0.026 0.024 0.231 0.029 0.033 0.089 0.113 0.108 0.069 146 L 0.109 0.251 0.058 0.010 0.385 0.007 0.021 0.069 0.036 0.031 0.024 147 L 0.270 0.121 0.035 0.008 0.286 0.012 0.025 0.057 0.036 0.081 0.068 148 F 0.128 0.259 0.102 0.028 0.339 0.007 0.008 0.036 0.025 0.030 0.038 149 P 0.027 0.079 0.050 0.050 0.066 0.085 0.154 0.283 0.146 0.048 0.012 150 A 0.096 0.104 0.066 0.010 0.129 0.003 0.015 0.062 0.086 0.354 0.073 151 L 0.055 0.479 0.178 0.010 0.233 0.005 0.006 0.011 0.007 0.007 0.010 152 P 0.127 0.348 0.134 0.006 0.314 0.003 0.007 0.016 0.007 0.011 0.029 153 R 0.074 0.293 0.128 0.032 0.172 0.043 0.062 0.069 0.052 0.043 0.032 154 D 0.045 0.268 0.361 0.076 0.125 0.012 0.014 0.033 0.023 0.024 0.018 155 P 0.024 0.044 0.017 0.022 0.039 0.067 0.165 0.316 0.247 0.046 0.014 156 W 0.057 0.105 0.044 0.016 0.124 0.007 0.020 0.135 0.160 0.263 0.068 157 D 0.127 0.026 0.008 0.012 0.117 0.022 0.055 0.073 0.157 0.332 0.072 158 V 0.065 0.343 0.185 0.020 0.296 0.003 0.005 0.023 0.021 0.025 0.015 159 P 0.121 0.351 0.066 0.003 0.360 0.004 0.014 0.021 0.016 0.017 0.028 160 V 0.428 0.056 0.006 0.001 0.380 0.001 0.001 0.006 0.010 0.019 0.092 161 D 0.018 0.013 0.007 0.048 0.033 0.226 0.485 0.084 0.036 0.038 0.013 162 H 0.188 0.192 0.037 0.005 0.507 0.002 0.004 0.010 0.006 0.026 0.022 163 L 0.221 0.132 0.012 0.002 0.603 0.002 0.002 0.005 0.001 0.002 0.019 164 A 0.198 0.098 0.017 0.010 0.422 0.014 0.008 0.005 0.003 0.065 0.160 165 T 0.006 0.237 0.614 0.109 0.025 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 166 E 0.012 0.031 0.050 0.052 0.012 0.050 0.108 0.351 0.276 0.044 0.013 167 A 0.016 0.260 0.136 0.052 0.061 0.044 0.090 0.123 0.133 0.066 0.017 168 G 0.047 0.102 0.060 0.057 0.106 0.018 0.021 0.046 0.054 0.356 0.133 169 V 0.214 0.226 0.022 0.002 0.447 0.003 0.007 0.021 0.011 0.018 0.028 170 E 0.219 0.150 0.032 0.005 0.496 0.006 0.009 0.016 0.011 0.013 0.043 171 A 0.255 0.147 0.056 0.011 0.426 0.008 0.007 0.017 0.008 0.016 0.048 172 V 0.133 0.264 0.112 0.030 0.269 0.017 0.022 0.055 0.028 0.034 0.036 173 K 0.084 0.204 0.125 0.064 0.150 0.043 0.042 0.060 0.049 0.111 0.069 174 R 0.093 0.299 0.140 0.017 0.309 0.003 0.006 0.030 0.025 0.046 0.032 175 P 0.095 0.237 0.134 0.019 0.198 0.012 0.037 0.091 0.078 0.068 0.031 176 A 0.066 0.396 0.207 0.013 0.212 0.008 0.021 0.041 0.012 0.011 0.013 177 P 0.049 0.264 0.157 0.051 0.117 0.046 0.081 0.109 0.059 0.041 0.026 178 G 0.031 0.219 0.479 0.086 0.063 0.025 0.018 0.025 0.019 0.019 0.016 179 P 0.054 0.099 0.070 0.032 0.095 0.106 0.194 0.191 0.091 0.044 0.023 180 G 0.078 0.110 0.069 0.025 0.112 0.008 0.014 0.040 0.065 0.326 0.155 181 G 0.031 0.135 0.184 0.339 0.091 0.071 0.019 0.040 0.026 0.041 0.022 182 L 0.146 0.205 0.050 0.006 0.401 0.004 0.010 0.083 0.042 0.023 0.029 183 L 0.202 0.118 0.030 0.010 0.250 0.017 0.044 0.120 0.075 0.050 0.082 184 D 0.115 0.191 0.115 0.032 0.219 0.014 0.017 0.108 0.062 0.078 0.050