# TARGET T0276 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0276.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 187.973 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.050 0.400 0.124 0.007 0.192 0.005 0.012 0.139 0.025 0.026 0.020 2 T 0.018 0.617 0.215 0.002 0.049 0.001 0.001 0.078 0.007 0.010 0.004 3 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.902 0.085 0.005 0.001 4 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.019 0.001 0.001 5 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.012 0.003 0.001 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.011 0.001 0.001 7 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.011 0.001 0.001 8 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.005 0.001 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.006 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.023 0.003 0.001 11 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.030 0.001 0.001 12 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.976 0.020 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.953 0.035 0.006 0.001 14 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.853 0.131 0.009 0.001 15 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.755 0.215 0.011 0.001 16 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.074 0.700 0.119 0.097 0.002 17 L 0.018 0.630 0.143 0.002 0.145 0.001 0.004 0.022 0.005 0.016 0.013 18 D 0.304 0.174 0.060 0.005 0.200 0.003 0.008 0.067 0.011 0.027 0.141 19 L 0.010 0.010 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 0.598 0.304 0.055 0.006 20 K 0.001 0.007 0.002 0.001 0.003 0.002 0.007 0.877 0.089 0.009 0.001 21 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.928 0.045 0.011 0.001 22 L 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.933 0.041 0.013 0.001 23 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.037 0.009 0.001 24 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.950 0.045 0.002 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.962 0.026 0.005 0.001 26 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.931 0.055 0.009 0.001 27 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.880 0.103 0.011 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.865 0.101 0.003 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.039 0.813 0.101 0.039 0.001 30 L 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.013 0.665 0.190 0.115 0.003 31 L 0.003 0.011 0.002 0.001 0.008 0.001 0.004 0.836 0.129 0.004 0.002 32 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.862 0.102 0.010 0.001 33 W 0.001 0.007 0.004 0.001 0.003 0.001 0.014 0.819 0.114 0.036 0.001 34 L 0.004 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.796 0.167 0.016 0.002 35 R 0.002 0.007 0.003 0.001 0.003 0.004 0.049 0.709 0.205 0.016 0.002 36 E 0.013 0.019 0.009 0.004 0.020 0.009 0.118 0.562 0.142 0.094 0.012 37 R 0.011 0.474 0.347 0.017 0.084 0.013 0.022 0.017 0.008 0.005 0.003 38 G 0.105 0.011 0.009 0.013 0.022 0.006 0.010 0.019 0.021 0.396 0.390 39 F 0.252 0.172 0.026 0.004 0.417 0.004 0.005 0.011 0.016 0.032 0.061 40 R 0.033 0.037 0.007 0.032 0.107 0.160 0.286 0.215 0.084 0.026 0.013 41 H 0.343 0.061 0.010 0.004 0.521 0.004 0.007 0.007 0.006 0.012 0.026 42 I 0.253 0.040 0.002 0.002 0.673 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.018 43 L 0.180 0.073 0.004 0.001 0.703 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.028 44 L 0.262 0.104 