# TARGET T0276 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0276.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 195 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.774 0.183 0.035 0.007 0.001 0.001 0.001 2 T 0.390 0.373 0.149 0.070 0.017 0.002 0.001 3 K 0.087 0.173 0.312 0.300 0.113 0.014 0.001 4 A 0.630 0.303 0.058 0.008 0.001 0.001 0.001 5 E 0.325 0.467 0.164 0.040 0.005 0.001 0.001 6 L 0.023 0.055 0.108 0.303 0.395 0.113 0.003 7 R 0.015 0.112 0.296 0.378 0.181 0.018 0.001 8 R 0.135 0.590 0.229 0.040 0.004 0.001 0.001 9 R 0.027 0.163 0.405 0.331 0.068 0.005 0.001 10 A 0.015 0.022 0.027 0.122 0.447 0.355 0.012 11 R 0.066 0.254 0.365 0.259 0.052 0.003 0.001 12 A 0.375 0.510 0.102 0.012 0.001 0.001 0.001 13 A 0.055 0.147 0.343 0.348 0.099 0.008 0.001 14 W 0.098 0.142 0.198 0.335 0.203 0.023 0.001 15 R 0.573 0.335 0.075 0.015 0.002 0.001 0.001 16 R 0.667 0.259 0.056 0.015 0.002 0.001 0.001 17 L 0.145 0.219 0.292 0.234 0.095 0.015 0.001 18 D 0.504 0.296 0.140 0.048 0.011 0.001 0.001 19 L 0.593 0.234 0.101 0.053 0.016 0.003 0.001 20 K 0.547 0.241 0.118 0.063 0.025 0.006 0.001 21 A 0.403 0.282 0.159 0.098 0.046 0.012 0.001 22 L 0.177 0.250 0.224 0.204 0.113 0.030 0.003 23 S 0.121 0.230 0.237 0.230 0.128 0.048 0.006 24 R 0.358 0.348 0.173 0.081 0.031 0.009 0.001 25 A 0.150 0.328 0.295 0.160 0.053 0.011 0.001 26 V 0.038 0.045 0.085 0.226 0.366 0.224 0.016 27 G 0.039 0.097 0.193 0.316 0.252 0.095 0.007 28 A 0.167 0.437 0.244 0.106 0.035 0.010 0.001 29 A 0.034 0.134 0.282 0.322 0.177 0.049 0.002 30 L 0.014 0.028 0.057 0.179 0.377 0.321 0.023 31 L 0.075 0.192 0.274 0.267 0.143 0.045 0.004 32 P 0.313 0.390 0.177 0.082 0.029 0.008 0.001 33 W 0.098 0.196 0.258 0.262 0.144 0.038 0.003 34 L 0.323 0.299 0.185 0.125 0.053 0.015 0.001 35 R 0.247 0.311 0.215 0.148 0.063 0.015 0.001 36 E 0.083 0.140 0.199 0.307 0.216 0.052 0.003 37 R 0.190 0.285 0.221 0.180 0.097 0.026 0.002 38 G 0.254 0.382 0.219 0.108 0.030 0.006 0.001 39 F 0.048 0.121 0.188 0.303 0.266 0.070 0.004 40 R 0.053 0.241 0.290 0.260 0.121 0.034 0.002 41 H 0.008 0.052 0.134 0.274 0.334 0.182 0.017 42 I 0.002 0.003 0.010 0.044 0.182 0.551 0.209 43 L 0.002 0.007 0.022 0.083 0.214 0.449 0.223 44 L 0.001 0.001 0.004 0.013 0.043 0.294 0.644 45 Y 0.001 0.003 0.006 0.019 0.069 0.303 0.599 46 H 0.003 0.007 0.017 0.048 0.124 0.322 0.479 47 P 0.009 0.024 0.044 0.086 0.180 0.356 0.301 48 L 0.022 0.062 0.105 0.209 0.253 0.241 0.108 49 P 0.049 0.136 0.157 0.192 0.204 0.170 0.092 50 H 0.081 0.126 0.162 0.197 0.194 0.176 0.064 51 E 0.022 0.050 0.078 0.150 0.251 0.327 0.123 52 L 0.040 0.122 0.191 0.252 0.207 0.149 0.038 53 N 0.032 0.119 0.212 0.281 0.229 0.103 0.023 54 L 0.012 0.019 0.029 0.072 0.210 0.465 0.193 55 L 0.040 0.093 0.142 0.259 0.271 0.173 0.023 56 P 0.079 0.302 0.318 0.196 0.081 0.023 0.002 57 L 0.011 0.040 0.118 0.306 0.363 0.156 0.005 58 M 0.028 0.067 0.101 0.222 0.336 0.233 0.014 59 E 0.162 0.352 0.277 0.152 0.044 0.011 0.001 60 A 0.307 0.410 0.184 0.076 0.019 0.003 0.001 