# TARGET T0276 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0276.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 187.973 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.634 0.126 0.060 0.062 0.034 0.024 0.028 0.017 0.009 0.004 0.002 2 T 0.234 0.445 0.094 0.122 0.048 0.026 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 3 K 0.028 0.062 0.092 0.129 0.156 0.206 0.178 0.085 0.041 0.016 0.005 4 A 0.704 0.118 0.089 0.055 0.020 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 5 E 0.023 0.051 0.417 0.377 0.104 0.021 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 6 L 0.007 0.011 0.168 0.035 0.022 0.058 0.218 0.192 0.151 0.097 0.040 7 R 0.001 0.002 0.283 0.082 0.109 0.180 0.240 0.071 0.024 0.008 0.002 8 R 0.001 0.006 0.928 0.045 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.001 0.007 0.238 0.227 0.251 0.190 0.071 0.012 0.003 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.074 0.002 0.002 0.006 0.100 0.140 0.294 0.249 0.133 11 R 0.001 0.001 0.153 0.153 0.240 0.218 0.177 0.041 0.012 0.004 0.001 12 A 0.002 0.007 0.944 0.034 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.005 0.115 0.046 0.090 0.215 0.377 0.094 0.041 0.013 0.004 14 W 0.001 0.001 0.082 0.005 0.006 0.009 0.112 0.169 0.265 0.236 0.115 15 R 0.003 0.015 0.614 0.188 0.116 0.040 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 16 R 0.014 0.036 0.831 0.073 0.031 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.016 0.012 0.026 0.020 0.040 0.110 0.333 0.169 0.133 0.094 0.046 18 D 0.330 0.298 0.119 0.084 0.047 0.035 0.041 0.020 0.014 0.008 0.004 19 L 0.087 0.099 0.201 0.118 0.101 0.106 0.113 0.066 0.054 0.037 0.019 20 K 0.161 0.150 0.206 0.185 0.130 0.078 0.059 0.016 0.010 0.004 0.002 21 A 0.339 0.090 0.254 0.116 0.059 0.046 0.047 0.021 0.014 0.008 0.005 22 L 0.015 0.023 0.100 0.106 0.121 0.180 0.196 0.103 0.081 0.051 0.024 23 S 0.005 0.012 0.102 0.027 0.029 0.068 0.202 0.195 0.188 0.115 0.058 24 R 0.012 0.025 0.429 0.265 0.150 0.070 0.032 0.009 0.005 0.002 0.001 25 A 0.033 0.050 0.548 0.117 0.091 0.069 0.056 0.017 0.011 0.006 0.004 26 V 0.001 0.003 0.032 0.021 0.020 0.041 0.135 0.137 0.233 0.210 0.166 27 G 0.001 0.001 0.012 0.010 0.027 0.086 0.308 0.209 0.181 0.114 0.052 28 A 0.014 0.027 0.702 0.160 0.059 0.024 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 29 A 0.003 0.015 0.110 0.084 0.156 0.223 0.260 0.081 0.043 0.018 0.007 30 L 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.004 0.023 0.060 0.183 0.317 0.401 31 L 0.002 0.005 0.021 0.056 0.128 0.220 0.296 0.128 0.088 0.040 0.015 32 P 0.052 0.065 0.679 0.129 0.043 0.019 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 33 W 0.008 0.013 0.017 0.046 0.073 0.156 0.353 0.156 0.100 0.054 0.024 34 L 0.021 0.008 0.011 0.018 