# TARGET T0276 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0276.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 187.973 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.251 0.162 0.350 0.058 0.083 0.025 0.034 0.014 0.011 0.011 0.001 2 T 0.104 0.118 0.518 0.018 0.036 0.129 0.007 0.001 0.061 0.007 0.002 3 K 0.989 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 E 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 L 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 R 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 W 0.978 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 R 0.970 0.001 0.003 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 R 0.647 0.002 0.006 0.336 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 17 L 0.431 0.051 0.327 0.089 0.008 0.041 0.028 0.004 0.021 0.001 0.001 18 D 0.503 0.030 0.200 0.060 0.013 0.097 0.054 0.012 0.025 0.005 0.001 19 L 0.964 0.002 0.003 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 K 0.989 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.982 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 S 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 R 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 V 0.987 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 G 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 A 0.977 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.846 0.002 0.005 0.144 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.953 0.004 0.024 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 32 P 0.959 0.001 0.018 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 W 0.921 0.005 0.016 0.051 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.933 0.005 0.025 0.027 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 35 R 0.934 0.013 0.017 0.026 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.802 0.017 0.036 0.121 0.003 0.011 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 37 R 0.395 0.068 0.146 0.344 0.014 0.008 0.011 0.002 0.012 0.001 0.001 38 G 0.063 0.004 0.023 0.046 0.018 0.004 0.278 0.492 0.004 0.068 0.001 39 F 0.055 0.156 0.636 0.032 0.064 0.034 0.008 0.005 0.006 0.004 0.001 40 R 0.328 0.157 0.100 0.360 0.025 0.016 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 41 H 0.004 0.805 0.106 0.002 0.066 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 42 I 0.008 0.853 0.076 0.002 0.006 0.016 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 43 L 0.005 0.813 0.111 0.001 0.026 0.021 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 44 L 0.010 0.762 0.142 0.005 0.027 0.032 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 45 Y 0.015 0.631 0.161 0.017 0.070 0.049 0.004 0.001 0.049 0.003 0.001 46 H 0.009 0.578 0.159 0.002 0.049 0.035 0.012 0.001 0.154 0.001 0.001 47 P 0.125 0.011 0.647 0.033 0.001 0.101 0.003 0.001 0.004 0.002 0.073 48 L 0.048 0.288 0.401 0.004 0.025 0.036 0.016 0.001 0.178 0.001 0.002 49 P 0.363 0.003 0.477 0.016 0.001 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 0.111 50 H 0.098 0.044 0.040 0.247 0.048 0.026 0.335 0.144 0.015 0.004 0.001 51 E 0.232 0.366 0.152 0.092 0.051 0.039 0.020 0.002 0.042 0.004 0.001 52 L 0.091 0.222 0.461 0.067 0.046 0.086 0.005 0.001 0.017 0.002 0.001 53 N 0.015 0.044 0.162 0.015 0.021 0.499 0.019 0.001 0.222 0.002 0.001 54 L 0.877 0.007 0.018 0.083 0.001 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 