0.010 0.001 0.530 0.001 0.003 0.005 0.001 0.012 0.070 45 Y 0.246 0.077 0.021 0.015 0.262 0.010 0.018 0.013 0.015 0.164 0.159 46 H 0.026 0.430 0.348 0.016 0.130 0.005 0.010 0.018 0.008 0.004 0.006 47 P 0.064 0.323 0.174 0.025 0.157 0.018 0.031 0.045 0.047 0.072 0.043 48 L 0.041 0.388 0.245 0.028 0.146 0.010 0.021 0.039 0.051 0.016 0.016 49 P 0.020 0.057 0.027 0.016 0.033 0.062 0.120 0.242 0.345 0.055 0.022 50 H 0.018 0.047 0.019 0.013 0.034 0.010 0.041 0.132 0.299 0.365 0.024 51 E 0.080 0.091 0.020 0.004 0.120 0.010 0.061 0.257 0.194 0.135 0.029 52 L 0.062 0.179 0.070 0.011 0.143 0.040 0.044 0.155 0.123 0.094 0.078 53 N 0.190 0.147 0.050 0.005 0.299 0.003 0.015 0.098 0.045 0.057 0.092 54 L 0.026 0.100 0.039 0.003 0.045 0.002 0.005 0.193 0.246 0.325 0.016 55 L 0.003 0.045 0.014 0.002 0.018 0.001 0.008 0.777 0.128 0.003 0.002 56 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.913 0.074 0.001 0.001 57 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.825 0.145 0.017 0.001 58 M 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.680 0.281 0.021 0.001 59 E 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.031 0.724 0.223 0.009 0.001 60 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.077 0.177 0.140 0.591 0.005 61 Y 0.045 0.502 0.204 0.003 0.217 0.001 0.004 0.004 0.003 0.004 0.013 62 P 0.041 0.035 0.022 0.035 0.036 0.091 0.106 0.153 0.166 0.217 0.098 63 A 0.061 0.395 0.160 0.004 0.290 0.002 0.006 0.022 0.021 0.025 0.014 64 R 0.181 0.125 0.020 0.003 0.580 0.007 0.018 0.018 0.012 0.012 0.024 65 Y 0.163 0.132 0.026 0.002 0.651 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.017 66 Y 0.219 0.118 0.017 0.003 0.582 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.050 67 L 0.157 0.252 0.109 0.005 0.430 0.001 0.003 0.002 0.001 0.009 0.031 68 P 0.129 0.363 0.036 0.001 0.438 0.002 0.004 0.003 0.002 0.005 0.018 69 K 0.115 0.337 0.044 0.001 0.474 0.001 0.002 0.003 0.002 0.005 0.016 70 V 0.294 0.105 0.070 0.038 0.305 0.031 0.012 0.016 0.013 0.029 0.088 71 A 0.008 0.023 0.044 0.360 0.014 0.240 0.219 0.057 0.025 0.009 0.003 72 G 0.021 0.030 0.112 0.314 0.019 0.083 0.021 0.041 0.060 0.256 0.042 73 K 0.008 0.238 0.209 0.168 0.050 0.067 0.091 0.061 0.039 0.058 0.010 74 G 0.135 0.065 0.081 0.070 0.119 0.029 0.014 0.014 0.028 0.241 0.202 75 L 0.200 0.230 0.025 0.002 0.480 0.003 0.002 0.003 0.005 0.012 0.039 76 T 0.148 0.179 0.027 0.001 0.597 0.001 0.003 0.004 0.003 0.011 0.025 77 V 0.493 0.065 0.016 0.002 0.303 0.002 0.003 0.003 0.005 0.021 0.086 78 H 0.024 0.463 0.271 0.014 0.201 0.008 0.007 0.004 0.002 0.002 0.002 79 P 0.285 0.155 0.043 0.002 0.432 0.001 0.004 0.007 0.003 0.008 0.061 80 F 0.117 0.111 0.088 0.115 0.145 0.080 0.069 0.055 0.064 0.084 0.072 81 G 0.020 0.213 0.332 0.165 0.097 0.062 0.032 0.040 0.020 0.012 0.007 82 P 0.124 0.184 0.112 0.026 0.193 0.012 0.024 0.077 0.060 0.125 0.063 83 L 0.084 0.311 0.154 0.039 0.198 0.025 0.036 0.036 0.024 0.054 0.039 84 A 0.026 0.365 0.374 0.032 0.163 0.011 0.008 0.009 0.003 0.003 0.005 85 P 0.076 0.130 0.054 0.046 0.096 0.088 0.218 0.099 0.063 0.076 0.051 86 G 0.024 0.105 0.409 0.206 0.053 0.048 0.013 0.019 0.023 0.071 0.029 87 P 0.070 0.096 0.068 0.052 0.100 0.084 0.093 0.207 0.128 0.072 0.030 88 F 0.031 0.245 0.127 0.109 0.072 0.044 0.068 0.094 0.080 0.097 0.033 89 G 0.043 0.043 0.051 0.092 0.045 0.038 0.013 0.046 0.069 0.469 0.090 90 L 0.078 0.307 0.088 0.005 0.306 0.007 0.024 0.089 0.050 0.035 0.011 91 L 