0.016 0.030 0.088 0.144 0.240 0.245 0.179 35 R 0.024 0.048 0.152 0.202 0.175 0.170 0.125 0.052 0.029 0.015 0.009 36 E 0.044 0.060 0.376 0.154 0.101 0.088 0.082 0.041 0.029 0.015 0.010 37 R 0.030 0.033 0.031 0.095 0.117 0.178 0.248 0.124 0.073 0.047 0.022 38 G 0.285 0.264 0.120 0.170 0.074 0.040 0.027 0.008 0.006 0.003 0.002 39 F 0.003 0.003 0.007 0.013 0.019 0.026 0.074 0.118 0.213 0.237 0.287 40 R 0.066 0.133 0.126 0.259 0.190 0.111 0.080 0.022 0.009 0.003 0.002 41 H 0.003 0.024 0.025 0.113 0.156 0.197 0.227 0.119 0.078 0.037 0.021 42 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.041 0.121 0.231 0.308 0.285 43 L 0.002 0.005 0.007 0.035 0.073 0.119 0.221 0.197 0.178 0.095 0.069 44 L 0.001 0.002 0.004 0.006 0.005 0.010 0.051 0.115 0.244 0.304 0.258 45 Y 0.002 0.003 0.003 0.025 0.041 0.076 0.191 0.222 0.216 0.143 0.080 46 H 0.003 0.008 0.005 0.017 0.023 0.037 0.121 0.183 0.252 0.209 0.141 47 P 0.033 0.034 0.015 0.078 0.089 0.094 0.156 0.161 0.165 0.110 0.064 48 L 0.034 0.037 0.016 0.080 0.112 0.138 0.193 0.160 0.117 0.069 0.043 49 P 0.182 0.169 0.047 0.182 0.163 0.096 0.073 0.044 0.024 0.014 0.006 50 H 0.141 0.125 0.033 0.143 0.121 0.118 0.113 0.088 0.063 0.037 0.018 51 E 0.020 0.022 0.008 0.041 0.065 0.102 0.200 0.171 0.167 0.122 0.082 52 L 0.023 0.010 0.008 0.018 0.020 0.036 0.110 0.153 0.215 0.224 0.183 53 N 0.021 0.067 0.047 0.206 0.210 0.158 0.126 0.069 0.049 0.029 0.017 54 L 0.002 0.008 0.006 0.015 0.015 0.021 0.066 0.127 0.224 0.259 0.256 55 L 0.015 0.018 0.026 0.114 0.198 0.222 0.199 0.097 0.065 0.030 0.016 56 P 0.136 0.130 0.212 0.222 0.122 0.078 0.060 0.019 0.012 0.006 0.004 57 L 0.001 0.005 0.008 0.033 0.049 0.091 0.208 0.190 0.179 0.141 0.094 58 M 0.002 0.002 0.006 0.008 0.010 0.020 0.084 0.136 0.254 0.262 0.215 59 E 0.028 0.049 0.222 0.284 0.192 0.112 0.070 0.025 0.011 0.005 0.004 60 A 0.031 0.103 0.328 0.187 0.125 0.105 0.071 0.024 0.015 0.007 0.004 61 Y 0.003 0.004 0.003 0.016 0.031 0.081 0.207 0.190 0.177 0.160 0.126 62 P 0.669 0.219 0.031 0.049 0.017 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 63 A 0.046 0.040 0.038 0.094 0.104 0.120 0.188 0.139 0.122 0.074 0.033 64 R 0.082 0.175 0.060 0.281 0.208 0.116 0.054 0.014 0.006 0.003 0.002 65 Y 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.022 0.085 0.153 0.249 0.251 0.224 66 Y 0.001 0.005 0.005 0.040 0.085 0.153 0.255 0.194 0.141 0.078 0.042 67 L 0.001 0.004 0.003 0.014 0.018 0.034 0.110 0.179 0.241 0.212 0.183 68 P 0.005 0.005 0.004 0.026 0.040 0.067 0.153 0.183 0.229 0.177 0.110 69 K 0.030 0.086 0.028 0.213 0.206 0.149 0.143 0.074 0.043 0.018 0.008 70 V 0.005 0.008 0.004 0.020 0.025 0.035 0.094 0.153 0.243 0.248 0.166 71 A 0.044 0.106 0.057 0.266 0.220 0.137 0.094 0.041 0.020 0.008 0.006 72 G 0.401 0.223 0.064 