55 L 0.967 0.003 0.015 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 56 P 0.988 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 M 0.974 0.002 0.002 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.982 0.002 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 A 0.187 0.001 0.004 0.804 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 Y 0.009 0.084 0.626 0.001 0.008 0.012 0.029 0.001 0.228 0.001 0.001 62 P 0.266 0.006 0.480 0.099 0.001 0.061 0.005 0.001 0.001 0.001 0.080 63 A 0.016 0.468 0.366 0.012 0.097 0.014 0.007 0.005 0.014 0.001 0.001 64 R 0.030 0.581 0.290 0.009 0.012 0.050 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 65 Y 0.013 0.731 0.182 0.011 0.023 0.026 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 66 Y 0.007 0.801 0.058 0.006 0.067 0.022 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 67 L 0.003 0.340 0.300 0.002 0.018 0.049 0.006 0.001 0.281 0.001 0.001 68 P 0.012 0.013 0.915 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 69 K 0.021 0.572 0.312 0.003 0.020 0.036 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 70 V 0.043 0.314 0.519 0.010 0.003 0.086 0.001 0.001 0.022 0.001 0.002 71 A 0.061 0.255 0.256 0.091 0.071 0.032 0.116 0.005 0.103 0.010 0.001 72 G 0.032 0.006 0.053 0.020 0.065 0.004 0.119 0.533 0.001 0.165 0.002 73 K 0.131 0.215 0.269 0.261 0.062 0.016 0.019 0.011 0.011 0.005 0.001 74 G 0.034 0.122 0.186 0.137 0.115 0.017 0.194 0.133 0.028 0.033 0.001 75 L 0.007 0.373 0.490 0.006 0.081 0.021 0.007 0.003 0.011 0.002 0.001 76 T 0.005 0.778 0.157 0.005 0.027 0.017 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 77 V 0.017 0.568 0.319 0.008 0.023 0.036 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 78 H 0.002 0.635 0.139 0.001 0.019 0.014 0.001 0.001 0.191 0.001 0.001 79 P 0.033 0.007 0.810 0.002 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 80 F 0.074 0.282 0.403 0.106 0.042 0.052 0.006 0.003 0.029 0.001 0.003 81 G 0.020 0.073 0.103 0.001 0.256 0.001 0.012 0.011 0.020 0.505 0.001 82 P 0.133 0.003 0.297 0.057 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.482 83 L 0.053 0.242 0.495 0.075 0.029 0.049 0.014 0.003 0.037 0.001 0.001 84 A 0.012 0.161 0.740 0.001 0.011 0.019 0.004 0.001 0.045 0.003 0.003 85 P 0.042 0.008 0.877 0.008 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 86 G 0.024 0.086 0.420 0.004 0.293 0.005 0.009 0.022 0.024 0.113 0.001 87 P 0.716 0.010 0.132 0.075 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 88 F 0.067 0.047 0.103 0.662 0.027 0.009 0.055 0.014 0.012 0.003 0.001 89 G 0.014 0.007 0.041 0.035 0.062 0.004 0.222 0.519 0.002 0.092 0.001 90 L 0.074 0.375 0.472 0.025 0.021 0.020 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 91 L 0.148 0.179 0.425 0.120 0.007 0.086 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 92 E 0.015 0.353 0.475 0.002 0.066 0.010 0.006 0.001 0.071 0.001 0.001 93 P 0.153 0.020 0.770 0.011 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 94 T 0.077 0.335 0.332 0.093 0.083 0.040 0.006 0.005 0.024 0.003 0.001 95 T 0.014 0.306 0.497 0.002 0.043 0.017 0.005 0.001 0.112 0.002 0.001 96 P 0.023 0.007 0.929 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.007 0.001 0.020 97 P 0.277 0.005 0.565 0.023 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 98 E 0.213 0.158 0.156 0.351 0.054 0.033 0.009 0.009 0.015 0.002 0.001 99 D 0.006 