0.204 0.213 0.091 0.008 0.296 0.007 0.015 0.033 0.021 0.039 0.073 92 E 0.043 0.329 0.377 0.027 0.156 0.009 0.014 0.020 0.008 0.007 0.009 93 P 0.055 0.395 0.155 0.010 0.255 0.010 0.020 0.054 0.021 0.012 0.015 94 T 0.119 0.170 0.101 0.016 0.175 0.017 0.034 0.087 0.087 0.128 0.066 95 T 0.026 0.328 0.352 0.039 0.113 0.015 0.035 0.041 0.023 0.019 0.010 96 P 0.049 0.299 0.235 0.045 0.198 0.019 0.025 0.050 0.029 0.031 0.020 97 P 0.063 0.192 0.090 0.008 0.184 0.013 0.038 0.126 0.165 0.095 0.025 98 E 0.027 0.119 0.240 0.055 0.083 0.083 0.179 0.069 0.059 0.063 0.022 99 D 0.319 0.083 0.025 0.002 0.467 0.001 0.005 0.005 0.004 0.006 0.083 100 P 0.052 0.036 0.003 0.001 0.055 0.003 0.006 0.108 0.575 0.113 0.048 101 R 0.017 0.014 0.004 0.002 0.036 0.010 0.067 0.178 0.513 0.150 0.009 102 V 0.195 0.125 0.013 0.001 0.350 0.003 0.022 0.063 0.095 0.110 0.023 103 L 0.342 0.056 0.009 0.001 0.498 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.086 104 D 0.038 0.005 0.001 0.030 0.043 0.199 0.494 0.101 0.034 0.022 0.033 105 L 0.147 0.145 0.010 0.001 0.679 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 106 V 0.195 0.031 0.001 0.001 0.762 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 107 V 0.345 0.015 0.005 0.001 0.570 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.060 108 V 0.168 0.081 0.054 0.078 0.217 0.074 0.136 0.024 0.009 0.035 0.124 109 P 0.154 0.061 0.038 0.069 0.170 0.079 0.143 0.035 0.036 0.091 0.122 110 G 0.255 0.077 0.030 0.016 0.416 0.021 0.005 0.010 0.033 0.043 0.094 111 L 0.269 0.043 0.004 0.001 0.621 0.002 0.002 0.004 0.004 0.010 0.041 112 A 0.250 0.112 0.011 0.002 0.552 0.002 0.002 0.003 0.002 0.017 0.047 113 F 0.173 0.163 0.020 0.009 0.397 0.007 0.014 0.010 0.007 0.110 0.090 114 D 0.070 0.199 0.434 0.044 0.177 0.008 0.007 0.025 0.011 0.008 0.017 115 R 0.004 0.009 0.008 0.008 0.006 0.018 0.058 0.639 0.221 0.025 0.004 116 E 0.004 0.408 0.234 0.076 0.029 0.022 0.078 0.082 0.027 0.036 0.006 117 G 0.037 0.049 0.065 0.131 0.035 0.036 0.014 0.038 0.027 0.387 0.180 118 Y 0.079 0.262 0.106 0.014 0.184 0.014 0.035 0.116 0.078 0.063 0.049 119 R 0.180 0.149 0.079 0.022 0.255 0.020 0.035 0.110 0.043 0.037 0.068 120 L 0.042 0.159 0.080 0.104 0.083 0.090 0.199 0.083 0.067 0.070 0.025 121 G 0.058 0.065 0.125 0.215 0.053 0.065 0.025 0.032 0.036 0.223 0.103 122 H 0.060 0.127 0.071 0.087 0.087 0.064 0.085 0.075 0.095 0.188 0.060 123 G 0.039 0.071 0.172 0.260 0.058 0.063 0.015 0.045 0.055 0.159 0.062 124 Q 0.019 0.076 0.050 0.079 0.040 0.077 0.178 0.266 0.135 0.068 0.013 125 G 0.028 0.125 0.155 0.090 0.079 0.041 0.026 0.152 0.100 0.153 0.049 126 F 0.190 0.068 0.015 0.003 0.191 0.005 0.021 0.220 0.143 0.056 0.088 127 Y 0.055 0.068 0.029 0.009 0.092 0.008 0.014 0.330 0.215 0.138 0.043 128 D 0.042 0.098 0.016 0.004 0.107 0.002 0.013 0.510 0.159 0.028 0.022 129 R 0.004 0.008 0.004 0.001 0.006 0.007 0.031 0.682 0.242 0.012 0.002 130 F 0.008 0.019 0.011 0.005 0.012 0.003 0.021 0.702 0.157 0.054 0.009 131 L 0.014 0.014 0.003 0.002 0.014 0.005 0.014 0.481 0.385 0.057 0.010 132 K 0.004 0.029 0.008 0.004 0.011 0.019 0.069 0.553 0.287 0.010 0.004 133 E 0.012 0.004 0.002 0.001 0.008 0.002 0.034 0.220 0.222 0.477 0.018 134 V 0.098 0.327 0.197 0.008 0.257 0.005 0.018 0.022 0.015 0.026 0.028 135 R 0.097 0.153 0.109 0.073 0.120 0.058 0.079 0.091 0.053 0.080 0.088 136 A 0.068 0.295 0.349 0.009 0.207 0.003 0.006 0.011 0.015 0.018 0.020 137 A 0.047 0.461 0.123 0.008 0.271 0.012 0.017 