61 Y 0.059 0.132 0.282 0.367 0.143 0.016 0.001 62 P 0.458 0.375 0.123 0.035 0.009 0.001 0.001 63 A 0.074 0.248 0.300 0.271 0.094 0.013 0.001 64 R 0.044 0.203 0.291 0.284 0.140 0.037 0.002 65 Y 0.003 0.010 0.033 0.132 0.360 0.416 0.046 66 Y 0.003 0.011 0.039 0.122 0.282 0.435 0.108 67 L 0.001 0.002 0.006 0.026 0.102 0.470 0.392 68 P 0.004 0.011 0.027 0.077 0.194 0.434 0.254 69 K 0.009 0.042 0.112 0.210 0.281 0.274 0.073 70 V 0.015 0.055 0.110 0.236 0.327 0.225 0.032 71 A 0.097 0.216 0.255 0.243 0.138 0.047 0.005 72 G 0.332 0.291 0.177 0.119 0.060 0.020 0.002 73 K 0.337 0.346 0.193 0.086 0.028 0.008 0.001 74 G 0.278 0.279 0.201 0.150 0.070 0.020 0.001 75 L 0.037 0.052 0.114 0.221 0.301 0.244 0.030 76 T 0.071 0.178 0.266 0.269 0.151 0.061 0.005 77 V 0.014 0.020 0.052 0.141 0.288 0.402 0.084 78 H 0.042 0.103 0.147 0.223 0.282 0.182 0.022 79 P 0.123 0.286 0.292 0.191 0.077 0.027 0.004 80 F 0.104 0.150 0.179 0.233 0.214 0.105 0.013 81 G 0.184 0.265 0.243 0.190 0.084 0.029 0.003 82 P 0.318 0.300 0.179 0.117 0.061 0.023 0.002 83 L 0.171 0.165 0.193 0.223 0.167 0.074 0.007 84 A 0.383 0.233 0.148 0.127 0.076 0.029 0.003 85 P 0.442 0.252 0.138 0.096 0.051 0.018 0.003 86 G 0.391 0.276 0.173 0.101 0.040 0.015 0.003 87 P 0.304 0.278 0.193 0.138 0.063 0.021 0.003 88 F 0.162 0.140 0.171 0.212 0.200 0.101 0.014 89 G 0.195 0.198 0.203 0.201 0.136 0.061 0.007 90 L 0.085 0.091 0.131 0.225 0.246 0.186 0.036 91 L 0.101 0.146 0.170 0.196 0.193 0.161 0.034 92 E 0.053 0.096 0.152 0.246 0.259 0.169 0.025 93 P 0.106 0.149 0.162 0.218 0.225 0.123 0.017 94 T 0.219 0.266 0.201 0.167 0.100 0.041 0.005 95 T 0.344 0.255 0.176 0.136 0.064 0.020 0.004 96 P 0.409 0.302 0.155 0.085 0.033 0.013 0.003 97 P 0.305 0.227 0.170 0.158 0.098 0.036 0.005 98 E 0.275 0.273 0.200 0.152 0.073 0.023 0.003 99 D 0.357 0.301 0.184 0.108 0.039 0.010 0.001 100 P 0.227 0.273 0.217 0.174 0.087 0.021 0.001 101 R 0.116 0.268 0.229 0.220 0.133 0.032 0.001 102 V 0.020 0.214 0.371 0.304 0.080 0.011 0.001 103 L 0.001 0.007 0.024 0.117 0.374 0.437 0.040 104 D 0.001 0.009 0.055 0.223 0.402 0.274 0.037 105 L 0.001 0.001 0.002 0.010 0.066 0.453 0.468 106 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.223 0.756 107 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.134 0.850 108 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 0.142 0.828 109 P 0.001 0.001 0.003 0.011 0.042 0.222 0.720 110 G 0.001 0.001 0.005 0.019 0.078 0.345 0.552 111 L 0.001 0.006 0.019 0.050 0.129 0.343 0.453 112 A 0.003 0.009 0.023 0.059 0.141 0.422 0.343 113 F 0.006 0.012 0.024 0.091 0.268 0.432 0.166 114 D 0.052 0.149 0.256 0.268 0.189 0.074 0.013 115 R 0.127 0.263 0.235 0.219 0.112 0.037 0.007 116 E 0.303 0.365 0.197 0.092 0.031 0.010 0.002 117 G 0.154 0.202 0.192 0.229 0.152 0.063 0.008 118 Y 0.072 0.116 0.179 0.238 0.226 0.141 0.028 119 R 0.055 0.060 0.084 0.156 0.249 0.289 0.107 120 L 0.046 0.041 0.063 0.107 0.191 0.344 0.208 121 G 0.066 0.091 0.117 0.172 0.206 0.226 0.123 122 H 0.061 0.091 0.121 0.170 0.189 