0.163 0.357 0.011 0.057 0.079 0.013 0.001 0.310 0.002 0.001 100 P 0.736 0.012 0.135 0.069 0.003 0.024 0.007 0.004 0.002 0.001 0.008 101 R 0.561 0.060 0.050 0.275 0.028 0.007 0.006 0.007 0.005 0.001 0.001 102 V 0.109 0.499 0.111 0.172 0.059 0.016 0.010 0.002 0.023 0.001 0.001 103 L 0.010 0.286 0.593 0.001 0.011 0.073 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 104 D 0.682 0.010 0.010 0.291 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 L 0.002 0.761 0.011 0.002 0.221 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 106 V 0.001 0.941 0.029 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 107 V 0.001 0.724 0.192 0.001 0.006 0.027 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 108 V 0.001 0.506 0.154 0.001 0.021 0.064 0.005 0.001 0.247 0.001 0.001 109 P 0.029 0.022 0.808 0.002 0.001 0.108 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 110 G 0.046 0.377 0.308 0.020 0.106 0.063 0.034 0.002 0.035 0.002 0.007 111 L 0.039 0.641 0.200 0.009 0.033 0.049 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 112 A 0.016 0.596 0.146 0.027 0.128 0.042 0.010 0.002 0.032 0.002 0.001 113 F 0.008 0.529 0.158 0.062 0.168 0.039 0.007 0.001 0.025 0.002 0.001 114 D 0.001 0.053 0.756 0.001 0.072 0.088 0.001 0.001 0.024 0.004 0.001 115 R 0.957 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 E 0.332 0.004 0.024 0.624 0.001 0.002 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 117 G 0.048 0.001 0.012 0.061 0.008 0.001 0.107 0.732 0.001 0.030 0.001 118 Y 0.171 0.114 0.493 0.102 0.016 0.037 0.040 0.004 0.018 0.004 0.002 119 R 0.095 0.231 0.497 0.023 0.021 0.048 0.023 0.003 0.050 0.006 0.002 120 L 0.157 0.078 0.557 0.158 0.004 0.032 0.004 0.001 0.007 0.001 0.002 121 G 0.035 0.021 0.097 0.032 0.168 0.007 0.047 0.300 0.003 0.290 0.001 122 H 0.124 0.227 0.219 0.246 0.091 0.027 0.021 0.007 0.029 0.008 0.001 123 G 0.065 0.018 0.091 0.061 0.101 0.005 0.040 0.229 0.003 0.385 0.001 124 Q 0.171 0.097 0.215 0.275 0.108 0.020 0.059 0.023 0.013 0.017 0.001 125 G 0.126 0.037 0.171 0.038 0.171 0.007 0.019 0.147 0.003 0.279 0.002 126 F 0.524 0.126 0.126 0.092 0.055 0.036 0.010 0.007 0.017 0.006 0.002 127 Y 0.667 0.076 0.113 0.063 0.012 0.039 0.006 0.002 0.017 0.004 0.001 128 D 0.836 0.022 0.038 0.051 0.007 0.029 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 129 R 0.949 0.005 0.006 0.029 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 130 F 0.951 0.007 0.007 0.026 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 L 0.877 0.007 0.008 0.102 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 K 0.909 0.009 0.042 0.033 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.318 0.003 0.010 0.629 0.001 0.006 0.017 0.008 0.006 0.001 0.001 134 V 0.044 0.145 0.676 0.051 0.005 0.047 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 135 R 0.107 0.185 0.325 0.105 0.039 0.059 0.112 0.011 0.043 0.013 0.001 136 A 0.061 0.141 0.577 0.025 0.111 0.008 0.011 0.019 0.008 0.034 0.003 137 A 0.098 0.239 0.547 0.021 0.023 0.044 0.003 0.001 0.019 0.001 0.005 138 T 0.017 0.350 0.549 0.006 0.010 0.057 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 139 V 0.033 0.805 0.066 0.026 0.030 0.015 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 140 G 0.007 0.709 0.106 0.002 0.144 0.016 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 141 V 0.011 0.755 0.138 0.007 0.016 0.043 