# TARGET T0276 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0276.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 187.973 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.001 0.979 2 T 0.006 0.028 0.002 0.199 0.007 0.004 0.753 3 K 0.001 0.001 0.004 0.968 0.002 0.008 0.017 4 A 0.001 0.001 0.004 0.984 0.002 0.005 0.005 5 E 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.003 6 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.002 0.003 7 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 8 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.002 11 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 12 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 13 A 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.012 0.001 14 W 0.001 0.001 0.016 0.921 0.002 0.055 0.004 15 R 0.001 0.001 0.033 0.634 0.008 0.318 0.006 16 R 0.001 0.001 0.026 0.417 0.023 0.503 0.031 17 L 0.001 0.003 0.006 0.202 0.307 0.139 0.343 18 D 0.001 0.004 0.005 0.077 0.061 0.050 0.803 19 L 0.001 0.001 0.051 0.772 0.026 0.063 0.087 20 K 0.001 0.001 0.031 0.916 0.010 0.026 0.016 21 A 0.001 0.001 0.022 0.952 0.003 0.013 0.009 22 L 0.001 0.001 0.006 0.962 0.003 0.016 0.012 23 S 0.001 0.001 0.004 0.969 0.003 0.011 0.013 24 R 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.008 0.001 25 A 0.001 0.001 0.005 0.980 0.001 0.011 0.003 26 V 0.001 0.001 0.009 0.968 0.002 0.017 0.005 27 G 0.001 0.001 0.011 0.960 0.002 0.024 0.003 28 A 0.001 0.001 0.019 0.898 0.002 0.079 0.002 29 A 0.001 0.001 0.021 0.849 0.002 0.119 0.008 30 L 0.001 0.001 0.035 0.816 0.010 0.098 0.040 31 L 0.001 0.001 0.034 0.856 0.020 0.046 0.042 32 P 0.001 0.001 0.031 0.900 0.012 0.041 0.015 33 W 0.001 0.001 0.012 0.938 0.007 0.027 0.015 34 L 0.002 0.002 0.020 0.935 0.007 0.023 0.012 35 R 0.002 0.001 0.023 0.927 0.004 0.037 0.006 36 E 0.006 0.001 0.033 0.792 0.021 0.128 0.019 37 R 0.005 0.002 0.022 0.290 0.054 0.592 0.036 38 G 0.008 0.003 0.005 0.006 0.031 0.858 0.089 39 F 0.058 0.003 0.003 0.001 0.019 0.009 0.908 40 R 0.410 0.002 0.005 0.001 0.398 0.011 0.174 41 H 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 42 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 43 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 L 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 45 Y 0.889 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.095 46 H 0.530 0.010 0.001 0.001 0.123 0.005 0.330 47 P 0.184 0.032 0.002 0.001 0.165 0.021 0.595 48 L 0.054 0.009 0.006 0.004 0.352 0.040 0.535 49 P 0.004 0.002 0.052 0.033 0.104 0.779 0.026 50 H 0.008 0.005 0.118 0.047 0.131 0.640 0.052 51 E 0.058 0.051 0.119 0.083 0.195 0.106 0.389 52 L 0.095 0.160 0.061 0.116 0.126 0.113 0.328 53 N 0.058 0.054 0.044 0.074 0.083 0.098 0.588 54 L 0.015 0.011 0.063 0.452 0.045 0.053 0.360 55 L 0.002 0.001 0.032 0.917 0.016 0.008 0.025 56 P 0.001 0.001 0.072 0.908 0.003 0.009 0.007 57 L 0.001 0.001 0.072 0.911 0.002 0.011 0.002 58 M 0.003 0.002 0.099 0.862 0.003 0.029 0.002 59 E 0.002 0.001 0.073 0.717 0.004 0.200 0.003 60 A 0.002 0.001 0.049 0.361 0.028 0.542 0.017 