# TARGET T0276 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0276.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 187.973 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.003 0.001 0.016 0.059 0.919 2 T 0.004 0.007 0.001 0.140 0.042 0.806 3 K 0.001 0.001 0.001 0.981 0.004 0.014 4 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 5 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 6 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 7 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 8 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 11 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 12 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 14 W 0.001 0.001 0.007 0.986 0.005 0.001 15 R 0.001 0.001 0.011 0.958 0.018 0.013 16 R 0.001 0.001 0.019 0.664 0.082 0.234 17 L 0.001 0.009 0.017 0.314 0.203 0.457 18 D 0.001 0.003 0.015 0.163 0.155 0.663 19 L 0.001 0.001 0.106 0.799 0.051 0.043 20 K 0.001 0.001 0.055 0.899 0.031 0.013 21 A 0.001 0.001 0.043 0.931 0.016 0.009 22 L 0.001 0.001 0.010 0.976 0.007 0.007 23 S 0.001 0.001 0.006 0.976 0.007 0.009 24 R 0.001 0.001 0.004 0.986 0.006 0.004 25 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 26 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 27 G 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.003 28 A 0.001 0.001 0.008 0.977 0.009 0.006 29 A 0.001 0.001 0.009 0.965 0.010 0.015 30 L 0.001 0.001 0.009 0.965 0.009 0.015 31 L 0.003 0.001 0.023 0.912 0.027 0.034 32 P 0.003 0.001 0.030 0.900 0.034 0.032 33 W 0.006 0.002 0.041 0.879 0.040 0.032 34 L 0.006 0.002 0.042 0.872 0.042 0.035 35 R 0.009 0.001 0.057 0.850 0.045 0.039 36 E 0.014 0.003 0.044 0.800 0.075 0.063 37 R 0.022 0.004 0.052 0.644 0.133 0.145 38 G 0.028 0.007 0.014 0.039 0.200 0.711 39 F 0.076 0.005 0.028 0.015 0.394 0.481 40 R 0.394 0.003 0.012 0.002 0.219 0.370 41 H 0.957 0.003 0.002 0.001 0.012 0.025 42 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 43 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 44 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 45 Y 0.843 0.003 0.001 0.001 0.018 0.134 46 H 0.533 0.004 0.002 0.001 0.052 0.410 47 P 0.205 0.015 0.003 0.001 0.124 0.653 48 L 0.053 0.024 0.013 0.004 0.827 0.079 49 P 0.013 0.007 0.007 0.002 0.927 0.044 50 H 0.004 0.001 0.006 0.002 0.951 0.036 51 E 0.119 0.068 0.009 0.005 0.727 0.072 52 L 0.252 0.132 0.006 0.017 0.127 0.466 53 N 0.225 0.093 0.007 0.051 0.095 0.530 54 L 0.076 0.005 0.015 0.712 0.039 0.153 55 L 0.026 0.003 0.016 0.875 0.025 0.056 56 P 0.012 0.002 0.040 0.883 0.042 0.021 57 L 0.004 0.002 0.070 0.886 0.028 0.010 58 M 0.003 0.002 0.061 0.881 0.043 