0.161 0.080 0.035 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 73 K 0.140 0.142 0.048 0.181 0.155 0.133 0.105 0.054 0.025 0.012 0.004 74 G 0.358 0.254 0.054 0.178 0.092 0.040 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 75 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.045 0.102 0.243 0.279 0.309 76 T 0.037 0.165 0.092 0.265 0.189 0.116 0.087 0.026 0.014 0.005 0.004 77 V 0.004 0.006 0.004 0.012 0.016 0.025 0.077 0.134 0.221 0.240 0.260 78 H 0.043 0.083 0.036 0.179 0.190 0.167 0.149 0.075 0.042 0.021 0.013 79 P 0.221 0.150 0.062 0.164 0.133 0.089 0.080 0.045 0.032 0.017 0.008 80 F 0.024 0.023 0.012 0.053 0.066 0.086 0.186 0.170 0.163 0.132 0.085 81 G 0.151 0.191 0.062 0.159 0.120 0.083 0.087 0.056 0.047 0.029 0.015 82 P 0.318 0.153 0.039 0.110 0.083 0.067 0.077 0.054 0.046 0.033 0.020 83 L 0.168 0.081 0.027 0.084 0.080 0.085 0.134 0.113 0.100 0.074 0.053 84 A 0.280 0.135 0.042 0.110 0.091 0.078 0.089 0.063 0.051 0.036 0.026 85 P 0.365 0.206 0.049 0.127 0.085 0.054 0.043 0.028 0.021 0.014 0.008 86 G 0.353 0.148 0.046 0.100 0.082 0.066 0.064 0.052 0.041 0.030 0.019 87 P 0.234 0.121 0.052 0.132 0.110 0.084 0.100 0.065 0.049 0.033 0.020 88 F 0.039 0.041 0.027 0.084 0.096 0.108 0.183 0.151 0.134 0.088 0.049 89 G 0.110 0.109 0.064 0.171 0.142 0.108 0.117 0.074 0.054 0.031 0.019 90 L 0.022 0.019 0.015 0.035 0.038 0.056 0.121 0.160 0.195 0.191 0.148 91 L 0.041 0.059 0.035 0.093 0.110 0.125 0.164 0.130 0.117 0.080 0.045 92 E 0.030 0.039 0.013 0.054 0.069 0.080 0.154 0.170 0.161 0.134 0.096 93 P 0.044 0.040 0.022 0.062 0.077 0.086 0.168 0.146 0.143 0.121 0.091 94 T 0.162 0.091 0.053 0.146 0.125 0.093 0.120 0.076 0.061 0.044 0.030 95 T 0.121 0.117 0.035 0.154 0.142 0.111 0.123 0.079 0.057 0.042 0.020 96 P 0.366 0.193 0.067 0.123 0.071 0.051 0.049 0.029 0.022 0.016 0.011 97 P 0.415 0.093 0.036 0.087 0.068 0.070 0.096 0.049 0.038 0.027 0.021 98 E 0.470 0.197 0.049 0.087 0.050 0.039 0.037 0.024 0.022 0.016 0.009 99 D 0.238 0.281 0.073 0.207 0.094 0.050 0.030 0.012 0.008 0.004 0.003 100 P 0.268 0.140 0.061 0.144 0.115 0.088 0.075 0.042 0.030 0.019 0.019 101 R 0.089 0.130 0.083 0.238 0.191 0.131 0.092 0.028 0.012 0.005 0.002 102 V 0.012 0.054 0.048 0.250 0.267 0.189 0.125 0.033 0.015 0.006 0.002 103 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.040 0.116 0.245 0.299 0.287 104 D 0.001 0.010 0.020 0.122 0.207 0.228 0.233 0.103 0.047 0.019 0.011 105 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.014 0.091 0.195 0.262 0.255 0.175 106 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.049 0.139 0.215 0.279 0.307 107 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.028 0.091 0.211 0.316 0.347 108 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.008 0.015 0.066 0.145 