0.026 0.011 0.012 0.012 138 T 0.245 0.090 0.014 0.001 0.578 0.002 0.008 0.009 0.005 0.008 0.040 139 V 0.175 0.109 0.015 0.013 0.536 0.043 0.026 0.022 0.019 0.014 0.029 140 G 0.114 0.121 0.011 0.003 0.713 0.002 0.003 0.007 0.003 0.006 0.017 141 V 0.401 0.058 0.013 0.001 0.370 0.001 0.003 0.008 0.004 0.033 0.107 142 V 0.033 0.470 0.253 0.032 0.133 0.005 0.012 0.017 0.007 0.020 0.018 143 P 0.020 0.565 0.202 0.019 0.118 0.008 0.010 0.034 0.014 0.004 0.006 144 Q 0.037 0.068 0.015 0.004 0.060 0.014 0.036 0.266 0.390 0.079 0.031 145 A 0.065 0.114 0.040 0.012 0.123 0.016 0.050 0.171 0.200 0.159 0.050 146 L 0.129 0.273 0.069 0.004 0.260 0.005 0.032 0.110 0.051 0.044 0.023 147 L 0.128 0.264 0.075 0.007 0.195 0.006 0.024 0.079 0.056 0.100 0.065 148 F 0.051 0.342 0.204 0.020 0.191 0.010 0.011 0.075 0.057 0.015 0.025 149 P 0.014 0.073 0.041 0.012 0.045 0.045 0.145 0.424 0.181 0.013 0.006 150 A 0.054 0.054 0.024 0.004 0.075 0.004 0.035 0.125 0.157 0.409 0.060 151 L 0.042 0.470 0.179 0.006 0.220 0.003 0.010 0.026 0.017 0.015 0.013 152 P 0.090 0.336 0.127 0.007 0.246 0.009 0.035 0.053 0.029 0.029 0.039 153 R 0.056 0.281 0.149 0.014 0.163 0.014 0.031 0.052 0.083 0.118 0.040 154 D 0.055 0.382 0.236 0.009 0.253 0.003 0.007 0.024 0.012 0.008 0.013 155 P 0.014 0.036 0.022 0.005 0.025 0.016 0.054 0.359 0.416 0.044 0.009 156 W 0.010 0.061 0.030 0.039 0.043 0.023 0.094 0.294 0.193 0.195 0.017 157 D 0.103 0.031 0.009 0.003 0.070 0.007 0.022 0.080 0.152 0.449 0.073 158 V 0.010 0.392 0.387 0.011 0.124 0.003 0.009 0.042 0.016 0.004 0.002 159 P 0.285 0.225 0.023 0.001 0.351 0.001 0.004 0.014 0.008 0.022 0.067 160 V 0.237 0.074 0.037 0.011 0.406 0.011 0.009 0.017 0.056 0.046 0.096 161 D 0.005 0.001 0.001 0.009 0.006 0.115 0.526 0.251 0.077 0.008 0.002 162 H 0.123 0.242 0.046 0.002 0.521 0.001 0.002 0.015 0.009 0.023 0.015 163 L 0.341 0.048 0.003 0.001 0.539 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.054 164 A 0.159 0.143 0.036 0.018 0.362 0.008 0.009 0.010 0.006 0.064 0.186 165 T 0.011 0.272 0.518 0.117 0.054 0.010 0.001 0.004 0.003 0.006 0.005 166 E 0.006 0.008 0.007 0.013 0.007 0.030 0.109 0.575 0.189 0.052 0.003 167 A 0.007 0.278 0.296 0.073 0.031 0.016 0.042 0.117 0.053 0.073 0.014 168 G 0.028 0.027 0.049 0.187 0.021 0.090 0.030 0.085 0.051 0.351 0.084 169 V 0.134 0.251 0.072 0.004 0.360 0.005 0.013 0.066 0.035 0.034 0.027 170 E 0.077 0.399 0.102 0.003 0.335 0.003 0.007 0.034 0.013 0.012 0.014 171 A 0.228 0.166 0.051 0.005 0.382 0.007 0.023 0.056 0.022 0.029 0.031 172 V 0.092 0.184 0.076 0.025 0.276 0.040 0.079 0.129 0.048 0.027 0.025 173 K 0.113 0.104 0.072 0.037 0.160 0.026 0.043 0.093 0.072 0.196 0.084 174 R 0.066 0.307 0.238 0.033 0.244 0.007 0.014 0.045 0.013 0.018 0.014 175 P 0.069 0.240 0.131 0.042 0.163 0.030 0.043 0.120 0.062 0.073 0.027 176 A 0.028 0.277 0.363 0.070 0.123 0.032 0.041 0.036 0.011 0.011 0.008 177 P 0.042 0.189 0.202 0.114 0.073 0.074 0.133 0.068 0.025 0.051 0.028 178 G 0.010 0.080 0.457 0.304 0.027 0.069 0.010 0.009 0.005 0.019 0.010 179 P 0.042 0.145 0.118 0.134 0.085 0.152 0.115 0.097 0.049 0.041 0.023 180 G 0.018 0.090 0.118 0.191 0.029 0.087 0.070 0.080 0.096 0.182 0.040 181 G 0.023 0.082 0.120 0.183 0.050 0.064 0.015 0.060 0.075 0.292 0.036 182 L 0.191 0.120 0.029 0.007 0.251 0.011 0.033 0.110 0.093 0.102 0.053 183 L 0.090 0.203 0.107 0.044 0.162 0.044 0.046 0.093 0.061 0.084 0.065 184 D 0.138 0.208 0.111 0.028 0.256 0.017 0.027 0.066 0.038 0.059 0.052