0.010 59 E 0.003 0.002 0.060 0.817 0.085 0.032 60 A 0.004 0.003 0.059 0.566 0.177 0.191 61 Y 0.008 0.017 0.029 0.065 0.453 0.427 62 P 0.008 0.003 0.046 0.008 0.668 0.267 63 A 0.038 0.002 0.063 0.004 0.630 0.263 64 R 0.371 0.008 0.052 0.004 0.378 0.186 65 Y 0.910 0.008 0.003 0.001 0.034 0.044 66 Y 0.951 0.006 0.001 0.001 0.008 0.034 67 L 0.921 0.002 0.001 0.001 0.018 0.058 68 P 0.834 0.002 0.001 0.001 0.040 0.121 69 K 0.775 0.007 0.002 0.001 0.063 0.152 70 V 0.633 0.038 0.004 0.002 0.182 0.142 71 A 0.337 0.025 0.007 0.002 0.486 0.142 72 G 0.075 0.007 0.014 0.002 0.816 0.087 73 K 0.053 0.005 0.014 0.002 0.834 0.093 74 G 0.146 0.013 0.009 0.003 0.584 0.245 75 L 0.527 0.024 0.004 0.002 0.189 0.255 76 T 0.793 0.015 0.002 0.001 0.053 0.136 77 V 0.895 0.011 0.003 0.002 0.029 0.062 78 H 0.880 0.006 0.003 0.002 0.030 0.078 79 P 0.803 0.004 0.004 0.003 0.069 0.118 80 F 0.532 0.025 0.009 0.006 0.147 0.283 81 G 0.248 0.033 0.011 0.004 0.264 0.439 82 P 0.113 0.024 0.014 0.004 0.326 0.519 83 L 0.054 0.028 0.013 0.003 0.256 0.646 84 A 0.046 0.029 0.009 0.002 0.302 0.612 85 P 0.036 0.034 0.022 0.006 0.430 0.473 86 G 0.020 0.022 0.020 0.005 0.474 0.459 87 P 0.033 0.045 0.084 0.014 0.548 0.277 88 F 0.050 0.035 0.072 0.012 0.475 0.357 89 G 0.055 0.032 0.036 0.006 0.429 0.442 90 L 0.081 0.046 0.010 0.004 0.291 0.568 91 L 0.118 0.043 0.008 0.003 0.237 0.591 92 E 0.094 0.037 0.012 0.004 0.333 0.520 93 P 0.060 0.060 0.011 0.004 0.262 0.603 94 T 0.040 0.051 0.008 0.004 0.183 0.714 95 T 0.029 0.032 0.004 0.002 0.182 0.751 96 P 0.016 0.024 0.006 0.002 0.440 0.511 97 P 0.009 0.018 0.037 0.005 0.532 0.398 98 E 0.010 0.014 0.038 0.007 0.610 0.321 99 D 0.008 0.011 0.028 0.004 0.742 0.208 100 P 0.004 0.007 0.178 0.024 0.570 0.217 101 R 0.017 0.006 0.187 0.019 0.512 0.258 102 V 0.160 0.035 0.198 0.022 0.396 0.190 103 L 0.421 0.018 0.009 0.005 0.174 0.373 104 D 0.739 0.003 0.003 0.001 0.077 0.176 105 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 106 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 108 V 0.952 0.001 0.001 0.001 0.010 0.037 109 P 0.587 0.001 0.002 0.001 0.072 0.338 110 G 0.681 0.003 0.019 0.003 0.098 0.196 111 L 0.893 0.004 0.024 0.005 0.033 0.041 112 A 0.958 0.002 0.010 0.005 0.010 0.015 113 F 0.941 0.010 0.002 0.005 0.012 0.031 114 D 0.622 0.013 0.003 0.006 0.343 0.012 115 R 0.056 0.002 0.023 0.011 0.900 0.008 116 E 0.006 0.001 0.023 0.011 0.953 0.006 117 G 0.047 0.012 0.016 0.005 0.908 0.011 118 Y 0.361 0.081 0.004 0.004 0.173 0.378 119 R 0.681 0.121 0.003 0.002 0.067 0.125 120 L 0.614 0.038 0.010 0.003 0.159 0.177 121 G 0.409 0.016 0.019 0.004 0.282 0.269 122 H 0.174 0.012 0.018 0.008 0.475 