0.274 0.264 0.218 109 P 0.001 0.001 0.002 0.008 0.012 0.031 0.144 0.225 0.266 0.199 0.110 110 G 0.002 0.003 0.004 0.015 0.024 0.050 0.147 0.210 0.225 0.201 0.120 111 L 0.002 0.004 0.004 0.015 0.021 0.039 0.109 0.172 0.242 0.216 0.178 112 A 0.003 0.005 0.004 0.019 0.031 0.052 0.125 0.189 0.231 0.199 0.142 113 F 0.004 0.008 0.005 0.024 0.035 0.052 0.121 0.172 0.221 0.196 0.162 114 D 0.007 0.017 0.010 0.070 0.102 0.120 0.178 0.169 0.152 0.101 0.074 115 R 0.110 0.108 0.046 0.186 0.180 0.144 0.112 0.055 0.033 0.017 0.008 116 E 0.308 0.168 0.070 0.190 0.113 0.063 0.047 0.019 0.012 0.006 0.003 117 G 0.111 0.062 0.029 0.097 0.090 0.101 0.138 0.112 0.106 0.087 0.069 118 Y 0.018 0.042 0.021 0.098 0.115 0.146 0.210 0.137 0.106 0.065 0.043 119 R 0.011 0.028 0.020 0.058 0.070 0.108 0.177 0.155 0.149 0.123 0.101 120 L 0.011 0.010 0.007 0.028 0.031 0.040 0.092 0.132 0.196 0.217 0.236 121 G 0.056 0.032 0.017 0.071 0.088 0.102 0.146 0.140 0.156 0.110 0.083 122 H 0.042 0.071 0.039 0.139 0.136 0.131 0.169 0.107 0.088 0.052 0.028 123 G 0.032 0.026 0.018 0.062 0.063 0.079 0.147 0.155 0.170 0.145 0.102 124 Q 0.025 0.071 0.038 0.169 0.204 0.178 0.149 0.077 0.049 0.027 0.013 125 G 0.033 0.041 0.032 0.074 0.075 0.090 0.158 0.147 0.156 0.115 0.079 126 F 0.013 0.021 0.016 0.059 0.081 0.122 0.210 0.169 0.143 0.103 0.063 127 Y 0.007 0.012 0.012 0.029 0.032 0.040 0.130 0.168 0.217 0.203 0.150 128 D 0.007 0.016 0.022 0.097 0.119 0.133 0.153 0.133 0.140 0.104 0.076 129 R 0.042 0.042 0.094 0.121 0.111 0.119 0.155 0.102 0.103 0.068 0.044 130 F 0.006 0.009 0.023 0.063 0.072 0.086 0.201 0.184 0.168 0.119 0.070 131 L 0.003 0.004 0.012 0.017 0.020 0.034 0.111 0.155 0.230 0.234 0.181 132 K 0.013 0.031 0.141 0.211 0.186 0.156 0.130 0.062 0.038 0.020 0.011 133 E 0.082 0.111 0.218 0.183 0.125 0.113 0.096 0.037 0.020 0.010 0.006 134 V 0.011 0.014 0.014 0.035 0.042 0.066 0.158 0.172 0.185 0.177 0.127 135 R 0.268 0.291 0.075 0.176 0.092 0.045 0.031 0.010 0.007 0.004 0.003 136 A 0.053 0.030 0.019 0.047 0.053 0.056 0.113 0.132 0.180 0.152 0.166 137 A 0.099 0.098 0.058 0.175 0.172 0.134 0.135 0.063 0.036 0.017 0.011 138 T 0.010 0.035 0.026 0.119 0.157 0.206 0.215 0.107 0.071 0.034 0.021 139 V 0.002 0.001 0.001 0.005 0.006 0.013 0.049 0.114 0.208 0.277 0.324 140 G 0.004 0.005 0.005 0.018 0.027 0.052 0.147 0.178 0.222 0.181 0.163 141 V 0.003 0.008 0.007 0.016 0.014 0.020 0.072 0.122 0.223 0.253 0.263 142 V 0.002 0.003 0.002 0.015 0.021 0.034 0.082 0.137 0.210 0.225 0.269 143 P 0.026 0.051 0.031 0.127 0.174 0.167 0.186 0.110 0.075 0.035 0.018 144 Q 0.141 0.108 0.059 0.211 0.168 0.112 0.098 0.050 0.031 0.016 0.007 145 A 0.022 0.025 0.022 0.081 0.081 0.105 0.155 0.136 0.158 0.119 0.096 146 L 0.012 0.021 0.019 0.058 0.074 0.103 0.174 0.165 0.165 