61 Y 0.011 0.004 0.004 0.020 0.462 0.041 0.458 62 P 0.016 0.004 0.015 0.005 0.118 0.096 0.746 63 A 0.253 0.007 0.016 0.002 0.260 0.045 0.417 64 R 0.747 0.008 0.005 0.001 0.055 0.010 0.174 65 Y 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 66 Y 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 67 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 68 P 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.038 69 K 0.930 0.002 0.001 0.001 0.015 0.001 0.051 70 V 0.865 0.005 0.002 0.001 0.018 0.004 0.105 71 A 0.499 0.015 0.010 0.002 0.122 0.057 0.294 72 G 0.241 0.006 0.018 0.001 0.277 0.118 0.338 73 K 0.078 0.004 0.022 0.001 0.313 0.323 0.258 74 G 0.311 0.010 0.022 0.001 0.157 0.237 0.262 75 L 0.662 0.007 0.003 0.001 0.045 0.008 0.275 76 T 0.946 0.005 0.001 0.001 0.005 0.002 0.041 77 V 0.967 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 78 H 0.947 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.044 79 P 0.850 0.004 0.002 0.001 0.013 0.002 0.129 80 F 0.384 0.022 0.004 0.001 0.133 0.019 0.436 81 G 0.101 0.015 0.002 0.001 0.254 0.019 0.610 82 P 0.036 0.012 0.004 0.001 0.224 0.066 0.657 83 L 0.021 0.032 0.006 0.001 0.209 0.046 0.685 84 A 0.076 0.021 0.004 0.001 0.318 0.053 0.527 85 P 0.059 0.123 0.010 0.002 0.270 0.080 0.456 86 G 0.022 0.014 0.013 0.001 0.330 0.046 0.574 87 P 0.021 0.013 0.086 0.008 0.170 0.437 0.265 88 F 0.020 0.028 0.094 0.006 0.097 0.652 0.103 89 G 0.046 0.015 0.053 0.003 0.340 0.350 0.193 90 L 0.110 0.048 0.016 0.003 0.130 0.035 0.657 91 L 0.240 0.368 0.008 0.002 0.070 0.012 0.300 92 E 0.147 0.056 0.005 0.001 0.104 0.009 0.679 93 P 0.071 0.040 0.007 0.001 0.130 0.058 0.694 94 T 0.022 0.026 0.006 0.001 0.301 0.060 0.584 95 T 0.012 0.027 0.002 0.001 0.323 0.026 0.609 96 P 0.004 0.011 0.002 0.001 0.057 0.013 0.912 97 P 0.009 0.026 0.033 0.001 0.173 0.125 0.633 98 E 0.011 0.036 0.045 0.003 0.339 0.203 0.364 99 D 0.017 0.015 0.020 0.001 0.400 0.017 0.530 100 P 0.011 0.005 0.375 0.069 0.078 0.154 0.309 101 R 0.049 0.008 0.418 0.075 0.129 0.215 0.107 102 V 0.203 0.035 0.246 0.039 0.073 0.094 0.310 103 L 0.459 0.013 0.016 0.007 0.029 0.013 0.464 104 D 0.489 0.002 0.005 0.003 0.292 0.012 0.197 105 L 0.975 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.014 106 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 107 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 108 V 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.036 109 P 0.762 0.001 0.001 0.001 0.033 0.005 0.198 110 G 0.520 0.003 0.020 0.002 0.170 0.022 0.263 111 L 0.666 0.009 0.036 0.013 0.080 0.018 0.178 112 A 0.865 0.005 0.005 0.012 0.015 0.017 0.081 113 F 0.733 0.156 0.002 0.027 0.018 0.010 0.053 114 D 0.323 0.016 0.001 0.003 0.049 0.005 0.603 115 R 0.008 0.001 0.011 0.005 0.046 0.912 0.016 116 E 0.001 0.001 0.007 0.002 0.013 0.974 0.002 117 G 0.033 0.006 0.052 0.006 0.403 0.424 0.075 118 Y 0.139 0.063 0.016 0.006 0.176 0.045 0.555 119 R 0.406 0.305 0.033 0.007 0.089 0.031 0.130 120 L 0.396 0.117 0.062 0.008 0.080 0.128 0.208 121 G 0.139 0.024 0.027 0.008 0.161 0.403 0.239 122 H 0.078 0.030 