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 142 V 0.005 0.413 0.179 0.002 0.036 0.073 0.005 0.001 0.287 0.001 0.001 143 P 0.196 0.019 0.675 0.016 0.003 0.065 0.001 0.001 0.003 0.003 0.018 144 Q 0.533 0.113 0.172 0.075 0.065 0.013 0.014 0.005 0.005 0.004 0.001 145 A 0.455 0.112 0.119 0.172 0.048 0.019 0.038 0.016 0.017 0.004 0.001 146 L 0.196 0.295 0.265 0.084 0.032 0.061 0.018 0.002 0.046 0.001 0.001 147 L 0.148 0.277 0.352 0.084 0.012 0.088 0.013 0.002 0.022 0.001 0.001 148 F 0.061 0.270 0.333 0.009 0.038 0.026 0.015 0.001 0.243 0.004 0.001 149 P 0.493 0.005 0.430 0.024 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.002 0.028 150 A 0.259 0.100 0.125 0.377 0.030 0.031 0.038 0.017 0.020 0.001 0.001 151 L 0.023 0.304 0.484 0.007 0.020 0.026 0.008 0.001 0.127 0.001 0.001 152 P 0.098 0.012 0.816 0.012 0.001 0.045 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 153 R 0.225 0.215 0.315 0.142 0.035 0.033 0.007 0.006 0.019 0.003 0.001 154 D 0.041 0.196 0.531 0.003 0.101 0.010 0.011 0.002 0.091 0.015 0.001 155 P 0.351 0.008 0.498 0.032 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 156 W 0.165 0.185 0.183 0.183 0.138 0.023 0.036 0.050 0.012 0.026 0.001 157 D 0.078 0.181 0.195 0.153 0.023 0.169 0.110 0.006 0.078 0.003 0.003 158 V 0.021 0.540 0.207 0.003 0.046 0.022 0.009 0.001 0.153 0.001 0.001 159 P 0.090 0.013 0.727 0.011 0.001 0.120 0.001 0.001 0.003 0.001 0.035 160 V 0.125 0.388 0.317 0.015 0.039 0.076 0.006 0.001 0.030 0.001 0.001 161 D 0.783 0.010 0.016 0.173 0.001 0.011 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 162 H 0.046 0.605 0.053 0.029 0.231 0.005 0.010 0.001 0.019 0.001 0.001 163 L 0.059 0.574 0.257 0.022 0.016 0.042 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 164 A 0.022 0.597 0.213 0.026 0.066 0.053 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 165 T 0.004 0.399 0.172 0.005 0.338 0.026 0.001 0.001 0.049 0.006 0.001 166 E 0.857 0.011 0.054 0.059 0.003 0.010 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 167 A 0.574 0.014 0.082 0.286 0.006 0.002 0.029 0.003 0.002 0.001 0.001 168 G 0.177 0.003 0.019 0.111 0.027 0.003 0.178 0.438 0.002 0.043 0.001 169 V 0.181 0.253 0.462 0.040 0.021 0.027 0.003 0.001 0.010 0.001 0.002 170 E 0.160 0.586 0.130 0.048 0.022 0.019 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 171 A 0.056 0.289 0.586 0.011 0.014 0.030 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 172 V 0.172 0.496 0.195 0.057 0.031 0.022 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 173 K 0.122 0.272 0.190 0.129 0.080 0.103 0.032 0.006 0.055 0.010 0.001 174 R 0.030 0.390 0.349 0.013 0.055 0.020 0.011 0.001 0.128 0.002 0.001 175 P 0.195 0.013 0.633 0.051 0.001 0.052 0.001 0.001 0.004 0.001 0.050 176 A 0.026 0.263 0.572 0.005 0.032 0.027 0.015 0.001 0.057 0.002 0.001 177 P 0.062 0.012 0.819 0.016 0.001 0.044 0.001 0.001 0.003 0.001 0.043 178 G 0.030 0.149 0.568 0.004 0.119 0.008 0.014 0.011 0.053 0.044 0.001 179 P 0.164 0.015 0.691 0.037 0.001 0.031 0.002 0.001 0.002 0.001 0.056 180 G 0.062 0.042 0.232 0.134 0.099 0.010 0.087 0.261 0.006 0.067 0.001 181 G 0.054 0.025 0.165 0.023 0.154 0.003 0.044 0.289 0.003 0.239 0.001 182 L 0.183 0.248 0.449 0.062 0.020 0.025 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 183 L 0.131 0.308 0.305 0.112 0.026 0.070 0.009 0.002 0.035 0.001 0.001 184 D 0.112 0.222 0.313 0.076 0.168 0.031 0.020 0.011 0.023 0.023 0.001