0.124 0.082 147 L 0.022 0.064 0.046 0.119 0.127 0.134 0.180 0.125 0.090 0.056 0.036 148 F 0.010 0.018 0.017 0.047 0.069 0.087 0.161 0.163 0.180 0.142 0.106 149 P 0.309 0.155 0.070 0.159 0.116 0.067 0.061 0.029 0.019 0.009 0.005 150 A 0.293 0.180 0.062 0.177 0.114 0.069 0.058 0.022 0.015 0.007 0.003 151 L 0.018 0.021 0.011 0.036 0.046 0.066 0.137 0.163 0.197 0.175 0.128 152 P 0.313 0.264 0.059 0.130 0.080 0.057 0.046 0.022 0.014 0.008 0.006 153 R 0.212 0.124 0.046 0.115 0.117 0.112 0.119 0.070 0.046 0.026 0.013 154 D 0.278 0.128 0.026 0.090 0.081 0.072 0.099 0.077 0.065 0.050 0.035 155 P 0.354 0.150 0.048 0.148 0.100 0.066 0.053 0.031 0.025 0.016 0.010 156 W 0.080 0.064 0.026 0.106 0.117 0.126 0.171 0.123 0.096 0.059 0.032 157 D 0.035 0.051 0.036 0.104 0.094 0.115 0.156 0.137 0.113 0.087 0.072 158 V 0.070 0.085 0.047 0.139 0.132 0.127 0.153 0.096 0.072 0.049 0.030 159 P 0.196 0.159 0.077 0.202 0.136 0.088 0.074 0.033 0.020 0.010 0.004 160 V 0.009 0.006 0.005 0.017 0.024 0.033 0.102 0.153 0.234 0.222 0.196 161 D 0.022 0.080 0.075 0.254 0.203 0.150 0.116 0.050 0.028 0.013 0.008 162 H 0.005 0.028 0.026 0.110 0.145 0.194 0.219 0.134 0.077 0.044 0.018 163 L 0.004 0.003 0.004 0.010 0.015 0.028 0.096 0.160 0.223 0.251 0.206 164 A 0.002 0.006 0.006 0.024 0.038 0.053 0.143 0.157 0.217 0.200 0.152 165 T 0.002 0.017 0.016 0.052 0.059 0.059 0.137 0.163 0.205 0.160 0.130 166 E 0.142 0.130 0.073 0.239 0.174 0.111 0.072 0.031 0.016 0.008 0.004 167 A 0.319 0.163 0.069 0.186 0.120 0.067 0.048 0.017 0.007 0.003 0.001 168 G 0.144 0.165 0.052 0.199 0.137 0.106 0.095 0.044 0.033 0.017 0.008 169 V 0.008 0.012 0.009 0.024 0.033 0.064 0.139 0.146 0.209 0.193 0.163 170 E 0.058 0.150 0.119 0.208 0.154 0.117 0.104 0.045 0.026 0.013 0.007 171 A 0.057 0.094 0.074 0.153 0.140 0.126 0.145 0.092 0.063 0.037 0.018 172 V 0.032 0.033 0.022 0.084 0.110 0.119 0.180 0.141 0.126 0.094 0.060 173 K 0.182 0.183 0.070 0.190 0.140 0.092 0.072 0.034 0.022 0.010 0.005 174 R 0.117 0.123 0.066 0.151 0.138 0.117 0.125 0.072 0.049 0.029 0.012 175 P 0.395 0.209 0.073 0.124 0.069 0.041 0.042 0.021 0.013 0.009 0.004 176 A 0.356 0.149 0.040 0.102 0.085 0.066 0.085 0.049 0.036 0.021 0.009 177 P 0.580 0.178 0.039 0.085 0.044 0.025 0.020 0.012 0.009 0.006 0.003 178 G 0.216 0.150 0.046 0.119 0.106 0.096 0.104 0.066 0.049 0.029 0.017 179 P 0.425 0.173 0.058 0.101 0.069 0.051 0.050 0.032 0.023 0.013 0.006 180 G 0.301 0.139 0.040 0.124 0.115 0.091 0.083 0.049 0.033 0.018 0.006 181 G 0.342 0.195 0.068 0.128 0.085 0.053 0.051 0.033 0.024 0.014 0.007 182 L 0.148 0.089 0.050 0.128 0.103 0.096 0.127 0.093 0.076 0.057 0.033 183 L 0.092 0.101 0.059 0.135 0.145 0.142 0.133 0.085 0.059 0.034 0.015 184 D 0.348 0.236 0.068 0.125 0.077 0.044 0.037 0.028 0.020 0.012 0.006