0.312 123 G 0.121 0.022 0.020 0.022 0.433 0.382 124 Q 0.189 0.032 0.031 0.063 0.365 0.319 125 G 0.225 0.053 0.034 0.147 0.232 0.310 126 F 0.149 0.035 0.037 0.497 0.125 0.158 127 Y 0.102 0.017 0.033 0.680 0.076 0.092 128 D 0.037 0.005 0.038 0.704 0.138 0.079 129 R 0.014 0.003 0.093 0.752 0.111 0.027 130 F 0.015 0.009 0.091 0.772 0.085 0.027 131 L 0.008 0.006 0.143 0.666 0.157 0.019 132 K 0.003 0.001 0.148 0.644 0.162 0.042 133 E 0.007 0.005 0.135 0.449 0.268 0.136 134 V 0.015 0.024 0.038 0.256 0.394 0.273 135 R 0.019 0.007 0.008 0.030 0.214 0.722 136 A 0.075 0.004 0.012 0.016 0.297 0.597 137 A 0.327 0.005 0.014 0.007 0.249 0.398 138 T 0.899 0.006 0.004 0.004 0.031 0.056 139 V 0.978 0.002 0.001 0.002 0.005 0.012 140 G 0.986 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 141 V 0.961 0.003 0.001 0.008 0.007 0.019 142 V 0.693 0.011 0.007 0.023 0.075 0.191 143 P 0.258 0.009 0.072 0.067 0.292 0.302 144 Q 0.090 0.006 0.323 0.106 0.334 0.142 145 A 0.045 0.010 0.450 0.183 0.261 0.052 146 L 0.077 0.048 0.261 0.252 0.294 0.069 147 L 0.074 0.030 0.179 0.317 0.271 0.127 148 F 0.041 0.022 0.156 0.147 0.454 0.180 149 P 0.015 0.007 0.245 0.154 0.406 0.173 150 A 0.016 0.012 0.203 0.060 0.478 0.231 151 L 0.020 0.031 0.033 0.011 0.474 0.431 152 P 0.023 0.021 0.014 0.012 0.299 0.631 153 R 0.024 0.038 0.012 0.008 0.252 0.666 154 D 0.025 0.035 0.018 0.006 0.440 0.476 155 P 0.003 0.005 0.582 0.026 0.344 0.039 156 W 0.008 0.005 0.556 0.035 0.354 0.042 157 D 0.011 0.008 0.435 0.025 0.475 0.046 158 V 0.037 0.027 0.049 0.026 0.546 0.316 159 P 0.081 0.033 0.023 0.013 0.424 0.426 160 V 0.103 0.016 0.059 0.037 0.550 0.236 161 D 0.197 0.003 0.044 0.024 0.469 0.263 162 H 0.733 0.016 0.039 0.014 0.110 0.087 163 L 0.894 0.011 0.005 0.011 0.022 0.057 164 A 0.810 0.020 0.002 0.009 0.018 0.141 165 T 0.531 0.012 0.003 0.006 0.226 0.223 166 E 0.077 0.002 0.037 0.024 0.758 0.101 167 A 0.020 0.001 0.033 0.046 0.863 0.037 168 G 0.076 0.013 0.036 0.032 0.807 0.036 169 V 0.562 0.028 0.013 0.071 0.146 0.180 170 E 0.721 0.033 0.012 0.088 0.042 0.105 171 A 0.618 0.020 0.017 0.111 0.100 0.134 172 V 0.455 0.021 0.012 0.058 0.150 0.305 173 K 0.188 0.015 0.014 0.023 0.296 0.464 174 R 0.092 0.016 0.008 0.007 0.346 0.530 175 P 0.078 0.028 0.008 0.004 0.285 0.598 176 A 0.045 0.021 0.005 0.001 0.254 0.674 177 P 0.042 0.026 0.010 0.002 0.292 0.627 178 G 0.044 0.039 0.012 0.003 0.275 0.627 179 P 0.068 0.046 0.025 0.008 0.371 0.482 180 G 0.069 0.018 0.032 0.007 0.443 0.430 181 G 0.124 0.026 0.021 0.007 0.407 0.415 182 L 0.126 0.053 0.016 0.011 0.288 0.506 183 L 0.106 0.047 0.005 0.011 0.207 0.625 184 D 0.045 0.006 0.002 0.009 0.133 0.805