0.011 0.005 0.413 0.103 0.361 123 G 0.056 0.028 0.013 0.019 0.455 0.118 0.312 124 Q 0.046 0.013 0.025 0.060 0.247 0.285 0.324 125 G 0.077 0.077 0.037 0.153 0.248 0.149 0.259 126 F 0.072 0.046 0.043 0.452 0.104 0.124 0.159 127 Y 0.031 0.017 0.031 0.633 0.064 0.099 0.125 128 D 0.014 0.009 0.033 0.754 0.037 0.038 0.114 129 R 0.004 0.001 0.047 0.890 0.014 0.032 0.012 130 F 0.009 0.003 0.079 0.840 0.008 0.047 0.013 131 L 0.007 0.003 0.247 0.685 0.007 0.039 0.012 132 K 0.003 0.001 0.236 0.594 0.012 0.148 0.006 133 E 0.007 0.003 0.229 0.254 0.026 0.455 0.026 134 V 0.023 0.010 0.036 0.071 0.383 0.073 0.405 135 R 0.030 0.008 0.022 0.012 0.102 0.043 0.783 136 A 0.096 0.013 0.065 0.006 0.206 0.097 0.518 137 A 0.244 0.004 0.023 0.002 0.328 0.069 0.330 138 T 0.878 0.002 0.007 0.001 0.029 0.011 0.073 139 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 140 G 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 141 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 142 V 0.824 0.002 0.001 0.002 0.014 0.002 0.156 143 P 0.332 0.003 0.011 0.003 0.103 0.015 0.533 144 Q 0.111 0.008 0.192 0.034 0.218 0.117 0.320 145 A 0.079 0.010 0.412 0.046 0.119 0.185 0.149 146 L 0.089 0.018 0.269 0.047 0.167 0.244 0.165 147 L 0.131 0.065 0.117 0.065 0.137 0.268 0.216 148 F 0.075 0.024 0.056 0.013 0.159 0.049 0.624 149 P 0.036 0.011 0.065 0.006 0.122 0.233 0.528 150 A 0.048 0.075 0.071 0.007 0.243 0.293 0.263 151 L 0.030 0.013 0.002 0.001 0.608 0.005 0.342 152 P 0.026 0.024 0.003 0.001 0.114 0.033 0.800 153 R 0.017 0.198 0.014 0.002 0.313 0.055 0.401 154 D 0.013 0.021 0.019 0.001 0.419 0.035 0.492 155 P 0.001 0.002 0.231 0.010 0.031 0.706 0.019 156 W 0.005 0.012 0.251 0.023 0.056 0.604 0.049 157 D 0.035 0.060 0.267 0.024 0.134 0.145 0.336 158 V 0.169 0.134 0.024 0.019 0.396 0.040 0.218 159 P 0.283 0.091 0.020 0.003 0.083 0.032 0.488 160 V 0.143 0.028 0.322 0.022 0.044 0.077 0.364 161 D 0.121 0.004 0.278 0.032 0.388 0.049 0.128 162 H 0.430 0.004 0.381 0.050 0.029 0.045 0.060 163 L 0.926 0.009 0.009 0.020 0.004 0.005 0.027 164 A 0.899 0.075 0.001 0.008 0.003 0.001 0.013 165 T 0.602 0.004 0.002 0.003 0.007 0.006 0.376 166 E 0.044 0.002 0.237 0.080 0.080 0.480 0.077 167 A 0.007 0.001 0.184 0.020 0.036 0.748 0.005 168 G 0.022 0.002 0.173 0.009 0.097 0.664 0.032 169 V 0.352 0.045 0.010 0.013 0.027 0.015 0.538 170 E 0.795 0.056 0.003 0.007 0.008 0.003 0.128 171 A 0.858 0.021 0.005 0.004 0.011 0.005 0.098 172 V 0.635 0.014 0.004 0.002 0.058 0.036 0.251 173 K 0.352 0.024 0.007 0.001 0.232 0.043 0.341 174 R 0.136 0.032 0.002 0.001 0.257 0.015 0.557 175 P 0.078 0.049 0.003 0.001 0.214 0.055 0.601 176 A 0.036 0.042 0.001 0.001 0.312 0.034 0.574 177 P 0.029 0.048 0.002 0.001 0.291 0.151 0.479 178 G 0.010 0.027 0.002 0.001 0.292 0.028 0.640 179 P 0.011 0.010 0.023 0.003 0.188 0.499 0.267 180 G 0.012 0.012 0.037 0.007 0.146 0.574 0.212 181 G 0.039 0.038 0.049 0.006 0.368 0.115 0.385 182 L 0.059 0.050 0.026 0.007 0.183 0.069 0.606 183 L 0.060 0.075 0.004 0.006 0.046 0.015 0.795 184 D 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.990