0.224 0.144 123 G 0.063 0.080 0.095 0.168 0.235 0.250 0.109 124 Q 0.061 0.107 0.157 0.194 0.205 0.187 0.089 125 G 0.070 0.094 0.122 0.178 0.202 0.230 0.103 126 F 0.031 0.053 0.088 0.186 0.263 0.255 0.123 127 Y 0.019 0.023 0.038 0.077 0.169 0.415 0.258 128 D 0.027 0.053 0.087 0.164 0.230 0.306 0.133 129 R 0.050 0.104 0.137 0.213 0.226 0.211 0.059 130 F 0.023 0.045 0.083 0.191 0.309 0.293 0.056 131 L 0.030 0.045 0.079 0.175 0.294 0.322 0.056 132 K 0.076 0.221 0.224 0.237 0.167 0.069 0.006 133 E 0.179 0.347 0.263 0.161 0.043 0.007 0.001 134 V 0.059 0.125 0.192 0.304 0.257 0.060 0.002 135 R 0.251 0.439 0.223 0.071 0.015 0.002 0.001 136 A 0.037 0.106 0.189 0.301 0.258 0.102 0.006 137 A 0.012 0.067 0.149 0.303 0.311 0.148 0.011 138 T 0.003 0.016 0.046 0.155 0.311 0.386 0.083 139 V 0.001 0.001 0.005 0.024 0.102 0.425 0.442 140 G 0.001 0.004 0.013 0.038 0.108 0.364 0.473 141 V 0.002 0.004 0.009 0.023 0.065 0.317 0.580 142 V 0.003 0.006 0.016 0.045 0.131 0.403 0.397 143 P 0.009 0.029 0.069 0.158 0.257 0.326 0.152 144 Q 0.036 0.095 0.115 0.192 0.240 0.230 0.093 145 A 0.082 0.142 0.168 0.200 0.196 0.167 0.046 146 L 0.112 0.156 0.159 0.214 0.198 0.136 0.024 147 L 0.167 0.206 0.206 0.200 0.143 0.067 0.010 148 F 0.104 0.109 0.147 0.226 0.236 0.153 0.026 149 P 0.244 0.292 0.194 0.145 0.079 0.037 0.009 150 A 0.246 0.283 0.212 0.136 0.078 0.038 0.008 151 L 0.130 0.127 0.167 0.243 0.209 0.108 0.017 152 P 0.247 0.218 0.190 0.173 0.111 0.052 0.009 153 R 0.300 0.222 0.170 0.152 0.102 0.047 0.006 154 D 0.249 0.238 0.192 0.164 0.105 0.046 0.007 155 P 0.378 0.286 0.152 0.101 0.051 0.026 0.006 156 W 0.090 0.122 0.158 0.249 0.223 0.133 0.024 157 D 0.067 0.081 0.127 0.211 0.278 0.201 0.034 158 V 0.071 0.151 0.193 0.230 0.212 0.121 0.022 159 P 0.077 0.138 0.212 0.257 0.184 0.110 0.021 160 V 0.023 0.040 0.064 0.147 0.291 0.345 0.090 161 D 0.041 0.129 0.187 0.248 0.228 0.137 0.031 162 H 0.024 0.057 0.091 0.175 0.245 0.313 0.096 163 L 0.016 0.023 0.043 0.098 0.192 0.450 0.178 164 A 0.024 0.035 0.057 0.140 0.269 0.385 0.090 165 T 0.059 0.134 0.201 0.254 0.236 0.103 0.014 166 E 0.201 0.280 0.259 0.181 0.062 0.015 0.002 167 A 0.527 0.324 0.094 0.039 0.012 0.003 0.001 168 G 0.242 0.341 0.234 0.128 0.043 0.011 0.001 169 V 0.056 0.096 0.184 0.297 0.255 0.106 0.006 170 E 0.090 0.156 0.210 0.242 0.207 0.089 0.006 171 A 0.144 0.234 0.242 0.209 0.123 0.044 0.004 172 V 0.076 0.141 0.223 0.302 0.198 0.056 0.004 173 K 0.379 0.365 0.160 0.068 0.022 0.006 0.001 174 R 0.396 0.296 0.171 0.099 0.032 0.006 0.001 175 P 0.661 0.230 0.072 0.028 0.008 0.001 0.001 176 A 0.510 0.239 0.140 0.081 0.026 0.004 0.001 177 P 0.605 0.247 0.096 0.040 0.010 0.002 0.001 178 G 0.397 0.251 0.177 0.119 0.046 0.009 0.001 179 P 0.371 0.199 0.174 0.150 0.084 0.020 0.002 180 G 0.524 0.233 0.116 0.075 0.038 0.012 0.001 181 G 0.443 0.239 0.145 0.099 0.052 0.020 0.002 182 L 0.437 0.227 0.146 0.105 0.056 0.025 0.003 183 L 0.527 0.221 0.109 0.085 0.041 0.015 0.002 184 D 0.643 0.147 0.081 0.067 0.042 0.017 0.003